Описание
Хайфф NGS™ Набор MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS) предназначен для удаления рРНК и 45S ITS/ETS из общей РНК человека, мыши и крысы на основе рабочего процесса на основе РНКазы H и для сохранения мРНК и другой некодирующей РНК. Этот набор подходит как для неповрежденных, так и для частично деградированных образцов РНК (например, FFPE РНК). Поскольку деградированные образцы FFPE обычно содержат более высокую долю ITS/ETS, чем образцы свежей ткани, этот набор добавляет зонды в область Human 45S ITS/ETS, и удаление ITS может значительно увеличить долю действительных данных в необработанных данных.
Функции
- Высокая специфичность: целенаправленное удаление рРНК и ITS/ETS из образцов человека, особенно для образцов FFPE
- Высокая совместимость исходного количества шаблона: применимо к образцу 100 нг~1 мкг
- Высокий эффект удаления: для рРНК, ITS и ETS в образцах человека/мыши и крысы эффект удаления составляет более 95%
- Стабильное качество: строгий контроль производительности партии и стабильности качества
Приложения
- Исследование экспрессии генов
- Альтернативный анализ сплайсинга
- Обнаружение и обнаружение некодирующих РНК
- идентификация селективных участков полиаденилирования
- Обнаружение генов слияния
Технические характеристики
| Технология истощения | РНКаза H |
| Тип образца | Общая РНК человека, мыши и крысы |
| Тип конечного продукта | мРНК и другие некодирующие РНК |
| Количество реакций | 24/96 Подготовка |
| Начальное количество материала | 100 нг~1 мкг общей РНК |
| Цель | Удалить рРНК и 45S ITS/ETS из общей РНК человека |
Компоненты
| Номер компонента | Имя | 12257ES24 (24Т) | 12257ES96 (96Т) |
| 12257-А | Гибридизационный буфер | 72 мкл | 288 мкл |
| 12257-Б | Смесь зондов (рРНК и ITS/ETS) | 48 мкл | 192 мкл |
| 12257-С | Буфер РНКазы H | 72 мкл | 288 мкл |
| 12257-Д | РНКаза H | 48 мкл | 192 мкл |
| 12257-Е | Буфер ДНКазы I | 660 мкл | 2×1320 мкл |
| 12257-Ф | ДНКаза I | 60 мкл | 240 мкл |
Доставка и хранение
Все компоненты поставляются с сухим льдом и могут храниться при температуре от -15℃ до -25℃ в течение одного года.
Цифры
- Специфичность удаления рРНК
Для обычных образцов рРНК и ITS/EST могут быть удалены более чем на 98%, в то время как для образцов FFPE с целостностью около 50% рРНК и ITS/EST могут быть удалены более чем на 95%. В то же время FFPE с плохой целостностью также может быть эффективно удален.
Таблица 1. Эффект специфичности удаления рРНК
| РНК качество | Удаление схема | Вход | рРНК (%) | ИТС/ЕТС (%) | Картографирование (%) |
| 293Т РНК; РИН=10 | удалять рРНК | 1мкг | 0,19 | 4.6 | 98.28 |
| удалять рРНК и ИТС/ЕТС | 1мкг | 0,15 | 0,04 | 98.79 | |
| ФФПЭ РНК; ДВ200 =90% | удалять рРНК | 500нг | 0,23 | 4.75 | 95.35 |
| удалять рРНК и ИТС/ЕТС | 500нг | 0,21 | 0,02 | 95.42 | |
| ФФПЭ РНК; ДВ200 =50% | удалять рРНК | 500нг | 1.4 | 16.28 | 95,57 |
| удалять рРНК и ИТС/ЕТС | 500нг | 0,56 | 0.11 | 95,51 | |
| ФФПЭ РНК; ДВ200 =20% | удалять рРНК | 1мкг | 0,35 | 67.61 | 58.4 |
| удалять рРНК и ИТС/ЕТС | 1мкг | 0,79 | 0,84 | 60.35 |
Примечание: Различные образцы человеческой РНК использовались для удаления рРНК или рРНК и ITS/ETS, а также для построения библиотек с набором РНК-библиотек Prep после ITS/ETS. Пропорции рРНК и ITS/ETS в офлайн-данных анализировались путем секвенирования.
- Эффективность секвенирования данных
Таблица 2.Эффективность секвенирования данных
| Образец | ДВ200 | Набор | Чистый Q20 (%) | Чистый Q30 (%) | Чистый ГК (%) | рРНК (%) | ИТС/ЕТС (%) | уникальный(%) |
| 1 | 24% | ЙЕСЕН Кат#12257 | 96.75 | 92.68 | 57.05 | 4.58 | 2.42 | 96.90 |
| 2 | 40% | 96.56 | 92.42 | 55.31 | 1.93 | 0,63 | 96.45 | |
| 3 | 53% | 97.4 | 93,52 | 45.19 | 0,23 | 0,01 | 98.08 | |
| 4 | 76% | 97.67 | 93,78 | 51.28 | 0,44 | 0,01 | 93.63 |
[1] Tian S, Zhang B, He Y и др. CRISPR-iPAS: новый метод на основе dCAS13 для альтернативной интерференции полиаденилирования. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
Оплата и безопасность
Ваша платежная информация обрабатывается надежно. Мы не храним данные кредитной карты и не имеем доступа к информации вашей кредитной карты.
Расследование
Вам также может понравиться
Часто задаваемые вопросы
Продукт предназначен только для исследовательских целей и не предназначен для терапевтического или диагностического использования на людях или животных. Продукты и содержимое защищены патентами, товарными знаками и авторскими правами, принадлежащими Yeasen Biotechnology. Символы товарных знаков указывают на страну происхождения, а не обязательно на регистрацию во всех регионах.
Для некоторых приложений могут потребоваться дополнительные права интеллектуальной собственности третьих лиц.
Йесен привержен этической науке, полагая, что наши исследования должны затрагивать важнейшие вопросы, обеспечивая при этом безопасность и соблюдение этических стандартов.