——Больше генотипирования, меньше времени и меньше реагентов
Генотипирование на основе ПЦР и другие эксперименты часто требуют очистки геномной ДНК из образцов. Когда необходимо протестировать много образцов, процесс очистки геномной ДНК отнимает много времени, повторяется и является дорогостоящим. Компания YEASEN Biology разработала серию наборов для прямой ПЦР путем модификации ДНК-полимеразы Taq и оптимизации системы реакции ПЦР, что устраняет необходимость геномной очистки.
Умная ПЦР: прямая ПЦР
Набор для прямой ПЦР YEASEN начинается непосредственно с образца, используя минимальные количества сырых образцов (рисунок 1-A) или их лизатных продуктов (рисунок 1-B) без геномной очистки в качестве шаблонов для генотипирования на основе ПЦР (рисунок 1). По сравнению с обычным генотипированием на основе ПЦР, набор для прямой ПЦР использует меньше образца, прост в эксплуатации, имеет низкую стоимость эксперимента и позволяет проводить высокопроизводительное обнаружение образцов.
Рис.1 Рабочий процесс прямой ПЦР-амплификации
A. Прямой метод: возьмите небольшое количество образца и добавьте его непосредственно в основную смесь ПЦР для ПЦР-идентификации.Технические преимущества
Прямой: нет необходимости в трудоемкой и дорогостоящей очистке ДНК.
Быстро: подготовка шаблона занимает 10 минут, а реакция ПЦР завершается всего за 30 минут.
Простота: образцы можно лизировать без необходимости резки или измельчения, а смесь для ПЦР находится в предварительно смешанном виде, что сокращает количество этапов пипетирования.
Экономия: небольшое количество используемых материалов.
Высокая производительность: реакции лизиса можно проводить в 96-луночном планшете.
Устойчив к ингибированию: толерантен к различным образцам животных и растений.
Экспериментальный процесс набора для прямой ПЦР
Эта серия продуктов использует уникальную систему лизиса протеазы для лизирования образцов. Раствор лизиса может быть напрямую использован в качестве шаблона и в паре с PCR Master Mix, предоставленным в наборе для амплификации генов.
Рис.2 Процесс прямого ПЦР-эксперимента с тканями мышей
Инжир.3 Процесс прямого ПЦР-эксперимента на растительной ткани
Таблица выбора продуктов прямой ПЦР
| Серия продуктов | Прямая ПЦР на мышах второго поколения | |||
| Номер продукта | 10189ES | 10185ES | 10188ES | 10187ES |
| Технические характеристики | 20 т/50 т/200 т/500 т | 50 т/200 т | 20 т/50 т/200 т/500 т | 50 т/200 т |
| Функции | ||||
| Длина ампликона | ≤5 кб | ≤1 кб | ≤8 кб | ≤1 кб |
| Время расширения (с/кб) | 3-20 сек. | 30 сек. | ≤2 кб: 3-5 с ≤8 кб: 10 с | 60 с |
| Применимые организмы | Мыши, Крысы | Мыши, Крысы | Люди, мыши, козы, куры, свиньи и т. д. | Рис, кукуруза, табак, рапс, пшеница, соя и т. д. |
| Применимые типы тканей/материалов | Мышиный хвост, мышиное ухо, пальцы ног (с мышцами) и другие органы | Мышиный хвост, мышиное ухо, пальцы ног (с мышцами) и другие органы | Свежая кровь, содержащая распространенные антикоагулянты, такие как ЭДТА, гепарин, цитрат, охлажденная (замороженная) кровь и коммерческие сухие капли крови, такие как Whatman903® и ССТ® | Нежные листья, Старые листья, Саженцы, Нежные стебли |
| Пример использования | Ткань: 5 мг Хвост мыши: 1-5 мм | Ткань: 5-10 мг Хвост мыши: 1-5 мм | Цельная кровь: 0.5%-20% Ватман® засохшие пятна крови: 1 мм2 | Лист: 1-10 мм Семя: 1-3 мм |
| Время геномного высвобождения | 5-10 мин. | 15 мин. | 0-3 мин. | 0-10 мин |
| Конечная структура продукта | Тупые концы | Тупые концы | Тупые концы | Тупые концы |
| Температура отжига | Tпл-(2~5)℃ | Tпл-(2~5)℃ | Tm-(1~2)℃ | Tпл-(2~5)℃ |
| Диапазон отсечения ГХ | 29-70% | 30-70% | 30-75% | 40-65% |
| 5'-3' экзонуклеазная активность | Да | Да | Да | Да |
| Приложения | ||||
| Генотипирование | Да | Да | Да | Да |
| Мультиплексная ПЦР | До 5x |
| До 3-4x |
|
| Прямое усиление образца | Да | Да | Да | Да |
| Другие особенности | ||||
| Индикатор электрофореза | Бесцветный | Синий | Бесцветный | Синий |
| Горячий старт | Да | Да | Да | Да |
| Готовый/комплект | Комплект (с миксом) | Комплект (с миксом) | Комплект (со смесью и буфером) | Комплект (с миксом) |
Преимущества продукта
Модифицированная ДНК-полимераза Taq является гарантией прямой ПЦР: она обладает сверхустойчивостью к ингибиторам.
При использовании неочищенных образцов в качестве шаблонов вводятся многие компоненты, которые ингибируют реакции ПЦР. Трудно достичь идеальных результатов или даже невозможно провести амплификацию ПЦР с помощью обычных систем ПЦР-реакций и ДНК-полимеразы Taq. Смесь для ПЦР в этой серии наборов представляет собой оптимизированную по формуле премикс с использованием модифицированной ДНК-полимеразы Taq, которая увеличивает связывающую способность с ДНК-матрицей и обладает более высокой толерантностью к распространенным ингибиторам ПЦР, таким образом, имея более широкую адаптивность шаблона.
Рис.4 Смесь для ПЦР в наборе для прямой ПЦР имеет более высокую толерантность к примесям. Для ПЦР с различными ПЦР-смесями используется одинаковое количество матрицы, а в систему добавляются различные концентрации ингибиторов ПЦР-реакции. Сравнивается количество продуктов ПЦР при различных условиях.
ИИЗЕН разработала серию продуктов для различных образцов:
- I. Тип, специфичный для грызунов: набор для прямой ПЦР на мышиной ткани (10189ES)
Применимые образцы: ткани мыши (например, хвост мыши, ухо мыши, палец мыши и т. д.)
- Высокая эффективность амплификации (длина, скорость, совместимость с ГХ)
Рис.5 Набор для прямой ПЦР на мышиных тканях Plus амплифицирует лизаты из разных тканей. 1: Плазмида; 2: Ухо мыши; 3: Хвост мыши; 4: Печень. Условия лизиса: лизис при 70°C в течение 10 мин, инактивация при 95°C в течение 5 мин. Целевые фрагменты: 1 кб, 2 кб, 3 кб, и 6 кб, с установленным временем расширения 3, 5, 10 и 20 сек/кб соответственно. M: 10510ES60 (ЙОСЕН).
- Широкая совместимость шаблонов (10189ES)
Рис.6 Набор Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus использовался для прямого лизиса (70°C в течение 10 мин) и амплификации человеческих клеток 293. (1), слюна (2) и ткани кожи головы (3). Все образцы показали четкие целевые полосы, M: 10510ES60 (YEASEN).
- II. Универсальный тип крови для разных видов: расширенный набор для прямой ПЦР крови (10188ES)
- Длина амплификации до 8 кб
Рис.7 Фрагменты ДНК различной длины были амплифицированы непосредственно из цельной крови человека с использованием набора Blood Advanced Direct PCR Kit. Образцы крови хранились при температуре -20℃ с ЭДТА в качестве антикоагулянта. Концентрация матрицы крови составляла 10%, а время удлинения было установлено на 10 сек/кб. M: 10510ES60 (YEASEN).
- Высокая толерантность
Рис.8 А: Blood Advanced Direct PCR Kit используется для амплификации фрагмента ДНК размером 2 кб с содержанием GC 71% непосредственно из цельной крови человека с антикоагуляцией EDTA. Концентрация матрицы крови устанавливается градиентом от 0,5 до 50%, а время удлинения установлено на 10 сек/кб. B: Blood Advanced Direct PCR Kit используется для амплификации фрагмента ДНК размером 2,2 кб с содержанием GC 67% непосредственно из цельной крови мыши с антикоагуляцией EDTA. Концентрация матрицы крови устанавливается в диапазоне 0,5-50%, а время удлинения составляет 10 сек/кб. M: 10510ES60 (YEASEN).
- III. Тип, специфичный для растений: набор для прямой ПЦР на растительных тканях (10187ES)
- Проверено на образцах различных типов растений
Рис.9 Результаты прямой амплификации из тканей листьев разных типов растений. M: ДНК-лестница 100 п.н. C: Очищенная геномная ДНК из соответствующих растений в качестве матрицы. 1-2: Лизат ткани листьев в качестве матрицы. Количество циклов: 30 циклов.
Дело клиента
- I. Идентификация генотипа мыши
Биологическая компания в Гуанчжоу:
Рис.10 Амплификация мышиного хвоста с использованием набора Mouse Direct PCR Kit (10189ES). Целевой ген: 500 п.н.; Время лизиса: 10 мин; Система реакции ПЦР: 25 мкл, время удлинения: 5 сек/кб.
- II.Прямая амплификация гена риса
ХХ Университет
Рис.11 Набор Plant Direct PCR Kit (10187ES) используется для амплификации генов, связанных с рисом.
Рвоодушевленный Ппродукты
| Позиционирование продукта | Название продукта | Номер продукта | Спецификация продукта |
| Агароза высокого качества | 10208ES60/76 | 100 г/500 г | |
| Окрашивание нуклеиновых кислот (под УФ-светом) | Окрашивание геля нуклеиновой кислоты YeaRed (10 000× в воде) | 10202ES76 | 500 мкл |
| Быстрое обновление ПЦР, может быть ПЦР колоний и подходит для сложной шаблонной амплификации | 10167ES03/08 | 1 мл/5×1 мл |