描述
希夫NGS™ One Pot Flash DNA Library PrepKit 是一种快速酶法 DNA 文库制备试剂盒,巫婆 含有高质量的 DNA 片段化酶,将 DNA 片段化、末端修复和 dA 加尾结合为一个步骤,大大减少了文库制备的时间和成本。
本文库制备试剂盒兼容所有常见动物、植物、微生物等100 pg-500 ng样本。
单管快速实现DNA片段化、末端修复及A尾添加反应。该试剂盒需配套接头及引物,兼容Illumina 和麦肯锡 高通量测序平台。
特征
1) 适用于100 pg-500 ng的基因组DNA样本。
2)与 Illumina 兼容 和麦肯锡 高通量测序平台。
3)碎片化、末端修复和 A 尾添加 内部反应 5 分钟
4)高效的文库转化率和扩增效率。
规格
货号 | 12316ES24 / 12316ES96 |
尺寸 | 24 96 年 电视 |
成分
姓名 | 12316ES24 | 12316ES96 | |
12316-A | 涂抹酶 混合 | 240 μ大号 | 960 μ大号 |
12316-B | 连接增强剂 | 720 μ大号 | 4×720 μ大号 |
12316-C | 快速T4 DNA连接酶 | 120 μ大号 | 480 μ大号 |
12316-D | 2×创世纪 高频 放大混合 | 600 μ大号 | 4×600 μ大号 |
* | 引物混合物* | 120 μ大号 | 480 μ大号 |
笔记: * 表示该试剂不包含在该试剂盒中,需要额外试剂。套件 是 兼容双平台 Illumina 与 MGI,但额外的引物混合物(CAT # 13334 MGI 引物混合物 需要 Illumina 的 Cat# 13335 Primer Mix。
贮存
本产品应储存在-25~-15℃ 1 年。
数字
图1 10种微生物DNA检测
使用以下方法制备文库: 猫号#12316 协议 ,10 ng ZymoBIOMICS 微生物群落 DNA 标准 (Zymo Research® #D6306)。将文库汇集并在 Illumina 上测序 (SE75)。测序数据均质化至20M 并对两种输入水平的预期和检测组成进行了比较。特定微生物 gDNA 的检测与预期组成一致。预期组成:新型隐球菌 2%、酿酒酵母 2%、枯草芽孢杆菌 12%、大肠杆菌 12%、粪肠球菌 12%、发酵乳杆菌 12%、单核细胞增生李斯特菌 12%、铜绿假单胞菌 12%、金黄色葡萄球菌 12% 和肠道沙门氏菌 12%。
关于手术
1. 请穿戴工作服和一次性手套进行操作,为了您的安全。
2. 在室温下解冻组件。 解冻后,通过涡旋充分混合,短暂旋转管子并将它们放在冰上以备后用。
3.各步配制反应液时建议用移液器吹打混合均匀或轻轻震荡,剧烈震荡可能会造成文库产量下降。
4. 为避免样品交叉污染,建议使用带过滤元件的枪头,吸取不同样品时请更换枪头。
5. 建议各反应步骤在配有加热盖的PCR仪上进行,使用前应将PCR仪预热至设定温度。
6. 操作不当极易造成气溶胶污染,影响结果准确性。建议对PCR反应混合区域和PCR产物纯化检测区域进行强制物理隔离。配备建库专用移液器等设备。
7.本产品仅供研究使用。
关于 DNA 碎片
1. 本试剂盒兼容范围为100 pg–500 ng 输入 DNA。应尽可能使用 A260/A280 = 1.8-2.0 的高质量输入 DNA。
2. 如果Input DNA中含有高浓度的金属离子螯合剂或其他盐类,可能会影响后续实验,建议用ddH2O或Tebuffer(10 mm tris-HCl,pH 8.0-8.5;0.1 mM EDTA)稀释DNA。
3. 对于大多数高质量基因组DNA,酶切时间如表1所示。该试剂盒偏好性较低,能耐受各种GC含量的模板。
表 1. 常规基因组 DNA 片段化建议时间
插入峰大小 | 碎片时间 | 优化范围 |
200 基点 | 5 分钟 | 3-8 分钟 |
150 基点 | 8 分钟 | 5-10分钟 |
接头连接
1. 接头的浓度直接影响连接效率和文库产量。接头用量过多可能产生较多接头二聚体;用量过低可能影响 结扎 效率和文库产量。表 2 和表 3 列出了推荐用量 使用此试剂盒为不同的输入 DNA 输入提供适配器。
表 2. 推荐的 Illumina 不同输入 DNA 的接头数量
输入DNA | 15 μM 适配器稀释倍数 | 体积 |
50 纳克至 500 纳克 | 10 | 5 μ大号 |
1 鄰-50 鄰 | 20 | 5 μ大号 |
100 前列腺素-1 鄰 | 30 | 5 μ大号 |
表 3. 推荐的 MGI 不同输入 DNA 的接头数量
输入DNA | 10 μ米 适配器稀释倍数 | 体积 |
50 纳克至 500 纳克 | 稀释倍数 | 5 μ大号 |
10 鄰-50 鄰 | 10 | 5 μ大号 |
100 前列腺素-10 鄰 | 5 | 5 μ大号 |
文库扩增
应严格控制扩增循环数。扩增不足可能导致文库产量低;过度扩增可能引入偏差、错误、重复读取和嵌合产物增加。表 4 列出针对库产量 1 的推荐循环次数 μg.
表 4. 建议循环 100 pg-500 ng 输入 DNA
输入 DNA(ng) | 生成 1 所需的循环次数 μ克 |
500 纳克 | 2-4 |
250 纳克 | 4-6 |
100 纳克 | 5-7 |
50 纳克 | 7-9 |
5 鄰 | 11-十三 |
100 包 | 14-16 |
基于珠子的 DNA 清理和尺寸选择
1。 文库构建过程中有多个步骤需要使用 DNA 纯化磁珠。我们推荐 Hieff NGS™ DNA 选择珠(
2。 磁珠使用前应先在室温下平衡,否则产量会下降,并且影响大小选择效果。
3。 使用前应通过涡旋或移液将磁珠混合均匀。
4。 转移上清液时不要吸出珠子,即使是微量的珠子也可能影响接下来的反应。
5。 80%乙醇应新鲜配制,否则影响回收效率。
6。 磁珠在洗脱产品前需室温干燥,干燥不充分易造成乙醇残留影响后续反应;干燥过度则易造成磁珠破裂,降低纯化产率。一般室温干燥3-5分钟即可使磁珠充分干燥。
7。 如果需要,纯化或大小选择的 DNA 样本洗脱于 0.1× TE 缓冲液可在 4°C 下保存 1-2 周,或在 -20°C 下保存一个月。
图书馆质量分析
1. 构建的文库质量一般通过测量浓度和粒径分布来分析。
2. 可以通过基于荧光的方法(例如 Qubit 和 PicoGreen 或 qPCR)测量文库浓度。
3. 不建议使用基于吸光度的定量方法,例如NanoDrop。
4. 建议使用qPCR方法进行文库定量:Qubit、PicoGreen等荧光方法无法区分不完整的dsDNA结构(无接头或仅一端连接接头的插入片段)和完整的文库,而qPCR方法只会对两端连接接头的完整文库(可测序文库)进行扩增和测定,从而为上样提供更准确的测量。
5. 可以使用Agilent Bioanalyzer或其他基于毛细管电泳或微流体原理的设备来分析文库的大小分布。
文件:
安全数据表
手册
付款和安全
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