NGS yang kuat^{Waktu Standar} UCF.ME Manik-manik Seleksi DNA disiapkan berdasarkan prinsip SPRI (Solid Phase Reverse Immobilisasi) dan dapat diaplikasikan untuk pemurnian DNA dan pemilihan ukuran selama persiapan pustaka sequencing generasi berikutnya (NGS). Hieff NGS^{Waktu Standar} UCF.ME DNA Selection Beads kompatibel dengan berbagai kit persiapan pustaka DNA dan RNA. Produk ini diproduksi di fasilitas yang sangat bersih dengan tingkat kebersihan yang tinggi dan dapat digunakan untuk langkah pemurnian DNA selama proses deteksi patogen.

Spesifikasi

Komponen

Penyimpanan

Produk ini harus disimpan di 2~8℃ selama 18 bulan.

Pengiriman dan Penyimpanan

Manik-manik tersebut dikirim dengan bungkusan es dan dapat disimpan pada suhu 2°C-8°C selama satu tahun.

Instruksi

• 1. Persiapan

Seimbangkan manik-manik seleksi pada suhu ruangan setidaknya 30 menit sebelum digunakan.

• 2. Pemilihan Ukuran DNA

Alur operasi pemilihan ukuran ditunjukkan pada Gambar 1 dan protokolnya adalah sebagai berikut.

Gambar 1. Diagram Alir Pemilihan Ukuran DNA

2.1 Aduk manik-manik secara menyeluruh dengan cara memutarnya atau memipetnya ke atas dan ke bawah setiap kali sebelum digunakan.
2.2 Tambahkan putaran pertama manik-manik seleksi ke dalam sampel (lihat Tabel 1). Aduk hingga merata dengan cara memutar atau memipet ke atas dan ke bawah setidaknya 10 kali.
2.3 Inkubasi pada suhu ruangan selama 5 menit.
2.4 Putar tabung reaksi sebentar dan letakkan pada dudukan magnet. Bila larutan sudah bening (sekitar 5 menit), pindahkan supernatan ke tabung PCR baru.
2.5 Tambahkan putaran kedua manik-manik seleksi ke sampel dari langkah 2.4 sesuai dengan Tabel 1. Aduk rata dengan cara memutar atau memipet ke atas dan ke bawah setidaknya 10 kali.
2.6 Inkubasi pada suhu ruangan selama 5 menit.
2.7 Putar tabung sebentar dan letakkan pada dudukan magnet. Bila larutan sudah bening (sekitar 5 menit), aspirasikan cairan supernatan dan buang.
2.8 Simpan tabung pada dudukan magnet dan tambahkan 200 μL etanol 80% yang baru disiapkan ke dalam tabung tanpa mengganggu manik-manik, inkubasi pada suhu ruangan selama 30 detik. Aspirasi etanol dan buang.
2.9 Ulangi langkah 2.8 satu kali untuk total dua kali pencucian.
2.10 Buang sisa etanol dengan ujung pipet 10 µL. Simpan tabung di dudukan magnet, keringkan manik-manik seleksi dengan tutup terbuka hingga retakan muncul (sekitar 5 menit).
Catatan: Jangan terlalu mengeringkan manik-manik seleksi. Ini dapat mengakibatkan target DNA pemulihan yang lebih rendah.
2.11 Keluarkan tabung dari dudukan magnet. Tambahkan ddH2O dalam jumlah yang sesuai (≥20 µL) dan aduk hingga merata dengan cara memutar atau memipet ke atas dan ke bawah setidaknya 10 kali.
2.12 Inkubasi pada suhu ruangan selama 5 menit.
Putar tabung sebentar dan letakkan pada dudukan magnet. Bila larutan sudah bening (sekitar 5 menit), pindahkan 20 μL supernatan ke tabung baru.

• 3.Kondisi yang Direkomendasikan untuk Pemilihan Ukuran DNA

DNA kelenjar timus sapi difragmentasi dengan sonikasi untuk menyiapkan fragmen berukuran 100-1.000 bp, dan dilakukan dua putaran pemilihan ukuran sesuai Tabel 1. Hasilnya dianalisis menggunakan Agilent 2100 Bioanalyzer (Gambar 2).

Tabel 1. Kondisi yang direkomendasikan untuk pemilihan ukuran DNA

Catatan: "×" dalam tabel menunjukkan volume sampel DNA. Misalnya, jika panjang sisipan pustaka adalah 250 bp dan volume sampel DNA adalah 100 μL, volume manik magnetik yang digunakan dalam putaran pertama penyortiran adalah 0,80×100 μL=80 μL; volume manik magnetik yang digunakan dalam putaran kedua penyortiran adalah 0,20×100 μL=20 μL.

Gambar 2. Elektroforogram chip DNA sensitivitas tinggi Agilent 2100