อะกาโรสเป็นคอลลอยด์กาแลกแทนเชิงเส้นที่บริสุทธิ์ซึ่งมีคุณสมบัติชอบน้ำ สกัดจากสาหร่ายทะเลที่ประกอบด้วยอะการ์หรือวุ้น โครงสร้างของอะกาโรสเป็นพอลิเมอร์เชิงเส้นที่ประกอบด้วย β-D-กาแลกโตไพรานอซิล (1-4) ที่เชื่อมกับกาก 3,6-แอนไฮโดร-α-L-กาแลกโตไพรานอซิล อะกาโรสเป็นรีเอเจนต์เจลที่ใช้สำหรับการวิเคราะห์กรดนิวคลีอิกตามปกติโดยใช้อิเล็กโทรโฟรีซิสเจลหรือวิธีการบล็อต (เช่น อะกาโรสเหนือหรืออะกาโรสใต้) และยังเหมาะสำหรับการใช้งานโปรตีน เช่น การทดลองการแพร่กระจายภูมิคุ้มกันแบบรัศมี (RID)
การวิเคราะห์ด้วยอิเล็กโทรโฟรีซิสแบบเจลอะกาโรสเป็นวิธีการวิเคราะห์ด้วยอิเล็กโทรโฟรีซิสที่ใช้อะกาโรสเป็นตัวกลางรองรับ รวมถึงการเตรียมเจล การโหลดตัวอย่าง และอิเล็กโทรโฟรีซิส ความแตกต่างหลักระหว่างหลักการวิเคราะห์กับอิเล็กโทรโฟรีซิสแบบวัสดุรองรับอื่นๆ คือ อิเล็กโทรโฟรีซิสแบบเจลมีหน้าที่ 2 อย่าง คือ "ตะแกรงโมเลกุล" และ "อิเล็กโทรโฟรีซิส" เมื่อวางเจลในสนามไฟฟ้า กรดนิวคลีอิกที่มีประจุจะเคลื่อนที่ผ่านรูพรุนของเจลไปยังขั้วบวก หลังจากการวิเคราะห์ด้วยอิเล็กโทรโฟรีซิสภายใต้เงื่อนไขต่างๆ เป็นระยะเวลาที่เหมาะสม เศษกรดนิวคลีอิกที่มีขนาดและโครงสร้างต่างกันจะอยู่ในตำแหน่งต่างๆ ในเจล จึงสามารถแยกตัวออกจากกันได้

รูปที่ 1 ขั้นตอนการปฏิบัติการทดลองอิเล็กโทรโฟรีซิสกรดนิวคลีอิก

รูปที่ 2 แผนภาพทิศทางการเคลื่อนที่ของอิเล็กโทรโฟเรซิส

เลือกอะกาโรสให้เหมาะสมอย่างไร?

ตัดสินโดยพิจารณาจากพารามิเตอร์พื้นฐานของอะกาโรส:

  • ปริมาณซัลเฟต — ตัวบ่งชี้ความบริสุทธิ์
  • ความแข็งแรงของเจล — แรงภายนอกที่จำเป็นเพื่อทำให้เจลแตก
  • จุดเจล — อุณหภูมิที่สารละลายอะกาโรสที่ละลายน้ำได้จะกลายเป็นเจลเมื่อเย็นตัวลง
  • อิเล็กโตรเอนโดสโมซิส (EEO) — การเคลื่อนไหวทางไฟฟ้าจลนศาสตร์ประเภทหนึ่งที่ของเหลวจะแทรกซึมเข้าไปในเจล กลุ่มแอนไออนิกภายในเจลอะกาโรสจะดูดซับลงบนเมทริกซ์และไม่เคลื่อนที่ แต่ไอออนบวกที่แตกตัวจะเคลื่อนที่ไปทางขั้วลบ จึงทำให้เกิดอิเล็กโตรออสโมซิส เนื่องจากการเคลื่อนตัวทางอิเล็กโตรโฟเรซิสของตัวอย่างมักจะเคลื่อนที่ไปทางขั้วบวก การพาความร้อนภายในที่เกิดจาก EEO อาจรบกวนประสิทธิภาพการแยกตัว โดยอิงตามพารามิเตอร์พื้นฐานของอะกาโรส เจลอะกาโรสคุณภาพสูงควรมีรูพรุนใส มีโอกาสแตกน้อยกว่า และมีลักษณะ เช่น ความบริสุทธิ์สูง (มีปริมาณซัลเฟตต่ำ) ความแข็งแรงของเจลสูง จุดเจลค่อนข้างสูง (แข็งตัวเร็วที่อุณหภูมิห้อง) และ EEO ต่ำ

ตัดสินโดยพิจารณาจากช่วงการแยกของอะกาโรส:

เจลอะกาโรสมีช่วงการแยกที่กว้างและมักใช้สำหรับการกู้คืนเจลดีเอ็นเอ การแยกดีเอ็นเอ และเพื่อยืนยันว่าดีเอ็นเอถูกรวมเข้าด้วยกันหรือไม่ และพลาสมิดและสิ่งที่คล้ายกันถูกตัดเปิดหรือไม่ ขนาดที่แตกต่างกันของชิ้นส่วนเป้าหมายสอดคล้องกับความเข้มข้นของอะกาโรสที่แตกต่างกัน ตามหลักการที่ว่าความเข้มข้นสูงเหมาะสำหรับการแยกชิ้นส่วนขนาดเล็ก คุณสามารถดูตารางต่อไปนี้เพื่อค้นหาความเข้มข้นของเจลที่เหมาะสมที่สุดสำหรับความต้องการของคุณ

ความเข้มข้นของอะกาโรส ---

≥3

2-3

1-2

0.7-1

≤0.7

ขนาดของชิ้นส่วน DNA (bp)

≤200

200-700

700-1500

1500-5000

≥5000

Yeasen อะกาโรสคุณภาพสูง — ครอบคลุมสถานการณ์การใช้งานที่หลากหลายเพื่อตอบสนองความต้องการของคุณ

ชื่อสินค้า

หมายเลขสินค้า

ข้อมูลจำเพาะผลิตภัณฑ์

สถานการณ์การใช้งาน

อะกาโรส

10208ES60/76

100กรัม / 500กรัม

การวิเคราะห์กรดนิวคลีอิกแบบปกติ

ข้อดีของผลิตภัณฑ์

ค่าอิเล็กโทรเอนโดสโมซิสต่ำ (EEO ≤ 0.13) ส่งผลให้แยกแบนด์ได้ดีเยี่ยม มีความแตกต่างชัดเจน และมีการโยกย้ายที่รวดเร็วยิ่งขึ้น

รูปที่ 3 แผนภาพอิเล็กโทรโฟเรซิสของเจลที่มีความเข้มข้นต่างกัน
หมายเหตุ: เจลอะกาโรส 0.75% บรรจุ 1 บันไดKB; เจลอะกาโรส 1% บรรจุบันได 100 bp 1 บันได kb, เครื่องหมาย DNA 2000, เครื่องหมาย DNA 5000; เจลอะกาโรส 2% ที่บรรจุบันได 100 คู่เบส, เครื่องหมาย DNA 2000 ตัว, เครื่องหมาย DNA 5000 ตัว ปริมาตรตัวอย่าง: ของเหลวใสสำหรับมาร์กเกอร์ 2 μL เจือจาง 5 เท่าแล้วบรรจุด้วย 10 μL โปรแกรมอิเล็กโทรโฟรีซิสสำหรับเจลอะกาโรส 0.75%, 1% และ 2% มีดังนี้: 115 V นาน 45 นาที; 130 V นาน 40 นาที; 130 V เป็นเวลา 50 นาที

รูพรุนของเจลมีลักษณะใสและตรง โดยมีความแข็งแรงของเจลสูง และมีแนวโน้มที่จะแตกน้อยลง

หมายเหตุ: ภาพประกอบเป็นการแสดงผลิตภัณฑ์ของ Yeasen อะกาโรส (รหัสแมว#10208ES60)

วิธีการใช้อะกาโรสคุณภาพสูง

โดยทั่วไปความเข้มข้นของเจลอะกาโรสจะอยู่ระหว่าง 0.7% ถึง 2% ยิ่งความเข้มข้นสูง ขนาดของรูพรุนของโมเลกุลเจลก็จะเล็กลง อัตราการอพยพของดีเอ็นเอจะช้าลง และความละเอียดก็จะสูงขึ้น ในทางกลับกัน ยิ่งความเข้มข้นต่ำ อัตราการอพยพของดีเอ็นเอจะเร็วขึ้น และความละเอียดก็จะต่ำลง เลือกความเข้มข้นของเจลที่เหมาะสมและบัฟเฟอร์อิเล็กโทรโฟรีซิสที่เข้ากันได้ตามวัตถุประสงค์การทดลองที่แตกต่างกัน

ความเข้มข้นของอะกาโรส

ช่วงการแยกที่มีประสิทธิภาพ (bp)

บัฟเฟอร์ที่แนะนำ

0.5%

2,000-50,000

1×ทีเออี

0.8%

800-10,000

1×ทีเออี

1.0%

400-8,000

1×ทีเออี

1.2%

300-7,000

1×ทีเออี

1.5%

200-3,000

1×TAE/0.5×TBE

2.0%

100-2,000

1×TAE/0.5×TBE

3.0%

25-1,000

0.5×ทีบีอี

บัฟเฟอร์ TAE: บัฟเฟอร์ TAE ประกอบด้วยกรดอะซิติก EDTA และ Tris ซึ่งเหมาะสำหรับการวิเคราะห์ทางอิเล็กโทรโฟรีซิสอย่างรวดเร็วและการแยกชิ้นส่วน DNA ขนาดใหญ่ กรดอะซิติกที่มีอยู่จะช่วยลดค่า pH ของเจล ช่วยเพิ่มความเร็วในการวิเคราะห์ทางอิเล็กโทรโฟรีซิส
บัฟเฟอร์ TBE:บัฟเฟอร์ TBE ประกอบด้วยกรดบอริก EDTA และทริส ซึ่งมีความเข้มข้นของไอออนสูงกว่า เหมาะสำหรับการแยกชิ้นส่วน DNA ขนาดเล็กด้วยความละเอียดสูง การมีไอออนโบเรตช่วยเพิ่มเสถียรภาพของเจล ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการแยก ดังนั้น เมื่อความเข้มข้นของเจลสูง ควรใช้บัฟเฟอร์ TBE เพื่ออำนวยความสะดวกในการแยกแถบ

วรรณกรรมตีพิมพ์ (บางส่วน)

  • Li Z, Wang M, Fang H และคณะ การดูดซับพลาสมิดที่ต้านทานยาปฏิชีวนะจากอินเทอร์เฟซของแข็งและของเหลวที่เกิดจากนาโนพลาสติกทำให้มลพิษทางยีนในระบบนิเวศทางน้ำรุนแรงขึ้น Environ Pollut. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456ถ้า=10.366(10208ES)
  • Wang M, Zhang S, Zheng G และคณะ การกลายพันธุ์ของ Card14 ที่ทำให้ฟังก์ชันการทำงานเพิ่มขึ้น ทำให้เกิดการอักเสบของผิวหนังแบบสะเก็ดเงินโดยธรรมชาติผ่านการตอบสนองของเซลล์เคอราติโนไซต์ที่เพิ่มขึ้นต่อ IL-17A ภูมิคุ้มกัน 2018;49(1):66-79.e5 doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012ถ้า=19.734
  • Zhang Y, Ding H, Wang X และคณะ MK2 ส่งเสริมการย่อยสลาย Tfcp2l1 ผ่าน β-TrCP ubiquitin ligase เพื่อควบคุมการต่ออายุเซลล์ต้นกำเนิดตัวอ่อนของหนู Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949ถ้า=9.423
  • Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. ระบบนาโนส่งมอบ siRNA คอเลสเตอรอลลิปิดประจุบวกแบบไมโครฟลูอิดิก: การปิดยีนในหลอดทดลองที่มีประสิทธิภาพสูง และพฤติกรรมภายในเซลล์ Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. เผยแพร่เมื่อวันที่ 3 เมษายน 2022 doi:10.3390/ijms23073999ถ้า=19.924
  • Zhao C, Yang D, Ye Y และคณะ การยับยั้ง Pim-2 kinase โดย LT-171-861 ส่งเสริมความเสียหายต่อ DNA และแสดงผลการตายที่เพิ่มขึ้นด้วยสารยับยั้ง PARP ในมะเร็งไมอีโลม่าหลายแห่ง Biochem Pharmacol 2021;190:114648 doi:10.1016/j.bcp.2021.114648ถ้า=5.858
  • Yu J, Yang W, Xing S และคณะ ทองคำผสม/MnO2@BSA nanoอนุภาคสำหรับการกำหนดกรดแอสคอร์บิกด้วยฟลูออโรเมตริกและเรโซแนนซ์แม่เหล็ก Mikrochim Acta. 2019;186(2):89 เผยแพร่เมื่อวันที่ 10 มกราคม 2019 doi:10.1007/s00604-018-3205-8ถ้า=5.479
  • เจิ้ง เอ็กซ์, ซู ดับเบิลยู, ซุน อาร์, หยิน เอช, ตง ซี, เจิ้ง เอช. การทำงานร่วมกันระหว่างเอทาเซเลนซึ่งเป็นสารยับยั้งเอนไซม์ไทโอรีดอกซินรีดักเตสและโซเดียมซีเลไนต์ในการยับยั้งการแพร่กระจายและเหนี่ยวนำการตายของเซลล์มะเร็งปอดชนิดไม่ใช่เซลล์เล็กในมนุษย์ Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.ถ้า=5.194
  • Zhou J, Xiong R, Zhou J และคณะ การมีส่วนร่วมของปัจจัยควบคุม m6A IGF2BP1 ในการเปลี่ยนแปลงของเซลล์เยื่อบุหลอดลม Beas-2B ของมนุษย์ที่ก่อให้เกิดมะเร็งซึ่งเกิดจากสารก่อมะเร็ง NNK ในยาสูบ Toxicol Appl Pharmacol 2022;436:115849 doi:10.1016/j.taap.2021.115849ถ้า=5.219
  • Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. ผลการป้องกันของจินเซนโนไซด์ Rg1 ต่อเซลล์เม็ดเลือด Sca-1⁺ ที่กำลังแก่ชรา Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.ถ้า=5.952

คู่มือการเลือกผลิตภัณฑ์ที่เกี่ยวข้อง

การวางตำแหน่งผลิตภัณฑ์

ชื่อสินค้า

หมายเลขสินค้า

ข้อมูลจำเพาะผลิตภัณฑ์

สถานการณ์การใช้งาน

คราบกรดนิวคลีอิก

เจลสเตนกรดนิวคลีอิก YeaRed (10,000× ในน้ำ)

10202ES76

500 ไมโครลิตร

ละลายน้ำได้ โดยมีลักษณะสเปกตรัมเดียวกับ EB ตรวจพบภายใต้การกระตุ้นด้วยแสง UV 300 นาโนเมตร

เครื่องหมายดีเอ็นเอ

เครื่องหมายดีเอ็นเอ GoldBand DL2000

10501ES60/80

100 ตัน/10×100 ตัน

100-2000 บ.

เครื่องหมายดีเอ็นเอ GoldBand DL5000

10504ES60/80

100 ตัน/10×100 ตัน

100-5000 บ.

บันได DNA 100bp ของ GoldBand

10507ES60/80

100 ตัน/10×100 ตัน

100-1,500 คู่

บันได DNA GoldBand 1 kb

10510ES60/80

100 ตัน/10×100 ตัน

250-12,000 คู่

การสอบถาม