Restriksi Endonuklease Dari Yeasen Seri FuniCut™, Pencernaan 5 menit Dengan Universal Buffer

Kloning molekuler digunakan di hampir setiap laboratorium. Enzim endonuklease restriksi merupakan komponen penting dalam percobaan kloning molekuler, tetapi orang-orang juga sering terganggu oleh berbagai masalah dengan percobaan enzim endonuklease restriksi. Masalah umum adalah sebagai berikut:

  • Ada begitu banyak jenis endonuklease restriksi, sulit untuk memilih.
  • Pembelahan yang salah, pembelahan acak, atau pembelahan enzimatik yang tidak lengkap.
  • Kecepatan pencernaannya lambat; mungkin memerlukan waktu satu jam atau bahkan semalaman.
  • Selain itu, percobaan pencernaan enzim ganda juga perlu memilih berbagai enzim pencernaan bTo

Untuk membuktikan kepada Anda pemahaman yang lebih mendalam tentang endonuklease restriksi, berikut ini akan menjelaskan secara singkat apa itu endonuklease restriksi dan bagaimana berbagai endonuklease diklasifikasikan sebagai jawaban atas pertanyaan pertama. Yeasen Seri FuniCut™ dari Fast Restriction Endonucleases dapat dengan mudah mengatasi masalah kedua hingga keempat melalui modulasi regangan dan prosedur yang lebih baik!

1. Apa itu Restriksi Endonuklease?
2. Pembatasan tata nama endonuklease
3. Pembatasan klasifikasi endonuklease
4. Yeasen Endonuklease Restriksi Cepat FuniCut™

1. Apa itu Restriksi Endonuklease?

Endonuklease restriksi merupakan golongan enzim yang dapat mengenali urutan nukleotida spesifik pada molekul DNA beruntai ganda dan memutus hubungan fosfodiester pada rantai DNA pada lokasi tertentu.

Endonuklease restriksi yang berbeda akan mengenali sekuens DNA yang berbeda. Mereka dapat memotong DNA di dalam sekuens pengenalan atau di tempat yang tidak jauh dari sekuens pengenalan, sehingga menghasilkan berbagai produk, seperti yang diilustrasikan dalam Gambar 1. BamHI membentuk ujung lengket, KpnI membentuk ujung lengket 3', dan EcoRV membentuk ujung tumpul.

Gambar 1. Diagram skema pencernaan BamHI, KpnI, EcoRV

2. Pembatasan tata nama endonuklease

Nama genus, nama spesies, strain bakteri atau serotipe, dan urutan penemuan merupakan faktor utama yang digunakan untuk memberi nama endonuklease restriksi. Pedoman pemberian nama ditampilkan dalam Tabel 1 di bawah ini dengan menggunakan BstEII sebagai contoh:

Tabel 1. Pembatasan nomenklatur endonuklease

Singkatan

Nama Lengkap

Implikasi

B

Basil

Huruf pertama nama genus

Bahasa Inggris

stearotermofilus

Dua huruf pertama dari nama spesies

Bahasa Inggris

DAN

Huruf pertama dari nama strain

II

Penemuan kedua

Urutan yang ditemukan pada bakteri tersebut

3.Pembatasan klasifikasi endonuklease

Berdasarkan kompleksitas struktur, cara kerja, dan perbedaan antara kofaktor, enzim restriksi dapat dibagi menjadi empat kategori. Tabel 2 berikut merangkum karakteristik dan enzim khas dari setiap kategori.

Tabel 2. Variasi di antara beberapa endonuklease restriksi

Kelas endonuklease

Fitur

Spesies enzim yang khas

Tipe I

1. Pengenalan dan modifikasi pembelahan.

2. Dapat mengenali urutan DNA tertentu, dan lokasi pencernaannya berjarak tak terbatas dari lokasi pengenalan, hingga ribuan basa.

3. Tindakan memerlukan ATP.

EcoB, EcoK, dll.

Tipe II

1. Hanya memiliki fungsi identifikasi pemotongan.

2. Urutan pengenalan sering kali berupa urutan Palindromik pendek (sekitar 4–8 bp), dan tempat pencernaan spesifik endonuklease restriksi biasanya merupakan urutan yang dikenali.

3. Aksi memerlukan Mg2+.

4. Jenis enzim restriksi yang paling sering digunakan dalam kloning molekuler.

HindIII, NotI, dll.

Tipe III

1. Pengenalan dan modifikasi pencernaan.

2. Tentangseparatesp memisahkan situs pengenalan dari situs pencernaan.

3. Tindakan memerlukan ATP.

HinfIII dan lain-lain.

Tipe IV

1. Hanya memotong rangkaian DNA yang termetilasi.

2. Sekitar 30 bp memisahkan situs pengenalan dari situs pencernaan.

McrA, McrBC, dll.

Seperti yang ditunjukkan dalam Tabel 3 di bawah, ia juga dapat dibagi menjadi tiga kelompok berdasarkan persamaan dan perbedaan antara tempat pengenalan dan pencernaan.

Tabel 3.Analisis perbandingan Isoskizomer, Neoskizomer, dan Isokauderner

isoskizomer

Neoskizomer (Neoskizomer)

Isocaudarner

urutan pengenalan

sama

sama

berbeda

situs pencernaan

sama

berbeda

sama

perwakilan khas

AgeI dan BshTI: keduanya mengenali dan membelah 5′-A↓CCGGT-3′

SmaI (5′-CCC↓GGG-3′) dan XmaI(5′-C↓CCGGG-3′)

BamHI (5'-G↓GATCC-3') dan BglII (5'-A↓GATCT-3')

Mengingat beberapa endonuklease restriksi di pasaran masih memerlukan pencernaan semalam, dan produknya rentan terhadap pencernaan yang salah, Yeasen Nuklease Endoa Restriksi Cepat, penyangga universal, pencernaan lengkap dan akurat dalam 5 menit, sehingga eksperimen pencernaan Anda tidak mengalami masalah lagi!

4. Yeasen FuniCut™ Endonuklease Restriksi Cepat

Yeasen FuniCut™ Fast Restriction Endonucleases

Gambar 2. Yeasen Endonuklease Restriksi Cepat FuniCut™

4.1 Fitur

  • Pencernaan cepat: pencernaan dapat diselesaikan dalam waktu 5–15 menit, yang dapat dikurangi lebih dari 1-2 jam dibandingkan dengan percobaan pencernaan konvensional.
  • Penyangga universal: Reaksi pembelahan multi-enzim dibuat lebih sederhana oleh fakta bahwa kombinasi endonuklease apa pun dapat menggunakan penyangga yang sama.
  • Efek pencernaan enzim: sebanding dengan N* dan sesuai untuk penyangganya.
  • Elektroforesis langsung membuat prosesnya lebih sederhana dengan menyediakan penyangga warna merah dan memungkinkan produk pencernaan dikirim langsung untuk elektroforesis.
  • Pencernaan yang tepat: Bahkan dengan pencernaan semalaman, aktivitas bintang sangat sedikit.

4.2 Pameran pertunjukan

4.2.1 Dalam FuniCut™ Buffer, pencernaan tunggal, ganda, dan rangkap tiga berlangsung dalam 5 menit.

Gambar 3. Pencernaan tunggal, ganda, dan rangkap tiga menggunakan FuniCut Buffer biasanya dapat diselesaikan dalam 5 menit, misalnya, pencernaan rangkap tiga menggunakan EcoRI+KpnI+SmaI.

4.2.2 Dampak pencernaan enzim sebanding dengan N* dan T*, dan bekerja dengan baik dengan penyangganya.

Gambar 4. Dibandingkan dengan barang N*, T* yang serupa, Yeasen Efek pencernaan enzim FuniCut™ BamHI kompatibel dengan buffer merek N*, T*.

4.2.3 Pencernaan semalam dengan aktivitas bintang yang sangat rendah

Gambar 5. Memanfaatkan endonuklease cepat HindIII, NheI, PstI, XbaI, dan XhoI dari Yeasen, Tbydance dengan protokol eksperimental yang disarankan oleh setiap merek.Lakukan pencernaan semalaman (16 jam) dan analisis produk yang dicerna menggunakan elektroforesis gel agarosa.

4.2.4 Sangat redundan dan mampu menangani beberapa substrat berlebih.

Gambar 6. Menggunakan Endonuklease Restriksi Cepat FuniCut™ EcoR I, Eag I, XbaI, dan Sac I, masing-masing 1 μg dan 1,5 μg plasmid digunakan sebagai substrat, dan dicerna selama 5 menit, dan produk yang dicerna dikenakan elektroforesis gel agarosa.

Tabel 4.Produk dan Kompatibilitas Buffer Reaksi

Nama Produk

Kucing#

Urutan pengenalan

Suhu
suhu (ºC)

Suhu penonaktifan termal
suhu (ºC)


FuniCut™ penyangga

Penyangga T*

N* Penyangga

Penyangga Ta*

Basis yang dilindungi (bp)

Tanggapan

FuniCut™ AscI (menanyakan)

Nomor telepon 15001ES50

GG/CGCGCC

37

80

100

100

100

100

1

50T

FuniCut™ AvrII (menanyakan)

nomor telepon 15002ES25

C/CTAGG

37

80

100

100

100

100

3

25T

FuniCut™ BamHI (menanyakan)

Nomor telepon 15003ES76

G/GATCC

37

80

100

100

100

100

3

500T

FuniCut™ BclI (menanyakan)

15004ES62

T/GATCA

37

80

100

100

100

100

3

125T

FuniCut™ BsaI (menanyakan)

Nomor telepon 15005ES50

GGTCTC (1/5)

37

80

100

100

100

100

Bukan
Bertekad

50T

FuniCut™ BstEII (menanyakan)

Nomor telepon 15006ES60

G/GTNACC

37

80

100

75

100

75

Bukan
Bertekad

100T

FuniCut™ ClaI (menanyakan)

Nomor telepon 15007ES50

DI/CGAT

37

80

100

100

100

100

4

50T

FuniCut™ DpnII (menanyakan)

Nomor telepon 15008ES50

/GATC

37

80

100

75

100

75

Bukan
Bertekad

50T

FuniCut™ EagI (menanyakan)

Nomor telepon 15009ES25

C/GGCCG

37

80

100

100

100

100

2

25T

FuniCut™ EcoRI (menanyakan)

Nomor telepon 15010ES78

G/AATTC

37

80

100

100

100

100

5

600T

FuniCut™ EcoRV (menanyakan)

Nomor telepon 15011ES70

GAT/ATC

37

80

100

100

100

100

5

200T

FuniCut™ HindIII (menanyakan)

15012ES76

A/AGCTT

37

80

100

75

100

100

3

500T

FuniCut™ HpaI (menanyakan)

Nomor telepon 15013ES50

Bahasa Inggris GTT/AAC

37

80

100

100

100

50

1

50T

FuniCut™ KpnI (menanyakan)

Nomor telepon 15015ES70

GGTAC/C

37

80

100

100

100

100

2

200T

FuniCut™ MluI (menanyakan)

Nomor 15016ES60

A/CGCGT

37

80

100

75

100

100

3

100T

FuniCut™ NcoI (menanyakan)

Nomor 15018ES30

C/CATGG

37

80

100

100

100

100

3

30T

FuniCut™ NdeI (menanyakan)

Nomor telepon 15019ES70

CA/TATG

37

80

100

100

100

100

3

200T

FuniCut™ NheI (menanyakan)

Nomor telepon 15020ES30

G/CTAGC

37

80

100

100

100

100

3

30T

FuniCut™ Bukan Saya (menanyakan)

Nomor telepon 15021ES50

GC/GGCCGC

37

80

100

100

100

100

2

50T

FuniCut™ PstI (menanyakan)

15022ES76

CTGCA/G

37

TIDAK

100

100

100

100

2

500T

Kantong FuniCut™ (menanyakan)

Nomor telepon 15023ES60

GAGCT/C

37

80

100

100

100

100

3

100T

FuniCut™ SalI (menanyakan)

Nomor telepon 15024ES70

G/TCGAC

37

80

100

100

100

100

3

200T

FuniCut™ SbfI (menanyakan)

nomor telepon 15025ES25

CCTGCA/GG

37

80

100

100

100

100

2

25T

FuniCut™ Kecil (menanyakan)

Nomor telepon 15027ES60

CCC/GGG

37

80

100

100

100

100

1

100T

Permainan FuniCut™ (menanyakan)

Nomor telepon 15028ES50

AC/CTAGT

37

80

100

100

100

100

2

50T

FuniCut™ SphI (menanyakan)

Nomor telepon 15029ES50

GCATG/C

37

80

100

100

100

100

1

50T

FuniCut™ SspI (menanyakan)

Nomor telepon 15030ES56

AAT/ATT

37

80

100

50

100

100

2

60T

FuniCut™ StuI (menanyakan)

Nomor telepon 15031ES60

AGG/CCT

37

80

100

100

100

100

1

100T

FuniCut™ Taqi (menanyakan)

Nomor telepon 15032ES70

T/CGA

65

TIDAK

100

100

100

100

4

200T

FuniCut™ XbaI (menanyakan)

15033ES76

T/CTAGA

37

80

100

50

100

100

2

500T

FuniCut™ XhoI (menanyakan)

15034ES76

C/TCGAG

37

80

100

100

100

100

4

500T

FuniCut™ FspI (menanyakan)

Nomor telepon 15036ES50

TGC/GCA

37

80

100

100

100

100

3

50T

FuniCut™ HinfI (menanyakan)

15038ES76

G/ANTC

37

80

100

100

100

50

2

500T

FuniCut™ ApaLI (menanyakan)

Nomor telepon 15039ES70

G/TGCAC

37

80

100

75

100

100

4

200T

FuniCut™ NruI (menanyakan)

Nomor telepon 15040ES50

TCG/CGA

37

TIDAK

100

100

100

100

5

50T

Paket FuniCut™ (menanyakan)

nomor telepon 15041ES25

TTAAT/TAA

37

80

100

100

100

100

2

25T

FuniCut™ PvuII (menanyakan)

Nomor telepon 15042ES70

CAG/CTG

37

TIDAK

100

100

100

100

4

200T

FuniCut™ SacII (menanyakan)

15043ES50

CCGC/GG

37

80

100

100

100

100

4

50T

FuniCut™ NsiI (menanyakan)

15044ES25

ATGCA/T

37

80

100

100

100

100

3

25T

FuniCut™ Esp3I (BsmBI) (menanyakan)

Nomor 15048ES30

CGTCTC (1/5)

37

80

100

100

100

100

5

30T

FuniCut™ BglII (menanyakan)

Nomor telepon 15049ES60

A/GATCT

37

80

100

100

100

50

2

100T

FuniCut™ BstBI (menanyakan)

Nomor telepon 15050ES60

TT/CGAA

37

80

100

100

100

100

Bukan
Bertekad

100T

FuniCut™ MNL (menanyakan)

15051ES50

CCTC (7/6)

37

80

100

100

100

100

2

50T

CpG: Dipengaruhi oleh metilasi CpG.

EK: Terkena metilasi EcoKI.

EB: Terkena metilasi EcoBI.

Dcm: Dipengaruhi oleh metilasi Dcm.

Bendungan: Terkena metilasi Bendungan.

Pertanyaan