描述
希夫NGS商标 EvoMax RNA 文库制备试剂盒 (dUTP) 是一种 预混合, 放线菌素D 免费和 链特异性 全部的 RNA测序文库 准备 试剂盒兼容Illumina和MGI平台。本产品有两种类型: 管子 或密封套件,以及 这个套件更多 方便的 是否通过自动液体处理装置 或手动操作 .试剂盒含有RNA片段化试剂、逆转录试剂、链特异性ds-cDNA合成试剂、文库扩增试剂。 可与mRNA纯化试剂盒或rRNA去除试剂盒联用, 进行mRNA或lncRNA研究。本产品优化了反转录模块,获得不含放线菌素D的高链特异性文库,更大程度上保证了实验者的安全。所有试剂均经过严格的质量控制和功能验证,最大程度保证文库的稳定性和重复性 准备。
规格
货号 | 12340ES24/12340ES96/12340ES97/12340ES98 |
尺寸 | 24 T / 96 T / 96 T (自动化) / 96 T (板材) |
成分
部件编号 | 姓名 | 12340ES24 | 12340ES96 | 12340ES97 (自动化) | 12340ES98 (盘子 )** |
12340-A | Frag/Prime 缓冲液 | 450 微升 | 2×900 μL | 2×1064μL | 8×266μL |
12340-B | 第一反应模块 2。0 | 192 微升 | 768 μL | 960 μL | 8×120μL |
12340-C | 第二反应模块(dUTP) | 840 微升 | 3×1120μL | 3×1280μL | 8×480μL |
12340-D | 连接反应模块 | 840 微升 | 3×1120μL | 3×1280μL | 8×480μL |
12340-E | 2×Super Canace® II 高保真混音 | 600 μL | 2×1200μL | 2×1360μL | 8×340μL |
* | 引物混合物* | / | / | / | / |
注:* 表示该组分不包含在试剂盒中。如果使用完整的接头,则需要引物混合物,否则不需要。‘t. 该试剂盒与 Illumina 和 MGI 平台兼容,但需要额外的引物混合物(Cat # 13334 Primer Mix for MGI商标 如果使用完整的适配器,则需要 Cat # 13335 Primer Mix for Illumina® 或 MGI 平台。
数字
板试剂组布局。
图1:封板文库试剂盒试剂布局
图 2. 简化组件 EvoMax RNA 文库制备试剂盒。
贮存
本品应储存于-25~-15℃ 1 年。
指示
1. 20 μL 系统建议添加量为 0.1-1 单位(U), 并可根据实际结果调整投入量。
2. 根据实验的需要,dUTP的终浓度可以在0.2~0.6 mM之间调整,也可选择性地添加0.2 mM的dTTP。
3. 25~37℃反应时间 可根据实验需要在5~10分钟内调整。
笔记
1. 手术
1) 请穿着工作服和一次性手套进行操作,为了您的安全。
2) 室温下解冻组分。上下颠倒几次以充分混合,短暂旋转并置于冰上备用。
3) 建议各步反应在带有加热盖的PCR仪上进行,使用前应将PCR仪预热至设定温度。
4) 必须使用不含 RNase 污染的耗材并定期清洁实验区域。ThermoFisher 的 RNAZap商标 建议使用高效核酸去除喷雾去除RNase污染。
5) 操作不当很可能造成气溶胶污染,影响结果的准确性。建议对PCR反应混合区域和PCR产物纯化检测区域进行强制物理隔离。 配有建库专用移液器等设备。
6)本试剂为一次性使用,严禁多次使用。
7)本产品仅供研究使用。
2. 适配器连接
1) Illumina或MGI长适配器(Barcoded Adapter)套件和短适配器套件可供客户根据实验需求进行选择。
2) 建议选用优质、商业化的接头,如选用自制接头,请委托有NGS引物合成经验的公司,并注明需严格控制污染。此外,建议在超净台中配制DNA退火溶液,每次仅操作一种接头,防止交叉污染。
3) 请在冰上或 4°C 下解冻适配器;室温操作时,实验室温度不应超过 25°C,以防止适配器变性。
4) 接头的浓度直接影响连接效率和文库产量。 试剂盒中添加的接头体积固定为5μl,建议用0.1×TE缓冲液稀释接头,稀释后的接头可在4℃保存48小时。 1 列出了针对不同量 RNA 输入的推荐接头数量。
表 1-1 不同起始 RNA 的 Illumina 接头推荐用量
输入总 RNA | Illumina® 适配器储备浓度 |
10 纳克 | 1 μM |
100 纳克 | 1.5 μM |
500 纳克 | 3 μM |
≥1微克 | 5 μM |
表 1-2 不同起始RNA对应的MGI接头推荐用量
输入总 RNA | MGI® Adapter 储备液浓度 |
10~99 纳克 | 1 μM |
100~499 纳克 | 2 μM |
500~4000 毫微克 | 5 μM |
* 可根据不同种类的总RNA样本和输入量调整接头使用量
3.文库扩增
1)试剂盒中的高保真DNA聚合酶在第一代DNA聚合酶的基础上,大大提高了其扩增均匀度,无扩增偏向性。
2) 应严格控制扩增循环数。扩增不足可能导致文库产量低;过度扩增可能引入偏差、错误、重复读取、嵌合产物和扩增突变的积累。 表 2 列出了 PCR 扩增的推荐循环数。
3)表2推荐的推荐循环数可以满足绝大多数建库需求,如果您的样本质量较差(如降解严重的FFPE样本),可以根据实际情况适当增加循环数。注意不同物种和组织的mRNA存在差异,扩增循环数需适当调整。
表 2 输入总 RNA 量和推荐扩增循环数表 *
输入总 RNA | 循环次数 |
10 纳克 | 16 |
100 纳克 | 14 |
500 纳克 | 12 |
1微克 | 11 |
[注]:*文库产量不仅与投入量、扩增循环数有关,还受样品质量、打断条件、分选条件等影响,在建库过程中应根据实际情况选择最合适的条件。
4. 基于珠子的 DNA 清理和尺寸选择
1) 文库构建过程中有多个步骤需要 DNA 纯化磁珠。我们推荐使用 Hieff NGS™ DNA Selection Beads(
2)磁珠使用前应平衡至室温,否则 产量会下降,且会影响筛选效果。
3) 使用前应通过涡旋或移液将磁珠混合均匀。
4) 转移上清液时不要吸出珠子,即使是微量的珠子也可能影响接下来的反应。
5) 80%乙醇应新鲜配制,否则影响回收效率。
6) 磁珠在洗脱产品前需室温干燥,干燥不充分易造成乙醇残留影响后续反应;干燥过度则易造成磁珠破裂,降低纯化产率。一般室温干燥3-5分钟即可使磁珠充分干燥。
7) 如果需要,在 TE 缓冲液中洗脱的纯化或大小选择的 DNA 样本可以在 4°C 下保存 1-2 周,或在 -20°C 下保存一个月。
5.图书馆质量分析
通常可以通过浓度检测、长度分布检测来评估构建文库的质量。
6. 其他材料
1)mRNA富集试剂盒:Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit V2(
2)rRNA去除试剂盒:Hieff NGS® MaxUp 人类 rRNA 去除试剂盒(rRNA 和 ITS / ETS)(
3)磁珠RNA纯化:Hieff NGS® RNA Cleaner(
4) DNA 纯化磁珠:Hieff NGS® DNA Selection Beads(
5)RNA质控:Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico Chip或其他同等产品。
6) 适配器:供Illumina® 使用的完整适配器(Cat # 13519-13520 或其他等效产品)或供MGI® 使用的完整适配器(Cat # 13360-13362 或其他等效产品)。
7. 文库质量检查
Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/High Sensitivity Chip或其他同等产品;文库定量试剂。
8. 其他材料
无水乙醇、无菌超纯水、低吸附枪头、PCR管、磁力架、PCR仪等。
流程图
图1:RNA文库构建流程
不同质量 FFPE 样本的 RNA 文库制备
对于严重降解的 FFPE RNA(DV 200 <50%)和低输入样本,我们建议在接头连接后采用双重纯化方案,以减少文库损失。
不同质量 FFPE 样本的峰图
福尔马林聚乙烯 RNA样本s |
|
| 示例 1 RIN=2.2;DV200=74%
|
| 示例 2 RIN=2.5;DV200=26% |
| 示例 3 RIN=2.5;DV200=11% |
| 输入 RNA:500 ng, 大号文库扩增:12 个循环, 文库产量:717.2ng |
| 输入 RNA:500 ng 碎片化: 94℃, 7分钟 大号文库扩增:13 个循环 文库产量:437.8 ng |
| 输入 RNA:100 ng 碎片化: 94℃, 7分钟 双重净化:0.6×;0.8× 大号文库扩增:15 个循环 文库产量:206.8 ng |
样本 2. RNA 图书馆 预备结果 | |
| 输入 RNA:500 ng 碎片化: 85℃, 8分钟 双重净化:0.6×;0.8× 大号文库扩增:12 个循环 文库产量:207 ng |
| 输入 RNA:500 ng 碎片化: 85℃, 8分钟 纯化 & 选择:0.6× & 0.7× / 0.15× 大号文库扩增:13 个循环 文库产量:98.56 ng |
样本 3. RNA 图书馆 预备结果 | |
| 输入 RNA:500 ng 碎片化: 65℃, 8分钟 双重净化:0.6×;0.8× 大号文库扩增:12 个循环 图书馆产量:354。2 鄰 |
| 输入量:500 ng 碎片化: 65℃, 8分钟 大号文库扩增:13 个循环 文库产量:172.48 ng |
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