آگارز یک کلوئید آبدوست گالاکتان خطی خالص است که از آگار یا جلبک دریایی حاوی آگار استخراج می شود. از نظر ساختاری، این یک پلیمر خطی است که از β-D-galactopyranosyl (1-4) متصل به باقی مانده های 3،6-anhydro-α-L-galactopyranosyl تشکیل شده است. به عنوان یک معرف ژل، معمولاً برای تجزیه و تحلیل معمول اسید نوکلئیک از طریق الکتروفورز ژل یا روش‌های بلات (مانند شمالی یا جنوبی) استفاده می‌شود، و همچنین برای کاربردهای پروتئینی مانند آزمایش‌های ایمونودیفیوژن شعاعی (RID) مناسب است.
الکتروفورز ژل آگارز یک روش الکتروفورز است که از آگارز به عنوان بستر حمایتی از جمله آماده سازی ژل، بارگذاری نمونه و الکتروفورز استفاده می کند. تفاوت اصلی در اصل تجزیه و تحلیل با سایر الکتروفورز مواد پشتیبانی این است که نقش دوگانه "الک مولکولی" و "الکتروفورز" را دارد. هنگامی که ژل در یک میدان الکتریکی قرار می گیرد، اسیدهای نوکلئیک باردار از طریق منافذ ژل به سمت قطب مثبت مهاجرت می کنند. پس از الکتروفورز در شرایط مختلف برای مدت زمان مناسب، قطعات اسید نوکلئیک با اندازه‌ها و ترکیب‌های مختلف در موقعیت‌های مختلف در ژل قرار می‌گیرند و به این ترتیب جداسازی حاصل می‌شود.

شکل 1 مراحل عملیات آزمایش الکتروفورز اسید نوکلئیک

شکل 2 نمودار جهت مهاجرت الکتروفورز

چگونه آگاروز مناسب را انتخاب کنیم؟

بر اساس پارامترهای اساسی آگارز قضاوت کنید:

  • محتوای سولفات - نشانگر خلوص.
  • قدرت ژل - نیروی خارجی مورد نیاز برای شکستن ژل.
  • نقطه ژل - دمایی که در آن محلول آگارز محلول در آب پس از سرد شدن ژل تشکیل می دهد.
  • الکترواندوسموز (EEO) - نوعی حرکت الکتروکینتیک که در آن مایعات به ژل نفوذ می کنند. گروه‌های آنیونی درون ژل آگارز به درون ماتریکس جذب می‌شوند و مهاجرت نمی‌کنند، اما کاتیون‌های جدا شده به سمت قطب منفی مهاجرت می‌کنند و در نتیجه الکترواسموز ایجاد می‌کنند. از آنجایی که مهاجرت الکتروفورتیک نمونه ها معمولاً به سمت قطب مثبت حرکت می کند، همرفت داخلی ناشی از EEO می تواند با راندمان جداسازی تداخل داشته باشد. بر اساس پارامترهای اساسی آگارز، یک ژل آگارز با کیفیت بالا باید دارای منافذ شفاف، کمتر مستعد شکستن و دارای ویژگی هایی مانند خلوص بالا (محتوای سولفات کم)، استحکام ژل بالا، نقطه ژل نسبتا بالا (انجماد سریع در دمای اتاق) و EEO پایین باشد.

بر اساس محدوده جداسازی آگارز قضاوت کنید:

ژل‌های آگارز گستره جداسازی گسترده‌ای دارند و معمولاً برای بازیابی ژل DNA، جداسازی DNA، و تأیید اینکه آیا DNA دوباره ترکیب شده‌اند یا نه، و آیا پلاسمیدها و موارد مشابه باز شده‌اند یا خیر، استفاده می‌شوند. اندازه های مختلف قطعات هدف با غلظت های مختلف آگارز مطابقت دارد. با توجه به این اصل که غلظت بالا برای جداسازی قطعات کوچک مناسب است، می توانید برای یافتن غلظت بهینه ژل متناسب با نیاز خود به جدول زیر مراجعه کنید.

غلظت آگاروز (%)

≥3

2-3

1-2

0.7-1

≤0.7

اندازه قطعه DNA (bp)

≤200

200-700

700-1500

1500-5000

≥5000

YEASEN آگارز با کیفیت بالا - پوشش انواع سناریوهای کاربردی برای رفع نیازهای شما

نام محصول

شماره محصول

مشخصات محصول

سناریوی کاربردی

آگارز

10208ES60/76

100 گرم / 500 گرم

الکتروفورز معمولی اسید نوکلئیک

مزایای محصول

الکترواندوموز کم (EEO ≤ 0.13)، که منجر به جداسازی نوار عالی، تمایز واضح و مهاجرت سریعتر می شود.

شکل 3 نمودار الکتروفورز ژل ها با غلظت های مختلف
توجه: ژل آگارز 0.75% پر شده با 1 Kb نردبان; ژل آگارز 1% بارگذاری شده با نردبان 100 جفت باز، 1 kb ladder, 2000 DNA Marker, 5000 DNA Marker; ژل آگارز 2% با نردبان 100 جفت باز، نشانگر DNA 2000، نشانگر DNA 5000 بارگذاری شده است. حجم نمونه: مایع تمیز نشانگر 2 میکرولیتر 5 بار رقیق شده و سپس با 10 میکرولیتر بارگیری می شود. برنامه های الکتروفورز برای ژل های آگارز 0.75%، 1% و 2% عبارتند از: 115 V به مدت 45 دقیقه؛ 130 V به مدت 40 دقیقه؛ 130 V به مدت 50 دقیقه

منافذ ژل شفاف و صاف، با استحکام ژل بالا و کمتر مستعد شکستن هستند.

توجه: تصویر نمایش محصول YEASEN است آگارز (Cat#10208ES60).

روش استفاده از آگارز با کیفیت بالا

غلظت ژل آگارز معمولاً بین 0.7٪ و 2٪ انتخاب می شود. هرچه غلظت بیشتر باشد، اندازه منافذ مولکولی ژل کوچکتر، سرعت مهاجرت DNA کندتر و وضوح بالاتر است. برعکس، هرچه غلظت کمتر باشد، سرعت مهاجرت DNA سریعتر و وضوح کمتر است. غلظت ژل مناسب و بافر الکتروفورز سازگار را بر اساس اهداف مختلف آزمایشی انتخاب کنید.

غلظت آگاروز

محدوده جداسازی موثر (bp)

بافر توصیه شده

0.5٪

2000-50000

1×TAE

0.8٪

800-10000

1×TAE

1.0٪

400-8000

1×TAE

1.2٪

300-7000

1×TAE

1.5٪

200-3000

1×TAE/0.5×TBE

2.0%

100-2000

1×TAE/0.5×TBE

3.0٪

25-1000

0.5×TBE

بافر TAE: بافر TAE حاوی اسید استیک، EDTA و Tris است که برای الکتروفورز سریع و جداسازی قطعات بزرگ DNA مناسب است. وجود اسید استیک مقدار pH ژل را کاهش می دهد و به افزایش سرعت الکتروفورز کمک می کند.
بافر TBE:بافر TBE حاوی اسید بوریک، EDTA و Tris با قدرت یونی بالاتر است که برای جداسازی قطعات کوچک DNA با وضوح بالا مناسب است. وجود یون های بورات پایداری ژل را افزایش می دهد و به بهبود راندمان جداسازی کمک می کند. بنابراین، هنگامی که غلظت ژل بالا است، باید از بافر TBE برای تسهیل جداسازی باندها استفاده شود.

ادبیات منتشر شده (جزئی)

  • لی زی، وانگ ام، فانگ اچ، و همکاران. جذب سطحی جامد-مایع پلاسمیدهای مقاوم به آنتی‌بیوتیک ناشی از نانوپلاستیک‌ها، آلودگی ژنی را در اکوسیستم‌های آبی تشدید می‌کند. آلودگی محیط زیست 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.IF=10.366(10208ES)
  • وانگ ام، ژانگ اس، ژنگ جی، و همکاران. جهش افزایش عملکرد Card14 از طریق افزایش پاسخ کراتینوسیت به IL-17A منجر به التهاب پوستی خودبخودی مانند پسوریازیس می شود. مصونیت. 2018؛ 49 (1): 66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.اگر= 19.734
  • ژانگ ی، دینگ اچ، وانگ ایکس، و همکاران. MK2 تخریب Tfcp2l1 را از طریق β-TrCP یوبیکوئیتین لیگاز برای تنظیم خود نوسازی سلول های بنیادی جنینی موش ترویج می کند. Cell Rep. 2021; 37 (5): 109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.اگر=9.423
  • Zhu Z، Zhang L، Sheng R، Chen J. نانوسیستم تحویل siRNA لیپید کاتیونی کلسترول مبتنی بر میکروسیال: خاموش کردن ژن در شرایط آزمایشگاهی بسیار کارآمد و رفتار درون سلولی. Int J Mol Sci. 2022؛ 23 (7): 3999. منتشر شده در 3 آوریل 2022. doi:10.3390/ijms23073999.اگر= 19.924
  • ژائو سی، یانگ دی، یه وای و همکاران. مهار Pim-2 کیناز توسط LT-171-861 باعث آسیب به DNA و افزایش اثرات کشنده با مهار کننده PARP در مولتیپل میلوما می شود. بیوشیم فارماکول. 2021؛ 190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648.اگر=5.858
  • یو جی، یانگ دبلیو، زینگ اس، و همکاران. طلای مخلوط/MnO2@BSA nanoذرات برای تعیین رزونانس فلورومتری و مغناطیسی اسید اسکوربیک Mikrochim Acta. 2019؛ 186 (2): 89. منتشر شده در 10 ژانویه 2019. doi:10.1007/s00604-018-3205-8.اگر=5.479
  • Zheng X، Xu W، Sun R، Yin H، Dong C، Zeng H. هم افزایی بین مهارکننده تیوردوکسین ردوکتاز اتاسلن و سدیم سلنیت در مهار تکثیر و القای مرگ سلول‌های سرطان ریه سلول غیر کوچک انسان. Chem Biol Interact. 2017؛ 275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.اگر=5.194
  • Zhou J، Xiong R، Zhou J، و همکاران. دخالت فاکتور تنظیمی m6A IGF2BP1 در تبدیل بدخیم سلول‌های اپیتلیال برونش انسانی Beas-2B ناشی از سرطان‌زای تنباکو NNK. Toxicol Appl Pharmacol. 2022؛ 436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.اگر=5.219
  • Zhou Y، Liu J، Cai S، Liu D، Jiang R، Wang Y. اثرات محافظتی جین سنوزید Rg1 بر سلول‌های خونساز Sca-1+ پیری. Mol Med Rep. 2015؛ 12 (3): 3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.اگر=5.952

راهنمای انتخاب محصول مرتبط

موقعیت یابی محصول

نام محصول

شماره محصول

مشخصات محصول

سناریوی کاربردی

لکه های اسید نوکلئیک

رنگ آمیزی ژل اسید نوکلئیک سال قرمز (10000× در آب)

10202ES76

500 میکرولیتر

محلول در آب، با ویژگی های طیفی مشابه با EB، تحت تحریک نور UV 300 نانومتر شناسایی شده است.

نشانگر DNA

نشانگر DNA GoldBand DL2000

10501ES60/80

100 T/10×100 T

100-2000 جفت باز

نشانگر DNA GoldBand DL5000

10504ES60/80

100 T/10×100 T

100-5000 جفت باز

GoldBand 100bp DNA Ladder

10507ES60/80

100 T/10×100 T

100-1500 جفت باز

GoldBand 1 kb DNA Ladder

10510ES60/80

100 T/10×100 T

250-12000 جفت باز

تحقیق