1、พื้นหลัง
rRNA คิดเป็นสัดส่วนสูงของ Total RNA ในสิ่งมีชีวิต แต่ให้ข้อมูลที่มีประสิทธิผลได้น้อย RNA เหล่านี้จะผลิตข้อมูลที่ไม่ถูกต้องจำนวนมาก ซึ่งมีความสำคัญน้อยมากสำหรับการศึกษาเพื่อให้ได้ข้อมูลทางชีววิทยา ในขณะเดียวกัน rRNA ที่มีสัดส่วนสูงทำให้ mRNA ที่มีมากในทรานสคริปต์มีปริมาณน้อย จึงส่งผลต่อการตรวจจับทรานสคริปต์ที่มีปริมาณน้อย ดังนั้น ในการจัดลำดับ RNA แบบทั่วไป (RNA-SEQ) การกำจัด rRNA ที่มีประสิทธิภาพจึงมีความจำเป็นเพื่อให้ได้การจัดลำดับ RNA ที่คุ้มต้นทุน
2、คำอธิบายผลิตภัณฑ์
(1)ซีรีย์ MaxUp ชุดกำจัด rRNA
รีเอเจนต์สำหรับกำจัด rRNA ในซีรีส์ MaxUp นั้นใช้หลักการย่อยด้วย RNase H เพื่อกำจัด rRNA จาก Total RNA ของตัวอย่างเพื่อคงไว้ซึ่ง mRNA และ Rna ที่ไม่เข้ารหัสอื่นๆ ตัวอย่างมีหลายประเภท มีปริมาณเริ่มต้นมาก กระบวนการทั้งหมดใช้เวลาน้อยกว่า 2 ชั่วโมง และเวลาในการดำเนินการด้วยตนเองน้อยกว่า 10 นาที ในเวลาเดียวกัน rRNA สามารถกำจัดได้อย่างมีประสิทธิภาพสำหรับตัวอย่างทั่วไปและตัวอย่างคุณภาพต่ำ (เช่น FFPE) ช่วยปรับปรุงข้อมูลที่มีประสิทธิภาพในการจัดลำดับข้อมูลได้อย่างมีนัยสำคัญ และทำให้การจัดลำดับตัวอย่าง RNA มีประสิทธิภาพและคุ้มต้นทุน
(2)กระบวนการกำจัด rRNA ของซีรีส์ MaxUp
ในปัจจุบัน การกำจัด RNase ถือเป็นวิธีหลักในการกำจัด rRNA โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับตัวอย่างการสลายตัวของ RNA บางส่วน (เช่น ตัวอย่าง FFPE) การกำจัด RNase สามารถแสดงให้เห็นถึงข้อดีได้

รูปที่ 1 แผนผังหลักการขจัด rRNA ของซีรีส์ MaxUp
3、การแสดงประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์
(1)ตัวอย่างพืช
ใช้ RNase H เพื่อย่อยและกำจัด RNA ไรโบโซมจาก RNA ทั้งหมดของพืช และใช้ qPCR เพื่อเปรียบเทียบการเปลี่ยนแปลงการแสดงออกของยีน rRNA และยีน mRNA ก่อนและหลังการกำจัด ผลลัพธ์แสดงให้เห็นว่าผลิตภัณฑ์นี้สามารถกำจัด rRNA ออกจากพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ
รูปที่ 2 ใช้ RNA ใบ Arabidopsis 1 ไมโครกรัมเพื่อกำจัด rRNA และใช้ qPCR เพื่อเปรียบเทียบการเปลี่ยนแปลงการแสดงออกของยีน rRNA และยีน mRNA ก่อนและหลังการกำจัด
(2)ตัวอย่างมนุษย์/หนู/หนูตะเภา
RNase H ถูกใช้เพื่อย่อยและกำจัด rRNA ไรโบโซมออกจาก RNA ทั้งหมดของพืช สร้างคลังข้อมูลและส่งการเรียงลำดับ การวิเคราะห์ข้อมูลแสดงให้เห็นว่าผลิตภัณฑ์นี้สามารถกำจัด rRNA ออกจากตัวอย่างดังกล่าวได้อย่างมีประสิทธิภาพ
รูปที่ 3 นำ RNA ทั้งหมด 1 ไมโครกรัมของมนุษย์ หนู และหนูทดลองมาเป็นตัวอย่าง และวิเคราะห์ rRNA ที่เหลือด้วยการจัดลำดับหลังจากกำจัด rRNA ออก
(3)ตัวอย่าง RNA คุณภาพต่ำ (เช่น FFPE RNA)
ตัวอย่างคุณภาพต่ำมักมีลำดับ ITS/ETS จำนวนมาก (ดู FFPE RNA: DV200=20% ในรูปต่อไปนี้) และส่วนนี้ของลำดับจะสร้างข้อมูลที่ไม่ถูกต้องจำนวนมากด้วย ดังนั้นการเพิ่มโพรบ ITS/ETS ในตัวอย่างคุณภาพต่ำจะช่วยเพิ่มลำดับเป้าหมายได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น นอกจากโพรบสำหรับ 45S Pre-rRNA ทั่วไปแล้ว ผลิตภัณฑ์นี้ยังได้เพิ่มการออกแบบโพรบสำหรับภูมิภาค ITS/ETS 45S ของมนุษย์ ซึ่งช่วยให้การกำจัด rRNA ในตัวอย่างคุณภาพต่ำมีประสิทธิภาพมากขึ้นโดยไม่ส่งผลต่อผลการกำจัด rRNA ในตัวอย่างทั่วไป
รูปที่ 4.การเปรียบเทียบระหว่าง rRNA และ ITS/ETS ก่อนและหลังการเติมโพรบ ITS/ETS
4、ข้อมูลการสั่งซื้อ
ทีใช่แล้ว | พีชื่อผลิตภัณฑ์ | รหัสสินค้า | ข้อมูลจำเพาะผลิตภัณฑ์ |
การกำจัด rRNA ชุด | ไฮฟ์ เอ็นจีเอสทีเอ็ม ชุด MaxUp Human rRNA Depletion Kit(rRNA & ITS/ETS) | 12257ES08/24/96 | 8/24/96ต. |
12254ES08/24/96 | 8/24T/96T |