1、背景
rRNAは生物の全RNAに占める割合が高いですが、有効な情報はほとんど提供できません。これらのRNAは大量の無効なデータを生成するため、生物学的情報を得る研究にとってはあまり意味がありません。一方、rRNAの割合が高いと、転写産物中のmRNAの相対的な豊富さが低下し、存在量の少ない転写産物の検出に影響します。そのため、従来のRNAシーケンシング（RNA-SEQ）では、費用対効果の高いRNAシーケンシングを実現するために、rRNAを効果的に除去することが不可欠です。
2、製品の説明
（1）MaxUpシリーズ、rRNA除去キット
MaxUpシリーズのrRNA除去試薬は、RNase H消化に基づいて、サンプルの全RNAからリボソームRNA（rRNA）を除去し、メッセンジャーRNA（mRNA）およびその他の非コーディングRNAを保持します。サンプルの種類は豊富で、開始量は広く、プロセス全体は2時間未満で、手動操作時間は10分未満です。同時に、従来のサンプルと低品質のサンプル（FFPEなど）の両方でrRNAを効率的に除去できるため、シーケンスデータの有効データ情報が大幅に向上し、RNAサンプルのコスト効率の高いシーケンスが実現します。
（2）MaxUpシリーズのrRNA除去プロセス
現在、RNase 除去は rRNA 除去の主な方法であり、特に一部の RNA 分解サンプル (FFPE サンプルなど) の場合、RNase 除去はその利点を発揮します。
図1. MaxUpシリーズのrRNA除去原理の概略図
3、製品性能表示
（1）植物サンプル
RNase Hを使用して植物の全RNAからリボソームRNAを消化して除去し、qPCRを使用して除去前後のrRNA遺伝子とmRNA遺伝子の発現変化を比較しました。結果は、この製品が植物からrRNAを効果的に除去できることを示しました。
図2. 1μgのアラビドプシス葉RNAをrRNA除去に使用し、qPCRを使用して除去前後のrRNA遺伝子とmRNA遺伝子の発現変化を比較した。
（2）ヒト・ラット・マウスサンプル
RNase H は、植物の全 RNA からリボソーム RNA を消化して除去し、ライブラリを構築して配列を送信するために使用されました。データ分析により、この製品はそのようなサンプルから rRNA を効率的に除去できることが示されました。
図3. ヒト、マウス、ラットの全RNA1μgをサンプルとして採取し、rRNAを除去した後にrRNA残基を配列決定して分析した。
（3）低品質RNAサンプル（FFPE RNAなど）
低品質サンプルはITS/ETS配列の割合が高い傾向があり（下図のFFPE RNA：DV200=20%を参照）、この部分の配列からも大量の無効データが生成されます。そのため、低品質サンプルにITS/ETSプローブを追加することで、対象配列をさらに効果的に濃縮することができます。本製品では、従来の45S Pre-rRNA用プローブに加え、ヒト45S ITS/ETS領域のプローブ設計も追加されており、従来のサンプルのrRNA除去効果に影響を与えることなく、低品質サンプルのrRNA除去をより効率的に行うことができます。
図4. ITS/ETSプローブ添加前後のrRNA残基とITS/ETS残基の比較
4、注文情報
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タイプ |
製品名 |
製品コード |
製品仕様 |
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rRNA除去キット |
12257ES08/24/96 |
8/24/96T |
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12254ES08/24/96 |
8/24T/96T |