説明
Hieff NGS ™ MaxUp ヒト rRNA 除去キット (rRNA & ITS/ETS) は、RNase H ベースのワークフローに基づいてヒト、マウス、ラットの全 RNA から rRNA と 45S ITS/ETS を除去し、mRNA およびその他の非コーディング RNA を保持するように設計されています。このキットは、完全な RNA サンプルと部分的に分解された RNA サンプル (FFPE RNA など) の両方に適しています。分解された FFPE サンプルには通常、新鮮な組織サンプルよりも高い割合の ITS/ETS が含まれているため、このキットはヒト 45S ITS/ETS 領域にプローブを追加し、ITS を除去することで生データ内の有効なデータの割合を大幅に増やすことができます。
特徴
- 強力な特異性：特にFFPEサンプルの場合、ヒトサンプルからrRNAとITS/ETSを特異的に除去します。
- テンプレート開始量の高い互換性：100 ng～1μgのサンプルに適用可能
- 高い除去効果：ヒト、マウス、ラットのサンプル中のrRNA、ITS、ETSの場合、除去効果は95％以上です。
- 安定した品質：厳格なバッチパフォーマンスと安定性の品質管理
アプリケーション
- 遺伝子発現研究
- 選択的スプライシング解析
- 非コードRNAの検出と発見
- 選択的ポリアデニル化部位の同定
- 融合遺伝子検出
仕様
| 枯渇技術 | RNaseH |
| サンプルタイプ | ヒト、マウス、ラットの全RNA |
| 最終製品タイプ | mRNAとその他の非コードRNA |
| 反応数 | 24/96 準備 |
| 原料量 | 100 ng〜1 μg 総RNA |
| ターゲット | ヒト全RNAからrRNAと45S ITS/ETSを除去 |
コンポーネント
| コンポーネント番号 | 名前 | 12257ES24 （24T） | 12257ES96 （96T） |
| 12257-A | ハイブリダイゼーションバッファー | 72μL | 288μL |
| 12257-B | プローブ ミックス (rRNA & ITS/ETS) | 48μL | 192μL |
| 12257-C | RNase H バッファー | 72μL | 288μL |
| 12257-D | RNaseH | 48μL | 192μL |
| 12257-E | DNase I バッファー | 660μL | 2×1320μL |
| 12257-F | DNase I | 60μL | 240μL |
配送と保管
すべての部品はドライアイスとともに出荷され、-15℃～-25℃で1年間保管できます。
数字
- rRNA除去特異性
従来のサンプルではrRNAとITS/ESTを98%以上除去でき、完全性が約50%のFFPEサンプルではrRNAとITS/ESTを95%以上除去できます。同時に、完全性の低いFFPEも効果的に除去できます。
表1. rRNA除去特異性効果
| RNAの品質 | 除去計画 | 入力 | rRNA（％） | ITS/ETS (%) | マッピング （％） |
| 293T RNA; RIN=10 | rRNAを除去する | 1μg | 0.19 | 4.6 | 98.28 |
| rRNAとITS/ETSを削除する | 1μg | 0.15 | 0.04 | 98.79 | |
| FFPE RNA; DV200 =90% | rRNAを除去する | 500ng | 0.23 | 4.75 | 95.35 |
| rRNAとITS/ETSを削除する | 500ng | 0.21 | 0.02 | 95.42 | |
| FFPE RNA; DV200 =50% | rRNAを除去する | 500ng | 1.4 | 16.28 | 95.57 |
| rRNAとITS/ETSを削除する | 500ng | 0.56 | 0.11 | 95.51 | |
| FFPE RNA; DV200 =20% | rRNAを除去する | 1μg | 0.35 | 67.61 | 58.4 |
| rRNAとITS/ETSを削除する | 1μg | 0.79 | 0.84 | 60.35 |
注: rRNA または rRNA と ITS/ETS を除去し、ITS/ETS 後に RNA ライブラリ準備キットを使用してライブラリを構築するために、さまざまなヒト RNA サンプルが使用されました。オフライン データ内の rRNA と ITS/ETS の割合は、シーケンスによって分析されました。
- シーケンスデータのパフォーマンス
表2. シーケンスデータのパフォーマンス
| サンプル | ＤＶ２００ | キット | クリーンQ20（％） | クリーンQ30（％） | クリーンGC (%) | rRNA（％） | ITS/ETS (%) | 個性的（％） |
| 1 | 24% | イェーセン カタログ番号 12257 | 96.75 | 92.68 | 57.05 | 4.58 | 2.42 | 96.90 |
| 2 | 40% | 96.56 | 92.42 | 55.31 | 1.93 | 0.63 | 96.45 | |
| 3 | 53% | 97.4 | 93.52 | 45.19 | 0.23 | 0.01 | 98.08 | |
| 4 | 76% | 97.67 | 93.78 | 51.28 | 0.44 | 0.01 | 93.63 |
[1] Tian S、Zhang B、He Y、et al. CRISPR-iPAS: 代替ポリアデニル化干渉のための新しいdCAS13ベースの方法。Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
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