Agarosa adalah koloid hidrofilik galaktan linier murni yang diekstrak dari agar atau rumput laut yang mengandung agar. Secara struktural, agarosa merupakan polimer linier yang terdiri dari β-D-galaktopiranosil (1-4) yang dihubungkan dengan residu 3,6-anhidro-α-L-galaktopiranosil. Sebagai reagen gel, agarosa umumnya digunakan untuk analisis asam nukleat rutin melalui elektroforesis gel atau metode blotting (seperti Northern atau Southern), dan juga cocok untuk aplikasi protein, seperti eksperimen imunodifusi radial (RID).
Elektroforesis gel agarosa merupakan metode elektroforesis yang menggunakan agarosa sebagai media pendukung, meliputi persiapan gel, pemuatan sampel, dan elektroforesis. Perbedaan utama dalam prinsip analisis dari elektroforesis bahan pendukung lainnya adalah bahwa ia memiliki peran ganda sebagai "saringan molekuler" dan "elektroforesis". Ketika gel ditempatkan dalam medan listrik, asam nukleat yang bermuatan bermigrasi melalui pori-pori gel menuju kutub positif. Setelah elektroforesis dalam kondisi yang berbeda untuk jangka waktu yang tepat, fragmen asam nukleat dengan ukuran dan konformasi yang berbeda akan ditempatkan pada posisi yang berbeda dalam gel, sehingga mencapai pemisahan.
Gambar 1. Langkah-langkah Operasi Percobaan Elektroforesis Asam Nukleat
Gambar 2 Diagram Arah Migrasi Elektroforesis
Bagaimana Memilih Agarosa yang Tepat?
Menilai berdasarkan parameter dasar agarosa:
- Kandungan Sulfat — indikator kemurnian;
- Kekuatan Gel — kekuatan eksternal yang dibutuhkan untuk memecah gel;
- Titik Gel — suhu di mana larutan agarosa yang larut dalam air membentuk gel setelah didinginkan;
- Elektroendosmosis (EEO) — jenis gerakan elektrokinetik di mana cairan menembus gel. Gugus anionik dalam gel agarosa teradsorpsi ke matriks dan tidak bermigrasi, tetapi kation yang terdisosiasi akan bermigrasi ke kutub negatif, sehingga menghasilkan elektroosmosis. Karena migrasi elektroforesis sampel biasanya bergerak ke kutub positif, konveksi internal yang disebabkan oleh EEO dapat mengganggu efisiensi pemisahan. Berdasarkan parameter dasar agarosa, gel agarosa berkualitas tinggi harus memiliki pori-pori yang jernih, tidak mudah pecah, dan memiliki karakteristik seperti kemurnian tinggi (kandungan sulfat rendah), kekuatan gel tinggi, titik gel yang relatif tinggi (pemadatan cepat pada suhu ruangan), dan EEO rendah.
Menilai berdasarkan rentang pemisahan agarosa:
Gel agarosa memiliki rentang pemisahan yang luas dan umumnya digunakan untuk pemulihan gel DNA, pemisahan DNA, dan untuk memastikan apakah DNA direkombinasi, dan apakah plasmid dan sejenisnya dipotong. Ukuran fragmen target yang berbeda sesuai dengan konsentrasi agarosa yang berbeda. Berdasarkan prinsip bahwa konsentrasi tinggi cocok untuk memisahkan fragmen kecil, Anda dapat merujuk ke tabel berikut untuk menemukan konsentrasi gel optimal yang sesuai dengan kebutuhan Anda.
| Konsentrasi Agarosa (%) | ≥3 | 2-3 | 1-2 | 0,7-1 | ≤0.7 |
| Ukuran Fragmen DNA (bp) | ≤200 | 200-700 | 700-1500 | 1500-5000 | ≥5000 |
| Nama Produk | Nomor Produk | Spesifikasi Produk | Skenario Aplikasi |
| Nomor 10208ES60/76 | 100 gram / 500 gram | Elektroforesis Asam Nukleat Rutin |
Keunggulan Produk
Elektroendosmosis rendah (EEO ≤ 0,13), menghasilkan pemisahan pita yang sangat baik, perbedaan yang jelas, dan migrasi yang lebih cepat.
Pori-pori gel bening dan lurus, dengan kekuatan gel tinggi dan tidak mudah pecah.
Metode Penggunaan Agarose Berkualitas Tinggi
Konsentrasi gel agarosa biasanya dipilih antara 0,7% dan 2%. Semakin tinggi konsentrasinya, semakin kecil ukuran pori molekuler gel, semakin lambat laju migrasi DNA, dan semakin tinggi resolusinya. Sebaliknya, semakin rendah konsentrasinya, semakin cepat laju migrasi DNA, dan semakin rendah resolusinya. Pilih konsentrasi gel yang tepat dan buffer elektroforesis yang kompatibel berdasarkan tujuan eksperimen yang berbeda.
| Konsentrasi Agarosa | Rentang Pemisahan Efektif (bp) | Buffer yang Direkomendasikan |
| 0,5% | 2.000-50.000 | 1×TAE |
| 0,8% | 800-10.000 | 1×TAE |
| 1,0% dari | 400-8.000 | 1×TAE |
| 1,2% | 300-7.000 | 1×TAE |
| 1,5% | 200-3.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 2.0% | 100-2.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 3,0% dari | 25-1.000 | 0,5×TBE |
Literatur yang Diterbitkan (Sebagian)
- Li Z, Wang M, Fang H, dkk. Adsorpsi antarmuka padat-cair plasmid resistan antibiotik yang disebabkan oleh nanoplastik memperburuk pencemaran gen dalam ekosistem akuatik. Environ Pollut. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.JIKA=10.366(10208ES)
- Wang M, Zhang S, Zheng G, dkk. Mutasi Peningkatan Fungsi Card14 Menyebabkan Peradangan Kulit Spontan Mirip Psoriasis melalui Peningkatan Respon Keratinosit terhadap IL-17A. Imunitas. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.JIKA=19.734
- Zhang Y, Ding H, Wang X, dkk. MK2 meningkatkan degradasi Tfcp2l1 melalui ligase ubiquitin β-TrCP untuk mengatur pembaruan diri sel induk embrionik tikus. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.JIKA=9.423
- Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Nanosistem Penghantaran siRNA Lipid Kolesterol Kationik Berbasis Mikrofluida: Pembungkaman Gen In Vitro yang Sangat Efisien dan Perilaku Intraseluler. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. Diterbitkan 3 April 2022. doi:10.3390/ijms23073999.JIKA=19.924
- Zhao C, Yang D, Ye Y, dkk. Penghambatan kinase Pim-2 oleh LT-171-861 meningkatkan kerusakan DNA dan menunjukkan efek mematikan yang lebih baik dengan penghambat PARP pada mieloma multipel. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648.JIKA=5.858
- Yu J, Yang W, Xing S, dkk. Emas campuran/MnO2@BSA nanopartikel untuk penentuan fluorometrik dan resonansi magnetik asam askorbat. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. Diterbitkan 10 Januari 2019. doi:10.1007/s00604-018-3205-8.JIKA=5.479
- Zheng X, Xu W, Sun R, Yin H, Dong C, Zeng H. Sinergisme antara penghambat tioredoksin reduktase etaselen dan natrium selenit dalam menghambat proliferasi dan menginduksi kematian sel kanker paru non-sel kecil manusia. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.JIKA=5.194
- Zhou J, Xiong R, Zhou J, dkk. Keterlibatan faktor pengatur m6A IGF2BP1 dalam transformasi ganas sel epitel bronkial manusia Beas-2B yang diinduksi oleh karsinogen tembakau NNK. Toxicol Appl Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.JIKA=5.219
- Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. Efek perlindungan ginsenosida Rg1 pada sel hematopoietik Sca-1⁺ yang menua. Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.JIKA=5.952
Panduan Pemilihan Produk Terkait
| Penempatan Produk | Nama Produk | Nomor Produk | Spesifikasi Produk | Skenario Aplikasi |
| Pewarnaan Asam Nukleat | nomor telepon 10202ES76 | 500 mikroliter | Larut dalam air, dengan karakteristik spektral yang sama seperti EB, terdeteksi di bawah eksitasi cahaya UV 300 nm. | |
| Penanda DNA | 10501ES60/80 | 100 T/10×100T | 100-2000bp | |
| Penanda DNA GoldBand DL5000 | 10504ES60/80 | 100 T/10×100T | 100-5000bp | |
| 10507ES60/80 | 100 T/10×100T | 100-1.500bp | ||
| 10510ES60/80 | 100 T/10×100T | 250-12.000bp |