1、Arka Plan

rRNA organizmalardaki Toplam RNA'nın yüksek bir oranını oluşturur, ancak çok az etkili bilgi sağlayabilir. Bu RNA'lar biyolojik bilgi edinme çalışması için çok az öneme sahip olan çok sayıda geçersiz veri üretecektir. Bu arada, yüksek oranda rRNA, düşük transkriptlerde nispeten bol miktarda mRNA oluşturur, bu da düşük bolluğa sahip transkriptlerin tespitini etkiler. Bu nedenle, geleneksel RNA dizilemesinde (RNA-SEQ), RNA'nın maliyet etkin dizilemesini elde etmek için rRNA'nın etkili bir şekilde çıkarılması esastır.

2、Ürün açıklaması

(1)MaxUp serisi,rRNA Tükenme Kiti

MaxUp serisi rRNA çıkarma reaktifleri, bir numunenin Toplam RNA'sından ribozomal RNA'yı (rRNA) çıkarmak ve haberci RNA'yı (mRNA) ve diğer kodlamayan RNA'ları tutmak için RNase H sindirimine dayanır. Numune tipleri zengindir, başlangıç ​​miktarı geniştir, tüm süreç 2 saatten az sürer ve manuel işlem süresi 10 dakikadan azdır. Aynı zamanda, rRNA hem geleneksel numuneler hem de düşük kaliteli numuneler (FFPE gibi) için etkili bir şekilde çıkarılabilir, dizileme verilerindeki etkili veri bilgilerini önemli ölçüde iyileştirebilir ve RNA numunelerinin maliyet açısından etkili dizilenmesini gerçekleştirebilir.

(2)MaxUp serisi rRNA çıkarma işlemleri

Günümüzde rRNA gideriminde ana yöntem RNaz eliminasyonudur, özellikle bazı RNA bozunma örnekleri (FFPE örnekleri gibi) için RNaz eliminasyonu avantajlarını gösterebilir.

Şekil 1. MaxUp serisi rRNA uzaklaştırma prensibinin şematik diyagramı

3、Ürün Performansı Ekranı

(1)Bitki örnekleri

RNase H, bitkilerden toplam RNA'dan ribozomal RNA'yı sindirmek ve çıkarmak için kullanıldı ve qPCR, rRNA geni ve mRNA geninin çıkarma öncesi ve sonrası ifade değişimlerini karşılaştırmak için kullanıldı. Sonuçlar, bu ürünün bitkilerden rRNA'yı etkili bir şekilde çıkarabileceğini gösterdi.

ŞEKİL 2. rRNA çıkarılması için 1μg Arabidopsis yaprak RNA'sı kullanıldı ve rRNA geni ve mRNA geninin çıkarılmadan önce ve sonra ifade değişimlerini karşılaştırmak için qPCR kullanıldı

(2)İnsan/sıçan/fare örneği

RNase H, bitkilerden toplam RNA'dan ribozomal RNA'yı sindirmek ve çıkarmak, bir kütüphane oluşturmak ve dizileme göndermek için kullanıldı. Veri analizi, bu ürünün bu tür örneklerden rRNA'yı etkili bir şekilde çıkarabileceğini gösterdi.

Şekil 3. İnsan, fare ve sıçandan 1 μg toplam RNA numune olarak alındı ​​ve rRNA kalıntıları rRNA çıkarıldıktan sonra dizileme yoluyla analiz edildi

(3)Düşük kaliteli RNA örnekleri (örneğin FFPE RNA)

Düşük kaliteli örneklerde genellikle büyük oranda ITS/ETS dizisi bulunur (aşağıdaki şekilde FFPE RNA: DV200=20%'ye bakın) ve dizilerin bu kısmı da çok sayıda geçersiz veri üretecektir, bu nedenle düşük kaliteli örneklere ITS/ETS probları eklenerek hedef diziler daha da etkili bir şekilde zenginleştirilebilir. Geleneksel 45S Pre-rRNA için proba ek olarak, İnsan 45S ITS/ETS bölgesi için prob tasarımı da bu ürüne eklenmiştir, bu da düşük kaliteli örneklerdeki rRNA gideriminin geleneksel örneklerdeki rRNA giderim etkisini etkilemeden daha verimli olmasını sağlar.

Şekil 4.ITS/ETS problarının eklenmesinden önce ve sonra rRNA kalıntılarının ve ITS/ETS kalıntılarının karşılaştırılması

4、Sipariş bilgileri

Ttür

Pürün adı

Ürün Kodu

Ürün özellikleri

rRNA'nın çıkarılması kit

Yüksek NGST.M. MaxUp İnsan rRNA Tükenme Kiti(rRNA ve ITS/ETS)

12257ES08/24/96

8/24/96T

Yüksek NGST.M. MaxUp rRNA Tükenme Kiti (Bitki)

12254ES08/24/96

8/24T/96T

Sorgu