شرح
هیف NGSTM کیت آماده سازی کتابخانه DNA یک کیت ساخت کتابخانه نسل جدید است که به طور ویژه برای آن طراحی و ساخته شده است ایلومینا® &MGI® پلت فرم توالی. بر اساس نسل قبلی کیت ساخت کتابخانه، این محصول کارایی بالاتری را در تعمیرات انتهایی، dA-tailing و بستن آداپتور نسبت به نسخههای قبلی نشان میدهد. آنزیم با وفاداری بالا به طور قابل توجهی یکنواختی و وفاداری تقویت را بهبود می بخشد. این کیت با اکثر انواع نمونه DNA، از جمله DNA ژنومی استاندارد از حیوانات/گیاهان/ میکروارگانیسمها، نمونههای FFPE، cfDNA، و DNA چیپ سازگار است.
مشخصات
Cat.No. | 12927ES08 / 12927ES24 / 12927ES96 |
اندازه | 8 rxn / 24 rxn / 96 rxn |
اجزاء
اجزای شماره | نام | 12927ES08 | 12927ES24 | 12927ES96 |
12927-الف | 56 μL | 168 μL | 672 μL | |
12927-ب | آنزیم Endprep | 24 μL | 72 μL | 288 μL |
12927-سی | تقویت کننده بستن | 240 میکرولیتر | 720 μL | 3×960 μL |
12927-دی | سریع T4 DNA لیگاز | 80 μL | 240 μL | 2×480 μL |
12927-ای | کناسTM میکس تقویت کننده حرفه ای | 200 میکرولیتر | 600 μL | 3×800 میکرولیتر |
ذخیره سازی
این محصول باید در دمای -25 تا 15 درجه سانتیگراد نگهداری شود 1 سال
یادداشت ها
1. در مورد عملیات
1. لطفا برای ایمنی خود با کت های آزمایشگاهی و دستکش های یکبار مصرف کار کنید.
2. اجزاء را در دمای اتاق ذوب کنید. پس از ذوب شدنبا چرخاندن کاملاً مخلوط کنید، لوله را به طور مختصر بچرخانید و برای استفاده بعدی روی یخ قرار دهید.
3. هنگام تهیه محلول واکنش هر مرحله، توصیه می شود از یک پیپت برای مخلوط کردن خوب یا تکان دادن ملایم استفاده کنید. تکان دادن شدید ممکن است باعث کاهش خروجی کتابخانه شود.
4. برای جلوگیری از آلودگی متقاطع، استفاده از نوک پیپت فیلتر شده به شدت توصیه می شود. هنگام پردازش نمونه های مختلف حتما نوک پیپت را عوض کنید.
5. عملیات نامناسب ممکن است به احتمال زیاد باعث آلودگی آئروسل شود و بر دقت نتیجه تأثیر بگذارد. جداسازی فیزیکی اجباری مناطق اختلاط واکنش PCR و نواحی سنجش تصفیه محصول PCR توصیه می شود. مجهز به تجهیزاتی مانند پیپت های تخصصی برای ساخت کتابخانه.با پاک کردن سطوح با 0.5% هیپوکلریت سدیم یا 10% سفید کننده، تمیز کردن معمولی را برای هر ناحیه انجام دهید.
6. این محصول فقط برای استفاده تحقیقاتی است.
2. تکه تکه شدن DNA
1. این کیت با DNA قطعه قطعه شده مکانیکی یا DNA قطعه قطعه شده آنزیمی سازگار است.
2. این کیت با 100 pg - 1000 ng DNA ورودی سازگار است. استفاده از DNA ورودی با کیفیت بالا با A260/A280 = 1.8-2.0 به شدت توصیه می شود. جدول 1 مقدار توصیه شده DNA ورودی را فهرست می کند.
جدول 1 مقدار توصیه شده DNA ورودی
برنامه | انواع نمونه | DNA ورودی |
WGS | ژنوم پیچیده | 50 ng-1000 نانوگرم |
توالی گرفتن هدفمند | ژنوم پیچیده | 10 ng-1000 نانوگرم |
WGS، توالی یابی هدفمند | FFPE DNA | 50 ng-1000 نانوگرم |
توالی هدفمند | cfDNA/ctDNA | ≥500 pg |
WGS | ژنوم های میکروبی | ≥1 نانوگرم |
WGS (بدون PCR) | DNA ورودی با کیفیت بالا | ≥50 نانوگرم |
توجه داشته باشید: هنگامی که DNA ورودی با کیفیت پایینی است یا نیاز به انتخاب اندازه DNA است، مقدار DNA ورودی باید متناسب با آن افزایش یابد.
3."DNA ورودی" به طور خاص به نمونه های DNA آماده برای تعمیر نهایی / dA tailing اشاره دارد.
4. در صورتی که نمونه DNA ورودی حاوی غلظت بالایی از نمک مانند عامل کلات کننده فلزی باشد، یک مرحله خالص سازی/انتخاب اندازه دانه ها پس از تکه تکه شدن توصیه می شود. نمک ها ممکن است بر کارایی واکنش های زیر تأثیر بگذارند، از جمله ترمیم انتهایی و dA-tailing. لطفاً در صورت استفاده از روش تکه تکهشدن مکانیکی، نمونههای DNA را در بافر TE به جای آب فوق خالص استریل شده برای تکه تکه شدن شستشو دهید. در صورت استفاده از روش تکه تکه شدن آنزیمی بدون انجام پاکسازی دانه ها یا انتخاب اندازه قبل از اقدام به آماده سازی کتابخانه، لطفاً مطمئن شوید که بافر توقف استفاده شده حاوی بیش از حد عامل کلات کننده فلزی نباشد. در غیر این صورت، لطفاً نمونه های تکه تکه شده را پاکسازی یا اندازه انتخاب کنید و قبل از اقدام به آماده سازی کتابخانه، آنها را در بافر TE یا آب فوق خالص استریل شده (≤50 میکرولیتر) شستشو دهید.
3. اتصال آداپتور
1. کیتهای آداپتور بلند Illumina یا MGI (آداپتور بارکد) و کیتهای آداپتور کوتاه برای مشتریان در دسترس هستند تا با توجه به نیازهای آزمایشی خود انتخاب کنند.
2. انتخاب آداپتورهای تجاری با کیفیت بالا توصیه شد. اگر آداپتورهای خودساخته انتخاب شدهاند، لطفاً به یک شرکت با تجربه در سنتز پرایمر NGS اعتماد کنید و به نیاز به کنترل دقیق آلودگی توجه کنید. علاوه بر این، توصیه می شود محلول بازپخت DNA را در یک نیمکت تمیز تهیه کنید و هر بار فقط یک نوع آداپتور را برای جلوگیری از آلودگی متقابل استفاده کنید..
3. لطفاً آداپتورها را روی یخ یا در دمای 4 درجه سانتیگراد ذوب کنید. هنگام کار در دمای اتاق، دمای آزمایشگاه نباید از 25 درجه سانتیگراد تجاوز کند تا از دناتوره شدن آداپتورها جلوگیری شود.
4. کیفیت و غلظت آداپتورها مستقیماً بر راندمان بستن و بازده کتابخانه تأثیر می گذارد. غلظت بیش از حد آداپتورها به نفع تشکیل دایمر آداپتور است در حالی که آداپتور بسیار کم سرعت بستن و بازده کتابخانه را کاهش می دهد. رقت های مربوطه با بافر TE با توجه به مقدار DNA ورودی هنگام استفاده از آداپتور. جدول 2 -5 روش های پیشنهادی رقیق سازی آداپتور را برای مقادیر مختلف DNA ورودی با استفاده از این کیت فهرست می کند.
جدول 2 ایلومینای توصیه شدهTM مقدار آداپتور برای ورودی های مختلف DNA
ورودی DNA | رقیق سازی آداپتور (حجم آداپتور: حجم کل) | تمرکز |
0.1 ng ~ 1 ng | 150 برابر (1 : 150) | 0.1 میکرومولار |
1 ng ~ 10 نانوگرم | 75 برابر (1 : 75) | 0.2 میکرومولار |
10 ng ~ 25 نانوگرم | 15 برابر (1 : 15) | 1 میکرومولار |
25 ng ~ 100 ng | 7.5 برابر (1: 7.5) | 2 میکرومولار |
100 ng ~ 1000 ng | 3 برابر (1: 3) | 5 میکرومولار |
جدول 3 MGI توصیه شدهTM مقدار آداپتور برای ورودی های مختلف DNA
ورودی DNA | رقیق سازی آداپتور (حجم آداپتور: حجم کل) | تمرکز |
0.1ng ~ 1 ng | 100-Fold (1: 100) | 0.1 میکرومولار |
1 ng ~ 10 نانوگرم | 50-Fold (1: 50) | 0.2 میکرومولار |
10 ng ~ 25 نانوگرم | 10تا کنید (1: 10) | 1 میکرومولار |
25 ng ~ 100 ng | 5 برابر (1: 5) | 2 میکرومولار |
100 ng ~ 1000 ng | 2-Fold (1: 2) | 5 میکرومولار |
جدول 4 ایلومینای توصیه شدهTM UMI مقدار آداپتور برای ورودی های مختلف DNA
ورودی DNA | رقیق سازی آداپتور (حجم آداپتور: حجم کل) | تمرکز |
0.1ng ~ 1 ng | 150 برابر (1 : 150) | 0.1 میکرومولار |
1 ng ~ 10 نانوگرم | 75 برابر (1 : 75) | 0.2 میکرومولار |
10 ng ~ 25 نانوگرم | 15 برابر (1 : 15) | 1 میکرومولار |
25 ng ~ 100 ng | 7.5 برابر (1: 7.5) | 2 میکرومولار |
100 ng ~ 1000 ng | 3 برابر (1: 3) | 5 میکرومولار |
جدول 5 MGI توصیه شدهTM UMI آداپتور aمتربرای ورودی های مختلف DNA
ورودی DNA | رقیق سازی آداپتور (حجم آداپتور: حجم کل) | تمرکز |
5 ng ~ 25 ng | 50-Fold (1: 50) | 0.2 μM |
25 ng ~ 100 ng | 10-Fold (1: 10) | 1 μM |
100 ng ~ 1000 ng | 4-Fold (1: 4) | 2.5 میکرومولار |
4. پاکسازی DNA و انتخاب اندازه مبتنی بر مهره
1. انتخاب اندازه DNA را می توان قبل از ترمیم انتهایی / dA-tailing، پس از بستن آداپتور، یا پس از تقویت انجام داد.
2. اگر مقدار DNA ورودی بیش از 50 نانوگرم باشد، بلافاصله پس از بستن آداپتور، انتخاب اندازه توصیه می شود.; در غیر این صورت، لطفا انتخاب اندازه را پس از تقویت انجام دهید.
3. Ligation Enhancer حاوی غلظت بالایی از PEG است که ممکن است تأثیر قابل توجهی در انتخاب دقیق اندازه داشته باشد. بنابراین، اگر قرار است انتخاب اندازه درست بعد از بستن آداپتور انجام شود، اکیداً توصیه میشود که قبل از انتخاب اندازه، یک مرحله تمیز کردن دانهها اضافه شود. مرحله انتخاب اندازه را می توان به طور مستقیم انجام داد اگر قبل از پایان تعمیر / dA-tailing یا بعد از آن انجام شود تقویت کتابخانه
4. دانه های مغناطیسی باید قبل از استفاده در دمای اتاق متعادل شوند، در غیر این صورت بازده کاهش می یابد و اثر انتخاب اندازه تحت تأثیر قرار می گیرد.
5. دانه های مغناطیسی باید قبل از استفاده با گرداب یا پیپت به خوبی مخلوط شوند.
6. هنگام انتقال مایع رویی، دانه ها را آسپیره نکنید، حتی مقادیر کمی از دانه ها ممکن است بر واکنش های زیر تأثیر بگذارد.
7. اتانول 80% باید تازه تهیه شود، در غیر این صورت بر راندمان بازیابی تأثیر می گذارد.
8. برای انتخاب دقیق اندازه، توصیه می شود با حجم بیش از 100 میکرولیتر شروع کنید. اگر کمتر باشد، توصیه می شود حجم را با آب فوق خالص به 100 میکرولیتر برسانید.
9. قبل از شستشوی محصول، دانه های مغناطیسی باید در دمای اتاق خشک شوند. خشکی ناکافی به راحتی باعث می شود که باقیمانده اتانول بر واکنش های بعدی تأثیر بگذارد. خشکی بیش از حد باعث ترک خوردن دانه های مغناطیسی و کاهش بازده تصفیه می شود. به طور معمول، خشک کردن در دمای اتاق به مدت 3-5 دقیقه کافی است تا دانه ها کاملا خشک شوند.
10. در صورت نیاز، نمونههای DNA خالص شده یا با اندازه انتخاب شده شستشو داده میشوند 0.1× بافر TE را می توان در دمای 4 درجه سانتی گراد به مدت 2-1 هفته یا در دمای 20- درجه سانتی گراد به مدت یک ماه نگهداری کرد.
5. تقویت کتابخانه
1. انجام یا عدم انجام تقویت کتابخانه بستگی به مقدار ورودی DNA، انواع آداپتورها، کاربردهای داده توالی و غیره دارد. در صورت استفاده از آداپتورهای جزئی، مرحله تقویت مورد نیاز است. هنگام استفاده از آداپتورهای تمام قد، اگر DNA ورودی کمتر از 200 نانوگرم باشد، توصیه می شود تقویت را انجام دهید. در غیر این صورت، تقویت لازم نیست.
2. اعداد چرخه تقویت باید به شدت کنترل شوند. تقویت ناکافی ممکن است به بازده کتابخانه پایین منجر شود. تقویت بیش از حد ممکن است باعث افزایش بایاس، خطاها، خواندن تکراری و محصولات کایمریک شود. جدول 6 اعداد چرخه توصیه شده را با هدف قرار دادن بازده کتابخانه 1 میکروگرم فهرست می کند.
جدول 6 تعداد چرخه های توصیه شده برای تولید 1000 نانوگرم بازده کتابخانه
DNA ورودی | تعداد چرخه های مورد نیاز برای تولید 1 میکروگرم بازده کتابخانه |
1000 نانوگرم | 2 - 4 |
500 نانوگرم | 2 - 4 |
250 نانوگرم | 4 - 6 |
100 نانوگرم | 5 - 7 |
50 نانوگرم | 7 - 9 |
10 نانوگرم | 9 - 11 |
5 نانوگرم | 10 - 12 |
1 نانوگرم | 12 - 15 |
100 صفحه | 16 - 18 |
توجه داشته باشید:
1.جدول 6 تعداد پارامترهای حلقه را با استفاده از تستهای DNA ورودی با کیفیت بالا در حدود 200 جفت باز نشان میدهد. کیفیت DNA FFPE بسیار متفاوت است، و زمانی که کیفیت DNA ضعیف یا طول کتابخانه طولانی است، تعداد چرخهها باید به طور مناسب افزایش یابد تا کتابخانههای کافی به دست آید.
2.منانتخاب اندازه در طول فرآیند ساخت کتابخانه مورد نیاز است، تعداد چرخه بالاتر برای تقویت کتابخانه توصیه می شود. در غیر این صورت، تعداد چرخه کمتر توصیه می شود.
3.مناگر از آداپتورهای ناقص استفاده می شود، حداقل 2 سیکل باید تقویت شود تا یک آداپتور کامل تشکیل شود.
6. تجزیه و تحلیل کیفیت کتابخانه
1. کیفیت کتابخانه های ساخته شده به طور کلی با اندازه گیری غلظت و توزیع اندازه تجزیه و تحلیل می شود.
2. کتابخانه ها'غلظت را می توان با روش های مبتنی بر فلورسنت مانند Qubit و PicoGreen یا qPCR اندازه گیری کرد.
3.استفاده از روش های کمی سازی مبتنی بر جذب مانند NanoDrop توصیه نمی شود.
4. توصیه می شود از روش qPCR برای کمی سازی کتابخانه استفاده کنید: روش های مبتنی بر فلورسنت مانند Qubit و PicoGreen نمی توانند ساختارهای ناقص dsDNA (درج های بدون آداپتور یا تنها با یکی از انتهای متصل شده با آداپتور) از کتابخانه های کامل متمایز شوند. روش qPCR تنها کتابخانههای کامل را با هر دو سر متصل شده با آداپتورها (کتابخانههای متوالی) تقویت و اندازهگیری میکند، بنابراین اندازهگیری دقیقتری برای بارگذاری فراهم میکند.
5. توزیع اندازه کتابخانه ها را می توان با استفاده از Agilent Bioanalyzer یا دستگاه های دیگر بر اساس اصول الکتروفورز مویرگی یا میکروسیال تجزیه و تحلیل کرد.
7. سایر مواد
1. دانه های مغناطیسی خالص سازی DNA: Hieff NGSTM دانه های انتخاب DNA (Yeasen Cat#12601) یا AMPure® XP Beads (A63880) یا سایر محصولات مشابه.
2. آداپتورها: آداپتور کامل برای Illumina: Yeasen Cat#13519-13520; 384 پرایمر دوگانه CDI: یاسن Cat#12412~Cat#12413; 384 پرایمر با شاخص دوگانه (UDI): Yeasen گربه شماره 12312~گربه شماره 12315; آداپتورهای UMI UDI: یاسن Cat#13370~Cat#13371; آداپتور کامل برای MGI: Yeasen Cat#13360-13362. مخلوط پرایمر DNA:گربه#12190 یا گربه#12191.
3. تجزیه و تحلیل کیفیت کتابخانه: Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/ Chip با حساسیت بالا یا سایر محصولات مشابه. معرف های کمی کتابخانه ای
4. سایر مواد: اتانول مطلق، آب فوق خالص استریل، نوک پیپت با احتباس کم، لوله PCR، پایه های مغناطیسی، چرخه حرارتی و غیره.
دستورالعمل ها
مرحله 1. پایان تعمیر / dA-Taling
1. برفک معرف های ذکر شده در جدول 7 . معکوس کنید تا معرف ها کاملا مخلوط شوند و برای استفاده بعدی روی یخ قرار دهید.
2. معرف ها را مطابق جدول جمع آوری کنید 7 روی یخ
جدول 7 End Repair/ سیستم واکنش dA-Tailing
اجزاء | حجم (μL) |
DNA تکه تکه شده | x |
بافر Endprep | 7 |
آنزیم Endprep | 3 |
ddH2O | تا 60 |
3. به آرامی با پیپت کردن یا تکان دادن مخلوط کنید، مدت کوتاهی سانتریفیوژ کنید تا محلول پایین بیاید.
4. لوله را در یک ترموسایکلر قرار دهید و برنامه را مطابق جدول 8 تنظیم کنید.
جدول 8 پایان تعمیر / dA-Tailing برنامه واکنش
دما | زمان |
درب حرارتی به 105 درجه سانتی گراد | روشن |
30 درجه سانتی گراد | 30 دقیقه |
72 درجه سانتی گراد | 30 دقیقه |
4 درجه سانتی گراد | نگه دارید |
مرحله 2. اتصال آداپتور
1. مطابق جدول 2 آداپتور را به غلظت مناسب رقیق کنید-5.
2. برفک معرف های ذکر شده در جدول 9 . معکوس کنید تا معرف ها کاملا مخلوط شوند و برای استفاده بعدی روی یخ قرار دهید.
3. معرف ها را مطابق جدول جمع آوری کنید 9 روی یخ
جدول 9 اتصال آداپتور دوبارهسیستم اقدام
اجزاء | حجم (μL) |
DNA دنباله دار dA (محصول از مرحله 1) | 60 |
تقویت کننده بستن | 30* |
آداپتور DNA | 5** |
سریع T4 DNA لیگاز | 10 |
ddH2O | 5 |
مجموع | 110 |
توجه داشته باشید: * تقویت کننده بستن چسبناک است. لطفاً با معکوس کردن یا رأس کردن و کاملاً مخلوط کنید قبل از استفاده به طور خلاصه سانتریفیوژ کنید.
**غلظت اصلی از ایلومیناTM آداپتور YEASE 15 میکرومتر است. لطفا آداپتور را با توجه به مقدار ورودی رقیق کنید و حجم آداپتور را روی 5 میکرولیتر ثابت کنید.
**غلظت اصلی از MGITM آداپتور YEASE 1 است0 μM. لطفا آداپتور را با توجه به مقدار ورودی رقیق کنید و حجم آداپتور را روی 5 میکرولیتر ثابت کنید.
4. با پیپت کردن به آرامی بالا و پایین کاملاً مخلوط کنید و برای مدت کوتاهی به سمت پایین بچرخانید تا تمام مایع از طرفین لوله جمع شود..
5. همانطور که در جدول نشان داده شده است، نمونه را در یک سیکلر حرارتی از قبل گرم شده انکوبه کنید 10 و واکنش اتصال آداپتور را انجام دهید.
جدول 10 برنامه واکنش بستن آداپتور
دما | زمان |
درب حرارتی به 105 درجه سانتی گراد | خاموش |
20 درجه سانتی گراد | 15 دقیقه |
4درجه سانتی گراد | نگه دارید |
مرحله 3. پاکسازی یا انتخاب اندازه پس از بستن آداپتور
این مرحله برای تصفیه یا انتخاب اندازه محصول در مرحله است 2 با مهره های مغناطیسی تصفیه می تواند آداپتورهای باقیمانده، دایمرهای آداپتور یا سایر محصولات غیرقابل استفاده را حذف کند.
کلیاn از DNA متصل شده با آداپتور
1. آماده سازی: Hieff NGS را بگیریدTM دانه های انتخاب DNA را از یخچال خارج کنید و حداقل 30 دقیقه در دمای اتاق متعادل کنید. اتانول 80 درصد را تازه آماده کنید.
2. دانه ها را با معکوس کردن یا ورتکس کردن کاملاً مخلوط کنید.
3. اضافه کنید 88 μL هیف NGSTM دانه های انتخاب DNA (0.8×، دانه ها: DNA = 0.8: 1) به لوله حاوی محصول بسته شده با آداپتور، بسته شده و خوب مخلوط کنید و به مدت 5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید.
4. سانتریفیوژ کنید تا محلول پایین بیاید و لوله سانتریفیوژ را روی قفسه مغناطیسی قرار دهید. پس از جذب کامل دانه های مغناطیسی (حدود 5 دقیقه)، مایع را با دقت خارج کنید.
5. لوله را روی پایه مغناطیسی نگه دارید، 200 میکرولیتر اتانول 80 درصد تازه تهیه شده را مستقیماً به لوله اضافه کنید. به مدت 30 ثانیه در دمای اتاق قرار دهید و مایع را با احتیاط خارج کنید.
6. تکرار کنید مرحله 5 دوباره
7. لوله را روی پایه مغناطیسی نگه دارید، درپوش را باز کنید و مهره ها را خشک کنید تا زمانی که مهره ها فقط ترک بخورند (بیش از 5 دقیقه).
8. لوله را برای شستشو از پایه مغناطیسی خارج کنید و DNA را شستشو دهید
1). اگر اندازه محصول لازم نیست انتخاب شود، 21 میکرولیتر ddH اضافه کنید2O به طور مستقیم. با ورتکس کردن یا پیپت کردن 10 بار بالا و پایین کاملا مخلوط کنید. به مدت 5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید. لوله را برای مدت کوتاهی بچرخانید و آن را روی پایه مغناطیسی قرار دهید. هنگامی که محلول شفاف شد (حدود 5 دقیقه)، 20 میکرولیتر از مایع رویی را با احتیاط و بدون دست زدن به دانه های مغناطیسی به یک لوله PCR جدید منتقل کنید.
2). اگر اندازه محصول باید انتخاب شود، 102 میکرولیتر ddH اضافه کنید2O به طور مستقیم. با ورتکس کردن یا پیپت کردن 10 بار بالا و پایین کاملا مخلوط کنید. به مدت 5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید. لوله را برای مدت کوتاهی بچرخانید و آن را روی پایه مغناطیسی قرار دهید. هنگامی که محلول شفاف شد (حدود 5 دقیقه)، 100 میکرولیتر از مایع رویی را با احتیاط و بدون دست زدن به دانه های مغناطیسی به یک لوله PCR جدید منتقل کنید.
توجه داشته باشید: اگر محصول خالص شده نیاز به نگهداری داشته باشد، می توان آن را با TE Buffer شستشو داد.
انتخاب اندازه DNA متصل شده با آداپتور
1.آماده سازی: Hieff NGS را بگیریدTM دانه های انتخاب DNA را از یخچال خارج کنید و حداقل 30 دقیقه در دمای اتاق متعادل کنید. اتانول 80 درصد را تازه آماده کنید.
2. دانه ها را با معکوس کردن یا ورتکس کردن کاملاً مخلوط کنید.
3. بر اساس اندازه های هدف، اولین دور دانه ها را به قالب های DNA خالص 100 میکرولیتری مطابق جدول اضافه کنید. 11. با ورتکس کردن یا پیپت کردن 10 بار کاملاً مخلوط کنید.
جدول 11 نسبت های توصیه شده به دانه ها: DNA برای انتخاب اندازه بر اساس مهره ها
اندازه کتابخانه DNA درج شده | 150 - 250 جفت باز | 200-300 جفت باز | 300-400 جفت باز | 400-500 جفت باز |
اندازه نهایی کتابخانه DNA | 250-350 جفت باز | 350-450 جفت باز | 450-550 جفت باز | 550-650 جفت باز |
نسبت حجم در 1 خیابان گرد (مهره ها: DNA) | 0.80× | 0.70× | 0.60× | 0.55× |
نسبت حجم در 2 nd گرد (مهره ها: DNA) | 0.20× | 0.20× | 0.20× | 0.15× |
توجه داشته باشید: "×" در جدول حجم نمونه DNA را نشان می دهد. به عنوان مثال، اگر طول درج کتابخانه 250 جفت باز باشد و حجم DNA نمونه 100 میکرولیتر باشد، حجم دانههای مغناطیسی مورد استفاده در دور اول مرتبسازی 0.7×100 μL=70 میکرولیتر است. حجم دانه های مغناطیسی مورد استفاده در دور دوم مرتب سازی 0.20×100 میکرولیتر=20 میکرولیتر است. حجم مهره توصیه شده در جدول برای DNA متصل شده با آداپتور است. اگر روش انتخاب اندازه قبل از بستن انجام می شود، لطفاً به پروتکل های ساخت Hieff NGS مراجعه کنید.TM دانه های انتخاب DNA (Cat#12601).
4. منبه مدت 5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید.
5. لوله را برای مدت کوتاهی بچرخانید و آن را روی پایه مغناطیسی قرار دهید. هنگامی که محلول شفاف شد (حدود 5 دقیقه)، مایع رویی را به یک لوله PCR جدید منتقل کنید.
6. دور دوم مهره های انتخابی را از مرحله 5 به نمونه اضافه کنید مطابق جدول 11.حداقل 10 بار با ورتکس کردن یا پیپت کردن به بالا و پایین مخلوط کنید.
7. منبه مدت 5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید.
8. سانتریفیوژ کنید تا محلول پایین بیاید و لوله سانتریفیوژ را روی قفسه مغناطیسی قرار دهید. پس از جذب کامل دانه های مغناطیسی (حدود 5 دقیقه)، مایع را با دقت خارج کنید.
9. لوله را روی پایه مغناطیسی نگه دارید، 200 میکرولیتر اتانول 80 درصد تازه تهیه شده را مستقیماً به لوله اضافه کنید. به مدت 30 ثانیه در دمای اتاق قرار دهید و مایع را با احتیاط خارج کنید.
10. تکرار کنید گام 9 دوباره
11. لوله را روی پایه مغناطیسی نگه دارید، درپوش را باز کنید و مهره ها را خشک کنید تا زمانی که مهره ها فقط ترک بخورند (بیش از 5 دقیقه).
12. لوله را برای شستشو از پایه مغناطیسی خارج کنید، و مستقیماً 21 میکرولیتر ddH اضافه کنید2O. با چرخاندن یا پیپت کردن به بالا و پایین کاملاً مخلوط کنید و به مدت 5 دقیقه در دمای اتاق انکوبه کنید. (توجه: در صورت نیاز به نگهداری محصول خالص شده، لطفاً در بافر TE شستشو دهید.) به طور خلاصه لوله را به سمت پایین بچرخانید و آن را روی پایه مغناطیسی قرار دهید تا مایع شفاف شود (حدود 5 دقیقه). 20 میکرولیتر مایع رویی را با احتیاط به یک لوله PCR جدید بدون دست زدن به مهره ها منتقل کنید.
مرحله 4 تقویت کتابخانه
این مرحله می تواند محصولات خالص شده یا با اندازه انتخاب شده را با تقویت PCR غنی کند.
1. لیست معرف ها را در جدول ذوب کنید 12برعکس کنید و کاملا مخلوط کنید و روی یخ قرار دهید تا بعد استفاده شود.
2. واکنش زیر را در یک لوله PCR استریل شده جمع کنید.
جدول 12 واکنش PCR DNA متصل به آداپتور سیستم
اجزاء | حجم (μL) |
Adapter Ligated DNA | 20 |
کناسTM میکس تقویت کننده حرفه ای | 25 |
مخلوط پرایمر* | 5 |
مجموع | 50 |
[توجه]: * اگر از آداپتور کامل استفاده شده باشد، هیف NGSTM مخلوط پرایمر (گربه Yeasen#12190 یا Cat#12191) مورد نیاز; در صورت استفاده از آداپتور ناقص (Cat#12412~Cat#12413، Cat#12312~گربه شماره 12315، Cat#13370~Cat#13371)، لطفاً به دستورالعمل های کیت مراجعه کنید و از Index Primer ارائه شده در کیت برای تقویت استفاده کنید.
3. به آرامی با پیپت کردن یا تکان دادن مخلوط کنید و برای مدت کوتاهی سانتریفیوژ کنید تا محلول پایین بیاید.
4. لوله را داخل ترموسایکلر قرار دهید و برنامه را مطابق جدول تنظیم کنید 13 برای شروع تقویت.
جدول 13 برنامه واکنش تقویت PCR
دما | زمان | چرخه |
درب حرارتی به 105 درجه سانتی گراد | روشن | - |
98 درجه سانتی گراد | 45 ثانیه | 1 |
98 درجه سانتی گراد |
|
رجوع به جدول شود 6 |
60 درجه سانتی گراد | 30 ثانیه | |
72 درجه سانتی گراد | 30 ثانیه | |
72 درجه سانتی گراد | 1 دقیقه | 1 |
4 درجه سانتی گراد | نگه دارید | - |
مرحله 5 پاکسازی پس از تقویت / انتخاب اندازه
تمیز مراحل بالا اشاره به گام 3. هیف NGSTM دانه های انتخاب DNA (0.9×، Beads:DNA=0.9:1) برای خالص سازی محصول PCR استفاده می شود. در صورت نیاز به انتخاب اندازه، لطفاً به گام 3.
مرحله 6 کنترل کیفیت کتابخانه های نهایی
کیفیت کتابخانه ساخته شده به طور کلی با اندازه گیری غلظت و توزیع اندازه ارزیابی می شود. برای جزئیات لطفا به یادداشت مراجعه کنید 6.
پرداخت و امنیت
اطلاعات پرداخت شما با اطمینان پردازش می شود. ما جزئیات کارت اعتباری را ذخیره نمی کنیم و به اطلاعات کارت اعتباری شما دسترسی نداریم.
تحقیق
شما همچنین ممکن است دوست داشته باشید
پرسش
این محصول فقط برای اهداف تحقیقاتی است و برای استفاده درمانی یا تشخیصی در انسان یا حیوانات در نظر گرفته نشده است. محصولات و محتوا توسط پتنت ها، علائم تجاری، و حق چاپ متعلق به Yeasen Biotechnology محافظت می شوند. نمادهای علامت تجاری نشان دهنده کشور مبدا هستند، نه لزوما ثبت در همه مناطق.
برخی از برنامههای کاربردی ممکن است به حقوق مالکیت معنوی شخص ثالث دیگری نیاز داشته باشند.
Yeasen به علم اخلاق اختصاص داده شده است و معتقد است که تحقیقات ما باید به سؤالات مهم و در عین حال اطمینان از ایمنی و استانداردهای اخلاقی بپردازد.