Beskrivning
Hieff NGS™ MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS) är utformat för att ta bort rRNA och 45S ITS/ETS från totalt RNA från människor, mus och råttor baserat på RNase H-baserat arbetsflöde och för att behålla mRNA och annat icke-kodande RNA. Detta kit är lämpligt för både intakta och delvis nedbrutna RNA-prover (t.ex. FFPE RNA). Eftersom nedbrutna FFPE-prover vanligtvis innehåller en högre andel ITS/ETS än färska vävnadsprover, lägger detta kit till prober i Human 45S ITS/ETS-regionen, och ITS-borttagning kan avsevärt öka andelen giltiga data i rådata.
Drag
- Stark specificitet: ta specifikt bort rRNA och ITS/ETS från mänskliga prover, speciellt för FFPE-prover
- Hög kompatibilitet för mallens startmängd: tillämplig på 100 ng~1μg prov
- Hög borttagningseffekt: för rRNA, ITS och ETS i prover från människor/mus och råtta är borttagningseffekten mer än 95 %
- Stabil kvalitet: strikt batchprestanda och stabilitetskvalitetskontroll
Ansökningar
- Genuttrycksforskning
- Alternativ skarvningsanalys
- Detektion och upptäckt av icke-kodande RNA
- dentifiering av selektiva polyadenyleringsställen
- Fusionsgendetektion
Specifikationer
| Utarmningsteknik | RNase H |
| Provtyp | Totalt RNA från människa, mus och råtta |
| Slutlig produkttyp | mRNA och andra icke-kodande RNA |
| Antal reaktioner | 24/96 Förberedelser |
| Startmaterial mängd | 100 ng~1 μg totalt RNA |
| Mål | Ta bort rRNA och 45S ITS/ETS från humant totalt RNA |
Komponenter
| Komponentnr. | Namn | 12257ES24 (24T) | 12257ES96 (96T) |
| 12257-A | Hybridiseringsbuffert | 72 μL | 288 μL |
| 12257-B | Sondmix (rRNA & ITS/ETS) | 48 μL | 192 μL |
| 12257-C | RNase H-buffert | 72 μL | 288 μL |
| 12257-D | RNase H | 48 μL | 192 μL |
| 12257-E | DNase I-buffert | 660 μL | 2×1320 μL |
| 12257-F | DNas I | 60 μL | 240 μL |
Frakt och förvaring
Alla komponenter levereras med torris och kan lagras vid -15 ℃ ~ -25 ℃ i ett år.
Siffror
- rRNA-avlägsnande specificitet
För konventionella prover kan rRNA och ITS/EST avlägsnas med mer än 98 %, medan för FFPE-prover med en integritet på cirka 50 % kan rRNA och ITS/EST avlägsnas med mer än 95 %. Samtidigt kan FFPE med dålig integritet också tas bort effektivt.
Tabell 1. Specifikitetseffekt för rRNA-borttagning
| RNA kvalitet | Borttagning schema | Input | rRNA (%) | ITS/ETS (%) | Kartläggning (%) |
| 293T RNA; RIN=10 | ta bort rRNA | 1 μg | 0,19 | 4.6 | 98,28 |
| ta bort rRNA och ITS/ETS | 1 μg | 0,15 | 0,04 | 98,79 | |
| FFPE RNA; DV200 =90 % | ta bort rRNA | 500 ng | 0,23 | 4,75 | 95,35 |
| ta bort rRNA och ITS/ETS | 500 ng | 0,21 | 0,02 | 95,42 | |
| FFPE RNA; DV200 =50 % | ta bort rRNA | 500 ng | 1.4 | 16.28 | 95,57 |
| ta bort rRNA och ITS/ETS | 500 ng | 0,56 | 0,11 | 95,51 | |
| FFPE RNA; DV200 =20 % | ta bort rRNA | 1 μg | 0,35 | 67,61 | 58,4 |
| ta bort rRNA och ITS/ETS | 1 μg | 0,79 | 0,84 | 60,35 |
Obs: Olika humana RNA-prover användes för att ta bort rRNA eller rRNA och ITS/ETS och för att konstruera bibliotek med RNA-bibliotek Prep-kit efter ITS/ETS. Proportionerna av rRNA och ITS/ETS i offlinedata analyserades genom sekvensering.
- Sekvenseringsdataprestanda
Tabell 2.Sekvenseringsdataprestanda
| Prov | DV200 | Utrustning | Rena Q20 (%) | Rena Q30 (%) | Rena GC (%) | rRNA (%) | ITS/ETS (%) | unik(%) |
| 1 | 24 % | YEASEN Katt #12257 | 96,75 | 92,68 | 57,05 | 4,58 | 2,42 | 96,90 |
| 2 | 40 % | 96,56 | 92,42 | 55,31 | 1,93 | 0,63 | 96,45 | |
| 3 | 53 % | 97,4 | 93,52 | 45,19 | 0,23 | 0,01 | 98,08 | |
| 4 | 76 % | 97,67 | 93,78 | 51,28 | 0,44 | 0,01 | 93,63 |
[1] Tian S, Zhang B, He Y, et al. CRISPR-iPAS: en ny dCAS13-baserad metod för alternativ polyadenyleringsinterferens. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
Betalning och säkerhet
Din betalningsinformation behandlas säkert. Vi lagrar inte kreditkortsuppgifter och har inte heller tillgång till din kreditkortsinformation.
Förfrågan
Du kanske också gillar
Vanliga frågor
Produkten är endast avsedd för forskningsändamål och är inte avsedd för terapeutisk eller diagnostisk användning hos människor eller djur. Produkter och innehåll skyddas av patent, varumärken och upphovsrätt som ägs av Yeasen Biotechnology. Varumärkessymboler anger ursprungsland, inte nödvändigtvis registrering i alla regioner.
Vissa applikationer kan kräva ytterligare immateriella rättigheter från tredje part.
Yeasen är dedikerad till etisk vetenskap, och anser att vår forskning bör behandla kritiska frågor samtidigt som den säkerställer säkerhet och etiska standarder.