Beschrijving
Hoog NGS™ MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS) is ontworpen om rRNA en 45S ITS/ETS te verwijderen uit totaal RNA van mens, muis en rat op basis van RNase H-gebaseerde workflow en om mRNA en ander niet-coderend RNA te behouden. Deze kit is geschikt voor zowel intacte als gedeeltelijk afgebroken RNA-monsters (bijv. FFPE RNA). Omdat afgebroken FFPE-monsters doorgaans een hoger percentage ITS/ETS bevatten dan verse weefselmonsters, voegt deze kit probes toe in de Human 45S ITS/ETS-regio en kan ITS-verwijdering het percentage geldige gegevens in ruwe gegevens aanzienlijk verhogen.
Functies
- Sterke specificiteit: verwijder specifiek rRNA en ITS/ETS uit menselijke monsters, vooral voor FFPE-monsters
- Hoge compatibiliteit van de template-starthoeveelheid: toepasbaar op 100 ng~1μg monster
- Hoog verwijderingseffect: voor rRNA, ITS en ETS in menselijke/muis- en rattenmonsters is het verwijderingseffect meer dan 95%
- Stabiele kwaliteit: strikte batchprestatie- en stabiliteitskwaliteitscontrole
Toepassingen
- Onderzoek naar genexpressie
- Alternatieve splicinganalyse
- Detectie en ontdekking van niet-coderende RNA
- identificatie van selectieve polyadenylatieplaatsen
- Detectie van fusiegenen
Specificaties
| Uitputtingstechnologie | RNase H |
| Voorbeeldtype | Totaal RNA van mens, muis en rat |
| Eindproducttype | mRNA en andere niet-coderende RNA's |
| Aantal reacties | 24/96 Voorbereidingen |
| Hoeveelheid uitgangsmateriaal | 100 ng~1 μg totaal RNA |
| Doel | Verwijder rRNA en 45S ITS/ETS uit menselijk totaal RNA |
Componenten
| Componenten nr. | Naam | 12257ES24 (24T) | 12257ES96 (96T) |
| 12257-A | Hybridisatiebuffer | 72 μL | 288 μL |
| 12257-B | Probemix (rRNA en ITS/ETS) | 48 μL | 192 μL |
| 12257-C | RNase H-buffer | 72 μL | 288 μL |
| 12257-D | RNase H | 48 μL | 192 μL |
| 12257-E | DNase I-buffer | 660 μL | 2×1320 μL |
| 12257-F | DNase I | 60 μL | 240 μL |
Verzending en opslag
Alle componenten worden verzonden met droogijs en kunnen een jaar lang worden opgeslagen bij temperaturen van -15℃ ~ -25℃.
Cijfers
- Specificiteit van rRNA-verwijdering
Voor conventionele monsters kunnen rRNA en ITS/EST voor meer dan 98% worden verwijderd, terwijl voor FFPE-monsters met een integriteit van ongeveer 50%, rRNA en ITS/EST voor meer dan 95% kunnen worden verwijderd. Tegelijkertijd kan FFPE met een slechte integriteit ook effectief worden verwijderd.
Tabel 1. Specificiteitseffect van rRNA-verwijdering
| RNA kwaliteit | Verwijdering schema | Invoer | rRNA (%) | ITS/ETS (%) | Kaart (%) |
| 293T RNA-molecuul; RIN=10 | verwijderen rRNA | 1μg | 0,19 | 4.6 | 98.28 |
| verwijderen rRNA En ITS/ETS | 1μg | 0,15 | 0,04 | 98.79 | |
| FFPE RNA-molecuul; DV200 =90% | verwijderen rRNA | 500 gram | 0,23 | 4.75 | 95.35 |
| verwijderen rRNA En ITS/ETS | 500 gram | 0,21 | 0,02 | 95.42 | |
| FFPE RNA-molecuul; DV200 =50% | verwijderen rRNA | 500 gram | 1.4 | 16.28 | 95.57 |
| verwijderen rRNA En ITS/ETS | 500 gram | 0,56 | 0,11 | 95.51 | |
| FFPE RNA-molecuul; DV200 =20% | verwijderen rRNA | 1μg | 0,35 | 67.61 | 58.4 |
| verwijderen rRNA En ITS/ETS | 1μg | 0,79 | 0,84 | 60.35 |
Opmerking: Verschillende humane RNA-monsters werden gebruikt om rRNA of rRNA en ITS/ETS te verwijderen, en om bibliotheken te construeren met RNA-bibliotheek Prep-kit na ITS/ETS. De verhoudingen van rRNA en ITS/ETS in offline data werden geanalyseerd door sequentiebepaling.
- Sequentiegegevensprestaties
Tabel 2.Sequentiegegevensprestaties
| Steekproef | DV200 | Uitrusting | Schoon Q20 (%) | Schoon Q30 (%) | Schoon GC (%) | rRNA (%) | ITS/ETS (%) | uniek(%) |
| 1 | 24% | | 96,75 | 92.68 | 57.05 | 4.58 | 2.42 | 96.90 |
| 2 | 40% | 96.56 | 92.42 | 55.31 | 1.93 | 0,63 | 96.45 | |
| 3 | 53% | 97.4 | 93.52 | 45.19 | 0,23 | 0,01 | 98.08 | |
| 4 | 76% | 97.67 | 93.78 | 51.28 | 0,44 | 0,01 | 93.63 |
[1] Tian S, Zhang B, He Y, et al. CRISPR-iPAS: een nieuwe dCAS13-gebaseerde methode voor alternatieve polyadenylatie-interferentie. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
Betaling en beveiliging
Uw betalingsinformatie wordt veilig verwerkt. We slaan geen creditcardgegevens op en hebben geen toegang tot uw creditcardinformatie.
Navraag
Misschien vind je het ook leuk
FAQ
Het product is alleen bedoeld voor onderzoeksdoeleinden en is niet bedoeld voor therapeutisch of diagnostisch gebruik bij mensen of dieren. Producten en inhoud worden beschermd door patenten, handelsmerken en auteursrechten die eigendom zijn van
Voor bepaalde toepassingen zijn mogelijk aanvullende intellectuele eigendomsrechten van derden vereist.