Gambar 1. Diagram skema struktur manik magnetik

tanggal 02 Prinsip

Sistem manik magnetik komersial meliputi manik magnetik, polietilen glikol (PEG), ion garam, dll. Faktor utama yang mempengaruhi pemulihan DNA adalah PEG, ukuran dan konsentrasi DNA, waktu inkubasi, dll. Di antara semuanya, PEG adalah faktor penentu. Konsentrasi tinggi PEG dan NaCl menyebabkan DNA melepaskan lapisan hidrasinya, memadat menjadi bentuk bulat, dan mengekspos gugus fosfat bermuatan negatif. Melalui pembentukan "jembatan listrik" oleh Na+ dengan gugus karboksil pada permukaan manik-manik magnetik, DNA diserap ke manik-manik magnetik. Setelah penghilangan PEG dan NaCl, efek hidrasi memutus ikatan ionik, dan DNA dimurnikan. DNA dengan panjang yang berbeda dapat diendapkan secara selektif sesuai dengan perubahan PEG dan konsentrasi garam.

Gambar 2. Diagram skema prinsip penyerapan DNA oleh manik-manik magnetik.

Aaplikasi

Manik-manik magnetik sangat penting dalam pengurutan berthroughput tinggi karena karakteristik throughput tinggi dan kesesuaiannya untuk otomatisasi. Manik-manik ini banyak digunakan untuk ekstraksi, pemurnian, dan penyortiran DNA dalam konstruksi pustaka Next Generation Sequencing (NGS).

01 Ekstraksi asam nukleat

Dalam metode ekstraksi manik magnetik, penyangga lisis sel, yang bertindak sebagai denaturan protein, dapat melisiskan sel dan melepaskan asam nukleat. Manik magnetik bermuatan positif dan cenderung menyerap asam nukleat bermuatan negatif. Setelah mengikat, pengotor dihilangkan melalui pencucian dan penangkapan medan magnet. Akhirnya, asam nukleat dipisahkan dengan penyangga elusi. DNA/RNA yang dimurnikan dapat digunakan untuk pengujian seperti PCR. Metode ini diterapkan secara luas dalam industri diagnostik dan mendukung ekstraksi asam nukleat otomatis dan berthroughput tinggi.

Gambar 3. Diagram skema proses ekstraksi asam nukleat manik magnetik.

tanggal 02 Pemurnian DNA

Tujuan pemurnian DNA adalah untuk membuang fragmen yang bukan target. Manik-manik magnetik lebih suka menyerap fragmen besar. Dengan mengendalikan proporsi manik-manik magnetik, DNA dengan ukuran tertentu dapat diserap secara selektif, dan fragmen kecil dalam supernatan dapat dibuang. Akhirnya, DNA target dielusi dan dipulihkan. Ini sering digunakan untuk membuang fragmen kecil seperti dimer adaptor/dimer primer, atau untuk pengayaan sampel.

Gambar 4. Diagram skema proses pemurnian DNA.

Selama proses pemurnian DNA menggunakan manik-manik magnetik, akan ada beberapa sampel yang hilang. Efisiensi pemulihan dapat dihitung dengan rumus: Efisiensi Pemulihan = (Massa DNA setelah pemurnian / Massa DNA Input) × 100%. Data menunjukkan bahwa stabilitas batch Yeasen Manik magnetik DNA bagus, dan efisiensi pemulihannya sebanding dengan manik magnetik XP, menjadikannya produk alternatif yang hemat biaya.

Tabel 1. Perhitungan Efisiensi Pemulihan Manik Magnetik

Sampel paralel	mencicipi	Masukan (ng)	Pemurnian DNA(1,8×)
			Asetelah pemurnian(ng)	Persentase pemulihan %	Apersentase pemulihan rata-rata
Sampel paralel 1	Sebuah XP	169.5	153.25	90,41%	90,41%
	B-YS		159.75	94,25%	94,50%
	Bahasa Inggris C dan YS		162	95,58%
	D-Y		158.75	93,66%
Sampel paralel 2	Sebuah XP		156	92,04%	92,04%
	B-YS		156.5	92,33%	93,51%
	Bahasa Inggris C dan YS		160	94,40%
	D-Y		159	93,81%

【CATATAN】：Data uji manik-manik magnetik bersumber dari perusahaan bioteknologi tertentu di Shanghai. Dalam tabel, A mewakili manik-manik magnetik AMPure XP; B, C, dan D adalah tiga kelompok manik-manik magnetik yang berbeda. Yeasen manik-manik magnetik masing-masing.

tanggal 03 DNA Pemilihan Ukuran Ganda

Pengurutan generasi berikutnya (NGS) mengharuskan pustaka NGS mencapai panjang tertentu. Penyaringan fragmen digunakan untuk memilih fragmen target dari DNA yang terfragmentasi. Dengan memanfaatkan karakteristik bahwa manik-manik magnetik lebih suka menyerap fragmen besar, setelah putaran pertama penyerapan fragmen besar, manik-manik magnetik dibuang dan supernatan dipertahankan, dengan fragmen target tetap berada di supernatan. Pada putaran kedua, manik-manik magnetik menyerap fragmen target, dan setelah membuang supernatan, fragmen target dielusi dan dipulihkan.

Gambar 5.Pemilihan ukuran ganda DNA ikhtisar proses

Untuk mengevaluasi akurasi penyortiran, ukuran fragmen yang disortir berdasarkan proporsi masukan manik magnetik yang berbeda biasanya dideteksi oleh instrumen Agilent 2100.

Di bawah proporsi manik-manik magnetik tertentu, distribusi fragmen dari sampel yang berbeda harus terkonsentrasi di posisi yang sama. Efek penyortiran yang ideal adalah puncak tunggal yang sempit dan membulat di bagian atas. Karena perbedaan penyangga di antara produsen yang berbeda, distribusi akan bervariasi di bawah proporsi manik-manik magnetik tertentu. Sebelum digunakan, perlu merujuk ke buku petunjuk untuk mengonfirmasi proporsi penyortiran fragmen target. Data menunjukkan bahwa di bawah proporsi penyortiran yang sama, efek penyortiran Yeasen manik magnetik dan manik magnetik XP yang diimpor sangat konsisten.

Tabel 2. Pemulihan Khas

mencicipi		Pemilihan Ukuran Ganda(0,65×/0,2×)
	Masukan (ng)	Setelah Pemilihan Ukuran Ganda(ng)	Persentase pemulihan %	Rata-rata Persentase pemulihan
Sebuah XP	276.44	55.2	19,97%	19,97%
B-YS
		61.35	22,19%	22,84%
Bahasa Inggris C dan YS		65.4	23,68%
D-Y		62.55	22,63%

【catatan】：Data uji manik-manik magnetik bersumber dari perusahaan bioteknologi tertentu di Shanghai. Dalam tabel, A mewakili manik-manik magnetik AMPure XP, sedangkan B, C dan D adalah tiga kelompok manik-manik magnetik yang berbeda. Yeasen manik-manik magnetik masing-masing.

Informasi Produk

NGS yang kuat^{Waktu Standar} DNA Selection Beads didasarkan pada prinsip SPRI dan dikombinasikan dengan sistem buffer yang dioptimalkan, sehingga cocok untuk penyortiran dan pemurnian fragmen DNA di pustaka sekuensing generasi berikutnya. Produk ini kompatibel dengan kit konstruksi pustaka dari berbagai merek, dan efisiensi pemulihan fragmen serta distribusi ukuran pustakanya mirip dengan manik magnetik XP. Perlu dicatat bahwa harga Yeasen manik-manik magnetik dapat berharga serendah 3 yuan per perpustakaan, yang tiga kali lebih rendah daripada manik-manik magnetik XP yang diimpor!

Tabel 3.Rekomendasi untuk Hieff NGS^{Waktu Standar} Produk Manik Magnetik Seri

Klasifikasi dari magnetik manik-manik	Nama Produk	Nomor Produk	Ukuran	Harga promosi(¥ yuan)	Aplikasi
DNA manik-manik magnetik	NGS yang kuatWaktu Standar Manik-manik Seleksi DNA	nomor telepon 12601ES08	5 ml air	595	Pembersihan DNA Pemilihan ukuran DNA Pemurnian produk PCR Pemurnian pencernaan enzim restriksi dan produk ligasi
		12601ES56	60 ml air	3775
		12601ES75	450 ml air	15715
	NGS yang kuatWaktu Standar Manik-manik DNA Bersih yang Lebih Cerdas	Nomor telepon 12600ES08	5 ml air	tahun 835	Pemurnian fragmen kecil（＞50 bp） Pemurnian fragmen kecil dalam konstruksi pustaka CUT&Tag Pemurnian fragmen kecil dalam konstruksi pustaka ATAC-Seq.
		nomor 12600ES56	60 ml air	4555
		Nomor 12600ES75	450 ml air	17935
RNA manik-manik magnetik	NGS yang kuatWaktu Standar Pembersih RNA	nomor 12602ES08	5 ml air	635	Konstruksi perpustakaan RNA Pemurnian sampel total RNA setelah penghilangan RNA ribosom (rRNA) Pemurnian produk RNA yang ditranskripsi atau disintesis secara in vitro Pemurnian produk berlabel RNA
		12602ES56	60 ml air	tahun 2555
		nomor 12602ES75	450 ml air	23135
	NGS yang kuatWaktu Standar Kit Isolasi mRNA Master V2	12629ES24	24 jam	308	Isolasi dan pemurnian mRNA. Konstruksi perpustakaan transkriptom
		12629ES96	96 jam	tahun 1128