Ideal untuk penghapusan rRNA Dan pembatasan mRNA deteksi efisiensi!
RNase H termostabil, dengan ketahanan panasnya yang luar biasa, mengungguli RNase H biasa dalam hal spesifisitas dan efisiensi!
Pengantar RNase H
E. coli RNase H (E. coli Ribonuclease H) adalah enzim yang secara khusus mendegradasi komponen RNA dari untaian hibrida RNA-DNA. Enzim ini memainkan peran penting dalam proses seperti replikasi, perbaikan, dan transkripsi DNA dengan membelah untaian RNA untuk menjaga integritas dan stabilitas cetakan DNA. Hal ini membuatnya banyak digunakan dalam eksperimen biologi molekuler, termasuk sintesis cDNA, penghilangan rRNA, dan studi interferensi RNA. Namun, E. coli RNase H memiliki beberapa keterbatasan:
- Hal ini dapat menyebabkan pembelahan nonspesifik pada RNA atau DNA untai tunggal, sehingga mengurangi keakuratan hasil eksperimen.
- Stabilitas termalnya yang buruk mencegahnya mempertahankan aktivitas pada suhu tinggi, membuatnya tidak cocok untuk eksperimen seperti transkripsi balik suhu tinggi atau PCR yang memerlukan suhu tinggi.
Kekurangan ini mendorong para peneliti untuk mengembangkan RNase H termostabil untuk memperluas penerapannya dan meningkatkan efisiensi eksperimen.
Gambar 1: Mekanisme RNase H
RNase H termostabil dari Thermus thermophilus
RNase H termostabil, yang berasal dari Thermus thermophilus, merupakan homolog dari RNase H E. coli dan memiliki fungsi ribonuklease yang serupa. Ia mengidentifikasi secara tepat dan secara efisien membelah ikatan fosfodiester untai RNA dalam hibrida RNA:DNA sambil mempertahankan integritas untai DNA. Analisis struktural yang mendalam mengungkapkan bahwa, meskipun distribusi stabilitas keseluruhannya menyerupai RNase H E. coli, RNase H T. thermophilus menunjukkan peningkatan yang signifikan baik dalam stabilitas keseluruhan maupun stabilitas residu lokal.
Dengan suhu aktivitas optimal di atas 65°C, Thermostable RNase H memberikan spesifisitas dan efisiensi yang lebih baik pada suhu reaksi yang lebih tinggi, sehingga meminimalkan pembelahan non-spesifik. Properti ini membuka potensinya yang besar dalam eksperimen biologi molekuler, termasuk:
- Penghapusan rRNA
- Deteksi laju pembatasan mRNA
- Penghapusan mRNA poli(A) yang dihibridisasi dengan poli(dT)
- Penghapusan mRNA selama sintesis untai kedua cDNA
- Peningkatan efisiensi amplifikasi dalam transkripsi balik suhu tinggi, amplifikasi isotermal, dan eksperimen PCR
![Figure 2: Three-Dimensional Structure Comparison of Thermostable RNase H and E. coli RNase H [1]](https://cdn.shopify.com/s/files/1/0803/9419/1166/files/2_05d0884a-560e-4219-b16e-50c907eb4cbe_1024x1024.png?v=1742461692)
Gambar 2: Perbandingan Struktur Tiga Dimensi RNase H Termostabil dan RNase H E. coli [1]
UCF.ME™RNase H Termostat (Cat14545)
RNase H termostabil sering digunakan dalam eksperimen deteksi patogen, seperti penghilangan rRNA dalam sekuensing metagenomik (mNGS) dan sekuensing yang ditargetkan patogen (tNGS). Asam nukleat bakteri inang atau latar belakang yang tersisa dalam enzim dapat secara signifikan membahayakan akurasi deteksi. Untuk mengatasi hal ini,
Keunggulan Produk:
- Aktivitas tinggi dan konsistensi batch-ke-batch yang sangat baik
- Residu gDNA host sangat rendah: <0,02 Salinan/U
- Tidak ada residu eksonuklease, endonuklease, atau RNase
- Stabilitas luar biasa: Tidak ada kehilangan aktivitas enzim yang signifikan setelah 32 hari pada suhu 4°C, 16 hari pada suhu 25°C, atau 7 hari pada suhu 37°C
Pameran Kinerja UCF.ME™ RNase H yang stabil secara termal (Cat14545)
1. Aktivitas Tinggi dan Konsistensi Batch
Tiga kelompok UCF.ME™ RNase H termostabil diinkubasi dengan substrat RNA:DNA, dan perubahan pita dianalisis melalui elektroforesis gel agarosa. Hasil menunjukkan bahwa hanya 0,05 U enzim ini secara efektif membelah RNA dalam substrat RNA:DNA 20 pmol, dengan konsistensi antar-batch yang sangat baik, yang menyoroti stabilitas dan keandalannya.
Gambar 3: Hasil Deteksi Aktivitas UCF.ME™ RNase H termostabil
Catatan: Kondisi reaksi: 50°C selama 20 menit; substrat RNA:DNA – 20 pmol
2. Residu gDNA Host Rendah: <0,02 Salinan/U
Pengujian residu gDNA host (E. coli) di beberapa batch menunjukkan bahwa ketiga batch UCF.ME™ RNase H termostabil memiliki tingkat residu jauh di bawah 0,02 Salinan/U, memastikan kemurnian tinggi dan keandalan eksperimen.
Gambar 4: Hasil Residu gDNA Host UCF.ME™ RNase H termostabil
3. Tidak ada residu eksonuklease, endouklease, atau RNase
25 Universitas UCF.ME ™ RNase H termostabil diinkubasi dengan substrat asam nukleat, dan perubahan pita dinilai dengan elektroforesis gel agarosa. Tidak ada residu eksonuklease, endonuklease, atau RNase yang terdeteksi di ketiga kelompok, sehingga memberikan jaminan kuat untuk akurasi dan keandalan hasil.
Gambar 5: Hasil Deteksi Residu Eksonuklease, Endonuklease, dan RNase di UCF.ME™ RNase H termostabil
4. Stabilitas yang sangat baik
UCF.ME™ RNase H yang bersifat termostabil telah melalui uji stabilitas: 32 hari pada suhu 4°C, 16 hari pada suhu 25°C, dan 7 hari pada suhu 37°C. Pengukuran aktivitas enzim tidak menunjukkan penurunan yang signifikan, membuktikan stabilitasnya yang luar biasa pada rentang suhu yang luas dan kesesuaiannya untuk penyimpanan jangka panjang dan berbagai kondisi eksperimen.
Gambar 6: Hasil Stabilitas yang Dipercepat dari UCF.ME™ RNase H termostabil
Produk Terkait yang Direkomendasikan
| Sumber | Nama Produk | Kucing NHai. |
| T.termophilus adalah jamur yang tumbuh di daerah tropis. | 14545ES | |
| Bahasa Indonesia: E.koli | 12906ES |
Referensi
1. Hollien J, Marqusee S. Distribusi struktural stabilitas dalam enzim termofilik [J]. Prosiding National Academy of Sciences, 1999, 96(24): 13674-13678.
2. Wolf EJ, Dai N, Chan SH. Karakterisasi Selektif mRNA 5′End-Capping dengan Pengayaan Terarah DNA Probe dengan Endoribonuklease Spesifik Lokasi [J]. [2025-03-03].
3. Gu H, Sun YH, Li XZ. Metode deplesi rRNA baru untuk pengurutan total RNA dan profil ribosom dikembangkan untuk spesies unggas [J]. Poultry Science, 2021, 100(7): 101321. DOI:10.1016/j.psj.2021.101321.