شرح
Hieff NGS® DNA&RNA Library Co-Prep Kit V2 یک کیت کتابخانه مشترک DNA و RNA برای پلت فرم توالی یابی Illumina®&MGI® است که حاوی معرف سنتز cDNA کارآمد و معرف هضم آنزیمی است. در مقایسه با کتابخانه سنتی ساخت و ساز روش، این محصول می تواند به طور موثر سنتز cDNA و کتابخانه DNA&RNA را تکمیل کند ساخت و ساز در یک لوله. این کیت حاوی آنزیم با کیفیت بالا برای تکه تکه شدن DNA است و قطعه قطعه شدن DNA، ترمیم انتهایی و dA-tailing را در یک مرحله ترکیب می کند که زمان و هزینه آماده سازی کتابخانه را به میزان قابل توجهی کاهش می دهد. این کیت آماده سازی کتابخانه دارای نرخ تبدیل کتابخانه ای عالی است و برای نمونه هایی از همه حیوانات معمولی، گیاهان، میکروارگانیسم ها و غیره و همچنین نمونه های FFPE قابل استفاده است. این کیت ارتقا یافته با استفاده از آخرین لیگاز بهینه شده، میزان خودبستگی را در حین بستن آداپتور بسیار کاهش می دهد. علاوه بر این، معرفی یک پلیمراز با کیفیت بالا، همگنی و وفاداری تقویت را بیشتر بهبود می بخشد.
تمام اجزای ارائه شده توسط کیت تحت کنترل دقیق کیفیت و تأیید عملکرد قرار گرفته اند که پایداری و تکرارپذیری ساخت کتابخانه را تا حد زیادی تضمین می کند.
مشخصات
گربه شماره | 12305ES08 / 12305ES24 / 12305ES96 |
اندازه | 8 T / 24 T / 96 تی |
اجزاء
خیر | نام | 12305ES08 | 12305ES24 | 12305ES96 | |
12305-الف | پرایمر تصادفی | 20 μL | 60 μL | 240 μL | |
12305-B | بافر واکنش cDNA | 64 μL | 192 μL | 768 μL | |
12305-C | مخلوط آنزیم cDNA | 16 میکرولیتر | 48 μL | 192 میکرولیتر | |
12305-د | بافر Smearase | 80 میکرولیتر | 240 μL | 960 میکرولیتر | |
12305-E | مخلوط آنزیم اسمیراس | 40 میکرولیتر | 120 μL | 480 μL | |
12305-F | تقویت کننده بستن | 240 میکرولیتر | 720 μL | 2×1440 میکرولیتر | |
12305-G | رمان T4 DNA لیگاز | 40 میکرولیتر | 120 μL | 480 میکرولیتر | |
12305-ه | 2×Super Canace® II میکس با وفاداری بالا | 200 میکرولیتر | 600 میکرولیتر | 2×1200 میکرولیتر | |
* | مخلوط پرایمر* | 40 میکرولیتر | 120 μL | 480 میکرولیتر |
توجه: * نشان می دهد که این معرف در این کیت موجود نیست و معرف های اضافی مورد نیاز است. کیت است سازگار با دو پلتفرم از ایلومینا®&MGI®، اما مخلوط پرایمر اضافی (CAT # 13334 Primer Mix for MGI® و Cat# 13335 Primer Mix for Illumina®) مورد نیاز است.
جریان کار:
ذخیره سازی
این محصول باید در دمای -25 تا 15 درجه سانتیگراد نگهداری شود 1 سال
یادداشت ها
در مورد عملیات
- 1. لطفاً برای ایمنی خود با کت های آزمایشگاهی و دستکش های یکبار مصرف کار کنید.
- اجزاء را در دمای اتاق ذوب کنید.پس از ذوب شدن، با گرداب کردن، لوله را کاملاً مخلوط کنید، لوله را برای مدت کوتاهی بچرخانید و برای استفاده بعدی روی یخ قرار دهید.
- توصیه می شود هر مرحله واکنش را در یک ترموسایکلر با درب گرم شده انجام دهید. ترموسایکلر باید قبل از استفاده تا دمای تنظیم شده گرم شود.
- لطفا از مواد مصرفی بدون RNase استفاده کنیدآلودگی، و تمیز کردن منطقه آزمایشی به طور منظم RNAZap ThermoFisherTM اسپری حذف اسید نوکلئیک با کارایی بالا برای حذف آلودگی RNase توصیه شد.
- عملیات نامناسب ممکن است به احتمال زیاد باعث آلودگی آئروسل شود که بر دقت نتیجه تأثیر می گذارد.جداسازی فیزیکی اجباری مناطق اختلاط واکنش PCR و نواحی سنجش تصفیه محصول PCR توصیه می شود. مجهز به تجهیزاتی مانند پیپت های تخصصی برای ساخت کتابخانه.
- 6. این محصول فقط برای استفاده تحقیقاتی است.
اتصال آداپتور
- کیتهای آداپتور بلند Illumina یا MGI (آداپتور بارکد) و کیتهای آداپتور کوتاه برای مشتریان در دسترس هستند تا با توجه به نیازهای آزمایشی خود انتخاب کنند.
- انتخاب آداپتورهای تجاری با کیفیت بالا توصیه شد. اگر آداپتورهای خودساخته انتخاب شدهاند، لطفاً به یک شرکت با تجربه در سنتز پرایمر NGS اعتماد کنید و به نیاز به کنترل دقیق آلودگی توجه کنید. علاوه بر این، توصیه می شود محلول آنیل DNA را در یک نیمکت تمیز تهیه کنید و هر بار فقط یک نوع آداپتور را برای جلوگیری از آلودگی متقاطع کار کنید.
- لطفاً آداپتورها را روی یخ یا در دمای 4 درجه سانتیگراد ذوب کنید. هنگام کار در دمای اتاق، دمای آزمایشگاه نباید از 25 درجه سانتیگراد تجاوز کند تا از دناتوره شدن آداپتورها جلوگیری شود.
- غلظت آداپتور مستقیماً بر راندمان بستن و بازده کتابخانه تأثیر می گذارد. حجم آداپتور اضافه شده به کیت به 5 میکرولیتر ثابت می شود. توصیه می شود آداپتورها با بافر 0.1×TE رقیق شوند و آداپتورهای رقیق شده را می توان به مدت 48 ساعت در دمای 4 درجه سانتی گراد نگهداری کرد. جدول1 مقدار آداپتور توصیه شده برای مقادیر مختلف RNA ورودی را فهرست می کند.
جدول 1-1 Illumina توصیه شده® مقدار آداپتور برای ورودی های مختلف DNA&RNA
کل ورودی DNA&RNA | ایلومینا® غلظت سهام آداپتور |
<10 نانوگرم | 3 میکرومولار |
≥10 نانوگرم | 15 μM |
جدول 1-2 MGI توصیه شده® مقدار آداپتور برای ورودی های مختلف DNA&RNA
کل ورودی DNA&RNA | MGI® غلظت سهام آداپتور |
<10 نانوگرم | 5 μM |
≥10 نانوگرم | 10 μM |
*استفاده از آداپتور را می توان با توجه به انواع مختلف نمونه های RNA کل و مقدار ورودی تنظیم کرد.
تقویت کتابخانه
اعداد چرخه تقویت باید به شدت کنترل شوند. تقویت ناکافی ممکن است به بازده کتابخانه پایین منجر شود. تقویت بیش از حد ممکن است باعث افزایش بایاس، خطاها، خواندن تکراری و محصولات کایمریک شود. جدول 2 اعداد چرخه توصیه شده را با هدف قرار دادن بازده کتابخانه 1 میکروگرم فهرست می کند.
جدول 2 تعداد چرخه های توصیه شده برای تولید کتابخانه DNA&RNA *
ورودی کل DNA&RNA | تعداد چرخه ها |
<1 نانوگرم | 10 تا 12 |
1 نانوگرم | 9 تا 10 |
10 نانوگرم | 6 تا 7 |
50 نانوگرم | 4 تا 5 |
100 تا 1000 نانوگرم | 4 |
توجه:*بازده کتابخانه نه تنها به کمیت ورودی و تعداد چرخه های تقویت مربوط می شود، بلکه تحت تأثیر کیفیت نمونه ها، شرایط قطعه قطعه شدن و شرایط مرتب سازی نیز قرار دارد. در فرآیند ساخت کتابخانه، مناسب ترین شرایط را با توجه به وضعیت واقعی انتخاب کنید.
پاکسازی DNA و انتخاب اندازه مبتنی بر مهره
- 1. مراحل متعددی در فرآیند ساخت کتابخانه وجود دارد که به دانه های مغناطیسی خالص سازی DNA نیاز دارد. ما دانههای انتخاب DNA Hieff NGS™ (Yeasen Cat#12601) یا دانههای مغناطیسی AMPure® XP (Beckman Cat#A63880) را برای خالصسازی DNA و انتخاب اندازه توصیه میکنیم.
- 2. دانه های مغناطیسی باید قبل از استفاده در دمای اتاق متعادل شوند، در غیر این صورت بازده کاهش می یابد و اثر انتخاب اندازه تحت تأثیر قرار می گیرد.
- 3. قبل از استفاده، دانه های مغناطیسی باید با گرداب یا پیپت به خوبی مخلوط شوند.
- 4. هنگام انتقال مایع رویی، دانه ها را آسپیره نکنید، حتی مقادیر کمی از دانه ها ممکن است بر واکنش های زیر تأثیر بگذارد.
- 5. اتانول 80% باید تازه تهیه شده باشد، در غیر این صورت بر راندمان بازیابی تأثیر می گذارد.
- 6. قبل از شستشوی محصول، دانه های مغناطیسی باید در دمای اتاق خشک شوند. خشکی ناکافی به راحتی باعث می شود که باقیمانده اتانول بر واکنش های بعدی تأثیر بگذارد. خشکی بیش از حد باعث ترک خوردن دانه های مغناطیسی و کاهش بازده تصفیه می شود. به طور معمول، خشک کردن در دمای اتاق به مدت 3-5 دقیقه کافی است تا دانه ها کاملا خشک شوند.
- 7. در صورت نیاز، نمونه های DNA خالص شده یا با اندازه انتخاب شده شستشو داده می شوند1× بافر TE را می توان در دمای 4 درجه سانتی گراد به مدت 2-1 هفته یا در دمای 20- درجه سانتی گراد به مدت یک ماه نگهداری کرد.
تجزیه و تحلیل کیفیت کتابخانه
- کیفیت کتابخانه های ساخته شده به طور کلی با اندازه گیری غلظت و توزیع اندازه تجزیه و تحلیل می شود.
- غلظت کتابخانه ها را می توان با روش های مبتنی بر فلورسنت مانند Qubit و PicoGreen یا qPCR اندازه گیری کرد.
- استفاده از روش های کمی سازی مبتنی بر جذب مانند NanoDrop توصیه نمی شود.
- توصیه میشود از روش qPCR برای کمیسازی کتابخانه استفاده کنید: روشهای مبتنی بر فلورسنت مانند Qubit و PicoGreen نمیتوانند ساختارهای ناقص dsDNA (درجهای بدون آداپتور یا تنها با یکی از انتها که با آداپتور بسته شده است) را از کتابخانههای کامل متمایز کنند. روش qPCR تنها کتابخانههای کامل را با هر دو سر متصل شده با آداپتورها (کتابخانههای متوالی) تقویت و اندازهگیری میکند، بنابراین اندازهگیری دقیقتری برای بارگذاری فراهم میکند.
- توزیع اندازه کتابخانه ها را می توان با استفاده از Agilent Bioanalyzer یا دستگاه های دیگر بر اساس اصول الکتروفورز مویرگی یا میکروسیال تجزیه و تحلیل کرد.
سایر مواد
- 1. دانه های مغناطیسی خالص سازی DNA: دانه های انتخاب DNA Hieff NGS™ (Yeasen Cat#12601) یا AMPure®XP Beads (A63880) یا سایر محصولات مشابه.
2.آداپتورها: آداپتور کامل برای Illumina (Yeasen Cat#13519-13520 یا سایر محصولات مشابه) یا آداپتور کامل برای MGI (Yeasen Cat#13360-13362 یا سایر محصولات مشابه).
- تجزیه و تحلیل کیفیت کتابخانه: Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/ Chip با حساسیت بالا یا سایر محصولات مشابه. معرف های کمی کتابخانه ای
- سایر مواد: اتانول مطلق، آب فوق خالص استریل، نوک پیپت با احتباس کم، لوله PCR، پایه های مغناطیسی، چرخه حرارتی و غیره.
اسناد:
12305ES-Hieff NGS® DNA&RNA Library Co-Prep Kit V2.pdf
پرداخت و امنیت
اطلاعات پرداخت شما با اطمینان پردازش می شود. ما جزئیات کارت اعتباری را ذخیره نمی کنیم و به اطلاعات کارت اعتباری شما دسترسی نداریم.
تحقیق
شما همچنین ممکن است دوست داشته باشید
پرسش
این محصول فقط برای اهداف تحقیقاتی است و برای استفاده درمانی یا تشخیصی در انسان یا حیوانات در نظر گرفته نشده است. محصولات و محتوا توسط پتنت ها، علائم تجاری، و حق چاپ متعلق به Yeasen Biotechnology محافظت می شوند. نمادهای علامت تجاری نشان دهنده کشور مبدا هستند، نه لزوما ثبت در همه مناطق.
برخی از برنامههای کاربردی ممکن است به حقوق مالکیت معنوی شخص ثالث دیگری نیاز داشته باشند.
Yeasen به علم اخلاق اختصاص داده شده است و معتقد است که تحقیقات ما باید به سؤالات مهم و در عین حال اطمینان از ایمنی و استانداردهای اخلاقی بپردازد.