Hoog NGS^TM UCF.ME DNA-selectieparels worden bereid op basis van het SPRI-principe (Solid Phase Reverse Immobilization) en is toepasbaar voor DNA-zuivering en grootteselectie tijdens de voorbereiding van next generation sequencing (NGS)-bibliotheken. Hieff NGS^TM UCF.ME DNA Selection Beads zijn compatibel met verschillende DNA- en RNA-bibliotheekvoorbereidingskits. Dit product wordt geproduceerd in een ultra-schone faciliteit met een hoog niveau van reinheid en kan worden gebruikt voor DNA-zuiveringsstappen tijdens pathogeendetectieprocessen.

Specificaties

Componenten

Opslag

Dit product moet worden bewaard bij 2~8℃ gedurende 18 maanden.

Verzending en opslag

De kralen worden geleverd met koelelementen en kunnen een jaar lang bewaard worden bij een temperatuur van 2°C-8°C.

Instructies

• 1. Voorbereiding

Laat de geselecteerde kralen minimaal 30 minuten op kamertemperatuur komen voordat u ze gebruikt.

• 2. DNA-grootteselectie

De operationele stroom van de grootteselectie wordt weergegeven in Figuur 1 en het protocol is als volgt.

Figuur 1. Het stroomdiagram van DNA-grootteselectie

2.1 Meng de kralen grondig door ze voor gebruik te vortexen of op en neer te pipetteren.
2.2 Voeg de eerste ronde selectieparels toe aan het monster (zie Tabel 1). Meng grondig door te vortexen of door minstens 10 keer op en neer te pipetteren.
2.3 Laat 5 min. bij kamertemperatuur incuberen.
2.4 Draai de buis kort en plaats deze op een magnetische standaard. Wanneer de oplossing helder is (ongeveer 5 min), breng de supernatant over naar een nieuwe PCR-buis.
2.5 Voeg de tweede ronde selectieparels toe aan het monster uit stap 2.4 volgens Tabel 1. Meng grondig door te vortexen of door minstens 10 keer op en neer te pipetteren.
2.6 Laat 5 min. bij kamertemperatuur incuberen.
2.7 Draai de buis kort en plaats deze op een magnetische standaard. Wanneer de oplossing helder is (ongeveer 5 min), zuig de supernatant op en gooi deze weg.
2.8 Houd de buis in de magnetische standaard en voeg 200 μL vers bereide 80% ethanol toe zonder de kralen te verstoren, incubeer bij kamertemperatuur gedurende 30 sec. Zuig de ethanol op en gooi deze weg.
2.9 Herhaal stap 2.8 eenmaal voor in totaal twee wasbeurten.
2.10 Verwijder restanten ethanol met 10 µL pipetpunten. Houd de buis in de magnetische standaard, laat de selectiekralen aan de lucht drogen met het deksel open totdat er net barsten verschijnen (ongeveer 5 min).
Let op: Droog de selectiekralen niet te lang. Dit kan resulteren in een lager DNA-doelwit.
2.11 Haal de buis uit de magnetische standaard. Voeg een geschikte hoeveelheid ddH2O (≥20 µL) toe en meng grondig door te vortexen of door minstens 10 keer op en neer te pipetteren.
2.12 Laat 5 min. bij kamertemperatuur incuberen.
Draai de buis even omlaag en plaats deze op de magnetische standaard. Wanneer de oplossing helder is (ongeveer 5 minuten), breng dan 20 μL van de supernatant over naar een nieuwe buis.

• 3. Aanbevolen omstandigheden voor DNA-grootteselectie

Het kalfsthymus-DNA werd gefragmenteerd door middel van sonificatie om een ​​fragment van 100-1.000 bp te bereiden, en er werden twee ronden van grootteselectie uitgevoerd volgens Tabel 1. De resultaten werden geanalyseerd met behulp van Agilent 2100 Bioanalyzer (Figuur 2).

Tabel 1. Aanbevolen conditie voor DNA-grootteselectie

Opmerking: "×" in de tabel geeft het volume van het DNA-monster aan. Als de insertlengte van de bibliotheek bijvoorbeeld 250 bp is en het DNA-monstervolume 100 μL, is het volume van de magnetische kralen die in de eerste sorteerronde worden gebruikt 0,80 × 100 μL = 80 μL; het volume van de magnetische kralen die in de tweede sorteerronde worden gebruikt, is 0,20 × 100 μL = 20 μL.

Figuur 2. Agilent 2100 DNA-chip-elektroferogram met hoge gevoeligheid