Hieff NGS™ One Pot Flash DNA Library PrepKit är ett snabbt enzymatisk DNA-bibliotekskit，häxa innehåller högkvalitativt enzym för DNA-fragmentering och kombinerar DNA-fragmentering, ändreparation och dA-tailing i ett steg, vilket avsevärt minskar tiden och kostnaden för biblioteksberedning.

Detta biblioteksförberedande kit är kompatibelt med 100 pg-500 ng prover av alla vanliga djur, växter, mikroorganismer, etc.

och snabbt realisera DNA-fragmentering, terminal reparation och A-tail additionsreaktion i ett enda rör. Satsen måste matchas med adaptrar och primers och är kompatibel med Illumina och MGI sekvenseringsplattformar med hög genomströmning.

Särdrag

1) Lämplig för genomiska DNA-prover på 100 pg-500 ng.

2）kompatibel med Illumina och MGI sekvenseringsplattformar med hög genomströmning.

3）Fragmentering, end-reparation och A-tailing reaktion inombords 5 min.

4）Effektiv bibliotekskonverteringshastighet och förstärkningseffektivitet.

Specifikationer

Komponenter

Notera: * indikerar att detta reagens inte ingår i detta kit och att ytterligare reagens krävs.Satsen är kompatibel med dubbla plattformar av Illumina & MGI, men ytterligare primerblandning (CAT # 13334 Primer Mix för MGI och Cat# 13335 Primer Mix för Illumina) krävs.

Lagring

Denna produkt bör förvaras vid -25~-15℃ för 1 år.

Siffror

Figur 1. Detektion av DNA från 10 typer av mikroorganismer

Bibliotek bereddes med hjälp av Katt #12316 protokoll ,10 ng ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard (Zymo Research® #D6306). Biblioteken slogs samman och sekvenserades på en Illumina (SE75).Sekvenseringsdata homogeniserades till 20M och jämfördes över förväntad och detekterad sammansättning för båda inmatningsnivåerna. Detekteringen av specifikt mikrobiellt gDNA överensstämde med den förväntade sammansättningen. Förväntad sammansättning: Cryptococcus neoformans 2 %, Saccharomyces cerevisiae 2 %, Bacillus subtilis 12 %, Escherichia coli 12 %, Enterococcus faecalis 12 %, Lactobacillus fermentum 12 %, Listeria monocytogenes 12 %, Pseudomonalocus a 2 % Stapinocus a 2 12 % och Salmonella enterica 12 %.

Om operationen

1. Använd labbrockar och engångshandskar，för din säkerhet.

2. Tina komponenterna i rumstemperatur. Efter upptining, blanda noggrant genom att vortexa, snurra röret kort och lägg dem på is för senare användning.

3.När reaktionslösningen bereds i varje steg, rekommenderas det att använda en pipett för att blåsa och blanda jämnt eller skaka försiktigt. Våldsamma skakningar kan göra att bibliotekets utdata minskar.

4. För att undvika korskontaminering av prover, rekommenderas att använda ett pistolhuvud med ett filterelement. Vänligen byt ut pistolhuvudet när du absorberar olika prover.

5. Det rekommenderas att utföra varje reaktionssteg i en termocykler med uppvärmt lock. Termocyklern bör förvärmas till inställd temperatur före användning.

6. Felaktiga åtgärder kan med stor sannolikhet orsaka aerosolkontamination, vilket påverkar resultatets noggrannhet. Obligatorisk fysisk isolering av PCR-reaktionsblandningsregioner och PCR-produktreningsanalysregioner rekommenderas. Utrustad med utrustning som specialiserade pipetter för biblioteksbyggande.

7. Denna produkt är endast avsedd för forskning.

Om DNA-fragmentering

1. Det kompatibla utbudet av detta kit är 100 sidor–500 ng ingående DNA. Högkvalitativt indata-DNA med A260/A280 = 1,8-2,0 bör användas så mycket som möjligt.

2. Om det inmatade DNA:t innehåller hög koncentration av metalljonskelateringsmedel eller andra salter kan det påverka de efterföljande experimenten. Det rekommenderas att späda DNA:t i ddH2O eller Tebuffer (10 mm tris-HCl, pH 8,0-8,5; 0,1 mM EDTA).

3. För de flesta högkvalitativa genomiskt DNA visas nedbrytningstiden i tabell 1. Kitet har låg preferens och kan tolerera olika mallar med GC-innehåll.

Tabell 1. Rekommenderad tid för konventionell genomisk DNA-fragmentering

Adapter Ligation

1. Koncentrationen av adaptern påverkar direkt ligeringseffektiviteten och biblioteksutbytet. Överdriven användning av adapter kan producera mer adapterdimer; Låg dos kan påverka ligering effektivitet och biblioteksutbyte. Tabell 2 och 3 visar den rekommenderade mängden adapter för olika DNA-ingångar med detta kit.

Tabell 2. Den rekommenderade Illumina adaptermängd för olika ingående DNA

Tabell 3. Den rekommenderade MGI adaptermängd för olika ingående DNA

Biblioteksförstärkning

Antalet amplifieringscykel bör vara strikt kontrollerade. Otillräcklig amplifiering kan leda till lågt biblioteksutbyte; Överförstärkning kan introducera ökad bias, fel, duplicerad läsning och chimära produkter. Tabell 4 listar rekommenderade cykelnummer som är inriktade på bibliotekets avkastning på 1 μg.

Tabell 4. De rekommenderade cyklerna på 100 pg-500 ng inmatat DNA

Pärlbaserad DNA-rensning och storleksval

1. Det finns flera steg i bibliotekskonstruktionsprocessen som kräver DNA-rening magnetiska pärlor. Vi rekommenderar Hieff NGS™ DNA-selektionspärlor (Yeasen Cat#12601) eller AMPure™ XP magnetiska pärlor (Beckman Cat#A63880) för DNA-rening och storleksval.

2. De magnetiska pärlorna bör utjämnas vid rumstemperatur före användning, annars kommer utbytet att minska och storleksvalseffekten påverkas.

3. De magnetiska pärlorna ska blandas väl genom virvel eller pipettering före användning.

4. Aspirera inte pärlorna när du överför supernatanten, även spårmängder av pärlorna kan påverka följande reaktioner.

5. Etanolen på 80 % bör vara nyberedd, annars kommer det att påverka återvinningseffektiviteten.

6. De magnetiska pärlorna bör torkas i rumstemperatur innan produkten elueras. Otillräcklig torrhet leder lätt till att etanolrester påverkar efterföljande reaktioner; överdriven torrhet gör att de magnetiska pärlorna spricker och minskar reningsutbytet. Normalt räcker det att torka i rumstemperatur i 3-5 minuter för att pärlorna ska torka helt.

7. Vid behov eluerades de renade eller storleksvalda DNA-proverna in 0,1× TE-buffert kan förvaras vid 4°C i 1-2 veckor eller vid -20°C i en månad.

Bibliotekskvalitetsanalys

1. Kvaliteten på de konstruerade biblioteken analyseras i allmänhet genom att mäta koncentrationer och storleksfördelningar.

2. Bibliotekens koncentrationer kan mätas med fluorescensbaserade metoder som Qubit och PicoGreen eller qPCR.

3. Det rekommenderas inte att använda absorbansbaserade kvantifieringsmetoder såsom NanoDrop.

4. Det rekommenderas att använda qPCR-metoden för bibliotekskvantifiering: fluorescensbaserade metoder som Qubit och PicoGreen kan inte skilja de ofullständiga dsDNA-strukturerna (inserts utan adapter eller med endast en av ändarna ligerad med adapter) från de kompletta biblioteken. qPCR-metoden kommer endast att amplifiera och mäta de kompletta biblioteken med båda ändarna ligerade med adaptrar (de sekvenserbara biblioteken), vilket ger en mer exakt mätning för laddning.

5. Storleksfördelningen av bibliotek kan analyseras med hjälp av Agilent Bioanalyzer eller andra enheter baserade på principerna för kapillärelektrofores eller mikrofluidik.

Dokument:

Säkerhetsdatablad

12316_MSDS_HB250211_SV.PDF

Manualer

12316_Manual_Ver.EN20241225.pdf