Agaroz, agar veya agar içeren deniz yosunundan elde edilen saflaştırılmış doğrusal bir galaktan hidrofilik koloiddir. Yapısal olarak, 3,6-anhidro-α-L-galaktopiranosil kalıntılarına bağlı β-D-galaktopiranosil (1-4)'ten oluşan doğrusal bir polimerdir. Jel reaktifi olarak, jel elektroforezi veya blotlama yöntemleri (Northern veya Southern gibi) aracılığıyla rutin nükleik asit analizinde yaygın olarak kullanılır ve ayrıca radyal immünodifüzyon (RID) deneyleri gibi protein uygulamaları için de uygundur.
Agaroz jel elektroforezi, jel hazırlama, numune yükleme ve elektroforez dahil olmak üzere destek ortamı olarak agaroz kullanan bir elektroforetik yöntemdir. Analiz prensibinin diğer destek materyali elektroforezlerinden temel farkı, "moleküler elek" ve "elektroforez" olmak üzere ikili bir role sahip olmasıdır. Jel bir elektrik alanına yerleştirildiğinde, yüklü nükleik asitler jel gözeneklerinden pozitif kutba doğru göç eder. Uygun bir süre boyunca farklı koşullar altında elektroforezden sonra, farklı boyutlarda ve konformasyonlarda nükleik asit parçaları jelde farklı konumlarda yer alacak ve böylece ayrılma sağlanacaktır.
Şekil 1 Nükleik Asit Elektroforezi Deneyi İşlemi Adımları
Şekil 2 Elektroforez Göç Yönü Diyagramı
Doğru Agaroz Nasıl Seçilir?
Agarozun temel parametrelerine göre karar verin:
- Sülfat İçeriği — saflığın bir göstergesi;
- Jel Gücü — jeli kırmak için gereken dış kuvvet;
- Jel Noktası — suda çözünen bir agaroz çözeltisinin soğutulduğunda jel oluşturduğu sıcaklık;
- Elektroendosmoz (EEO) — sıvıların jele nüfuz ettiği bir tür elektrokinetik hareket. Agaroz jel içindeki anyonik gruplar matrise adsorbe olur ve göç etmez, ancak ayrışmış katyonlar negatif kutba doğru göç eder ve böylece elektroosmoz oluşur. Numunelerin elektroforetik göçü genellikle pozitif kutba doğru hareket ettiğinden, EEO'nun neden olduğu iç konveksiyon ayırma verimliliğini etkileyebilir. Agarozun temel parametrelerine dayanarak, yüksek kaliteli bir agaroz jelin berrak gözenekleri olmalı, kırılmaya daha az eğilimli olmalı ve yüksek saflık (düşük sülfat içeriği), yüksek jel mukavemeti, nispeten yüksek jel noktası (oda sıcaklığında hızlı katılaşma) ve düşük EEO gibi özelliklere sahip olmalıdır.
Agarozun ayrışma aralığına göre karar verin:
Agaroz jelleri geniş bir ayırma aralığına sahiptir ve genellikle DNA jel geri kazanımı, DNA ayırma ve DNA'nın yeniden birleştirilip birleştirilmediğini ve plazmitlerin ve benzerlerinin kesilip kesilmediğini doğrulamak için kullanılır. Farklı hedef parça boyutları farklı agaroz konsantrasyonlarına karşılık gelir. Küçük parçaları ayırmak için yüksek konsantrasyonun uygun olduğu ilkesine göre, ihtiyaçlarınıza uygun optimum jel konsantrasyonunu bulmak için aşağıdaki tabloya başvurabilirsiniz.
| Agaroz Konsantrasyonu (%) | ≥3 | 2-3 | 1-2 | 0,7-1 | ≤0.7 |
| DNA Parçası Boyutu (bp) | ≤200 | 200-700 | 700-1500 | 1500-5000 | ≥5000 |
EVET Yüksek Kaliteli Agaroz — İhtiyaçlarınızı Karşılamak İçin Çeşitli Uygulama Senaryolarını Kapsar
| Ürün Adı | Ürün Numarası | Ürün Özellikleri | Uygulama Senaryosu |
| 10208ES60/76 | 100 gr / 500 gr | Rutin Nükleik Asit Elektroforezi |
Ürün Avantajları
Düşük elektroendosmoz (EEO ≤ 0,13), mükemmel bant ayrımı, net ayrım ve daha hızlı göç ile sonuçlanır.
Jel gözenekler temiz ve düzdür, jel mukavemeti yüksektir ve kırılmaya daha az eğilimlidir.
Yüksek Kaliteli Agaroz Kullanım Yöntemi
Agaroz jelin konsantrasyonu genellikle %0,7 ile %2 arasında seçilir. Konsantrasyon ne kadar yüksekse, jelin moleküler gözenek boyutu o kadar küçük, DNA göç hızı o kadar yavaş ve çözünürlük o kadar yüksek olur. Tersine, konsantrasyon ne kadar düşükse, DNA göç hızı o kadar hızlı ve çözünürlük o kadar düşük olur. Farklı deneysel amaçlara göre uygun jel konsantrasyonunu ve uyumlu elektroforez tamponunu seçin.
| Agaroz Konsantrasyonu | Etkili Ayırma Aralığı (bp) | Önerilen Arabellek |
| %0,5 | 2.000-50.000 | 1×TAE |
| 0,8% | 800-10.000 | 1×TAE |
| 1,0% | 400-8.000 | 1×TAE |
| %1,2 | 300-7.000 | 1×TAE |
| %1,5 | 200-3.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 2.0% | 100-2.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 3.0% | 25-1.000 | 0,5×TBE |
Yayımlanmış Literatür (Kısmi)
- Li Z, Wang M, Fang H, ve diğerleri. Nanoplastikler tarafından indüklenen antibiyotik direnç plazmitlerinin katı-sıvı arayüzü adsorpsiyonu, su ekosistemlerindeki gen kirliliğini ağırlaştırıyor. Environ Pollut. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.EĞER=10.366(10208ES)
- Wang M, Zhang S, Zheng G, ve diğerleri. Card14'ün Fonksiyon Kazanımı Mutasyonu, IL-17A'ya Karşı Geliştirilmiş Keratinosit Tepkisi Yoluyla Spontan Sedef Benzeri Cilt İltihabına Yol Açar. Bağışıklık. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.EĞER=19.734
- Zhang Y, Ding H, Wang X ve diğerleri. MK2, fare embriyonik kök hücre kendini yenilemesini düzenlemek için β-TrCP ubikitin ligazı yoluyla Tfcp2l1 bozunmasını teşvik eder. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.EĞER=9.423
- Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Mikroakışkan Tabanlı Katyonik Kolesterol Lipid siRNA Taşıma Nanosistemi: Son Derece Verimli In Vitro Gen Susturma ve Hücre İçi Davranış. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. 3 Nisan 2022'de yayımlandı. doi:10.3390/ijms23073999.EĞER=19.924
- Zhao C, Yang D, Ye Y, ve diğerleri. LT-171-861 tarafından Pim-2 kinazının inhibisyonu, DNA hasarını teşvik eder ve multipl miyelomda PARP inhibitörü ile artırılmış öldürücü etkiler gösterir. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648.EĞER=5.858
- Yu J, Yang W, Xing S, ve diğerleri. Karıştırılmış altın/MnO2@BSA nanoaskorbik asidin florometrik ve manyetik rezonans tayini için parçacıklar. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. 2019 Ocak 10'da yayınlandı. doi:10.1007/s00604-018-3205-8.EĞER=5.479
- Zheng X, Xu W, Sun R, Yin H, Dong C, Zeng H. Tiyoredoksin redüktaz inhibitörü etaselen ve sodyum selenit arasındaki sinerji, insan küçük hücreli olmayan akciğer kanseri hücrelerinin çoğalmasını inhibe etmede ve ölümünü indüklemede. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.EĞER=5.194
- Zhou J, Xiong R, Zhou J, ve diğerleri. Tütün kanserojeni NNK tarafından indüklenen insan bronşiyal epitel Beas-2B hücrelerinin malign transformasyonunda m6A düzenleyici faktör IGF2BP1'in katılımı. Toksikol Uygulaması Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.EĞER=5.219
- Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. Ginsenoside Rg1'in yaşlanan Sca-1⁺ hematopoietik hücreleri üzerindeki koruyucu etkileri. Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.EĞER=5.952
İlgili Ürün Seçim Rehberi
| Ürün Konumlandırma | Ürün Adı | Ürün Numarası | Ürün Özellikleri | Uygulama Senaryosu |
| Nükleik Asit Lekeleri | 10202ES76 | 500 μL | Suda çözünebilen, EB ile aynı spektral özelliklere sahip, 300 nm UV ışık uyarımı altında tespit edilebilen bir maddedir. | |
| DNA İşaretleyicisi | 10501ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-2000 bp | |
| GoldBand DL5000 DNA İşaretleyicisi | 10504ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-5000 bp | |
| 10507ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-1.500 bp | ||
| 10510ES60/80 | 100 T/10×100 T | 250-12.000 bp |