アガロースは、寒天または寒天を含む海藻から抽出された精製された線状ガラクタン親水性コロイドです。構造的には、3,6-無水-α-L-ガラクトピラノシル残基に結合したβ-D-ガラクトピラノシル（1-4）からなる線状ポリマーです。ゲル試薬として、ゲル電気泳動またはブロッティング法（ノーザン法またはサザン法など）による日常的な核酸分析に一般的に使用され、放射状免疫拡散（RID）実験などのタンパク質用途にも適しています。
アガロースゲル電気泳動は、アガロースを支持媒体として使用する電気泳動法であり、ゲルの準備、サンプルのロード、電気泳動が含まれます。他の支持材料電気泳動との分析原理の主な違いは、「分子ふるい」と「電気泳動」の2つの役割があることです。ゲルを電界に置くと、帯電した核酸はゲルの細孔を通って正極に向かって移動します。適切な時間、さまざまな条件下で電気泳動すると、さまざまなサイズと構造の核酸断片がゲル内のさまざまな位置に配置され、分離が達成されます。
図1 核酸電気泳動実験操作手順
図2 電気泳動移動方向図
適切なアガロースを選択するには？
アガロースの基本的なパラメータに基づいて判断します。
- 硫酸塩含有量 — 純度の指標。
- ゲル強度 - ゲルを破壊するために必要な外力。
- ゲル化点 — 水溶性アガロース溶液が冷却時にゲルを形成する温度。
- 電気浸透 (EEO) — 液体がゲルに浸透する電気運動の一種。アガロースゲル内のアニオン基はマトリックスに吸着して移動しませんが、解離したカチオンは負極に向かって移動し、電気浸透が発生します。サンプルの電気泳動移動は通常正極に向かって進むため、EEO によって引き起こされる内部対流が分離効率を妨げる可能性があります。アガロースの基本パラメータに基づくと、高品質のアガロースゲルは、透明な細孔を持ち、破損しにくく、高純度 (硫酸塩含有量が低い)、高ゲル強度、比較的高いゲル点 (室温ですぐに固まる)、低 EEO などの特性を備えている必要があります。
アガロースの分離範囲に基づいて判断します。
アガロースゲルは分離範囲が広く、DNAゲル回収、DNA分離、DNAが組み換えられているかどうかの確認、プラスミドなどが切り開かれているかどうかの確認などによく使用されます。対象断片のサイズが異なれば、アガロースの濃度も異なります。高濃度は小さな断片を分離するのに適しているという原則に従って、次の表を参考にして、ニーズに合った最適なゲル濃度を見つけることができます。
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アガロース濃度( % ) |
≥3 |
2-3 |
1-2 |
0.7-1 |
≤0.7 |
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DNA断片サイズ（bp） |
≤200 |
200-700 |
700-1500 |
1500-5000 |
≥5000 |
YEASEN高品質アガロース — さまざまな用途シナリオに対応し、お客様のニーズを満たします
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製品名 |
製品番号 |
製品仕様 |
アプリケーションシナリオ |
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10208ES60/76 |
100グラム/500グラム |
通常の核酸電気泳動 |
製品の利点
低い電気浸透圧 (EEO ≤ 0.13) により、優れたバンド分離、明確な区別、およびより速い移動が実現します。
ジェルの孔は透明でまっすぐ、ジェルの強度が高く、破損しにくいです。
高品質アガロースの使用方法
アガロースゲルの濃度は通常 0.7% から 2% の間で選択されます。濃度が高いほど、ゲルの分子細孔サイズが小さくなり、DNA の移動速度が遅くなり、解像度が高くなります。逆に、濃度が低いほど、DNA の移動速度が速くなり、解像度が低くなります。さまざまな実験目的に基づいて、適切なゲル濃度と互換性のある電気泳動バッファーを選択してください。
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アガロース濃度 |
有効分離範囲 (bp) |
推奨バッファ |
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0.5% |
2,000～50,000人 |
1×TAE |
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0.8% |
800～10,000人 |
1×TAE |
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1.0% |
400～8,000人 |
1×TAE |
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1.2% |
300～7,000人 |
1×TAE |
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1.5% |
200～3,000人 |
1×TAE/0.5×TBE |
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2.0% |
100～2,000人 |
1×TAE/0.5×TBE |
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3.0% |
25～1,000人 |
0.5×TBE |
出版された文献（一部）
- Li Z、Wang M、Fang H、et al。ナノプラスチックによって誘発される抗生物質耐性プラスミドの固液界面吸着が水生生態系の遺伝子汚染を悪化させる。Environ Pollut。2023年。doi：10.1016/j.envpol.2022.120456。 IF=10.366(10208ES)
- Wang M、Zhang S、Zheng G、et al。Card14の機能獲得変異は、IL-17Aに対するケラチノサイト応答の増強を介して、自発的な乾癬様皮膚炎症を引き起こす。免疫。2018;49(1):66-79.e5。doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012。IF =19。734
- Zhang Y、Ding H、Wang X、et al。MK2はβ-TrCPユビキチンリガーゼを介してTfcp2l1の分解を促進し、マウス胚性幹細胞の自己複製を制御します。Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949. IF =9. 423
- Zhu Z、Zhang L、Sheng R、Chen J。マイクロ流体ベースのカチオン性コレステロール脂質siRNA送達ナノシステム：非常に効率的なin vitro遺伝子サイレンシングと細胞内挙動。Int J Mol Sci。2022;23(7):3999。2022年4月3日発行。doi：10.3390/ijms23073999。IF =19。924
- Zhao C、Yang D、Ye Y、et al. LT-171-861 による Pim-2 キナーゼの阻害は DNA 損傷を促進し、多発性骨髄腫における PARP 阻害剤による致死効果を増強する。Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648. IF =5. 858
- Yu J、Yang W、Xing S、他。アスコルビン酸の蛍光および磁気共鳴測定のための混合金/MnO2@BSAナノ粒子。Mikrochim Acta。2019;186(2):89。2019年1月10日発行。doi :10.1007/s00604-018-3205-8。IF =5。479
- Zheng X、Xu W、Sun R、Yin H、Dong C、Zeng H。チオレドキシン還元酵素阻害剤エタセレンと亜セレン酸ナトリウムの相乗効果によるヒト非小細胞肺癌細胞の増殖阻害および細胞死の誘導。Chem Biol Interact。2017;275:74-85。doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020。IF =5。194
- Zhou J、Xiong R、Zhou J、et al. タバコ発癌物質NNKによって誘発されるヒト気管支上皮Beas-2B細胞の悪性形質転換におけるm6A調節因子IGF2BP1の関与。Toxicol Appl Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849. IF =5. 219
- Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. ジンセノサイドRg1の老化Sca-1⁺造血細胞に対する保護効果。Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884. IF =5. 952
関連製品選択ガイド
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製品の位置付け |
製品名 |
製品番号 |
製品仕様 |
アプリケーションシナリオ |
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核酸染色 |
10202ES76 |
500μL |
水溶性で、EB と同じスペクトル特性を持ち、300 nm の UV 光励起下で検出されます。 |
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DNAマーカー |
10501ES60/80 |
100T/10×100T |
100～2000年前 |
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GoldBand DL5000 DNAマーカー |
10504ES60/80 |
100T/10×100T |
100～5000年前 |
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10507ES60/80 |
100T/10×100T |
100～1,500年前 |
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10510ES60/80 |
100T/10×100T |
250-12,000年前 |