การวัดปริมาณกรดนิวคลีอิกซึ่งเป็นหนึ่งในการทดลองพื้นฐานที่สุดในชีววิทยาโมเลกุล ส่งผลโดยตรงต่อผลลัพธ์ของการทดลองต่อเนื่อง ความแม่นยำของการวัดปริมาณกรดนิวคลีอิกถือเป็นสิ่งสำคัญ ปัจจุบันมีวิธีหลักสองวิธีในการวัดปริมาณไลบรารี NGS ได้แก่ วิธีการดูดกลืนรังสีอัลตราไวโอเลต และวิธีการใช้สีย้อมเรืองแสง
วิธีการดูดกลืนแสงอัลตราไวโอเลตใช้เครื่องสเปกโตรโฟโตมิเตอร์ในการวัดค่าการดูดกลืนแสงที่ 260 นาโนเมตรสำหรับการวัดปริมาณดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอ นอกจากนี้ยังประมาณความบริสุทธิ์ของกรดนิวคลีอิกโดยการคำนวณอัตราส่วน OD260/OD280 อย่างไรก็ตาม ค่าที่ตรวจพบมีความอ่อนไหวสูงต่อการรบกวนจากสารปนเปื้อนอื่นๆ เช่น นิวคลีโอไทด์อิสระ เกลือ และสารประกอบอินทรีย์
การวัดปริมาณฟลูออโรเมตริกของคิวบิตใช้สีย้อมเรืองแสงที่จับกับดีเอ็นเอสายคู่ ดีเอ็นเอสายเดี่ยว อาร์เอ็นเอ หรือโปรตีนโดยเฉพาะ เมื่อถูกกระตุ้นด้วยแหล่งกำเนิดแสงที่มีความยาวคลื่นเฉพาะ สีย้อมจะเปล่งแสงเรืองแสง ซึ่งจะไม่ได้รับผลกระทบจากโมเลกุลสิ่งเจือปนอื่นๆ ที่อาจอยู่ในตัวอย่าง ความเข้มของแสงเรืองแสงจะแปรผันตามความเข้มข้นของโมเลกุลเป้าหมายในตัวอย่าง
ตารางที่ 1 การเปรียบเทียบวิธีการวัดปริมาณกรดนิวคลีอิกแบบหลัก
เป้า | ยูวี เอบีเอส (นาโนดรอป) | คิวบิต ดีเอ็นเอ เอชเอส | คิวบิต ดีเอ็นเอ บีอาร์ | คิวบิตอาร์เอ็นเอ | คิวบิต ssDNA |
ชนิดของกรดนิวคลีอิก | ดีเอ็นเอ,อาร์เอ็นเอ | ดีเอสดีเอ็นเอ | ดีเอสดีเอ็นเอ | อาร์เอ็นเอ | ssDNA,โอลิโก |
ความเข้มข้นของตัวอย่าง (ng/μL) | 2 นาโนกรัมต่อไมโครลิตร-15 ไมโครกรัมต่อไมโครลิตร | 10 pg/µL-100 ng/µL | 0.1 นาโนกรัม/µL-1000 นาโนกรัม/µL | 250 พีจี/µl-1000 นาโนกรัม/µl | 50 pg/μL-200 ng/μL |
ข้อได้เปรียบ | ขีดจำกัดการวัดที่สูงกว่า | ความเฉพาะเจาะจงดี | มีขอบเขตการวัดที่กว้าง | มีการคัดเลือก RNA สูง | ทนทานดี |
ข้อจำกัด | ความจำเพาะไม่ดี | ป้องกันแสงขณะใช้งาน | ป้องกันแสงขณะใช้งาน | ป้องกันแสงขณะใช้งาน | ความจำเพาะต่ำและยังจับกับ dsDNA ด้วย |
การดูดกลืนแสงยูวีและการวัดปริมาณฟลูออโรเมตริกของ Qubit ต่างก็มีข้อดีและสามารถเสริมซึ่งกันและกันได้ สำหรับการวัดปริมาณเบื้องต้นของตัวอย่างกรดนิวคลีอิกทั่วไปเพื่อกำหนดความเข้มข้น ความบริสุทธิ์ และการมีอยู่ของสารปนเปื้อน สามารถเลือกวิธีการวัดปริมาณการดูดกลืนแสงได้ การวัดปริมาณคิวบิตเหมาะสำหรับตัวอย่างมีค่าที่มีความเข้มข้นต่ำหรือการวัดปริมาณที่แม่นยำซึ่งจำเป็นสำหรับการทดลองปลายน้ำ เช่น การจัดลำดับรุ่นถัดไปและ PCR เชิงปริมาณแบบเรียลไทม์
โซลูชัน 1 dsDNA HS การวัดค่าความไวสูง
พรีมิกซ์สำหรับวัดปริมาณ dsDNA แบบพร้อมใช้งาน—ชุดทดสอบ dsDNA HS 1× สำหรับ Qubit
ใช้งานง่าย: พรีมิกซ์พร้อมใช้งาน ไม่จำเป็นต้องผสมล่วงหน้า
ความไวสูง: ตรวจจับความเข้มข้นต่ำถึง 50 pg/μL
เสถียรภาพที่ดี: สัญญาณการเรืองแสงคงอยู่ได้นาน 3 ชั่วโมง และการเก็บรักษาที่อุณหภูมิห้องเป็นเวลา 20 วันไม่ส่งผลกระทบต่อความแม่นยำของการวัดปริมาณ
A. ความเสถียรที่ยอดเยี่ยม: การจัดเก็บที่อุณหภูมิห้องเป็นเวลา 2 สัปดาห์ยังคงมีเสถียรภาพ (ค่าที่วัดได้เบี่ยงเบนจากค่าทางทฤษฎีน้อยกว่า 10%)
ตารางที่ 2 การทดสอบเสถียรภาพของตัวอย่างต่างๆ ที่อุณหภูมิ 4°C และอุณหภูมิห้องเมื่อเปรียบเทียบกับผลิตภัณฑ์คู่แข่ง
สารเคมีเชิงปริมาณ | มุ่งมั่น ความเข้มข้น ของ λDNA(ng/μL) | ||||||||||
0วัน | 1วัน | 3 มิติ | 7วัน | 10วัน | 14วัน | ||||||
ต* 4℃ | 0.51 | 0.496 | 0.524 | 0.534 | 0.495 | 0.499 | |||||
| 0.51 | 0.508 | 0.513 | 0.475 | 0.48 | 0.495 | |||||
| 0.51 | 0.517 | 0.506 | 0.486 | 0.506 | 0.523 | |||||
สารเคมีเชิงปริมาณ | มุ่งมั่น ความเข้มข้น ของลูกวัว gDNA(ng/μL) | ||||||||||
0วัน | 1วัน | 3 มิติ | 7วัน | 10วัน | 14วัน | ||||||
ต* 4℃ | 55.3 | 53.5 | 55.40 | 57.9 | 55.8 | 58 | |||||
| 59.4 | 55.4 | 57.8 | 56.1 | 56.3 | 59.8 | |||||
| 59 | 55.7 | 61.3 | 58 | 58.7 | 56.1 |
B. ความไวสูง ความเสถียรของชุดต่อชุดดี
ตารางที่ 3.การทดสอบเสถียรภาพของแบตช์ที่แตกต่างกัน
บีแมทช์ | ตัวอย่าง | ล* | | ข้อผิดพลาด | ||||
ความเข้มข้น1(ng/μL) | ความเข้มข้น2(ng/μL) | ค่าเฉลี่ย (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ความเข้มข้น1(ng/μL) | ความเข้มข้น2(ng/μL) | ค่าเฉลี่ย (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | |||
D9801060 | λDNA | 0.3160 | 0.3250 | 0.3205 | 0.320 | 0.320 | 0.320 | 0.16% |
D8801050 | 0.3310 | 0.3320 | 0.3315 | 0.319 | 0.306 | 0.3125 | 5.73% | |
D7813110 | 0.345 | 0.358 | 0.352 | 0.334 | 0.329 | 0.332 | -6.03% |
โซลูชัน 2 dsDNA BR การวัดปริมาณแบบช่วงกว้าง
การวัดปริมาณ dsDNA ช่วงกว้าง—ชุดทดสอบ dsDNA BR
ความไวสูง: ตรวจจับความเข้มข้นต่ำถึง 50 pg/μL
ความเป็นเส้นตรงที่ยอดเยี่ยม: ความเป็นเส้นตรงที่ดีในช่วง 2-1000 ng;
ความทนทานต่อสารปนเปื้อนที่แข็งแกร่ง: สามารถทนต่อสารปนเปื้อนทั่วไปได้
ตารางที่ 4 ความเสถียรและความทนทานต่อสารปนเปื้อนเมื่อเทียบกับคู่แข่ง
| ต* บีอาร์ | ||||||||||
มาตรฐาน | รฟยู1 | รฟยู2 | ค่าเฉลี่ย | ข้อผิดพลาด | มาตรฐาน | รฟยู1 | รฟยู2 | ค่าเฉลี่ย | ข้อผิดพลาด | ||
เอสวัน | 159.63 | 160.71 | 160.17 | 1% | เอสวัน | 216.17 | 211.56 | 213.865 | -2% | ||
S2 | 24497.0 | 25078.64 | 24787.82 | 2% | S2 | 20532.46 | 20452.26 | 20492.36 | 0% | ||
การวัด |
|
|
|
| การวัด |
|
|
|
| ||
สารปนเปื้อน | ความเข้มข้นในตัวอย่าง 10 μL | ความเข้มข้น1 | ความเข้มข้น2 | ค่าเฉลี่ย | ที่ต้องทดสอบ/ควบคุม | สารปนเปื้อน | ความเข้มข้นในตัวอย่าง 10 μL | ความเข้มข้น1 | ความเข้มข้น2 | ค่าเฉลี่ย | ที่ต้องทดสอบ/ควบคุม |
การควบคุม (เอช2โอ) | - | 49 | 48.6 | 48.8 | 0.0% | การควบคุม (เอช2โอ) | - | 49.8 | 48 | 48.9 | 0.0% |
บีเอสเอ | 1มก./มล. | 51.8 | 52 | 51.9 | 6.4% | บีเอสเอ | 1มก./มล. | 54 | 51.2 | 52.6 | 7.6% |
เอธานอล | 20% | 44.6 | 44 | 44.3 | -9.2% | เอธานอล | 20% | 44.8 | 43.4 | 44.1 | -9.8% |
คลอโรฟอร์ม | 4.00% | 49.0 | 49.8 | 49.4 | 1.2% | คลอโรฟอร์ม | 4.00% | 50.0 | 47 | 48.5 | -0.8% |
เอสดีเอส | 0.2% | 46.6 | 45.8 | 46.2 | -5.3% | เอสดีเอส | 0.2% | 53.2 | 51.6 | 52.4 | 7.2% |
ไทรชั่น-X100 | 0.20% | 41.6 | 40.6 | 41.1 | -15.8% | ไทรชั่น-X100 | 0.20% | 53 | 51 | 52.0 | 6.3% |
dNTPs | 2ม.ม. | 44.2 | 45 | 44.6 | -8.6% | dNTPs | 2ม.ม. | 47.8 | 46.4 | 47.1 | -3.7% |
โซลูชันที่ 3 การหาปริมาณ ssDNA
ตัวเลือกที่เหมาะสำหรับการวัดปริมาณ ssDNA—ชุดทดสอบ ssDNA ที่มีประสิทธิภาพคุ้มต้นทุนสูงสำหรับ Qubit
ความไวสูง: ตรวจจับความเข้มข้นต่ำถึง 50 pg/μLความเป็นเส้นตรงที่ยอดเยี่ยม: ความเป็นเส้นตรงที่ดีในช่วง 0-200 ng;
สัญญาณเสถียร: สีย้อมคุณภาพเยี่ยมที่ใช้ร่วมกับบัฟเฟอร์ที่ได้รับการอัพเกรดให้เหมาะสม สามารถรักษาความเข้มของการเรืองแสงให้คงที่ที่อุณหภูมิห้อง และสามารถใช้ได้อย่างมีประสิทธิภาพแม้ในสภาพแวดล้อมที่มีมลพิษทั่วไป เช่น เกลือ นิวคลีโอไทด์อิสระ ตัวทำละลาย ผงซักฟอก หรือโปรตีน ช่วยให้วัดปริมาณได้อย่างแม่นยำ
ความเสถียรที่ดี: ไม่มีการเปลี่ยนแปลงประสิทธิภาพที่สำคัญหลังการบำบัดที่อุณหภูมิ 4°C หรือ 25°C เป็นเวลา 6 เดือน
ขอบเขตการใช้งานที่กว้างขวาง: กระบวนการทำงานที่เรียบง่าย ช่วยให้สามารถวัดปริมาณโอลิโคนิวคลีโอไทด์ ไพรเมอร์ DNA ที่ถูกเปลี่ยนสภาพ DNA วงจรสายเดี่ยว ฯลฯ ได้อย่างรวดเร็ว
A. ความสามารถในการทำซ้ำได้ดี: การวัดปริมาณในเครื่องมือคิวบิตที่แตกต่างกัน ประเภทของตัวอย่างที่แตกต่างกันโดยใช้

รูปที่ 1 การทดสอบเสถียรภาพของแบตช์ต่างๆ ในอุปกรณ์คิวบิตต่างๆ
B. ความเสถียรที่ดี: การทดสอบความเสถียรของสารละลายทำงานมาตรฐานและ 1 เท่า เป็นเวลา 10 วันที่อุณหภูมิ 37°C สัญญาณการเรืองแสงมีเสถียรภาพ การตรวจสอบความเสถียรในระยะยาวเก็บไว้ที่อุณหภูมิ 25°C เป็นเวลา 6 เดือน ประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สอดคล้องกับการควบคุมที่ 4°C
ตารางที่ 5 การทดสอบเสถียรภาพมาตรฐานและตัวอย่าง
เก็บที่อุณหภูมิ 4℃ เป็นเวลาหนึ่งเดือน | เก็บที่อุณหภูมิ 4℃ เป็นเวลา 2 เดือน | เก็บที่อุณหภูมิ 25℃ เป็นเวลา 2 เดือน | เก็บที่อุณหภูมิ 25℃ เป็นเวลา 6 เดือน | |||||||||
มาตรฐาน | ค่า 1 | ค่า 2 | เฉลี่ย | ค่า 1 | ค่า 2 | เฉลี่ย | ค่า 1 | ค่า 2 | เฉลี่ย | ค่า 1 | ค่า 2 | เฉลี่ย |
มาตรฐาน#1 | 116.06 | 14.76 น. | 115.41 | 124.31 | 125.04 | 124.68 | 112.08 | 110.24 | 111.16 | 131.91 | 135.41 | 133.66 |
มาตรฐาน#2 | 18160.57 | 18348.57 | 18254.60 | 21006.58 | 20974.62 | 20990.60 | 19668.22 | 19078.36 | 19373.30 | 22421.78 | 22205.65 | 22313.72 |
ตัวอย่าง | คอนซี 1 | คอนซี 2 | เฉลี่ย | คอนซี 1 | คอนซี 2 | เฉลี่ย | คอนซี 1 | คอนซี 2 | เฉลี่ย | คอนซี 1 | คอนซี 2 | เฉลี่ย |
ตัวอย่างที่ 1 | 11.70 | 12.20 | 11.95 | 13.30 | 13.00 | 13.15 | 12.70 | 11.70 | 12.20 | 12.90 | 12.40 | 12.65 |
ตัวอย่างที่ 2 | 18.80 | 18.80 | 18.80 | 19.00 | 18.60 | 18.80 | 19.20 | 18.00 | 18.60 | 17.90 | 18.40 | 18.15 |
ตัวอย่างที่ 3 | 1.43 | 1.48 | 1.46 | 1.38 | 1.34 | 1.36 | 1.40 | 1.36 | 1.38 | 1.30 | 1.24 | 1.27 |
ตัวอย่างที่ 4 | 5.28 | 5.12 | 5.20 | 5.76 | 5.78 | 5.77 | 6.10 | 5.72 | 5.91 | 5.62 | 5.72 | 5.67 |
ตัวอย่างที่ 5 | 2.20 | 2.16 | 2.18 | 2.02 | 2.00 | 2.01 | 2.10 | 2.14 | 2.12 | 1.95 | 1.94 | 1.95 |
ตัวอย่างที่ 6 | 1.64 | 1.61 | 1.63 | 1.50 | 1.47 | 1.49 | 1.68 | 1.67 | 1.68 | 1.45 | 1.42 | 1.44 |
Yeasen คู่มือการเลือกผลิตภัณฑ์เชิงปริมาณ NGS
หมวดหมู่สินค้า | ผลิตภัณฑ์ | หมายเลขแคตตาล็อก | ช่วงเชิงปริมาณ |
ดีเอสดีเอ็นเอเอชเอส | ชุดทดสอบ dsDNA HS สำหรับ Qubit | 12640ES | 0.2-100 นาโนกรัม; 10 pg/µL-100 ng/µL |
น้ำยาทดสอบปริมาณ Picogreen dsDNA | 12641ES | ||
ชุดทดสอบ dsDNA HS 1× | 12642ES | ||
ดีเอสดีเอ็นเอ บีอาร์ | ชุดทดสอบ dsDNA BR | 12643ES | 2-1000 มก.; 0.1 นาโนกรัม/µL-1000 นาโนกรัม/µL |
คิวบิต ssDNA | ชุดทดสอบ ssDNA สำหรับ Qubit | 12645ES | 1–200นาโนกรัม; 50 pg/μL-200 ng/μL |