Агароза — очищенный линейный галактановый гидрофильный коллоид, извлеченный из агара или агарсодержащих водорослей. Структурно это линейный полимер, состоящий из β-D-галактопиранозила (1-4), связанного с остатками 3,6-ангидро-α-L-галактопиранозила. Как гель-реагент он обычно используется для рутинного анализа нуклеиновых кислот с помощью гель-электрофореза или методов блоттинга (например, Northern или Southern), а также подходит для белковых приложений, таких как эксперименты по радиальной иммунодиффузии (RID).
Электрофорез в агарозном геле — это электрофоретический метод, использующий агарозу в качестве поддерживающей среды, включая подготовку геля, загрузку образца и электрофорез. Главное отличие принципа анализа от электрофореза с другими поддерживающими материалами заключается в том, что он выполняет двойную роль «молекулярного сита» и «электрофореза». Когда гель помещается в электрическое поле, заряженные нуклеиновые кислоты мигрируют через поры геля к положительному полюсу. После электрофореза в различных условиях в течение соответствующего периода времени фрагменты нуклеиновых кислот разных размеров и конформаций будут располагаться в разных положениях в геле, таким образом достигая разделения.
Рис.1 Этапы проведения эксперимента по электрофорезу нуклеиновых кислот
Рис.2 Диаграмма направления миграции электрофореза
Как правильно выбрать агарозу?
Оцените на основе основных параметров агарозы:
- Содержание сульфатов — показатель чистоты;
- Прочность геля — внешняя сила, необходимая для разрушения геля;
- Точка гелеобразования — температура, при которой водорастворимый раствор агарозы образует гель при охлаждении;
- Электроэндосмос (EEO) — тип электрокинетического движения, при котором жидкости проникают в гель. Анионные группы в агарозном геле адсорбируются на матрице и не мигрируют, но диссоциированные катионы будут мигрировать к отрицательному полюсу, тем самым создавая электроосмос. Поскольку электрофоретическая миграция образцов обычно движется к положительному полюсу, внутренняя конвекция, вызванная EEO, может влиять на эффективность разделения. Исходя из основных параметров агарозы, высококачественный агарозный гель должен иметь чистые поры, быть менее склонным к разрыву и обладать такими характеристиками, как высокая чистота (низкое содержание сульфатов), высокая прочность геля, относительно высокая точка геля (быстрое затвердевание при комнатной температуре) и низкая EEO.
Судите на основе диапазона разделения агарозы:
Агарозные гели имеют широкий диапазон разделения и обычно используются для восстановления ДНК-геля, разделения ДНК и подтверждения того, рекомбинируется ли ДНК, и разрезаются ли плазмиды и т. п. Различные размеры целевых фрагментов соответствуют различным концентрациям агарозы. Согласно принципу, что высокая концентрация подходит для разделения небольших фрагментов, вы можете обратиться к следующей таблице, чтобы найти оптимальную концентрацию геля, которая соответствует вашим потребностям.
| Концентрация агарозы (%) | ≥3 | 2-3 | 1-2 | 0,7-1 | ≤0.7 |
| Размер фрагмента ДНК (п.н.) | ≤200 | 200-700 | 700-1500 | 1500-5000 | ≥5000 |
ЙЕСЕН Высококачественная агароза — охватывает различные сценарии применения для удовлетворения ваших потребностей
| Название продукта | Номер продукта | Спецификация продукта | Сценарий применения |
| 10208ES60/76 | 100 г / 500 г | Рутинный электрофорез нуклеиновых кислот |
Преимущества продукта
Низкий электроэндосмос (EEO ≤ 0,13), что обеспечивает отличное разделение полос, четкое различие и более быструю миграцию.
Поры геля чистые и прямые, с высокой прочностью геля и меньшей склонностью к разрывам.
Метод использования высококачественной агарозы
Концентрация агарозного геля обычно выбирается между 0,7% и 2%. Чем выше концентрация, тем меньше размер молекулярных пор геля, тем медленнее скорость миграции ДНК и выше разрешение. И наоборот, чем ниже концентрация, тем быстрее скорость миграции ДНК и ниже разрешение. Выберите подходящую концентрацию геля и совместимый буфер для электрофореза на основе различных экспериментальных целей.
| Концентрация агарозы | Эффективный диапазон разделения (bp) | Рекомендуемый буфер |
| 0,5% | 2000-50000 | 1×ТАЕ |
| 0,8% | 800-10 000 | 1×ТАЕ |
| 1.0% | 400-8000 | 1×ТАЕ |
| 1,2% | 300-7000 | 1×ТАЕ |
| 1,5% | 200-3000 | 1×ТАЕ/0,5×ТБЭ |
| 2.0% | 100-2000 | 1×ТАЕ/0,5×ТБЭ |
| 3.0% | 25-1000 | 0,5×ТБЭ |
Опубликованная литература (частичная)
- Ли З, Ван М, Фан Х и др. Адсорбция на границе твердого тела и жидкости плазмид устойчивости к антибиотикам, индуцированная нанопластиком, усугубляет генное загрязнение в водных экосистемах. Загрязнение окружающей среды. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.ЕСЛИ=10.366(10208ES)
- Ван М., Чжан С., Чжэн Г. и др. Мутация с усилением функции Card14 приводит к спонтанному воспалению кожи, подобному псориазу, за счет усиления реакции кератиноцитов на IL-17A. Иммунитет. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.ЕСЛИ=19.734
- Чжан И., Дин Х., Ван Х. и др. MK2 способствует деградации Tfcp2l1 через убиквитинлигазу β-TrCP для регуляции самообновления эмбриональных стволовых клеток мыши. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.ЕСЛИ=9.423
- Чжу З., Чжан Л., Шэн Р., Чэнь Дж. Наносистема доставки катионных холестериновых липидов siRNA на основе микрожидкости: высокоэффективное подавление генов in vitro и внутриклеточное поведение. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. Опубликовано 3 апреля 2022 г. doi:10.3390/ijms23073999.ЕСЛИ=19.924
- Zhao C, Yang D, Ye Y и др. Ингибирование киназы Pim-2 LT-171-861 способствует повреждению ДНК и демонстрирует повышенные летальные эффекты с ингибитором PARP при множественной миеломе. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648.ЕСЛИ=5.858
- Ю Дж., Ян В., Син С. и др. Смешанное золото/MnO2@BSA nanoчастицы для флуориметрического и магнитно-резонансного определения аскорбиновой кислоты. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. Опубликовано 10 января 2019 г. doi:10.1007/s00604-018-3205-8.ЕСЛИ=5.479
- Чжэн X, Сюй В, Сан Р, Инь Х, Дун Ч, Цзэн Х. Синергизм между ингибитором тиоредоксинредуктазы этаселеном и селенитом натрия в ингибировании пролиферации и индуцировании гибели клеток немелкоклеточного рака легких человека. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.ЕСЛИ=5.194
- Zhou J, Xiong R, Zhou J и др. Участие регуляторного фактора m6A IGF2BP1 в злокачественной трансформации эпителиальных клеток бронхов человека Beas-2B, вызванной табачным канцерогеном NNK. Toxicol Appl Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.ЕСЛИ=5.219
- Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. Защитное действие гинсенозида Rg1 на стареющие гемопоэтические клетки Sca-1⁺. Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.ЕСЛИ=5.952
Руководство по выбору сопутствующих товаров
| Позиционирование продукта | Название продукта | Номер продукта | Спецификация продукта | Сценарий применения |
| Пятна нуклеиновых кислот | Окрашивание геля нуклеиновой кислоты YeaRed (10 000× в воде) | 10202ES76 | 500 мкл | Растворим в воде, имеет те же спектральные характеристики, что и ЭБ, обнаруживается при возбуждении УФ-светом 300 нм. |
| ДНК-маркер | 10501ES60/80 | 100 Т/10×100 Т | 100-2000 п.н. | |
| ДНК-маркер GoldBand DL5000 | 10504ES60/80 | 100 Т/10×100 Т | 100-5000 п.н. | |
| 10507ES60/80 | 100 Т/10×100 Т | 100-1500 п.н. | ||
| 10510ES60/80 | 100 Т/10×100 Т | 250-12000 п.н. |