Agarose is een gezuiverd lineair galactan hydrofiel colloïde geëxtraheerd uit agar of agar-bevattende zeewier. Structureel is het een lineair polymeer samengesteld uit β-D-galactopyranosyl (1-4) gekoppeld aan 3,6-anhydro-α-L-galactopyranosyl residuen. Als gelreagens wordt het vaak gebruikt voor routinematige nucleïnezuuranalyse door middel van gelelektroforese of blottingmethoden (zoals Northern of Southern), en het is ook geschikt voor eiwittoepassingen, zoals radiale immunodiffusie (RID) experimenten.
Agarosegelelektroforese is een elektroforetische methode die agarose gebruikt als ondersteunend medium, inclusief gelbereiding, monsterlading en elektroforese. Het belangrijkste verschil in het analyseprincipe van andere elektroforese van ondersteunend materiaal is dat het een dubbele rol heeft van "moleculaire zeef" en "elektroforese". Wanneer de gel in een elektrisch veld wordt geplaatst, migreren geladen nucleïnezuren door de gelporiën naar de positieve pool. Na elektroforese onder verschillende omstandigheden gedurende een geschikte hoeveelheid tijd, zullen nucleïnezuurfragmenten van verschillende groottes en conformaties zich op verschillende posities in de gel bevinden, waardoor scheiding wordt bereikt.
Figuur 1 Stappen voor de uitvoering van een nucleïnezuurelektroforese-experiment
Figuur 2 Diagram van de migratierichting van elektroforese
Hoe kiest u de juiste agarose?
Oordeel op basis van de basisparameters van agarose:
- Sulfaatgehalte: een indicator van zuiverheid;
- Gelsterkte — de externe kracht die nodig is om de gel te breken;
- Gelpunt — de temperatuur waarbij een in water oplosbare agarose-oplossing bij afkoeling een gel vormt;
- Electro-endosmose (EEO) — een type elektrokinetische beweging waarbij vloeistoffen de gel binnendringen. De anionische groepen in de agarosegel adsorberen op de matrix en migreren niet, maar de gedissocieerde kationen migreren naar de negatieve pool, waardoor elektro-osmose ontstaat. Omdat de elektroforetische migratie van monsters gewoonlijk naar de positieve pool beweegt, kan de interne convectie die wordt veroorzaakt door EEO de scheidingsefficiëntie verstoren. Gebaseerd op de basisparameters van agarose, zou een hoogwaardige agarosegel heldere poriën moeten hebben, minder vatbaar zijn voor breuk en kenmerken moeten hebben zoals hoge zuiverheid (laag sulfaatgehalte), hoge gelsterkte, relatief hoog gelpunt (snelle stolling bij kamertemperatuur) en lage EEO.
Oordeel op basis van het scheidingsbereik van agarose:
Agarosegels hebben een breed scheidingsbereik en worden vaak gebruikt voor DNA-gelherstel, DNA-scheiding en om te bevestigen of DNA is gerecombineerd en of plasmiden en dergelijke zijn opengesneden. Verschillende groottes van doelfragmenten komen overeen met verschillende concentraties agarose. Volgens het principe dat een hoge concentratie geschikt is voor het scheiden van kleine fragmenten, kunt u de volgende tabel raadplegen om de optimale gelconcentratie te vinden die past bij uw behoeften.
| Agarose-concentratie (%) | ≥3 | 2-3 | 1-2 | 0,7-1 | ≤0.7 |
| DNA-fragmentgrootte (bp) | ≤200 | 200-700 | 700-1500 | 1500-5000 | ≥5000 |
| Productnaam | Productnummer | Productspecificatie | Toepassingsscenario |
| 10208ES60/76 | 100 gram / 500 gram | Routinematige nucleïnezuurelektroforese |
Productvoordelen
Lage elektro-endosmose (EEO ≤ 0,13), wat resulteert in uitstekende bandscheiding, duidelijk onderscheid en snellere migratie.
De gelporiën zijn helder en recht, hebben een hoge gelsterkte en zijn minder gevoelig voor scheuren.
Hoogwaardige Agarose Gebruiksmethode
De concentratie van agarosegel wordt gewoonlijk gekozen tussen 0,7% en 2%. Hoe hoger de concentratie, hoe kleiner de moleculaire poriegrootte van de gel, hoe langzamer de DNA-migratiesnelheid en hoe hoger de resolutie. Omgekeerd, hoe lager de concentratie, hoe sneller de DNA-migratiesnelheid en hoe lager de resolutie. Kies de juiste gelconcentratie en compatibele elektroforesebuffer op basis van verschillende experimentele doeleinden.
| Agarose-concentratie | Effectief scheidingsbereik (bp) | Aanbevolen buffer |
| 0,5% | 2.000-50.000 | 1×TAE |
| 0,8% | 800-10.000 | 1×TAE |
| 1,0% | 400-8.000 | 1×TAE |
| 1,2% | 300-7.000 | 1×TAE |
| 1,5% | 200-3.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 2.0% | 100-2.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 3,0% | 25-1.000 | 0,5×TBE |
Gepubliceerde literatuur (gedeeltelijk)
- Li Z, Wang M, Fang H, et al. Vaste-vloeistofinterface-adsorptie van antibioticaresistentieplasmiden geïnduceerd door nanoplastics verergert genvervuiling in aquatische ecosystemen. Environ Pollut. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.ALS=10.366(10208ES)
- Wang M, Zhang S, Zheng G, et al. Gain-of-Function Mutation of Card14 leidt tot spontane psoriasis-achtige huidontsteking door verbeterde keratinocytrespons op IL-17A. Immunity. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.ALS=19.734
- Zhang Y, Ding H, Wang X, et al. MK2 bevordert Tfcp2l1-afbraak via β-TrCP-ubiquitineligase om de zelfvernieuwing van muizenembryonale stamcellen te reguleren. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.ALS=9.423
- Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Microfluïdisch gebaseerd kationisch cholesterollipide siRNA-afgiftenanosysteem: zeer efficiënte in vitro gen-silencing en het intracellulaire gedrag. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. Gepubliceerd 2022 Apr 3. doi:10.3390/ijms23073999.ALS=19.924
- Zhao C, Yang D, Ye Y, et al. Remming van Pim-2-kinase door LT-171-861 bevordert DNA-schade en vertoont verbeterde letale effecten met PARP-remmer bij multipel myeloom. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648.ALS=5.858
- Yu J, Yang W, Xing S, et al. Gemengd goud/MnO2@BSA nanodeeltjes voor fluorometrische en magnetische resonantiebepaling van ascorbinezuur. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. Gepubliceerd 2019 Jan 10. doi:10.1007/s00604-018-3205-8.ALS=5.479
- Zheng X, Xu W, Sun R, Yin H, Dong C, Zeng H. Synergisme tussen thioredoxine-reductaseremmer ethaselen en natriumseleniet bij het remmen van proliferatie en het induceren van de dood van menselijke niet-kleincellige longkankercellen. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.ALS=5.194
- Zhou J, Xiong R, Zhou J, et al. Betrokkenheid van m6A-regulerende factor IGF2BP1 bij kwaadaardige transformatie van humane bronchiale epitheliale Beas-2B-cellen geïnduceerd door tabakscarcinogeen NNK. Toxicol Appl Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.ALS=5.219
- Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. Beschermende effecten van ginsenoside Rg1 op verouderende Sca-1⁺ hematopoëtische cellen. Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.ALS=5.952
Gerelateerde productselectiegids
| Productpositionering | Productnaam | Productnummer | Productspecificatie | Toepassingsscenario |
| Nucleïnezuurkleuringen | 10202ES76 | 500 μL | Oplosbaar in water, met dezelfde spectrale kenmerken als EB, gedetecteerd onder 300 nm UV-licht excitatie. | |
| DNA-marker | 10501ES60/80 | 100 T/10×100T | 100-2000 basispunten | |
| GoldBand DL5000 DNA-marker | 10504ES60/80 | 100 T/10×100T | 100-5000 bp | |
| 10507ES60/80 | 100 T/10×100T | 100-1.500 basispunten | ||
| 10510ES60/80 | 100 T/10×100T | 250-12.000 basispunten |