Sistem Penginderaan Jauh Hieff™ One Pot Flash DNA Library PrepKit adalah kit perpustakaan DNA enzimatik cepat，penyihir mengandung enzim berkualitas tinggi untuk fragmentasi DNA dan menggabungkan fragmentasi DNA, perbaikan akhir, dan dA-tailing menjadi satu langkah, yang secara signifikan mengurangi waktu dan biaya persiapan perpustakaan.

Perlengkapan persiapan perpustakaan ini kompatibel dengan 100 sampel pg-500 ng dari semua hewan umum, tumbuhan, mikroorganisme, dll.

dan dengan cepat mewujudkan fragmentasi DNA, perbaikan terminal dan reaksi penambahan A-tail dalam satu tabung. Kit ini perlu dicocokkan dengan adaptor dan primer, dan kompatibel dengan Illumina dan MGI platform sekuensing berthroughput tinggi.

Fitur

1) Cocok untuk sampel DNA genom 100 pg-500 ng.

2)kompatibel dengan Illumina dan MGI platform sekuensing berthroughput tinggi.

3)Fragmentasi, perbaikan ujung dan A-tailing reaksi dalam 5 menit.

4)Tingkat konversi perpustakaan yang efisien dan efisiensi amplifikasi.

Spesifikasi

Komponen

Catatan: * menunjukkan bahwa reagen ini tidak termasuk dalam kit ini dan diperlukan reagen tambahan.Peralatan adalah kompatibel dengan platform ganda Illumina & MGI, tetapi campuran primer tambahan (CAT # 13334 Campuran Primer untuk MGI dan Campuran Primer Cat# 13335 untuk Illumina) diperlukan.

Penyimpanan

Produk ini harus disimpan pada suhu -25~-15℃ untuk 1 tahun.

Angka

Gambar 1. Deteksi DNA 10 jenis mikroorganisme

Perpustakaan disiapkan dengan menggunakan Kucing #12316 protokol Bahasa Indonesia:10 ng Standar DNA Komunitas Mikroba ZymoBIOMICS (Zymo Research® #D6306). Pustaka dikumpulkan dan diurutkan pada Illumina (SE75).Data sekuensing dihomogenisasi menjadi 20M dan dibandingkan berdasarkan komposisi yang diharapkan dan terdeteksi untuk kedua level input. Deteksi gDNA mikroba spesifik konsisten dengan komposisi yang diharapkan. Komposisi yang diharapkan: Cryptococcus neoformans 2%, Saccharomyces cerevisiae 2%, Bacillus subtilis 12%, Escherichia coli 12%, Enterococcus faecalis 12%, Lactobacillus fermentum 12%, Listeria monocytogenes 12%, Pseudomonas aeruginosa 12%, Staphylococcus aureus 12% dan Salmonella enterica 12%.

Tentang operasi

1. Harap bekerja dengan jas lab dan sarung tangan sekali pakai，demi keselamatan Anda.

2. Cairkan komponen pada suhu ruangan. Setelah pencairan, aduk hingga rata dengan cara dipusarkan, putar tabung sebentar dan simpan di atas es untuk digunakan kemudian.

3. Saat menyiapkan larutan reaksi di setiap langkah, disarankan untuk menggunakan pipet untuk meniup dan mencampur secara merata atau mengocoknya dengan lembut. Pengocokan yang keras dapat menyebabkan hasil pustaka berkurang.

4. Untuk menghindari kontaminasi silang pada sampel, disarankan untuk menggunakan kepala pistol dengan elemen filter. Ganti kepala pistol saat menyerap sampel yang berbeda.

5. Sebaiknya setiap langkah reaksi dilakukan dalam termosikler dengan tutup yang dipanaskan. Termoklikler harus dipanaskan terlebih dahulu hingga mencapai suhu yang ditetapkan sebelum digunakan.

6. Pengoperasian yang tidak tepat dapat menyebabkan kontaminasi aerosol, yang memengaruhi keakuratan hasil. Isolasi fisik wajib pada area pencampuran reaksi PCR dan area pengujian pemurnian produk PCR direkomendasikan. Dilengkapi dengan peralatan seperti pipet khusus untuk konstruksi perpustakaan.

7. Produk ini hanya untuk keperluan penelitian.

Tentang fragmentasi DNA

1. Kisaran kompatibel kit ini adalah 100 pg–DNA masukan 500 ng. DNA masukan berkualitas tinggi dengan A260/A280 = 1,8-2,0 harus digunakan sebanyak mungkin.

2. Jika DNA masukan mengandung konsentrasi tinggi agen khelasi ion logam atau garam lainnya, hal ini dapat memengaruhi percobaan berikutnya. Sebaiknya DNA diencerkan dalam ddH2O atau Tebuffer (10 mm tris-HCl, pH 8,0-8,5; EDTA 0,1 mM).

3. Untuk sebagian besar DNA genomik berkualitas tinggi, waktu pencernaan ditunjukkan pada Tabel 1. Kit ini memiliki preferensi rendah dan dapat mentoleransi berbagai templat dengan konten GC.

Tabel 1. Waktu yang direkomendasikan untuk fragmentasi DNA genomik konvensional

Ligasi Adaptor

1. Konsentrasi adaptor secara langsung mempengaruhi efisiensi ligasi dan hasil pustaka. Penggunaan adaptor yang berlebihan dapat menghasilkan lebih banyak adapterdimer; Dosis rendah dapat mempengaruhi ligasi efisiensi dan hasil perpustakaan. Tabel 2 dan 3 mencantumkan jumlah yang direkomendasikan Adaptor untuk input DNA yang berbeda menggunakan kit ini.

Tabel 2. Illumina yang direkomendasikan jumlah adaptor untuk input DNA yang berbeda

Tabel 3. MGI yang direkomendasikan jumlah adaptor untuk input DNA yang berbeda

Amplifikasi Perpustakaan

Jumlah siklus amplifikasi harus dikontrol secara ketat. Amplifikasi yang tidak mencukupi dapat menyebabkan rendahnya hasil pustaka; Amplifikasi yang berlebihan dapat menyebabkan peningkatan bias, kesalahan, pembacaan terduplikasi, dan produk chimeric. Tabel 4 daftar nomor siklus yang direkomendasikan yang menargetkan hasil perpustakaan sebesar 1 akuG.

Tabel 4. Siklus yang direkomendasikan 100 pg-500 ng Input DNA

Pembersihan DNA Berbasis Manik dan Pemilihan Ukuran

1. Ada beberapa langkah dalam proses konstruksi pustaka yang memerlukan manik-manik magnetik pemurnian DNA. Kami merekomendasikan Hieff NGS™ Manik-manik Seleksi DNA (Yeasen Cat#12601) atau AMPure™ Manik magnetik XP (Beckman Cat#A63880) untuk pemurnian DNA dan pemilihan ukuran.

2. Manik-manik magnetik harus diseimbangkan pada suhu ruangan sebelum digunakan, jika tidak, hasil akan menurun dan efek pemilihan ukuran akan terpengaruh.

3. Manik-manik magnetik harus dicampur dengan baik menggunakan pusaran atau pipet sebelum digunakan.

4. Jangan menyedot manik-manik ketika memindahkan supernatan, bahkan sejumlah kecil manik-manik dapat memengaruhi reaksi berikut.

5. Etanol 80% harus disiapkan baru, jika tidak maka akan mempengaruhi efisiensi pemulihan.

6. Manik-manik magnetik harus dikeringkan pada suhu ruangan sebelum dikeluarkan dari produk. Kekeringan yang tidak memadai akan menyebabkan residu etanol mempengaruhi reaksi selanjutnya; kekeringan yang berlebihan akan menyebabkan manik-manik magnetik retak dan mengurangi hasil pemurnian. Biasanya, pengeringan pada suhu ruangan selama 3-5 menit sudah cukup untuk memungkinkan manik-manik mengering sepenuhnya.

7. Jika diperlukan, sampel DNA yang dimurnikan atau dipilih ukurannya dielusi dalam 0.1Bahasa Indonesia: Buffer TE dapat disimpan pada suhu 4°C selama 1-2 minggu atau pada suhu -20°C selama sebulan.

Analisis Kualitas Perpustakaan

1. Kualitas perpustakaan yang dibangun umumnya dianalisis dengan mengukur konsentrasi dan distribusi ukuran.

2. Konsentrasi perpustakaan dapat diukur dengan metode berbasis fluoresensi seperti Qubit dan PicoGreen atau qPCR.

3. Tidak disarankan untuk menggunakan metode kuantifikasi berbasis absorbansi seperti NanoDrop.

4. Disarankan untuk menggunakan metode qPCR untuk kuantifikasi pustaka: metode berbasis fluoresensi seperti Qubit dan PicoGreen tidak dapat membedakan struktur dsDNA yang tidak lengkap (sisipan tanpa adaptor atau hanya dengan satu ujung yang diligasi dengan adaptor) dari pustaka yang lengkap. Metode qPCR hanya akan mengamplifikasi dan mengukur pustaka yang lengkap dengan kedua ujung yang diligasi dengan adaptor (pustaka yang dapat diurutkan), sehingga memberikan pengukuran yang lebih akurat untuk pemuatan.

5. Distribusi ukuran perpustakaan dapat dianalisis menggunakan Agilent Bioanalyzer atau perangkat lain berdasarkan prinsip elektroforesis kapiler atau mikrofluida.

Dokumen:

Lembar Data Keselamatan

1tahun 2316_MSDS_PB250211_ID.PDF

Buku Panduan

12316_Manual_Versi_EN20241225.pdf