Yüksek NGS™ One Pot Flash DNA Kütüphanesi PrepKit, hızlı bir enzimatik DNA kütüphanesi kitidir，cadı DNA parçalanması için yüksek kaliteli enzim içerir ve DNA parçalanması, uç onarımı ve dA kuyruğunu tek bir adımda birleştirir, bu da kütüphane hazırlama süresini ve maliyetini önemli ölçüde azaltır.

Bu kütüphane hazırlama kiti tüm yaygın hayvan, bitki, mikroorganizma vb. örneklerin 100 pg-500 ng'si ile uyumludur.

ve tek bir tüpte DNA parçalanması, terminal onarımı ve A-kuyruk ekleme reaksiyonunu hızla gerçekleştirin. Kitin adaptörler ve primerlerle eşleştirilmesi gerekir ve Illumina ile uyumludur ve MGI yüksek verimli dizileme platformları.

Özellik

1) 100 pg-500 ng genomik DNA örnekleri için uygundur.

2）Illumina ile uyumlu ve MGI yüksek verimli dizileme platformları.

3）Parçalanma, uç onarımı ve A-kuyruğu içindeki tepki 5 dk.

4）Verimli kütüphane dönüşüm oranı ve amplifikasyon verimliliği.

Özellikler

Bileşenler

Not: * bu reaktifin bu kitte bulunmadığını ve ek reaktiflerin gerekli olduğunu gösterir.Kit dır çift ​​platformlarla uyumlu Illumina ve MGI, ancak ek astar karışımı (CAT # 13334 MGI için Astar Karışımı) ve Cat# 13335 Illumina için Primer Karışımı) gereklidir.

Depolamak

Bu ürün -25~-15 derecede saklanmalıdır.℃ 1 için yıl.

Rakamlar

Şekil 1. 10 çeşit mikroorganizmanın DNA'sının tespiti

Kütüphaneler kullanılarak hazırlanmıştır Kedi#12316 protokol ,10 ng ZymoBIOMICS Mikrobiyal Topluluk DNA Standardı (Zymo Research® #D6306). Kütüphaneler bir araya getirildi ve bir Illumina (SE75).Dizileme verileri 20M'ye homojenize edildi ve her iki girdi seviyesi için beklenen ve tespit edilen kompozisyon arasında karşılaştırıldı. Spesifik mikrobiyal gDNA'nın tespiti beklenen kompozisyonla tutarlıydı. Beklenen kompozisyon: Cryptococcus neoformans %2, Saccharomyces cerevisiae %2, Bacillus subtilis %12, Escherichia coli %12, Enterococcus faecalis %12, Lactobacillus fermentum %12, Listeria monocytogenes %12, Pseudomonas aeruginosa %12, Staphylococcus aureus %12 ve Salmonella enterica %12.

Operasyon hakkında

1. Lütfen laboratuvar önlükleri ve tek kullanımlık eldivenlerle çalışın.，Güvenliğiniz için.

2. Bileşenleri oda sıcaklığında çözdürün. Çözüldükten sonra, vorteksleyerek iyice karıştırın, tüpü kısa bir süre döndürün ve daha sonra kullanmak üzere buz üzerine koyun.

3.Her adımda reaksiyon solüsyonunu hazırlarken, üflemek ve eşit şekilde karıştırmak için bir pipet kullanılması veya hafifçe çalkalanması önerilir. Şiddetli çalkalama, kütüphane çıktısının azalmasına neden olabilir.

4. Örneklerin çapraz kontaminasyonunu önlemek için filtre elemanlı bir tabanca başlığı kullanılması önerilir. Lütfen farklı örnekleri emerken tabanca başlığını değiştirin.

5. Her reaksiyon adımının ısıtılmış kapaklı bir termocycler'da gerçekleştirilmesi önerilir. Termocycler, kullanımdan önce ayarlanan sıcaklığa önceden ısıtılmalıdır.

6. Uygunsuz işlemler büyük olasılıkla aerosol kontaminasyonlarına neden olarak sonucun doğruluğunu etkileyebilir. PCR reaksiyon karıştırma bölgelerinin ve PCR ürün saflaştırma testi bölgelerinin zorunlu fiziksel izolasyonu önerilir. Kütüphane yapımı için özel pipetler gibi ekipmanlarla donatılmıştır.

7. Bu ürün yalnızca araştırma amaçlıdır.

DNA parçalanması hakkında

1. Bu kitin uyumlu aralığı 100 pg'dir–500 ng giriş DNA'sı. Mümkün olduğunca A260/A280 = 1.8-2.0 olan yüksek kaliteli Giriş DNA'sı kullanılmalıdır.

2. Giriş DNA'sı yüksek konsantrasyonda metal iyon şelatlama maddesi veya diğer tuzlar içeriyorsa, bu sonraki deneyleri etkileyebilir. DNA'nın ddH2O veya Tebuffer'da (10 mm tris-HCl, pH 8,0-8,5; 0,1 mM EDTA) seyreltilmesi önerilir.

3. Çoğu yüksek kaliteli genomik DNA için sindirim süresi Tablo 1'de gösterilmiştir. Kit düşük tercihe sahiptir ve GC içerikli çeşitli şablonları tolere edebilir.

Tablo 1. Geleneksel genomik DNA parçalanmasının önerilen zamanı

Adaptör Ligasyonu

1. Adaptörün konsantrasyonu, doğrudan ligasyon verimliliğini ve kütüphane verimini etkiler. Adaptörün aşırı kullanımı daha fazla adaptördimeri üretebilir; Düşük dozaj, ligasyon verimlilik ve kütüphane verimi. Tablo 2 ve 3 önerilen miktarı listeler Bu kiti kullanarak farklı Giriş DNA girişleri için Adaptör.

Tablo 2. Önerilen Illumina farklı giriş DNA'sı için adaptör miktarı

Tablo 3. Önerilen MGI farklı giriş DNA'sı için adaptör miktarı

Kütüphane Amplifikasyonu

Amplifikasyon döngüsü sayıları sıkı bir şekilde kontrol edilmelidir. Yetersiz amplifikasyon düşük kütüphane verimine yol açabilir; aşırı amplifikasyon artan önyargı, hatalar, tekrarlanan okuma ve kimerik ürünlere neden olabilir. Tablo 4 1 kütüphane verimini hedefleyen önerilen döngü numaralarını listeler μG.

Tablo 4. 100 pg-500 ng Giriş DNA'sının önerilen döngüleri

Boncuk Tabanlı DNA Temizliği ve Boyut Seçimi

1. Kütüphane oluşturma sürecinde DNA saflaştırma manyetik boncukları gerektiren birden fazla adım vardır. Hieff NGS'yi öneriyoruz™ DNA Seçim Boncukları (Yeasen Cat#12601) veya AMPure™ DNA saflaştırma ve boyut seçimi için XP manyetik boncuklar (Beckman Cat#A63880).

2. Manyetik boncuklar kullanılmadan önce oda sıcaklığında dengelenmelidir, aksi takdirde verim düşecek ve boyut seçme etkisi etkilenecektir.

3. Manyetik boncuklar kullanılmadan önce vorteks veya pipetleme yoluyla iyice karıştırılmalıdır.

4. Üstteki çözeltiyi aktarırken boncukları aspire etmeyin, boncukların eser miktarda bile olsa bulunması sonraki reaksiyonları etkileyebilir.

5. %80'lik etanolün taze hazırlanması gerekir, aksi takdirde geri kazanım verimi etkilenir.

6. Manyetik boncuklar, ürünü elüe etmeden önce oda sıcaklığında kurutulmalıdır. Yetersiz kuruluk, etanol kalıntısının sonraki reaksiyonları etkilemesine kolayca neden olur; aşırı kuruluk, manyetik boncukların çatlamasına ve saflaştırma veriminin azalmasına neden olur. Normalde, boncukların tamamen kuruması için oda sıcaklığında 3-5 dakika kurutmak yeterlidir.

7. Gerektiğinde, saflaştırılmış veya boyuta göre seçilmiş DNA örnekleri elüe edilir. 0,1× TE tamponu 4°C’de 1-2 hafta, -20°C’de ise 1 ay saklanabilir.

Kütüphane Kalite Analizi

1. Oluşturulan kütüphanelerin kalitesi genellikle konsantrasyonların ve boyut dağılımlarının ölçülmesiyle analiz edilir.

2. Kütüphanelerdeki konsantrasyonlar Qubit ve PicoGreen gibi floresan tabanlı yöntemlerle veya qPCR ile ölçülebilir.

3. NanoDrop gibi absorbans bazlı kantifikasyon yöntemlerinin kullanılması önerilmez.

4. Kütüphane kantifikasyonu için qPCR yönteminin kullanılması önerilir: Qubit ve PicoGreen gibi floresan tabanlı yöntemler, eksik dsDNA yapılarını (adaptörsüz veya sadece bir ucu adaptörle bağlanmış ekler) tam kütüphanelerden ayırt edemez. qPCR yöntemi sadece her iki ucu adaptörlerle bağlanmış tam kütüphaneleri (sekanslanabilir kütüphaneler) çoğaltacak ve ölçecektir, böylece yükleme için daha doğru bir ölçüm sağlayacaktır.

5. Kütüphanelerin boyut dağılımı, Agilent Bioanalyzer veya kapiler elektroforez veya mikroakışkanlık prensiplerine dayanan diğer cihazlar kullanılarak analiz edilebilir.

Belgeler:

Güvenlik Bilgi Formu

12316_MSDS_HB250211_TR.PDF

Kılavuzlar

12316_Manuel_SürümEN20241225.pdf