Panduan Pemilihan Penanda DNA

----Latar Belakang Bersih, Pola Pita Stabil, Ukuran Tepat

Penanda DNA merupakan gabungan fragmen DNA dengan berat molekul yang berbeda. Kegunaan utamanya adalah untuk bermigrasi bersama DNA sampel dalam elektroforesis gel agarosa guna memisahkan molekul DNA. Dengan membandingkan ukuran dan kecerahan pita sampel dengan pita Penanda DNA, seseorang dapat memperkirakan berat molekul dan konsentrasi DNA sampel dalam larutan. Yeasen Penanda DNA mencakup rentang berat molekul dari 100 bp hingga 15 kb, memenuhi kebutuhan sebagian besar percobaan.

Fitur Produk

  1. Stabilitas yang kuat, dapat disimpan pada suhu ruangan selama 3-6 bulan;
  2. Latar belakang yang bersih, pola pita yang stabil, dan ukuran yang tepat;
  3. Berisi pita referensi dengan konsentrasi yang diketahui untuk memudahkan penentuan posisi dan analisis semi-kuantitatif;
  4. Termasuk buffer pemuatan untuk elektroforesis langsung, nyaman dan cepat;
  5. Dilengkapi dengan buffer pemuatan 5× untuk pemuatan sampel.

Diagram Elektroforesis

Titik Perhatian

  1. Metode Penyimpanan: Penyimpanan stabil pada suhu ruangan selama 3 hingga 6 bulan; untuk waktu yang lebih lama, simpan pada suhu 4°C atau -20°C.
  2. Penanda DNA cocok untuk menganalisis pita DNA dalam elektroforesis gel agarosa dan tidak direkomendasikan untuk digunakan dalam elektroforesis gel poliakrilamid.
  3. Pemilihan konsentrasi gel dan larutan penyangga:

Konsentrasi Agarosa

Rentang Pemisahan Efektif (bp)

Buffer yang Direkomendasikan

0,5%

2.000-50.000

1×TAE

0,8%

800-10.000

1×TAE

1,0% dari

400-8.000

1×TAE

1,2%

300-7.000

1×TAE

1,5%

200-3.000

1×TAE/0,5×TBE

2,0% dari

100-2.000

1×TAE/0,5×TBE

3,0% dari

25-1.000

0,5×TBE

【Catatan】: Untuk fragmen besar, pilih gel konsentrasi rendah dan gunakan sistem penyangga TAE untuk elektroforesis; untuk fragmen kecil, pilih gel konsentrasi tinggi dan gunakan sistem penyangga TBE untuk elektroforesis.

  1. Pemilihan Pewarnaan Asam Nukleat:

EB (Ethidium Bromide) adalah pewarna fluoresensi yang sangat sensitif dengan panjang gelombang eksitasi maksimum 302 nm, yang dapat digunakan untuk mengamati asam nukleat dalam gel agarosa dan poliakrilamid. EB berinterkalasi dengan basa dalam asam nukleat dan diketahui bersifat toksik.

YeaRed (Cat#10202ES76) dan YeaGreen (Cat#10204ES76) adalah pewarna asam nukleat tidak beracun baru dengan struktur molekul berminyak unik yang tidak dapat menembus membran sel untuk memasuki sel, tidak mudah menguap atau menyublim, dan dengan demikian tidak terhirup oleh manusia, sehingga menjamin keselamatan peneliti.Hasil uji Ames juga menunjukkan bahwa YeaRed dan YeaGreen tidak memiliki sifat mutagenisitas pada konsentrasi pewarnaan gel, sehingga menjadikannya alternatif yang aman dan tidak beracun untuk EB yang sangat karsinogenik. Selain itu, YeaRed memiliki karakteristik spektral yang sama dengan EB, sehingga dapat menggantikan EB dengan sempurna tanpa mengubah sistem pencitraan yang ada.

Tanya Jawab

Q1: Mengapa pita-pita berbobot molekular tinggi dari Penanda DNA terseret dan tidak terpisah dengan baik?

A1: Pewarna asam nukleat tidak cukup terikat dengan Penanda DNA. Karena pita dengan berat molekul tinggi memerlukan lebih banyak pewarna asam nukleat, jika pewarna tidak jenuh, pita dengan berat molekul tinggi lebih rentan terhadap efek migrasi, yang menyebabkan tarikan dan pemisahan yang buruk. Disarankan untuk mengurangi jumlah Penanda DNA yang digunakan (dapat diencerkan dengan air sebanyak 5 kali dan kemudian 8-10 μL dapat ditambahkan) atau meningkatkan konsentrasi pewarna asam nukleat.

Q2: Mengapa tidak ada pita atau pita lemah untuk DNA?

Sebuah nomor 2:

  1. Pemuatan DNA tidak mencukupi, tingkatkan jumlah yang dimuat;
  2. Pita DNA telah keluar dari gel;
  3. Pita DNA dikaburkan oleh pewarna pelacak;
  4. Pewarna asam nukleat tidak ditambahkan ke gel;
  5. Gel agarosa telah dibiarkan terlalu lama, disarankan untuk segera menyiapkan dan menggunakannya.

Q3: Mengapa pita penanda DNA tersebar?

A3:

  1. Degradasi parsial DNA, periksa apakah kondisi penyimpanan terlalu hangat;
  2. Tegangan selama elektroforesis terlalu rendah, menyebabkan pita DNA menyebar. Disarankan untuk menjalankan gel pada 110V-130V Bahasa Indonesia: V selama lebih dari 45 menit;
  3. Konsentrasi gel agarosa tidak sesuai, siapkan sesuai dengan konsentrasi gel yang direkomendasikan dalam manual;
  4. Kualitas gel agarosa buruk, direkomendasikan untuk menyiapkan yang baru.

Q4: Mengapa pita sampel tampak memiliki ukuran yang berbeda dibandingkan dengan pita Penanda DNA?

A4:

  1. Migrasi DNA tidak hanya terkait dengan ukuran sebenarnya, tetapi juga apakah DNA tersebut dikombinasikan dengan protein, keadaan ion, struktur DNA, gel, dan faktor lainnya. Laju migrasi elektroforesis asam nukleat terkait dengan rasio DNA/pewarna, dan ketika jumlah pewarna asam nukleat tidak mencukupi, hal itu dapat menyebabkan kesalahan laju migrasi yang lebih besar;
  2. Jika sampel mengandung konsentrasi ion garam yang tinggi, hal ini juga dapat menyebabkan kesalahan migrasi yang signifikan;
  3. Jika jumlah sampel yang dimuat berbeda secara signifikan dari jumlah pita Penanda DNA atau jika volumenya berbeda secara signifikan, hal itu juga dapat menyebabkan kesalahan migrasi yang lebih besar.

Informasi Pemesanan

Orientasi Produk

Nama Produk

Nomor Produk

Spesifikasi

Penanda DNA

Penanda DNA GoldBand DL2000

10501ES60/80

100 T/10×100T

Penanda DNA GoldBand DL5000

10504ES60/80

100 T/10×100T

Tangga DNA GoldBand 100bp

10507ES60/80

100 T/10×100T

Tangga DNA GoldBand 1 kb

10510ES60/80

100 T/10×100T

Pertanyaan