PCR Sonuçlarında Yanlış Pozitif Sonuçların En Yaygın Nedeni Olarak Operasyonel Ortamdaki Aerosol Kontaminasyonu: Amerikalı Bilim İnsanı Lindahl'ın E. coli ve Bacillus subtilis'te Urasil DNA Glikosilaz'ın (UDG) Öncü Keşfi ve dUTP ile UDG Enziminin Kullanımıyla PCR Kontaminasyonu Önleme Sisteminin Kurulması.
Ticari olarak temin edilebilen UDG enzimleri temel olarak iki tipten oluşur: Escherichia coli ve Bacillus subtilis'ten elde edilen düzenli UDG enzimleri ve psikrofilik deniz bakterilerinden elde edilen termolabil UDG enzimleri. Düzenli UDG enzimleri daha fazla ısı direnci gösterir, 10 dakika boyunca 95°C'de işlemden sonra bile az miktarda urasil-DNA glikozilaz aktivitesini korur, bu da dU içeren hedef amplifikasyon ürünlerinin bozulmasına yol açabilir. Ek olarak, moleküler enzimlerin rekombinant ekspresyonu için tasarlanmış bakteri suşlarının (E. coli gibi) kullanılması nedeniyle, bu enzimlerde belirli miktarda kalıntı konak genomik DNA'sı bulunur. Üretim ortamının ve insan kaynaklarının etkileriyle birleştiğinde, moleküler enzim ürünleri DNA kontaminasyonuna karşı oldukça hassastır. Patojenlerin tespiti sırasında, kontamine edici DNA düşük miktarda hedef nükleik asitleri maskeleyebilir veya onlarla birlikte tespit edilebilir, böylece sonuçların yorumlanmasını etkileyebilir.
Yeasen UCF.ME Urasil DNA Glikosilaz (UDG/UNG), ısıya duyarlı
Tanım
UCF.ME Urasil DNA Glikosilazı (UDG/UNG), ısıya duyarlı, 1 U/μL (Cat#14466ES) psikrofilik deniz bakterilerinden türetilen, UCF.ME olarak bilinen ultra düşük kalıntı ısıya duyarlı bir UDG enzimidir. Bu ürünün kullanımı, geleneksel UDG enzimlerinin oda sıcaklığında dU içeren amplifikasyon ürünlerini bozarak inaktivasyondan sonraki kalıntı aktivitesini önleyebilir. Ayrıca moleküler enzimlerde bulunan arka plan bakterilerinin PCR sonuçlarında yanlış pozitiflere neden olmasını önler. Bu nedenle, UCF.ME® ultra düşük kalıntı ısıya duyarlı UDG enziminin tanıtımı, bulaşıcı patojenleri doğru bir şekilde tanımlamak ve enfeksiyonların ve bulaşıcı hastalıkların klinik tanısına yardımcı olmak için çok önemlidir.
Ürün avantajları
- UCF.ME'nin ultra düşük kalıntısı—E. coli genomik DNA kalıntısı <0,1 kopya/U;
- Düşük nükleaz kalıntısı—Kalıntı ekzonükleaz, çentik enzimi veya RNaz yok;
- Güçlü sindirim kabiliyeti—0,05 U/T, 105 kopya/T dU-DNA ürününü sindirebilir;
- İyi termolabilite—50°C'de 10 dakika, 55°C'de 5 dakika veya 95°C'de 5 dakika gibi herhangi bir koşulda tam inaktivasyon;
- RT-qPCR reaksiyon sistemleriyle uyumludur—Yüksek giriş seviyelerinde bile (2U/20μL reaksiyon sistemi) tespit sistemine etki etmez.
(1)Protein Saflığı ≥%95

Figür 1. Protein saflığı (SDS-PAGE) tespit sonuçları
(2)Düşük Kalıntı Nükleazlar: Kalıntı Ekzonükleaz, Çentik Enzimleri veya RNazlar Yok
Figür 2. Nükleaz kalıntısı test sonuçları
(3) E. coli genomik DNA kalıntısı < 0,1 kopya/U, kalıntı seviyeleri geleneksel reaktiften önemli ölçüde daha düşüktü
Figür 3. E.coli genomik DNA kalıntısı test sonuçları

Figür 4. Toplamda 0,05 U UDG enzimi 10^5 kopya/T dU-DNA ürününü tamamen sindirebilir.

Şekil 5. 50℃,10dk;55℃,5dk; 55℃,10dk;95℃,5dk ısı inaktivasyon uygulamasından sonra, 14466ES sindirim yeteneğini kaybetti.

Şekil 6. RT-qPCR karışımı, ORF1ab ve N genlerinin iki astarlama probu ve 14466ES kullanılarak hazırlandı. 14466ES, reaksiyon sistemine 2U/20μL miktarında enjekte edildiğinde, RT-qPCR'de inhibisyon olmadı tepki.
Ürün Önerisi — Ultra-Düşük Kalıntı PCR Enzim Hammaddeleri Serisi
Ürün Konumlandırma | Ürün Adı | Kedi |
Kirlenmeyi Önleyen Isıya Duyarlı UDG | UCF.ME Urasil DNA Glikosilazı (UDG/UNG), ısıya duyarlı, 1 U/μL | 14466ES |
Sıcak başlangıç Taq DNA Polimerazı | Hieff UCF.ME Hotstart Hassas Taq DNA Polimerazı (5 U/μL) | 14314ES |
Ters Transkriptaz | Hifair UCF.ME V Ters Transkriptaz (200 U/μL) | 14608ES |
Fare RNaz İnhibitörü | 14672ES |