Agaros är en renad linjär hydrofil galaktankolloid extraherad från agar eller agarinnehållande tång. Strukturellt är det en linjär polymer sammansatt av β-D-galaktopyranosyl (1-4) kopplad till 3,6-anhydro-a-L-galaktopyranosylrester. Som gelreagens används det vanligtvis för rutinmässig nukleinsyraanalys genom gelelektrofores eller blottingmetoder (som Northern eller Southern), och den är också lämplig för proteintillämpningar, såsom radiell immundiffusion (RID)-experiment.
Agarosgelelektrofores är en elektroforetisk metod som använder agaros som stödmedium, inklusive gelberedning, provladdning och elektrofores. Huvudskillnaden i analysprincipen från andra stödmaterialelektrofores är att den har en dubbel roll som "molekylsikt" och "elektrofores". När gelén placeras i ett elektriskt fält migrerar laddade nukleinsyror genom gelporerna mot den positiva polen. Efter elektrofores under olika betingelser under en lämplig tidsperiod kommer nukleinsyrafragment av olika storlekar och konformationer att lokaliseras på olika positioner i gelén, varigenom separation uppnås.

Fig. 1 Steg för nukleinsyraelektroforesexperimentoperation

Fig.2 Diagram för riktningsdiagram för elektroforesmigrering

Hur väljer man rätt agaros?

Bedöm baserat på grundparametrarna för agaros:

Sulfatinnehåll — en indikator på renhet;
Gelstyrka — den yttre kraft som krävs för att bryta gelén;
Gelpunkt — den temperatur vid vilken en vattenlöslig agaroslösning bildar en gel vid kylning;
Elektroendosmos (EEO) — en typ av elektrokinetisk rörelse där vätskor tränger in i gelén. De anjoniska grupperna i agarosgelen adsorberar på matrisen och migrerar inte, men de dissocierade katjonerna kommer att migrera mot den negativa polen, vilket genererar elektroosmos. Eftersom den elektroforetiska migrationen av prover vanligtvis rör sig mot den positiva polen, kan den interna konvektionen som orsakas av EEO störa separationseffektiviteten. Baserat på agarosens grundläggande parametrar bör en agarosgel av hög kvalitet ha tydliga porer, vara mindre benägen att gå sönder och ha egenskaper som hög renhet (lågt sulfatinnehåll), hög gelstyrka, relativt hög gelpunkt (snabb stelning vid rumstemperatur) och låg EEO.

Bedöma baserat på separationsintervallet för agaros:

Agarosgeler har ett brett separationsintervall och används vanligtvis för DNA-gelåtervinning, DNA-separation och för att bekräfta om DNA är rekombinerat och om plasmider och liknande skärs upp. Olika storlekar av målfragment motsvarar olika koncentrationer av agaros. Enligt principen att hög koncentration är lämplig för att separera små fragment kan du hänvisa till följande tabell för att hitta den optimala gelkoncentrationen som passar dina behov.

Agarose koncentration (%)	≥3	2-3	1-2	0,7-1	≤0.7
DNA-fragmentstorlek (bp)	≤200	200-700	700-1500	1500-5000	≥5 000

YEASEN Agaros av hög kvalitet – täcker en mängd olika tillämpningsscenarier för att möta dina behov

Produktnamn	Produktnummer	Produktspecifikation	Applikationsscenario
Agaros	10208ES60/76	100 g / 500 g	Rutinmässig nukleinsyraelektrofores

Produktfördelar

Låg elektroendosmos (EEO ≤ 0,13), vilket resulterar i utmärkt bandseparation, tydlig distinktion och snabbare migration.

Fig.3 Elektroforesdiagram av geler med olika koncentrationer

Obs: 0,75 % agarosgel laddad med 1 kb stege; 1% agarosgel laddad med 100 bp stege, 1 kb stege, 2000 DNA-markör, 5000 DNA-markör; 2% agarosgel laddad med 100 bp stege, 2000 DNA-markör, 5000 DNA-markör. Provvolym: Markör ren vätska 2 μL späddes 5 gånger och laddades sedan med 10 μL. Elektroforesprogram för 0,75 %, 1 % och 2 % agarosgeler är: 115 V under 45 min; 130 V under 40 min; 130 V i 50 min.

Gelporerna är klara och raka, med hög gelstyrka och mindre benägna att gå sönder.

Notera: Illustrationen är en produktvisning av YEASEN Agaros (Katt#10208ES60).

Användningsmetod för agaros av hög kvalitet

Koncentrationen av agarosgel väljs vanligtvis mellan 0,7 % och 2 %. Ju högre koncentrationen är, desto mindre är geléns molekylära porstorlek, desto långsammare är DNA-migreringshastigheten och desto högre upplösning. Omvänt, ju lägre koncentrationen är, desto snabbare blir DNA-migreringshastigheten och desto lägre upplösning. Välj lämplig gelkoncentration och kompatibel elektroforesbuffert baserat på olika experimentella syften.

Agarose koncentration	Effektivt separationsintervall (bp)	Rekommenderad buffert
0,5 %	2 000-50 000	1×TAE
0,8 %	800-10 000	1×TAE
1,0 %	400-8 000	1×TAE
1,2 %	300-7 000	1×TAE
1,5 %	200-3 000	1×TAE/0,5×TBE
2.0 %	100-2 000	1×TAE/0,5×TBE
3,0 %	25-1 000	0,5×TBE

TAE-buffert: TAE-buffert innehåller ättiksyra, EDTA och Tris, lämplig för snabb elektrofores och separation av stora DNA-fragment. Närvaron av ättiksyra sänker gelens pH-värde, vilket hjälper till att öka elektroforeshastigheten.

TBE-buffert:TBE-buffert innehåller borsyra, EDTA och Tris, med högre jonstyrka, lämplig för högupplöst separation av små DNA-fragment. Närvaron av boratjoner förbättrar gelens stabilitet, vilket hjälper till att förbättra separationseffektiviteten. Därför, när gelkoncentrationen är hög, bör TBE-buffert användas för att underlätta separationen av band.

Publicerad litteratur (delvis)

Li Z, Wang M, Fang H, et al. Fast-vätskegränssnittsadsorption av antibiotikaresistensplasmider inducerad av nanoplast förvärrar genföroreningar i akvatiska ekosystem. Miljöförorening. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.IF=10,366(10208ES)
Wang M, Zhang S, Zheng G, et al. Gain-of-Function Mutation av Card14 leder till spontan psoriasis-liknande hudinflammation genom förbättrad keratinocytrespons på IL-17A. Immunitet. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.OM=19.734
Zhang Y, Ding H, Wang X, et al. MK2 främjar Tfcp2l1-nedbrytning via β-TrCP ubiquitinligas för att reglera självförnyelse av mus embryonala stamceller. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.OM=9.423
Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Mikrofluidbaserat katjoniskt kolesterol Lipid siRNA Leverans Nanosystem: Mycket effektiv in vitro gentystnad och det intracellulära beteendet. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. Publicerad 2022 3 april. doi:10.3390/ijms23073999.OM=19.924
Zhao C, Yang D, Ye Y, et al. Hämning av Pim-2-kinas av LT-171-861 främjar DNA-skada och uppvisar förbättrade dödliga effekter med PARP-hämmare vid multipelt myelom. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648.OM=5.858
Yu J, Yang W, Xing S, et al. Blandat guld/MnO2@BSA nanopartiklar för fluorometrisk och magnetisk resonansbestämning av askorbinsyra. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. Publicerad 2019 jan 10. doi:10.1007/s00604-018-3205-8.OM=5.479
Zheng X, Xu W, Sun R, Yin H, Dong C, Zeng H. Synergism mellan tioredoxinreduktashämmare etaselen och natriumselenit för att hämma proliferation och inducera död av mänskliga icke-småcelliga lungcancerceller. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.OM=5.194
Zhou J, Xiong R, Zhou J, et al. Involvering av m6A-regulatorisk faktor IGF2BP1 i malign transformation av humana bronkiala epiteliala Beas-2B-celler inducerad av tobakskarcinogen NNK. Toxicol Appl Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.OM=5.219
Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. Skyddande effekter av ginsenosid Rg1 på åldrande Sca-1⁺ hematopoietiska celler. Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.OM=5.952

Relaterad produktvalsguide

Produktpositionering	Produktnamn	Produktnummer	Produktspecifikation	Applikationsscenario
Nukleinsyrafläckar	ÅrRöd nukleinsyragelfläck (10 000× i vatten)	10202ES76	500 μL	Vattenlöslig, med samma spektrala egenskaper som EB, detekterad under 300 nm UV-ljusexcitation.
DNA-markör	GoldBand DL2000 DNA-markör	10501ES60/80	100 T/10×100 T	100-2000 bp
	GoldBand DL5000 DNA-markör	10504ES60/80	100 T/10×100 T	100-5000 bp
	GoldBand 100bp DNA-stege	10507ES60/80	100 T/10×100 T	100-1 500 bp
	GoldBand 1 kb DNA-stege	10510ES60/80	100 T/10×100 T	250-12 000 bp

Föregående artikel Nästa artikel

Yeasen agaros - direkt adresserar elektroforesvärkpunkter, kör en bra gel