ไฮเอฟเอ็นจีเอส™ One Pot Flash DNA Library PrepKit เป็นชุดสร้างห้องสมุด DNA เอนไซม์อย่างรวดเร็ว-แม่มด ประกอบด้วยเอนไซม์คุณภาพสูงสำหรับการแตกตัวของ DNA และรวมการแตกตัวของ DNA การซ่อมแซมส่วนปลาย และการแยกส่วน dA เข้าเป็นขั้นตอนเดียว ซึ่งช่วยลดเวลาและต้นทุนในการจัดเตรียมห้องสมุดได้อย่างมาก

ชุดเตรียมห้องสมุดนี้ใช้งานได้กับตัวอย่าง pg-500 ng จำนวน 100 ตัวอย่างจากสัตว์ พืช จุลินทรีย์ ฯลฯ ทั่วไป

และตระหนักถึงการแตกตัวของ DNA การซ่อมแซมปลายสาย และปฏิกิริยาการเติม A-tail ได้อย่างรวดเร็วในหลอดเดียว ชุดอุปกรณ์นี้ต้องจับคู่กับอะแดปเตอร์และไพรเมอร์ และเข้ากันได้กับ Illumina และ เอ็มจีไอ แพลตฟอร์มการจัดลำดับปริมาณงานสูง

คุณสมบัติ

1) เหมาะสำหรับตัวอย่าง DNA จีโนมขนาด 100 pg-500 ng

2-เข้ากันได้กับ Illumina และ เอ็มจีไอ แพลตฟอร์มการจัดลำดับปริมาณงานสูง

3-การแตกกระจาย การซ่อมแซมปลายและการแยกส่วน ปฏิกิริยาภายใน 5 นาที

4-อัตราการแปลงห้องสมุดที่มีประสิทธิภาพและประสิทธิภาพการขยาย

ข้อมูลจำเพาะ

ส่วนประกอบ

บันทึก: * แสดงว่าน้ำยาตัวนี้ไม่รวมอยู่ในชุดนี้ และต้องมีน้ำยาเพิ่มเติม-ชุดอุปกรณ์ เป็น รองรับแพลตฟอร์มคู่ของ อิลลูมิน่า & เอ็มจีไอแต่ผสมไพรเมอร์เพิ่มเติม (CAT # 13334 ไพรเมอร์ผสมสำหรับ MGI และต้องใช้ไพรเมอร์ผสม Cat# 13335 สำหรับ Illumina

พื้นที่จัดเก็บ

สินค้านี้ควรเก็บที่อุณหภูมิ -25~-15℃ สำหรับ 1 ปี.

ตัวเลข

รูปที่ 1 การตรวจจับ DNA ของจุลินทรีย์ 10 ชนิด

ห้องสมุดได้จัดเตรียมการใช้งานโดยใช้ แมว#12316 โปรโตคอล -10 ของมาตรฐาน DNA ของชุมชนจุลินทรีย์ ZymoBIOMICS (Zymo Research® #D6306) ห้องสมุดต่างๆ ถูกจัดกลุ่มและจัดลำดับโดยใช้ Illumina (SE75-ข้อมูลการเรียงลำดับถูกทำให้เป็นเนื้อเดียวกันเป็น 20M และเปรียบเทียบระหว่างองค์ประกอบที่คาดหวังและที่ตรวจพบสำหรับระดับอินพุตทั้งสองระดับ การตรวจจับ gDNA ของจุลินทรีย์เฉพาะสอดคล้องกับองค์ประกอบที่คาดหวัง องค์ประกอบที่คาดหวัง: Cryptococcus neoformans 2%, Saccharomyces cerevisiae 2%, Bacillus subtilis 12%, Escherichia coli 12%, Enterococcus faecalis 12%, Lactobacillus fermentum 12%, Listeria monocytogenes 12%, Pseudomonas aeruginosa 12%, Staphylococcus aureus 12% และ Salmonella enterica 12%

เกี่ยวกับการดำเนินการ

1. โปรดปฏิบัติงานโดยสวมเสื้อคลุมแล็บและถุงมือแบบใช้แล้วทิ้ง-เพื่อความปลอดภัยของคุณ

2. ละลายส่วนประกอบที่อุณหภูมิห้อง หลังการละลายน้ำแข็งผสมให้เข้ากันด้วยการปั่น หมุนหลอดสั้นๆ แล้ววางลงบนน้ำแข็งเพื่อใช้ในภายหลัง

3. เมื่อเตรียมสารละลายปฏิกิริยาในแต่ละขั้นตอน แนะนำให้ใช้ปิเปตเป่าและผสมให้เข้ากันหรือเขย่าเบาๆ การเขย่าแรงๆ อาจทำให้ปริมาณสารละลายในคลังลดลง

4. เพื่อหลีกเลี่ยงการปนเปื้อนของตัวอย่าง แนะนำให้ใช้หัวปืนที่มีไส้กรอง โปรดเปลี่ยนหัวปืนเมื่อทำการดูดซับตัวอย่างที่แตกต่างกัน

5. ขอแนะนำให้ดำเนินการปฏิกิริยาแต่ละขั้นตอนในเครื่อง Thermocycler ที่มีฝาปิดที่อุ่น ควรอุ่นเครื่อง Thermocycler ล่วงหน้าจนถึงอุณหภูมิที่ตั้งไว้ก่อนใช้งาน

6. การดำเนินการที่ไม่เหมาะสมอาจทำให้เกิดการปนเปื้อนของละอองลอย ซึ่งส่งผลต่อความแม่นยำของผลลัพธ์ แนะนำให้แยกบริเวณการผสมปฏิกิริยา PCR และบริเวณการทดสอบการทำให้บริสุทธิ์ผลิตภัณฑ์ PCR ออกจากกันทางกายภาพโดยบังคับ ติดตั้งอุปกรณ์ เช่น ปิเปตเฉพาะทางสำหรับการสร้างห้องสมุด

7. ผลิตภัณฑ์นี้ใช้เพื่อการวิจัยเท่านั้น

เกี่ยวกับการแตกตัวของดีเอ็นเอ

1. ช่วงการใช้งานที่เข้ากันได้ของชุดนี้คือ 100 หน้า-อินพุต DNA 500 ng อินพุต DNA คุณภาพสูงที่มี A260/A280 = 1.8-2.0 ควรใช้ให้มากที่สุด

2. หาก DNA อินพุตมีสารคีเลตไอออนโลหะหรือเกลืออื่นๆ ในปริมาณสูง อาจส่งผลต่อการทดลองครั้งต่อไปได้ ขอแนะนำให้เจือจาง DNA ใน ddH2O หรือ Tebuffer (10 mm tris-HCl, pH 8.0-8.5; 0.1 mM EDTA)

3. สำหรับ DNA จีโนมคุณภาพสูงส่วนใหญ่ เวลาในการย่อยจะแสดงอยู่ในตารางที่ 1 ชุดทดสอบนี้มีการกำหนดค่าต่ำและสามารถทนต่อเทมเพลตต่างๆ ที่มีเนื้อหา GC ได้

ตารางที่ 1. เวลาที่แนะนำสำหรับการแตกตัวของดีเอ็นเอจีโนมแบบธรรมดา

อะแดปเตอร์ผูก

1. ความเข้มข้นของอะแดปเตอร์ส่งผลโดยตรงต่อประสิทธิภาพการรัดและผลผลิตของห้องสมุด การใช้อะแดปเตอร์มากเกินไปอาจทำให้เกิดไดเมอร์อะแดปเตอร์มากขึ้น ปริมาณยาที่น้อยอาจส่งผลต่อ การผูกมัด ประสิทธิภาพและผลผลิตของห้องสมุด ตาราง 2 และ 3 แสดงปริมาณที่แนะนำ ของอะแดปเตอร์สำหรับอินพุต DNA ที่แตกต่างกันโดยใช้ชุดนี้

ตารางที่ 2. อิลลูมิน่าที่แนะนำ จำนวนอะแดปเตอร์สำหรับอินพุต DNA ที่แตกต่างกัน

ตารางที่ 3. MGI ที่แนะนำ จำนวนอะแดปเตอร์สำหรับอินพุต DNA ที่แตกต่างกัน

การขยายเสียงห้องสมุด

จำนวนรอบการขยายสัญญาณควรได้รับการควบคุมอย่างเคร่งครัด การขยายสัญญาณที่ไม่เพียงพออาจส่งผลให้ผลผลิตของไลบรารีต่ำ การขยายสัญญาณมากเกินไปอาจทำให้เกิดอคติ ข้อผิดพลาด การอ่านซ้ำ และผลิตภัณฑ์ไคเมอริกที่เพิ่มขึ้น ตารางที่ 4 แสดงรายการหมายเลขรอบที่แนะนำโดยกำหนดเป้าหมายผลผลิตของห้องสมุดที่ 1 μก.

ตารางที่ 4. รอบที่แนะนำของ 100 pg-500 ng อินพุต DNA

การทำความสะอาด DNA และการเลือกขนาดตามลูกปัด

1- มีหลายขั้นตอนในกระบวนการสร้างห้องสมุดที่ต้องใช้ลูกปัดแม่เหล็กในการทำให้ DNA บริสุทธิ์ เราขอแนะนำ Hieff NGS™ ลูกปัดคัดแยกดีเอ็นเอ (Yeasen Cat#12601) หรือ AMPure™ ลูกปัดแม่เหล็ก XP (Beckman Cat#A63880) สำหรับการฟอก DNA และการเลือกขนาด

2- ควรปรับสมดุลลูกปัดแม่เหล็กที่อุณหภูมิห้องก่อนใช้งาน มิฉะนั้น ผลผลิตจะลดลง และผลการเลือกขนาดจะได้รับผลกระทบ

3- ควรผสมลูกปัดแม่เหล็กให้เข้ากันโดยใช้วิธีวอร์เท็กซ์หรือปิเปตก่อนใช้งาน

4- ห้ามดูดลูกปัดออกเมื่อถ่ายโอนของเหลวส่วนบน แม้ว่าจะมีลูกปัดเพียงเล็กน้อยก็อาจส่งผลต่อปฏิกิริยาต่อไปนี้ได้

5- ควรเตรียมเอธานอล 80% ใหม่ๆ มิฉะนั้น จะส่งผลต่อประสิทธิภาพการกู้คืน

6- ควรทำให้ลูกปัดแม่เหล็กแห้งที่อุณหภูมิห้องก่อนทำการชะผลิตภัณฑ์ออก หากผลิตภัณฑ์แห้งไม่เพียงพอ อาจทำให้เอธานอลที่เหลือส่งผลต่อปฏิกิริยาที่เกิดขึ้นในภายหลังได้ง่าย หากแห้งมากเกินไป ลูกปัดแม่เหล็กจะแตกร้าวและลดปริมาณการฟอกให้บริสุทธิ์ โดยปกติแล้ว ควรทำให้ลูกปัดแห้งที่อุณหภูมิห้องเป็นเวลา 3-5 นาทีก็เพียงพอที่จะทำให้ลูกปัดแห้งสนิท

7- หากจำเป็น ตัวอย่าง DNA ที่ผ่านการทำให้บริสุทธิ์หรือเลือกขนาดจะถูกชะออกมา 0.1 สามารถเก็บบัฟเฟอร์ TE ที่อุณหภูมิ 4°C ได้นาน 1-2 สัปดาห์ หรือที่อุณหภูมิ -20°C ได้นาน 1 เดือน

การวิเคราะห์คุณภาพห้องสมุด

1. คุณภาพของห้องสมุดที่สร้างขึ้นโดยทั่วไปจะได้รับการวิเคราะห์โดยการวัดความเข้มข้นและการกระจายขนาด

2. สามารถวัดความเข้มข้นของห้องสมุดได้ด้วยวิธีที่ใช้สารเรืองแสง เช่น Qubit และ PicoGreen หรือ qPCR

3. ไม่แนะนำให้ใช้การวัดปริมาณโดยใช้การดูดกลืนแสง เช่น NanoDrop

4. แนะนำให้ใช้วิธี qPCR สำหรับการวัดปริมาณไลบรารี: วิธีที่ใช้ฟลูออเรสเซนต์ เช่น Qubit และ PicoGreen ไม่สามารถแยกความแตกต่างระหว่างโครงสร้าง dsDNA ที่ไม่สมบูรณ์ (ส่วนที่แทรกโดยไม่มีอะแดปเตอร์หรือส่วนที่ปลายด้านใดด้านหนึ่งถูกผูกด้วยอะแดปเตอร์) จากไลบรารีที่สมบูรณ์ได้ วิธี qPCR จะขยายและวัดไลบรารีที่สมบูรณ์โดยที่ปลายทั้งสองข้างถูกผูกด้วยอะแดปเตอร์เท่านั้น (ไลบรารีที่เรียงลำดับได้) ซึ่งจะทำให้การวัดปริมาณโหลดมีความแม่นยำมากขึ้น

5. สามารถวิเคราะห์การกระจายขนาดของห้องสมุดได้โดยใช้ Agilent Bioanalyzer หรืออุปกรณ์อื่นๆ ที่ใช้หลักการของอิเล็กโทรโฟรีซิสแบบเส้นเลือดฝอยหรือไมโครฟลูอิดิกส์

เอกสาร:

เอกสารข้อมูลความปลอดภัย

12316_MSDS_HB250211_EN.PDF

คู่มือการใช้งาน

12316_คู่มือ_เวอร์ชั่นEเอ็น20241225.pdf