เกี่ยวกับ T4 DNA Ligase
อย่างไรก็ตาม T4 DNA Ligase ยังคงเผชิญกับความท้าทายบางประการในการใช้งานจริง รวมถึงความเสถียรต่ำ การเชื่อมต่ออะแดปเตอร์-อะแดปเตอร์สูง หรือผลผลิตของไลบรารี DNA ต่ำ ปัญหาเหล่านี้อาจนำไปสู่ประสิทธิภาพการทดลองที่ลดลง คุณภาพข้อมูลลดลง ความสามารถในการทำซ้ำผลการทดลองต่ำ และความบริสุทธิ์ของผลิตภัณฑ์ต่ำ ส่งผลให้ประสิทธิภาพโดยรวมของการทดลองทางชีววิทยาโมเลกุลและความแม่นยำของข้อมูลการจัดลำดับลดลง เพื่อแก้ไขปัญหาเหล่านี้ Yeasenซึ่งอิงตาม ZymeEditor อันสร้างสรรค์ของบริษัทในเครือ Molefuture™ แพลตฟอร์มวิวัฒนาการเอนไซม์ได้ดำเนินการวิวัฒนาการเอนไซม์บน T4 DNA ligase
รูปที่ 1 แผนผังหลักการปฏิกิริยาของ T4 DNA Ligase[1]
การคัดกรองแบบแห้งและเปียกซ้ำๆ เพื่อให้ได้ T4 DNA Ligase ประสิทธิภาพสูง
เอนไซม์ไลเกส DNA T4 ซึ่งเป็นเอนไซม์ไลเกสที่ขึ้นกับ ATP ประกอบด้วยโดเมนยึด DNA แบบเกลียวกะทัดรัด (DBD) โดเมนนิวคลีโอติดิลทรานสเฟอเรส (NTase) และโดเมนพับ OB โดยอาศัยโครงสร้างของโปรตีน Yeasenของ ทีม วิเคราะห์สารตกค้างที่อยู่ห่างออกไป 5 ถึง 20 Å รอบๆ ซับสเตรต DNA ตามด้วยการตรวจคัดกรองในซิลิโคและการวิเคราะห์โครงสร้าง-ฟังก์ชันโดยใช้เครื่องมือคำนวณขั้นสูง ในระหว่างกระบวนการนี้ ทีมงาน สังเกตเห็นห่วงยืดหยุ่นที่อยู่ห่างจากช่องที่ใช้งาน โดยได้รับคำแนะนำจากการคำนวณพลังงาน ทีมงาน ออกแบบการตัดทอนในบริเวณลูปนี้ โดยตั้งสมมติฐานว่าการตัดทอนอาจไม่ส่งผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญต่อการทำงานของการรัด แต่จะส่งผลต่อเสถียรภาพของโครงสร้างโดยรวม นอกจากนี้ ทีมงานยัง ลำดับฉันทามติที่สอดคล้องเพื่อออกแบบกลายพันธุ์ โดยเชื่อมโยงการวิเคราะห์นี้กับการพิจารณาโครงสร้างและฟังก์ชัน ดังที่แสดงในภาพด้านล่าง
รูปที่ 2 โครงสร้างของ T4 DNA Ligase
นอกจากการออกแบบที่สมเหตุสมผลแล้ว การพัฒนาแบบมีทิศทางของ T4 DNA ligase ยังดำเนินการด้วยวิธี MTPS โดยการคัดกรองความเสถียร กิจกรรม และกิจกรรมที่เหลือ และห้องสมุดที่มีมากกว่า 104 ได้มีการคัดกรองมิวแทนต์ หลังจากวิเคราะห์ข้อมูลมิวแทนต์อย่างละเอียดถี่ถ้วนแล้ว ผู้ที่มีแนวโน้มดีก็ได้รับการคัดเลือกให้ทำการฟอกและทดสอบอย่างเข้มงวด จากนั้นผู้ชนะทั้งหมดที่ได้รับจากการออกแบบตามเหตุผลและวิวัฒนาการตามทิศทางจะได้รับการจำแนกลักษณะโดยละเอียดหลังจากการฟอกที่ผ่านการปรับปรุง ซึ่งครอบคลุมถึงการประเมินกิจกรรม ความเสถียร การผูกตัวเองของอะแดปเตอร์ การผูกตัวเองของชิ้นส่วนดีเอ็นเอ และผลผลิตดีเอ็นเอ โดยอิงจากมิวแทนต์ G1 ทีมงาน ดำเนินการสับเปลี่ยน DNA และการออกแบบการกลายพันธุ์แบบกำหนดทิศทางร่วมกันเพื่อให้ได้สารกลายพันธุ์ที่โดดเด่นซึ่งตอบโจทย์ข้อกำหนดการใช้งานที่หลากหลาย
จากผลิตภัณฑ์กลายพันธุ์สู่ตลาดพร้อมการตรวจสอบการจัดลำดับหลายรอบ
การ ไซม์เอดิเตอร์ทีเอ็ม แพลตฟอร์มวิวัฒนาการเอนไซม์ประสบความสำเร็จในการพัฒนา DNA ligase T4 ที่กลายพันธุ์ด้วยความเสถียรทางความร้อนสูง ผลผลิตของไลบรารีสูง และการผูกตัวเองด้วยอะแดปเตอร์ต่ำผ่านเทคโนโลยีวิวัฒนาการเอนไซม์ ปัจจุบัน T4 DNA Ligase ที่ได้รับการปรับปรุงดีขึ้นได้เปิดตัวสำเร็จแล้ว นั่นคือ Hieff® Versatile T4 DNA Ligase (600 U/μL) (Cat#12996ES) ผลิตภัณฑ์นี้มีประสิทธิภาพเหนือกว่า T4 DNA Ligase แบบป่าดั้งเดิมในด้านประสิทธิภาพการเชื่อมต่อและเสถียรภาพทางความร้อน และได้รับการพิสูจน์แล้วด้วยการจัดลำดับข้อมูลปริมาณงานสูง ช่วยให้มั่นใจได้ถึงคุณภาพที่เป็นเลิศ
การนำเสนอข้อมูล
1.เสถียรภาพทางความร้อนที่สูงขึ้น
กลายพันธุ์ DNA Ligase T4 จาก Yeasen ได้รับการอบด้วยความร้อนที่อุณหภูมิ 42℃ เป็นเวลา 0, 2 และ 4 ชั่วโมง และเปรียบเทียบกับ T4 DNA Ligases จาก Vendor Q, N, A และ Tจากนั้นจึงสร้างห้องสมุด DNA ของจีโนมทั้งหมดโดยใช้ gDNA ของวัวที่แยกชิ้นส่วน 1 µg พร้อมด้วย Yeasen ชุดการสร้างห้องสมุด DNA (Cat#12927ES) เพื่อเปรียบเทียบเสถียรภาพทางความร้อนของ T4 DNA Ligase
รูปที่ 3 การทดสอบเสถียรภาพทางความร้อนที่ 42℃
ผลลัพธ์:
เสถียรภาพทางความร้อน: Yeasen ≈ ผู้ขาย N ≈ ผู้ขาย A > ผู้ขาย T > ผู้ขาย Q
2.ผลผลิตห้องสมุดที่สูงขึ้น
โปรตีนกลายพันธุ์ T4 DNA Ligase จาก Yeasen ได้รับการทดสอบสำหรับผลผลิตของห้องสมุดที่ระดับอินพุต DNA ทั้งสูงและต่ำ เมื่อเปรียบเทียบกับ T4 DNA Ligases จาก Vendor Q, N, A และ T Yeasen ใช้ชุดสร้างคลัง DNA (Cat#12927ES) โดยมีอินพุต gDNA จากวัวที่แยกชิ้นส่วน 1 µg และ 0.5 ng เพื่อสร้างคลัง DNA
รูปที่ 4 การวิเคราะห์ผลผลิตห้องสมุด DNA
ผลลัพธ์:
ผลผลิตในห้องสมุด (1 µg gDNA): Yeasen > ผู้ขาย Q ≈ ผู้ขาย T ≈ ผู้ขาย A > ผู้ขาย N.ผลผลิตห้องสมุด (0.5 µg gDNA): Yeasen ≈ ผู้ขาย Q ≈ ผู้ขาย A ≈ ผู้ขาย T > ผู้ขาย N
3.อะแดปเตอร์ล่างแบบรัดท่อด้วยตัวเอง
โปรตีนกลายพันธุ์ T4 DNA Ligase จาก Yeasen ได้รับการเปรียบเทียบกับ T4 DNA Ligases จาก Vendor Q, N, A และ T สำหรับการผูกตัวเองด้วยอะแดปเตอร์ Yeasen ใช้ชุดสร้างห้องสมุด DNA (Cat#12927ES) โดยมีอินพุต gDNA ของวัวที่แยกส่วน 0 นาโนกรัมและ 0.5 นาโนกรัมเพื่อสร้างห้องสมุด DNA ของจีโนมทั้งหมด
รูปที่ 5 ข้อมูลการเชื่อมต่อแบบอะแดปเตอร์ด้วยอินพุต gDNA 0 นาโนกรัม (ซ้าย) และ 0.5 นาโนกรัม (ขวา)
ผลลัพธ์:
1) อัตราการผูกมัดตัวเองของอะแด็ปเตอร์ (0 ng gDNA): ผู้จำหน่าย N > Yeasen > ผู้ขาย T > ผู้ขาย A > ผู้ขาย Q
2) อัตราการผูกมัดตัวเองของอะแด็ปเตอร์ (0.5 ng gDNA): Yeasen > ผู้ขาย T > ผู้ขาย Q ≈ ผู้ขาย N > ผู้ขาย A
ติดต่อเรา
Yeasen ได้เอาชนะข้อจำกัดของลิเกส DNA T4 แบบดั้งเดิมได้สำเร็จ โดยนำเสนอผลิตภัณฑ์ลิเกส DNA T4 ที่โดดเด่นในด้านเสถียรภาพทางความร้อน ผลผลิตในคลัง และการผูกตัวเองด้วยอะแดปเตอร์ ในกระบวนการนี้ บริษัทได้รวบรวมคลังกลายพันธุ์อันอุดมสมบูรณ์ ซึ่งมอบตัวเลือกต่างๆ ให้กับนักวิจัยเพื่อตอบสนองความต้องการในการทดลองที่แตกต่างกัน หากคุณสนใจผลิตภัณฑ์หรือลิเกส DNA T4 กลายพันธุ์ของเรา โปรดติดต่อเราผ่านช่องทางต่อไปนี้ อีเมล: order1@yeasen.com (เรา)
โทรศัพท์: +1 240-472-6069 (สหรัฐอเมริกา)
นอกจากนี้, Yeasen นำเสนอผลิตภัณฑ์ T4 DNA ligase หลากหลายรุ่น คลิกที่ลิงก์ผลิตภัณฑ์เพื่อสอบถามข้อมูลผลิตภัณฑ์
Yeasen ผลิตภัณฑ์ซีรีส์ T4 DNA Ligase
| การจัดวางตำแหน่งผลิตภัณฑ์ | ชื่อสินค้า | หมายเลขแคท |
| เสถียรภาพทางความร้อนสูงและอัตราการผูกเชือกด้วยตนเองต่ำ | ไฮฟ์ T4 DNA Ligase อเนกประสงค์ (600 U/μL) | 12996ES |
| การผูกที่รวดเร็วและมีประสิทธิภาพ สารตกค้างต่ำ เหมาะอย่างยิ่งสำหรับความต้องการในการตรวจจับเชื้อโรค | ดีเอ็นเอไลเกส T4 เร็ว (400 U/µL) | 10299ES |
| แบบจำลองสากล | ดีเอ็นเอไลเกส T4 ด่วน (400 U/µL) | 10301ES |
อ้างอิง
[1] Shuman S .DNA Ligases: ความก้าวหน้าและแนวโน้ม[เจ].วารสารเคมีชีวภาพ, 2009, 284(26):17365-17369.
