Aureobasidin A چیست
Aureobasidin A (AbA) یک آنتی بیوتیک پپتیدی حلقوی جدا شده از قارچ رشته ای Aureobasidium pullulans شماره R106 است که دارای خواص ضد قارچی قوی است و می تواند در غلظت های پایین (0.1-0.5 میکروگرم در میلی لیتر) برای مخمر سمی باشد. مکانیسم اثر AbA از طریق مهار فعالیت اینوزیتول فسفریل سرامید سنتاز (IPC synthase)، آنزیمی است که توسط ژن AUR1 در مخمر کدگذاری می‌شود، سنتز سرامید به فسفولیپیدهای اینوزیتول را مسدود می‌کند و منجر به کمبود غشای اسفنگولیپیدها و سلول‌های کشنده سلول می‌شود. گونه های قارچی حساس به AbA شامل Saccharomyces cerevisiae، Schizosaccharomyces pombe، Candida glabrata، Aspergillus nidulans و A. niger می باشد.
شکل 1 فرمول ساختاری AbA، CAS#127785-64-2
تحقیقات نشان داده است که ژن AUR1 ساکارومایسس سرویزیه و ژن AURA آسپرژیلوس نیدولانس همولوگ هستند و هر دو کد کننده IPC سنتاز هستند. بنابراین، جهش در این دو ژن می تواند مقاومت قوی AbA را در برابر سویه هایی مانند ژن جهش یافته AUR1-C ایجاد کند. AbA به عنوان یک نشانگر انتخاب دارو برای غربالگری کلون های مثبت بسیار مناسب است و نیازی به بهینه سازی شرایط ندارد، با پس زمینه بسیار کم. مقاومت AbA همچنین یک گزارشگر ایده آل برای مطالعات هیبریدی تک/دوگانه مخمر است و با سیستم های هیبریدی مخمری که دارای مقاومت مربوطه هستند سازگار است.
سیستم هیبریدی تک/دوگانه مخمر چیست؟
سیستم دو هیبریدی مخمر (آزمایش مخمر دو هیبریدی) توسط فیلدز و سانگ و دیگران بر اساس ویژگی‌های تنظیم رونویسی یوکاریوتی ایجاد شد. این می تواند به سرعت و به طور مستقیم تعاملات بین پروتئین های شناخته شده را تجزیه و تحلیل کند و به طور گسترده در مطالعه برهمکنش های آنتی ژن-آنتی بادی، کشف پروتئین های جدید و عملکردهای پروتئین جدید، غربالگری برای اهداف دارویی و ایجاد نقشه های پیوند پروتئین ژنومی استفاده می شود. اصل مخمر دو هیبرید این است که فعال‌کننده رونویسی یوکاریوت‌ها شامل دو حوزه ساختاری مختلف است: حوزه اتصال DNA (حوزه اتصال DNA، DNA-BD) و حوزه فعال‌سازی رونویسی DNA (دامنه فعال‌سازی، AD)، که می‌توانند به طور مستقل بدون تأثیر بر عملکرد یکدیگر از هم جدا شوند. BD و AD به تنهایی نمی توانند پاسخ رونویسی را فعال کنند، تنها زمانی که این دو از نظر مکانی به اندازه کافی نزدیک باشند، فعالیت یک فعال کننده رونویسی کامل را نشان می دهند و به ژن پایین دست اجازه رونویسی می دهند. با ساخت پلاسمیدهای همجوشی دو پروتئین مورد مطالعه (پروتئین X و پروتئین Y) به ترتیب با دامنه های BD و AD و بیان آنها در همان سلول مخمر، در صورت عدم وجود تعامل بین دو پروتئین، ژن گزارشگر رونویسی نمی شود. اگر این دو پروتئین با هم تعامل داشته باشند، دامنه های BD و AD از نظر مکانی به هم نزدیک می شوند، بنابراین ژن گزارشگر رونویسی می شود.
شکل 2 نمودار اصلی مخمر دو هیبرید [1]
فناوری مخمر یک هیبریدی ابزاری برای مطالعه برهمکنش‌های اسید نوکلئیک-پروتئین است که بر اساس مخمر دو هیبریدی توسعه یافته است و به طور گسترده برای مطالعه تنظیم بیان ژن‌ها در سلول‌های یوکاریوتی استفاده می‌شود، مانند شناسایی اینکه آیا تعاملی بین DNA شناخته شده و پروتئین‌های شناخته شده وجود دارد یا خیر. جداسازی پروتئین‌های جدیدی که به عنصر تنظیم‌کننده سیس یا سایر مکان‌های اتصال کوتاه DNA متصل می‌شوند. مکان یابی دقیق مکان های اتصال DNA که برهمکنش آنها ثابت شده است و تجزیه و تحلیل حوزه های اتصال DNA پروتئین ها. اصل اساسی آن ساختن عنصر شناخته شده عامل سیس در بالادست اصلی ترین پروموتر (حداقل پروموتر، Pmin) و اتصال ژن گزارشگر در پایین دست Pmin است. cDNA کد کننده فاکتور رونویسی مورد آزمایش با وکتور بیان دامنه AD مخمر ترکیب شده و به سلول های مخمر وارد می شود.اگر محصول این ژن بتواند به عنصر cis-acting متصل شود، می تواند پروموتر Pmin را فعال کند و به ژن گزارشگر اجازه بیان شود.
شکل 3 نمودار اصلی مخمر یک هیبرید [2]
برای مطالعات ترکیبی تک/دو مخمر، Yeasen محصولی را ارائه می دهد 60231ES Aureobasidin A (AbA)محلول AbA محلول در متانول با خلوص ≥ 97% و غلظت 1 میلی گرم در میلی لیتر. Yeasen غلظت بازدارندگی AbA 100-1000 نانوگرم در میلی لیتر را در آزمایشات هیبرید تک/دوگانه مخمر توصیه می کند و غلظت کاری خاص به حساسیت سلول های میزبان بستگی دارد (جدول زیر را ببینید، حداقل غلظت های بازدارنده (MIC) AbA برای گونه های مخمر مختلف).
| بسویه فعال | MIC (نگرم در میلی لیتر) | |
| S.cerevisiae | ATCC9763 (دیپلوئید) | 200-400 |
| SH3328 (هاپلوئید) | 100 | |
| مخمر ساکه (دیپلوئید) | 100-200 | |
| مخمر شوچو (دیپلوئید) | 100 | |
| مخمر آبجو (تریپلوئید یا تتراپلوئید) | 100 | |
| مخمر نانوایی (دیپلوئید) | 200-400 | |
| Schizo.pombe | JY-745 (مونوپلوئید) | 100 |
| C.albicans | TIMM-0136 (دیپلوئید) | 40 |
| C.tropicalis | TIMM-0324 (دیپلوئید) | 80 |
پرونده کاربردی
برای مطالعه محل اتصال پروتئین GmWRKY31 روی پروموتر ژن GmSAGT1، در آزمایش مخمر یک هیبریدی، توالی DNA هدف در وکتور pBait-AbAi حاوی ژن گزارشگر اوراسیل Ura3، واقع در بالادست ژن AUR1-C قرار گرفت. پس از تبدیل مخمر با پلاسمید مربوطه، آن را در محلول 0.9٪ NaCl معلق کردند و OD600 به 0.005 تنظیم شد. سپس 100 میکرولیتر از نمونه بر روی صفحات حاوی 500 نانوگرم در میلی لیتر AbA پخش شد و معکوس شد و در دمای 30 درجه سانتیگراد به مدت 5-3 روز کشت داده شد.[3].
شکل 3 برهمکنش پروتئین GmWRKY31 با سویه های مخمر حاوی قطعات F16، F20، F73، delF16، delF20 یا delF73.
مقالات منتشر شده با معرف های ما
[1] Shunan Zhang، Yuyi Zhang، Kangning Li، و همکاران. نیتروژن واسطه زمان گلدهی و کارایی مصرف نیتروژن از طریق تنظیم کننده های گل در برنج، زیست شناسی کنونی، جلد 31، شماره 4، 2021، https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.10.095. (اگر:10.834)
[2] Jiaying Kuang، Yingchun Xu، Yidan Liu، و همکاران. یک شبکه نظارتی متمرکز بر NnSnRK1 از خاتمه زودرس گلدهی ناشی از سایه در نیلوفر آبی، گیاه شناسی زیست محیطی و تجربی، جلد 221،2024،105725، https://doi.org/10.1016/j.envexpbot.2024.105725. (اگر:5.7)
محصولات مرتبط
| نام محصول | گربه# | مشخصات |
| سیپروفلوکساسین هیدروکلراید | 60201ES05/25/60 | 5/25/100 گرم |
| آمپی سیلین، نمک سدیم | 60203ES10/60 | 10/100 گرم |
| داکسی سایکلین هیکلات | 60204ES03/08/25 | 1/5/25 گرم |
| کلرامفنیکل، درجه USP | 60205ES08/25/60 | 5/25/100 گرم |
| کانامایسین سولفات | 60206ES10/60 | 10/100 گرم |
| تتراسایکلین HCl تتراسایکلین هیدروکلراید (USP) | 60212ES25/60 | 25/100 گرم |
| وانکومایسین هیدروکلراید | 60213ES60/80/90 | 100 میلی گرم / 1 گرم / 5 گرم |
| نمک سولفات جنتامایسین | 60214ES03/08/25 | 1/5/25 گرم |
| اسپکتینومایسین هیدروکلراید | 60215ES08 | 5 گرم |
| فلئومایسین (20 میلی گرم در میلی لیتر در محلول) | 60217ES20/60 | 20/5×20 میلی گرم |
| بلاستیسیدین S (بلاستیسیدین) | 60218ES10/60 | 10/10×10 میلی گرم |
| نیستاتین | 60219ES08 | 5 گرم |
| سولفات G418 (ژنتیکین) | 60220ES03/08 | 1/5 گرم |
| پورومایسین (محلول 10 میلی گرم در میلی لیتر) | 60209ES10/50/60/76 | 1 × 1 / 5 × 1 / 1 0 × 1 / 50 × 1 میلی لیتر |
| پورومایسین دی هیدروکلراید | 60210ES25/60/72/76/80 | 25/100/250/500 میلی گرم / 1 گرم |
| هیگرومایسین B (50 میلی گرم در میلی لیتر) | 60224ES03 | 1 گرم (20 میلی لیتر)/10×1 گرم (20 میلی لیتر) |
| هیگرومایسین B | 60225ES03/10 | 1/10 گرم |
| اریترومایسین | 60228ES08/25 | 5/25 گرم |
| تیمنتین | 60230ES07/32 | 3.2/10×3.2 گرم |
| اورئوباسیدین A (AbA) | 60231ES03/08/10 | 1/5×1/10×1 میلی گرم |
| سولفات پلی میکسین B | 60242ES03/10 | 1/10 MU |
مستندات مرجع
[1] Paiano A، و همکاران. تست مخمر دو هیبریدی برای شناسایی پروتئین های متقابل. Curr Protoc Protein Sci. فوریه 2019; 95 (1): e70.
[2] جان اس و همکاران. سنجش‌های یک هیبریدی مخمر: دیدگاه تاریخی و فنی. روش‌ها اوت 2012؛ 57 (4): 441-447.
[3] دونگ اچ و همکاران. تجزیه و تحلیل رونوشت TFs WRKY سویا در پاسخ به عفونت Peronospora manshurica. ژنومیک. دسامبر 2019؛ 111 (6): 1412-1422.