Restriksi Endonuklease Dari Yeasen Seri FuniCut™, Pencernaan 5 menit Dengan Universal Buffer
Kloning molekuler digunakan di hampir setiap laboratorium. Enzim endonuklease restriksi merupakan komponen penting dalam percobaan kloning molekuler, tetapi orang-orang juga sering terganggu oleh berbagai masalah dengan percobaan enzim endonuklease restriksi. Masalah umum adalah sebagai berikut:
- Ada begitu banyak jenis endonuklease restriksi, sulit untuk memilih.
- Pembelahan yang salah, pembelahan acak, atau pembelahan enzimatik yang tidak lengkap.
- Kecepatan pencernaannya lambat; mungkin memerlukan waktu satu jam atau bahkan semalaman.
- Selain itu, percobaan pencernaan enzim ganda juga perlu memilih berbagai enzim pencernaan bTo
Untuk membuktikan kepada Anda pemahaman yang lebih mendalam tentang endonuklease restriksi, berikut ini akan menjelaskan secara singkat apa itu endonuklease restriksi dan bagaimana berbagai endonuklease diklasifikasikan sebagai jawaban atas pertanyaan pertama.
1. Apa itu Restriksi Endonuklease?
2. Pembatasan tata nama endonuklease
3. Pembatasan klasifikasi endonuklease
4.
1. Apa itu Restriksi Endonuklease?
Endonuklease restriksi merupakan golongan enzim yang dapat mengenali urutan nukleotida spesifik pada molekul DNA beruntai ganda dan memutus hubungan fosfodiester pada rantai DNA pada lokasi tertentu.
Endonuklease restriksi yang berbeda akan mengenali sekuens DNA yang berbeda. Mereka dapat memotong DNA di dalam sekuens pengenalan atau di tempat yang tidak jauh dari sekuens pengenalan, sehingga menghasilkan berbagai produk, seperti yang diilustrasikan dalam Gambar 1. BamHI membentuk ujung lengket, KpnI membentuk ujung lengket 3', dan EcoRV membentuk ujung tumpul.
Gambar 1. Diagram skema pencernaan BamHI, KpnI, EcoRV
2. Pembatasan tata nama endonuklease
Nama genus, nama spesies, strain bakteri atau serotipe, dan urutan penemuan merupakan faktor utama yang digunakan untuk memberi nama endonuklease restriksi. Pedoman pemberian nama ditampilkan dalam Tabel 1 di bawah ini dengan menggunakan BstEII sebagai contoh:
Tabel 1. Pembatasan nomenklatur endonuklease
Singkatan | Nama Lengkap | Implikasi |
B | Basil | Huruf pertama nama genus |
Bahasa Inggris | stearotermofilus | Dua huruf pertama dari nama spesies |
Bahasa Inggris | DAN | Huruf pertama dari nama strain |
II | Penemuan kedua | Urutan yang ditemukan pada bakteri tersebut |
3.Pembatasan klasifikasi endonuklease
Berdasarkan kompleksitas struktur, cara kerja, dan perbedaan antara kofaktor, enzim restriksi dapat dibagi menjadi empat kategori. Tabel 2 berikut merangkum karakteristik dan enzim khas dari setiap kategori.
Tabel 2. Variasi di antara beberapa endonuklease restriksi
Kelas endonuklease | Fitur | Spesies enzim yang khas |
Tipe I | 1. Pengenalan dan modifikasi pembelahan. 2. Dapat mengenali urutan DNA tertentu, dan lokasi pencernaannya berjarak tak terbatas dari lokasi pengenalan, hingga ribuan basa. 3. Tindakan memerlukan ATP. | EcoB, EcoK, dll. |
Tipe II | 1. Hanya memiliki fungsi identifikasi pemotongan. 2. Urutan pengenalan sering kali berupa urutan Palindromik pendek (sekitar 4–8 bp), dan tempat pencernaan spesifik endonuklease restriksi biasanya merupakan urutan yang dikenali. 3. Aksi memerlukan Mg2+. 4. Jenis enzim restriksi yang paling sering digunakan dalam kloning molekuler. | HindIII, NotI, dll. |
Tipe III | 1. Pengenalan dan modifikasi pencernaan. 2. Tentangseparatesp memisahkan situs pengenalan dari situs pencernaan. 3. Tindakan memerlukan ATP. | HinfIII dan lain-lain. |
Tipe IV | 1. Hanya memotong rangkaian DNA yang termetilasi. 2. Sekitar 30 bp memisahkan situs pengenalan dari situs pencernaan. | McrA, McrBC, dll. |
Seperti yang ditunjukkan dalam Tabel 3 di bawah, ia juga dapat dibagi menjadi tiga kelompok berdasarkan persamaan dan perbedaan antara tempat pengenalan dan pencernaan.
Tabel 3.Analisis perbandingan Isoskizomer, Neoskizomer, dan Isokauderner
| isoskizomer | Neoskizomer (Neoskizomer) | Isocaudarner |
urutan pengenalan | sama | sama | berbeda |
situs pencernaan | sama | berbeda | sama |
perwakilan khas | AgeI dan BshTI: keduanya mengenali dan membelah 5′-A↓CCGGT-3′ | SmaI (5′-CCC↓GGG-3′) dan XmaI(5′-C↓CCGGG-3′) | BamHI (5'-G↓GATCC-3') dan BglII (5'-A↓GATCT-3') |
Mengingat beberapa endonuklease restriksi di pasaran masih memerlukan pencernaan semalam, dan produknya rentan terhadap pencernaan yang salah,
4. Yeasen FuniCut™ Endonuklease Restriksi Cepat
Gambar 2.
4.1 Fitur
- Pencernaan cepat: pencernaan dapat diselesaikan dalam waktu 5–15 menit, yang dapat dikurangi lebih dari 1-2 jam dibandingkan dengan percobaan pencernaan konvensional.
- Penyangga universal: Reaksi pembelahan multi-enzim dibuat lebih sederhana oleh fakta bahwa kombinasi endonuklease apa pun dapat menggunakan penyangga yang sama.
- Efek pencernaan enzim: sebanding dengan N* dan sesuai untuk penyangganya.
- Elektroforesis langsung membuat prosesnya lebih sederhana dengan menyediakan penyangga warna merah dan memungkinkan produk pencernaan dikirim langsung untuk elektroforesis.
- Pencernaan yang tepat: Bahkan dengan pencernaan semalaman, aktivitas bintang sangat sedikit.
4.2 Pameran pertunjukan
4.2.1 Dalam FuniCut™ Buffer, pencernaan tunggal, ganda, dan rangkap tiga berlangsung dalam 5 menit.
Gambar 3. Pencernaan tunggal, ganda, dan rangkap tiga menggunakan FuniCut™ Buffer biasanya dapat diselesaikan dalam 5 menit, misalnya, pencernaan rangkap tiga menggunakan EcoRI+KpnI+SmaI.
4.2.2 Dampak pencernaan enzim sebanding dengan N* dan T*, dan bekerja dengan baik dengan penyangganya.
Gambar 4. Dibandingkan dengan barang N*, T* yang serupa,
4.2.3 Pencernaan semalam dengan aktivitas bintang yang sangat rendah
Gambar 5. Memanfaatkan endonuklease cepat HindIII, NheI, PstI, XbaI, dan XhoI dari
4.2.4 Sangat redundan dan mampu menangani beberapa substrat berlebih.
Gambar 6. Menggunakan Endonuklease Restriksi Cepat FuniCut™ EcoR I, Eag I, XbaI, dan Sac I, masing-masing 1 μg dan 1,5 μg plasmid digunakan sebagai substrat, dan dicerna selama 5 menit, dan produk yang dicerna dikenakan elektroforesis gel agarosa.
Tabel 4.Produk dan Kompatibilitas Buffer Reaksi
Nama Produk | Kucing# | Urutan pengenalan | Suhu | Suhu penonaktifan termal |
| Penyangga T* | N* Penyangga | Penyangga Ta* | Basis yang dilindungi (bp) | Tanggapan |
FuniCut™ AscI (menanyakan) | Nomor telepon 15001ES50 | GG/CGCGCC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50T |
FuniCut™ AvrII (menanyakan) | nomor telepon 15002ES25 | C/CTAGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25T |
FuniCut™ BamHI (menanyakan) | Nomor telepon 15003ES76 | G/GATCC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 500T |
FuniCut™ BclI (menanyakan) | 15004ES62 | T/GATCA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 125T |
FuniCut™ BsaI (menanyakan) | Nomor telepon 15005ES50 | GGTCTC (1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | Bukan | 50T |
FuniCut™ BstEII (menanyakan) | Nomor telepon 15006ES60 | G/GTNACC | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | Bukan | 100T |
FuniCut™ ClaI (menanyakan) | Nomor telepon 15007ES50 | DI/CGAT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50T |
FuniCut™ DpnII (menanyakan) | Nomor telepon 15008ES50 | /GATC | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | Bukan | 50T |
FuniCut™ EagI (menanyakan) | Nomor telepon 15009ES25 | C/GGCCG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25T |
FuniCut™ EcoRI (menanyakan) | Nomor telepon 15010ES78 | G/AATTC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 600T |
FuniCut™ EcoRV (menanyakan) | Nomor telepon 15011ES70 | GAT/ATC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 200T |
FuniCut™ HindIII (menanyakan) | 15012ES76 | A/AGCTT | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 500T |
FuniCut™ HpaI (menanyakan) | Nomor telepon 15013ES50 | Bahasa Inggris GTT/AAC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 1 | 50T |
FuniCut™ KpnI (menanyakan) | Nomor telepon 15015ES70 | GGTAC/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 200T |
FuniCut™ MluI (menanyakan) | Nomor 15016ES60 | A/CGCGT | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 100T |
FuniCut™ NcoI (menanyakan) | Nomor 15018ES30 | C/CATGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30T |
FuniCut™ NdeI (menanyakan) | Nomor telepon 15019ES70 | CA/TATG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200T |
FuniCut™ NheI (menanyakan) | Nomor telepon 15020ES30 | G/CTAGC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30T |
FuniCut™ Bukan Saya (menanyakan) | Nomor telepon 15021ES50 | GC/GGCCGC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50T |
FuniCut™ PstI (menanyakan) | 15022ES76 | CTGCA/G | 37 | TIDAK | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 500T |
Kantong FuniCut™ (menanyakan) | Nomor telepon 15023ES60 | GAGCT/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 100T |
FuniCut™ SalI (menanyakan) | Nomor telepon 15024ES70 | G/TCGAC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200T |
FuniCut™ SbfI (menanyakan) | nomor telepon 15025ES25 | CCTGCA/GG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25T |
FuniCut™ Kecil (menanyakan) | Nomor telepon 15027ES60 | CCC/GGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100T |
Permainan FuniCut™ (menanyakan) | Nomor telepon 15028ES50 | AC/CTAGT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50T |
FuniCut™ SphI (menanyakan) | Nomor telepon 15029ES50 | GCATG/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50T |
FuniCut™ SspI (menanyakan) | Nomor telepon 15030ES56 | AAT/ATT | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 60T |
FuniCut™ StuI (menanyakan) | Nomor telepon 15031ES60 | AGG/CCT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100T |
FuniCut™ Taqi (menanyakan) | Nomor telepon 15032ES70 | T/CGA | 65 | TIDAK | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200T |
FuniCut™ XbaI (menanyakan) | 15033ES76 | T/CTAGA | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 500T |
FuniCut™ XhoI (menanyakan) | 15034ES76 | C/TCGAG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 500T |
FuniCut™ FspI (menanyakan) | Nomor telepon 15036ES50 | TGC/GCA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 50T |
FuniCut™ HinfI (menanyakan) | 15038ES76 | G/ANTC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 500T |
FuniCut™ ApaLI (menanyakan) | Nomor telepon 15039ES70 | G/TGCAC | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 4 | 200T |
FuniCut™ NruI (menanyakan) | Nomor telepon 15040ES50 | TCG/CGA | 37 | TIDAK | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 50T |
Paket FuniCut™ (menanyakan) | nomor telepon 15041ES25 | TTAAT/TAA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25T |
FuniCut™ PvuII (menanyakan) | Nomor telepon 15042ES70 | CAG/CTG | 37 | TIDAK | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200T |
FuniCut™ SacII (menanyakan) | 15043ES50 | CCGC/GG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50T |
FuniCut™ NsiI (menanyakan) | 15044ES25 | ATGCA/T | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25T |
FuniCut™ Esp3I (BsmBI) (menanyakan) | Nomor 15048ES30 | CGTCTC (1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 30T |
FuniCut™ BglII (menanyakan) | Nomor telepon 15049ES60 | A/GATCT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 100T |
FuniCut™ BstBI (menanyakan) | Nomor telepon 15050ES60 | TT/CGAA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | Bukan | 100T |
FuniCut™ MNL (menanyakan) | 15051ES50 | CCTC (7/6) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50T |
CpG: Dipengaruhi oleh metilasi CpG.
EK: Terkena metilasi EcoKI.
EB: Terkena metilasi EcoBI.
Dcm: Dipengaruhi oleh metilasi Dcm.
Bendungan: Terkena metilasi Bendungan.