描述
T7高产RNA合成试剂盒优化了转录反应体系,该试剂盒利用T7 RNA聚合酶,以含有T7启动子序列的线性双链DNA为模板,以NTPs为底物,控制启动子下游的DNA序列,高效地合成单链RNA,在转录过程中可在底物上添加修饰核苷酸,制备生物素或染料标记的RNA。
本试剂盒可合成长转录本和短转录本,每1 μg DNA模板输入即可产生100-200 μg RNA。转录合成的RNA可用于各种下游应用,例如RNA结构和功能研究,RNase保护,探针杂交,RNAi,显微注射以及体外 翻译。
图 1:体外 RNA转录过程
特征
- 每次反应可从 1 μg 对照模板中生成最多 180 μg RNA
- 针对 IVT 工艺优化的反应系统
- 减少 dsRNA 的产生
- 更高的 RNA 完整性和纯度
应用
- 体外 RNA合成
成分
部件编号 | 姓名 | 10623ES50(50吨) | 10623ES60 (100吨) | 10623ES70 (500吨) |
10623-A | T7 RNA 聚合酶混合物 | 100 μL | 200 μL | 1 毫升 |
10623-B | 10×转录缓冲液 | 100 μL | 200 μL | 1 毫升 |
10623-C | ATP(100毫摩尔) | 100 μL | 200 μL | 1 毫升 |
10623-D | CTP (100 毫米) | 100 μL | 200 μL | 1 毫升 |
10623-E | GTP (100毫摩尔/升) | 100 μL | 200 μL | 1 毫升 |
10623-F | 非屏蔽双绞线 (100 毫米) | 100 μL | 200 μL | 1 毫升 |
10623-G | 对照 DNA 模板(500ng/μL) | 10 μL | 20 μL | 100 μL |
运输和储存
干冰运输。储存温度为-15℃~-25℃,有效期两年。
数字
图 1. 使用 T7 RNA 合成试剂盒体外合成标准 RNA。
反应产物在PCR仪上37℃反应2h,经磁珠纯化(Cat#12602)后,用NanoDrop分光光度计分析产量结果,如图1所示。
图2. T7试剂盒对不同长度RNA的转录演示,分别在电泳图(图2A)、毛细管电泳图(图2B)和色谱图(图2C)中
图3.体外加帽RNA的合成。
反应产物在PCR仪上37℃反应2h,经磁珠纯化(Cat#12602)后,用NanoDrop分光光度计测定产物产量如图3A所示,用毛细管电泳分析产物完整性如图3B所示。
1. 转录产物产量低
模板的质量与产量息息相关,如果实验组产量明显低于对照组,可能原因有:
①实验模板中含有抑制成分;
② 模板有问题。
建议:
①重新净化模板;
②确定模板定量及其完整性;
③延长反应时间;
④ 增加模板输入量;
⑤尝试其他启动子和RNA聚合酶。
2. 短转录本产量低
转录起始片段过短会抑制反应,当转录产物小于100nt时,延长反应时间为4-8h或增加模板用量至2μg,可提高RNA产量。
3. RNA转录长度大于预期
若电泳结果显示产物条带大于预期的大小,可能原因为:
①质粒模板可能没有完全线性化;
②正义链3’端具有突出的结构;
③RNA具有未完全变性的二级结构。
建议:
①检查模板是否完全线性化,如有必要,进行额外的线性化;
②选择合适的限制性内切酶,避免3’突出,或使用Klenow Fragment/T4 DNA聚合酶完成转录后再进行下一步;
③用变性凝胶检测RNA产物。
4. RNA转录长度小于预期
若电泳结果显示产物条带小于预期的大小,可能原因为:
①模板含有与T7 RNA聚合酶类似的终止序列;
②模板中GC含量高。
建议:
①降低反应温度(例如30℃)。有时降低温度可以增加转录长度,但会降低产量。或者尝试不同的RNA聚合酶进行转录;
②如果模板GC含量较高,则使用42℃ 转录,或添加 SSB 以增加产量和转录长度。
5. 转录产物电泳尾标
电泳过程中有拖尾现象。
可能的原因:
①实验操作过程中受到RNase污染;
②DNA模板被RNase污染。
建议:
①使用RNase free的枪头和EP管,戴一次性乳胶手套和口罩,所有试剂均用RNase free的H2O配制。
②重新纯化模板DNA。
[1] 董Z,郑宁,胡C,等。Nosema bombycis microRNA-like RNA 8 (Nb-milR8) 通过调节宿主家蚕 (Bombyx mori) 中的 BmPEX16 基因表达来增加真菌致病性。Microbiol Spectr。2021;9(2):e0104821。doi:10.1128/Spectrum.01048-21(影响因子:7.171)
[2] 王晓燕,唐珊,叶珊等。利用三链置换扩增级联技术对循环 miR-195-5p 进行超灵敏定量分析。Talanta。2022;242:123300。doi:10.1016/j.talanta.2022.123300(影响因子:6.057)
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