Yüksek NGS^T.M. UCF.BEN DNA Seçim Boncukları SPRI (Katı Faz Ters İmmobilizasyon) prensibine göre hazırlanır ve yeni nesil dizileme (NGS) kütüphanelerinin hazırlanması sırasında DNA saflaştırma ve boyut seçimi için uygulanabilir. Hieff NGS^T.M. UCF.BEN DNA Seçim Boncukları çeşitli DNA ve RNA kütüphane hazırlama kitleriyle uyumludur. Bu ürün, yüksek temizlik seviyesine sahip ultra temiz bir tesiste üretilir ve patojen tespit süreçleri sırasında DNA saflaştırma adımı için kullanılabilir.

Özellikler

Bileşenler

Depolamak

Bu ürün aşağıdaki koşullarda saklanmalıdır: 2~8℃ 18 ay boyunca.

Nakliye ve Depolama

Boncuklar buz torbalarıyla gönderiliyor ve 2°C-8°C'de bir yıl saklanabiliyor.

Talimatlar

• 1. Hazırlık

Seçme boncuklarını kullanmadan önce en az 30 dakika oda sıcaklığında dengeleyin.

• 2. DNA Boyut seçimi

Boyut seçiminin işlem akışı Şekil 1’de gösterilmiş olup protokol aşağıdaki gibidir.

Şekil 1. DNA Boyut Seçiminin Akış Şeması

2.1 Her kullanımdan önce boncukları vorteksleyerek veya pipetleme yoluyla yukarı aşağı hareket ettirerek iyice karıştırın.
2.2 Numuneye ilk tur seçme boncuklarını ekleyin (Tablo 1'e bakın). En az 10 kez vorteksleyerek veya pipetleme yaparak iyice karıştırın.
2.3 Oda sıcaklığında 5 dakika inkübe edin.
2.4 Tüpü kısa bir süre döndürün ve manyetik standa yerleştirin. Çözelti berraklaştığında (yaklaşık 5 dakika), üstteki sıvıyı yeni bir PCR tüpüne aktarın.
2.5 Tablo 1'e göre 2.4. adımdaki numuneye ikinci tur seçme boncuklarını ekleyin. En az 10 kez vorteksleyerek veya pipetleme yaparak iyice karıştırın.
2.6 Oda sıcaklığında 5 dakika inkübe edin.
2.7 Tüpü kısa bir süre döndürün ve manyetik standa yerleştirin. Çözelti berraklaştığında (yaklaşık 5 dakika), üstteki sıvıyı aspire edin ve atın.
2.8 Tüpü manyetik standa koyun ve boncukları bozmadan 200 μL taze hazırlanmış %80'lik etanol ekleyin, oda sıcaklığında 30 saniye inkübe edin. Etanolü aspire edin ve atın.
2.9 Toplam iki yıkama için 2.8 adımını bir kez tekrarlayın.
2.10 Kalan etanolü 10 µL pipet uçlarıyla çıkarın. Tüpü manyetik standda tutun, çatlaklar görünene kadar seçme boncuklarını kapağı açık şekilde havada kurutun (yaklaşık 5 dk).
Not: Seçim boncuklarını aşırı kurutmayın. Bu, daha düşük kurtarma DNA hedefine yol açabilir.
2.11 Tüpü manyetik standdan çıkarın. Uygun miktarda ddH2O (≥20 µL) ekleyin ve en az 10 kez vorteksleyerek veya pipetleyerek iyice karıştırın.
2.12 Oda sıcaklığında 5 dakika inkübe edin.
Tüpü kısa bir süre döndürün ve manyetik standa yerleştirin. Çözelti berraklaştığında (yaklaşık 5 dakika), 20 μL üst sıvıyı yeni bir tüpe aktarın.

• 3.DNA Boyutu Seçimi İçin Önerilen Koşullar

Buzağı timüs DNA'sı sonikasyonla parçalanarak 100-1000 bp'lik bir parça hazırlandı ve Tablo 1'e göre iki tur boyut seçimi yapıldı. Sonuçlar Agilent 2100 Bioanalyzer kullanılarak analiz edildi (Şekil 2).

Tablo 1. DNA boyutu seçimi için önerilen koşullar

Not: Tablodaki "×" örnek DNA'nın hacmini belirtir. Örneğin, kütüphanenin insert uzunluğu 250 bp ve örnek DNA hacmi 100 μL ise, ilk sıralama turunda kullanılan manyetik boncukların hacmi 0,80×100 μL=80 μL'dir; ikinci sıralama turunda kullanılan manyetik boncukların hacmi 0,20×100 μL=20 μL'dir.

Şekil 2. Agilent 2100 yüksek hassasiyetli DNA çip elektroferogramı