وصف
هييف NGSالعلامة التجارية مجموعة إعداد مكتبة DNA هي مجموعة إنشاء مكتبة من الجيل الجديد تم تطويرها وتصميمها خصيصًا لـ إلومينا® &MGI® منصة التسلسلبناءً على الجيل السابق من مجموعة بناء المكتبة، يُظهر هذا المنتج كفاءة أعلى في إصلاح النهاية، وربط dA، وربط المحول مقارنة بالإصدارات السابقة. يعمل الإنزيم عالي الدقة على تحسين التوحيد ودقة التضخيم بشكل كبير. المجموعة متوافقة مع معظم أنواع عينات الحمض النووي، بما في ذلك الحمض النووي الجينومي القياسي من الحيوانات/النباتات/الكائنات الحية الدقيقة، وعينات FFPE، وcfDNA، وChIP DNA.
تحديد
القط.ناوه. | 12927ES08 / 12927ES24 / 12927اللغة الاسبانية96 |
مقاس | 8 ركسن / 24 ركسن / 96 ركسن |
عناصر
المكونات رقم | اسم | 12927ES08 | 12927ES24 | 12927ES96 |
12927-أ | 56 ميكرولتر | 168 ميكرولتر | 672 ميكرولتر | |
12927-ب | إنزيم التحضير النهائي | 24 ميكرولتر | 72 ميكرولتر | 288 ميكرولتر |
12927-ج | مُعزز الربط | 240 ميكرولتر | 720 ميكرولتر | 3×960 ميكرولتر |
12927-د | سريع ربطة الحمض النووي T4 | 80 ميكرولتر | 240 ميكرولتر | 2×480 ميكرولتر |
12927-هـ | كاناسالعلامة التجارية مزيج التضخيم الاحترافي | 200 ميكرولتر | 600 ميكرولتر | 3×800 ميكرولتر |
تخزين
يجب تخزين هذا المنتج في درجة حرارة -25~-15 درجة مئوية لمدة 1 سنة.
ملحوظات
1. حول العملية
1يرجى العمل باستخدام معاطف المختبر والقفازات التي تستخدم لمرة واحدة، من أجل سلامتك.
2. قم بتذويب المكونات في درجة حرارة الغرفة. بعد الذوبانقم بخلط المكونات جيدًا عن طريق تحريكها في دوامة، ثم قم بتدوير الأنبوب لفترة وجيزة ثم ضعه على الثلج لاستخدامه لاحقًا.
3. عند تحضير محلول التفاعل لكل خطوة، يوصى باستخدام ماصة لخلط المحلول جيدًا أو رجّه برفق. قد يؤدي الرج القوي إلى انخفاض إنتاج المكتبة.
4. يوصى بشدة باستخدام أطراف الماصة المفلترة لتجنب التلوث المتبادل. تأكد من تغيير أطراف الماصة عند معالجة عينات مختلفة.
5. من المحتمل جدًا أن تتسبب العمليات غير السليمة في تلوث الهباء الجوي، مما يؤثر على دقة النتيجة. يوصى بالعزل المادي الإلزامي لمناطق خلط تفاعل البوليميراز المتسلسل ومناطق تحليل تنقية منتج البوليميراز المتسلسل. مجهزة بمعدات مثل الماصات المتخصصة لبناء المكتبة.قم بإجراء التنظيف الروتيني لكل منطقة عن طريق مسح الأسطح بمحلول هيبوكلوريت الصوديوم بنسبة 0.5% أو مبيض بنسبة 10%
6هذا المنتج مخصص للاستخدام البحثي فقط.
2. تجزئة الحمض النووي
1. هذه المجموعة متوافقة مع الحمض النووي المجزأ ميكانيكيًا أو الحمض النووي المجزأ إنزيميًا.
2. تتوافق المجموعة مع 100 بيكو جرام - 1000 نانوجرام من الحمض النووي المدخل. يوصى بشدة باستخدام الحمض النووي المدخل عالي الجودة مع A260/A280 = 1.8-2.0. يسرد الجدول 1 الكمية الموصى بها من الحمض النووي المدخل.
الجدول 1 الكمية الموصى بها من الحمض النووي المدخل
طلب | أنواع العينة | إدخال الحمض النووي |
مجموعة دبليو جي إس | الجينوم المعقد | 50 نانوغرام-1000 نانوغرام |
تسلسل الالتقاط المستهدف | الجينوم المعقد | 10 نانوغرام-1000 نانوغرام |
WGS، التسلسل المستهدف | الحمض النووي FFPE | 50 نانوغرام-1000 نانوغرام |
التسلسل المستهدف | الحمض النووي الخالي من الخلايا/الحمض النووي القزمي | ≥500 بيكو جرام |
مجموعة دبليو جي إس | الجينومات الميكروبية | ≥1 نانوغرام |
WGS (خالية من تفاعل البوليميراز المتسلسل) | مدخلات الحمض النووي عالية الجودة | ≥50 نانوغرام |
ملحوظة:عندما يكون الحمض النووي المدخل ذو جودة رديئة أو يتطلب اختيار حجم الحمض النووي، فيجب زيادة كمية الحمض النووي المدخل وفقًا لذلك.
3.يشير مصطلح "DNA المدخل" على وجه التحديد إلى عينات DNA الجاهزة للإصلاح النهائي/الذيل dA.
4. يوصى بخطوة تنقية الخرز/اختيار الحجم بعد التفتيت إذا كانت عينة الحمض النووي المدخلة تحتوي على تركيزات عالية من الأملاح مثل عامل التخلّب المعدني. قد تؤثر الأملاح على كفاءة التفاعلات التالية، بما في ذلك إصلاح النهاية وذيل dA. يرجى غسل عينات الحمض النووي في TE Buffer بدلاً من الماء فائق النقاء المعقم للتفتيت إذا كنت تستخدم طريقة التفتيت الميكانيكية. إذا كنت تستخدم طريقة التفتيت الأنزيمي دون إجراء تنظيف الخرز أو اختيار الحجم قبل الشروع في تحضير المكتبة، فيرجى التأكد من أن المخزن المؤقت المستخدم لا يحتوي على عامل تخلّب معدني زائد. بخلاف ذلك، يرجى تنظيف العينات المجزأة أو اختيار حجمها وغسلها في TE Buffer أو ماء فائق النقاء معقم (≤50 μL) قبل الشروع في تحضير المكتبة.
3. ربط المحول
1. تتوفر مجموعات المحولات الطويلة (المحولات الشريطية) ومجموعات المحولات القصيرة من Illumina أو MGI للعملاء للاختيار وفقًا لمتطلباتهم التجريبية.
2. يوصى باختيار محولات تجارية عالية الجودة. إذا تم اختيار محولات ذاتية الصنع، فيرجى تكليف شركة ذات خبرة في تصنيع برايمر الجيل التالي من التسلسل وملاحظة الحاجة إلى التحكم الصارم في التلوث. بالإضافة إلى ذلك، يوصى بإعداد محلول التلدين DNA في مقعد نظيف وتشغيل نوع واحد فقط من المحولات في كل مرة لمنع التلوث المتبادل.
3. يرجى إذابة المحولات على الجليد أو عند 4 درجات مئوية؛ عند التشغيل في درجة حرارة الغرفة، يجب ألا تتجاوز درجة حرارة المختبر 25 درجة مئوية لمنع المحولات من التحلل.
4. ستؤثر جودة وتركيز المحولات بشكل مباشر على كفاءة الربط وعائد المكتبة. يؤدي التركيز العالي جدًا للمحولات إلى تكوين ثنائي المحولات بينما يؤدي تركيز المحول القليل جدًا إلى تقليل معدل الربط وعائد المكتبة. التخفيفات المقابلة باستخدام TE Buffer وفقًا لكمية DNA المدخلة عند استخدام المحول. الجدول 2 -5 تسرد طرق تخفيف المحول الموصى بها لكميات مختلفة من الحمض النووي المدخل باستخدام هذه المجموعة.
طاولة 2 المنتج الموصى به Illuminaالعلامة التجارية كمية المحول للمدخلات المختلفة الحمض النووي
مدخل الحمض النووي | تخفيف المحول (حجم المحول : الحجم الإجمالي) | تركيز |
0.1 نانوجرام ~ 1 نج | 150-طية (1 : 150) | 0.1 ميكرومتر |
1 نج ~ 10 نانوغرام | 75-طية (1 : 75) | 0.2 ميكرومتر |
10 نج ~ 25 نانوغرام | 15 ضعفًا (1 : 15) | 1 ميكرومتر |
25 نانوجرام ~ 100 نانوجرام | 7.5 أضعاف (1: 7.5) | 2 ميكرومتر |
100 نانوجرام ~ 1000 نانوجرام | 3 أضعاف (1 : 3) | 5 ميكرومتر |
طاولة 3 MGI الموصى بهاالعلامة التجارية كمية المحول للمدخلات المختلفة الحمض النووي
مدخل الحمض النووي | تخفيف المحول (حجم المحول : الحجم الإجمالي) | تركيز |
0.1 نانوجرام ~ 1 نج | 100-طي (1 : 100) | 0.1 ميكرومتر |
1 نج ~ 10 نانوغرام | 50-طي (1 : 50) | 0.2 ميكرومتر |
10 نج ~ 25 نانوغرام | 10- طي (1 : 10) | 1 ميكرومتر |
25 نانوجرام ~ 100 نانوجرام | 5 أضعاف (1 : 5) | 2 ميكرومتر |
100 نانوجرام ~ 1000 نانوجرام | 2-طي (1 : 2) | 5 ميكرومتر |
طاولة 4 المنتج الموصى به Illuminaالعلامة التجارية جامعة أومي كمية المحول للمدخلات المختلفة الحمض النووي
مدخل الحمض النووي | تخفيف المحول (حجم المحول : الحجم الإجمالي) | تركيز |
0.1 نانوجرام ~ 1 نج | 150-طية (1 : 150) | 0.1 ميكرومتر |
1 نج ~ 10 نانوغرام | 75-طية (1 : 75) | 0.2 ميكرومتر |
10 نج ~ 25 نانوغرام | 15 ضعفًا (1 : 15) | 1 ميكرومتر |
25 نانوجرام ~ 100 نانوجرام | 7.5 أضعاف (1: 7.5) | 2 ميكرومتر |
100 نانوجرام ~ 1000 نانوجرام | 3 أضعاف (1 : 3) | 5 ميكرومتر |
طاولة 5 MGI الموصى بهاالعلامة التجارية جامعة أومي محول أمعدد المدخلات المختلفة الحمض النووي
مدخل الحمض النووي | تخفيف المحول (حجم المحول : الحجم الإجمالي) | تركيز |
5 نج ~ 25 نج | 50-طي (1 : 50) | 0.2 ميكرومتر |
25 نانوجرام ~ 100 نانوجرام | 10-طي (1 : 10) | 1 ميكرومتر |
100 نانوجرام ~ 1000 نانوجرام | 4-طي (1 : 4) | 2.5 ميكرومتر |
4. تنظيف الحمض النووي واختيار الحجم بناءً على الخرز
1. يمكن إجراء اختيار حجم الحمض النووي قبل إصلاح النهاية/الذيل dA، أو بعد ربط المحول، أو بعد التضخيم.
2. يوصى بإجراء اختيار الحجم مباشرة بعد ربط المحول إذا كانت كمية الحمض النووي المدخلة أكبر من 50 نانوجرام؛ بخلاف ذلك، يرجى إجراء اختيار الحجم بعد التضخيم.
3. يحتوي مُعزز الربط على تركيز عالٍ من PEG، والذي قد يسبب تأثيرًا كبيرًا على دقة اختيار الحجم. وبالتالي، إذا كان من المقرر إجراء اختيار الحجم مباشرة بعد ربط المحول، فمن المستحسن بشدة إضافة خطوة تنظيف الخرز قبل اختيار الحجم. يمكن إجراء خطوة اختيار الحجم مباشرة إذا تم إجراؤها قبل الإصلاح النهائي/dA-tailing أو بعد تضخيم المكتبة.
4. يجب موازنة الخرز المغناطيسي عند درجة حرارة الغرفة قبل الاستخدام، وإلا فإن العائد سوف ينخفض وسوف يتأثر تأثير اختيار الحجم.
5. يجب خلط الخرز المغناطيسي جيدًا باستخدام الدوامة أو الماصة قبل الاستخدام.
6. لا تقم بشفط الخرز عند نقل السائل العلوي، فحتى الكميات الضئيلة من الخرز قد تؤثر على التفاعلات التالية.
7. يجب تحضير 80% من الإيثانول طازجًا، وإلا فسوف يؤثر ذلك على كفاءة الاسترداد.
8. لاختيار الحجم بدقة، يوصى بالبدء بحجم أكبر من 100 ميكرولتر. إذا كان أقل، يوصى بزيادة الحجم إلى 100 ميكرولتر باستخدام ماء فائق النقاء.
9. يجب تجفيف الخرز المغناطيسي في درجة حرارة الغرفة قبل استخلاص المنتج. سيؤدي الجفاف غير الكافي بسهولة إلى تأثر التفاعلات اللاحقة ببقايا الإيثانول؛ سيؤدي الجفاف المفرط إلى تشقق الخرز المغناطيسي وتقليل عائد التنقية. عادةً، يكون التجفيف في درجة حرارة الغرفة لمدة 3-5 دقائق كافيًا للسماح للخرز بالجفاف تمامًا.
10. إذا لزم الأمر، يتم غسل عينات الحمض النووي المنقاة أو المختارة حسب الحجم في 0.1× يمكن تخزين محلول TE عند 4 درجات مئوية لمدة 1-2 أسبوع أو عند -20 درجة مئوية لمدة شهر.
5. تضخيم المكتبة
1. يعتمد إجراء تضخيم المكتبة من عدمه على كمية الحمض النووي المدخل وأنواع المحولات وتطبيقات بيانات التسلسل وما إلى ذلك. تكون خطوة التضخيم مطلوبة في حالة استخدام محولات جزئية. عند استخدام محولات كاملة الطول، إذا كان الحمض النووي المدخل <200 نانوجرام، فمن المستحسن إجراء التضخيم؛ وإلا فلن يكون التضخيم ضروريًا.
2. يجب التحكم بشكل صارم في أرقام دورة التضخيم. قد يؤدي التضخيم غير الكافي إلى انخفاض إنتاج المكتبة؛ قد يؤدي التضخيم المفرط إلى زيادة التحيز والأخطاء والقراءة المكررة والمنتجات الكيميرية. الجدول 6 تسرد أرقام الدورة الموصى بها والتي تستهدف إنتاج المكتبة بمقدار 1 ميكروجرام.
طاولة 6 العدد الموصى به من الدورات لتوليد 1000 نانوجرام من غلة المكتبة
إدخال الحمض النووي | عدد الدورات المطلوبة لتوليد 1 ميكروجرام من إنتاج المكتبة |
1000 نانوغرام | 2 - 4 |
500 نانوغرام | 2 - 4 |
250 نانوغرام | 4 - 6 |
100 نانوغرام | 5 - 7 |
50 نانوغرام | 7 - 9 |
10 نانوغرام | 9 - 11 |
5 نانوغرام | 10 - 12 |
1 نانوغرام | 12 - 15 |
100 صفحة | 16 - 18 |
ملحوظة:
1.طاولة 6 يظهر عدد معلمات الحلقة باستخدام اختبارات الحمض النووي المدخلة عالية الجودة بحوالي 200 زوج أساسي. تختلف جودة الحمض النووي FFPE بشكل كبير، وعندما تكون جودة الحمض النووي رديئة أو يكون طول المكتبة طويلاً، يجب زيادة عدد الدورات بشكل مناسب للحصول على مكتبات كافية.
2.أنايجب اختيار حجم f أثناء عملية بناء المكتبة، ويُنصح باستخدام رقم دورة أعلى لتضخيم المكتبة؛ وإلا، يُنصح باستخدام رقم دورة أقل.
3.أناإذا تم استخدام محولات غير كاملة، فيجب تضخيم دورتين على الأقل لتشكيل محول كامل.
6. تحليل جودة المكتبة
1. يتم تحليل جودة المكتبات المُنشأة بشكل عام عن طريق قياس التركيزات وتوزيعات الحجم.
2. المكتبات'يمكن قياس التركيزات باستخدام طرق تعتمد على الفلورسنت مثل Qubit وPicoGreen أو qPCR.
3.لا يُنصح باستخدام طرق القياس المعتمدة على الامتصاص مثل NanoDrop.
4. يوصى باستخدام طريقة qPCR لتحديد كمية المكتبة: لا تستطيع الطرق القائمة على الفلورسنت مثل Qubit وPicoGreen التمييز بين هياكل dsDNA غير المكتملة (الإدخالات بدون محول أو مع ربط أحد الطرفين فقط بالمحول) من المكتبات الكاملة. ستعمل طريقة qPCR فقط على تضخيم وقياس المكتبات الكاملة مع ربط كلا الطرفين بالمحولات (المكتبات القابلة للتسلسل)، وبالتالي توفير قياس أكثر دقة للتحميل.
5. يمكن تحليل توزيع حجم المكتبات باستخدام جهاز Agilent Bioanalyzer أو أجهزة أخرى تعتمد على مبادئ الرحلان الكهربائي الشعري أو الميكروفلويديك.
7. مواد أخرى
1. خرزات مغناطيسية لتنقية الحمض النووي: Hieff NGSالعلامة التجارية خرز اختيار الحمض النووي (Yeasen Cat#12601) أو AMPure® خرز XP (A63880) أو منتجات أخرى معادلة.
2. المحولات: محول كامل لـ Illumina: قطة ياسين رقم 13519-13520; 384 بادئات CDI مزدوجة: ياسين القطة رقم 12412~القط رقم 12413؛ 384 تمهيدات فريدة ذات مؤشر مزدوج (UDI): ياسين القطة رقم 12312~القط رقم 12315؛ محولات UMI UDI: ياسين القطة رقم 13370~القط رقم 13371محول كامل لـ MGI: Yeasen Cat#13360-13362. مزيج تمهيدي للحمض النووي:قطة#12190 أو قطة#12191.
3. تحليل جودة المكتبة: شريحة Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000/ شريحة عالية الحساسية أو منتجات أخرى مكافئة؛ الكواشف الكمية للمكتبة.
4. مواد أخرى: الإيثانول المطلق، الماء النقي للغاية المعقم، أطراف الماصة ذات الاحتفاظ المنخفض، أنبوب تفاعل البوليميراز المتسلسل، الحوامل المغناطيسية، الدورة الحرارية، إلخ.
تعليمات
الخطوة 1. إصلاح النهاية/dA-Taling
1. ذوبان المواد الكيميائية المذكورة في الجدول 7 . اقلب المكونات لتمتزج جيدًا ثم ضعها على الثلج لاستخدامها لاحقًا.
2. قم بتجميع الكواشف وفقًا للجدول 7 على الجليد.
طاولة 7 إصلاح النهاية/نظام تفاعل ذيل dA
عناصر | الحجم (ميكرولتر) |
الحمض النووي المجزأ | س |
مخزن التحضير النهائي | 7 |
إنزيم التحضير النهائي | 3 |
دي دي اتش2ا | حتى 60 |
3. قم بالخلط بلطف باستخدام الماصة أو الرج، ثم استخدم جهاز الطرد المركزي لفترة وجيزة للحصول على المحلول.
4. ضع الأنبوب في جهاز التدوير الحراري ثم اضبط البرنامج وفقًا للجدول 8.
طاولة 8 إصلاح النهاية/dA-Tailing برنامج رد الفعل
درجة حرارة | وقت |
سخن الغطاء 105 درجة مئوية | على |
30 درجة مئوية | 30 دقيقة |
72 درجة مئوية | 30 دقيقة |
4 درجة مئوية | يمسك |
الخطوة 2. ربط المحول
1. قم بتخفيف المحول إلى التركيز المناسب وفقًا للجدول 2-5.
2. ذوبان المواد الكيميائية المذكورة في الجدول 9 . اقلب المكونات لتمتزج جيدًا ثم ضعها على الثلج لاستخدامها لاحقًا.
3. قم بتجميع الكواشف وفقًا للجدول 9 على الجليد.
طاولة 9 ربط المحول يكررنظام العمل
عناصر | الحجم (ميكرولتر) |
الحمض النووي ذو الذيل dAالمنتج من الخطوة 1) | 60 |
مُعزز الربط | 30* |
محول الحمض النووي | 5** |
سريع ربطة الحمض النووي T4 | 10 |
دي إتش تو أو | 5 |
المجموع | 110 |
ملحوظة:*معزز الربط لزج. يرجى المزج جيدًا عن طريق قلبه أو تحريكه رأسًا على عقب. قم بعملية الطرد المركزي لفترة وجيزة قبل الاستخدام.
**التركيز الأصلي لل إلوميناالعلامة التجارية محول YEASE هو 15 ميكرومتر. يرجى تخفيف المحول وفقًا لكمية الإدخال و اجعل حجم المحول ثابتًا عند 5 ميكرولتر.
**التركيز الأصلي لل إم جي آيالعلامة التجارية محول YEASE هو 10 μM. يرجى تخفيف المحول وفقًا لكمية الإدخال و اجعل حجم المحول ثابتًا عند 5 ميكرولتر.
4. قم بالخلط جيدًا عن طريق السحب برفق لأعلى ولأسفل، ثم قم بتدوير الأنبوب لأسفل لفترة وجيزة لجمع كل السائل من جوانب الأنبوب..
5. احضن العينة في جهاز تدوير حراري مسخن مسبقًا كما هو موضح في الجدول 10 وأجري تفاعل توصيل المحول.
طاولة 10 برنامج تفاعل الربط المحول
درجة حرارة | وقت |
سخن الغطاء 105 درجة مئوية | عن |
20 درجة مئوية | 15 دقيقة |
4درجة مئوية | يمسك |
الخطوة 3. التنظيف أو اختيار الحجم بعد ربط المحول
هذه الخطوة هي لتنقية المنتج أو تحديد حجمه في الخطوة 2 باستخدام خرزات مغناطيسية. يمكن لعملية التنقية إزالة بقايا المحولات أو ثنائيات المحولات أو المنتجات غير القابلة للاستخدام الأخرى.
كليان من الحمض النووي المرتبط بالمحول
1. التحضير: خذ اختبار Hieff NGSالعلامة التجارية قم بإخراج حبات اختيار الحمض النووي من الثلاجة، واتركها حتى تتوازن في درجة حرارة الغرفة لمدة 30 دقيقة على الأقل. قم بإعداد 80% من الإيثانول الطازج.
2. قم بخلط الخرز جيدًا عن طريق قلبه أو تجميعه رأسًا على عقب.
3. يضيف 88 ميكرولتر هييف NGSالعلامة التجارية خرز اختيار الحمض النووي (0.8×، الخرز: DNA = 0.8:1) إلى الأنبوب الذي يحتوي على المنتج المرتبط بالمحول، ثم يُغلق ويُخلط جيدًا، ثم يُحضن في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
4. قم بإجراء عملية الطرد المركزي لفترة وجيزة لاستخراج المحلول، ثم ضع أنبوب الطرد المركزي على الرف المغناطيسي. بعد امتصاص الخرز المغناطيسي بالكامل (حوالي 5 دقائق)، قم بإزالة السائل بعناية.
5. أبقِ الأنبوب على الحامل المغناطيسي، أضف مباشرة 200 ميكرولتر من الإيثانول الطازج بنسبة 80% إلى الأنبوب. احتضنه في درجة حرارة الغرفة لمدة 30 ثانية ثم قم بإزالة السائل بعناية.
6. يكرر الخطوة 5 مرة أخرى.
7. قم بإبقاء الأنبوب على الحامل المغناطيسي، ثم افتح الغطاء وقم بتجفيف الخرز حتى يتشقق الخرز قليلاً (لا يزيد عن 5 دقائق).
8. قم بإزالة الأنبوب من الحامل المغناطيسي لعملية الإيلوشن واستخراج الحمض النووي
1). إذا لم يكن المنتج بحاجة إلى تحديد الحجم، أضف 21 ميكرولترًا من ddH2امزج جيدًا عن طريق المزج بالدوامة أو الماصة لأعلى ولأسفل 10 مرات. احتضن في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق. قم بتدوير الأنبوب لفترة وجيزة وضعه على حامل مغناطيسي. عندما يصبح المحلول صافيًا (حوالي 5 دقائق)، انقل 20 ميكرولترًا من السائل العلوي إلى أنبوب تفاعل البوليميراز المتسلسل الجديد بعناية دون لمس الخرز المغناطيسي.
2). إذا كان المنتج يحتاج إلى تحديد الحجم، أضف 102 ميكرولتر من ddH2امزج جيدًا عن طريق المزج بالدوامة أو الماصة لأعلى ولأسفل 10 مرات. احتضن في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق. قم بتدوير الأنبوب لفترة وجيزة وضعه على حامل مغناطيسي. عندما يصبح المحلول صافيًا (حوالي 5 دقائق)، انقل 100 ميكرولتر من السائل العلوي إلى أنبوب تفاعل البوليميراز المتسلسل الجديد بعناية دون لمس الخرز المغناطيسي.
ملحوظة:إذا كان من الضروري تخزين المنتج المنقى، فيمكن غسله باستخدام TE Buffer.
اختيار حجم الحمض النووي المرتبط بالمحول
1.التحضير: خذ اختبار Hieff NGSالعلامة التجارية قم بإخراج حبات اختيار الحمض النووي من الثلاجة، واتركها حتى تتوازن في درجة حرارة الغرفة لمدة 30 دقيقة على الأقل. قم بإعداد 80% من الإيثانول الطازج.
2. قم بخلط الخرز جيدًا عن طريق قلبه أو تجميعه رأسًا على عقب.
3. بناءً على الأحجام المستهدفة، أضف الجولة الأولى من الخرز إلى قوالب الحمض النووي النقية بحجم 100 ميكرولتر وفقًا للجدول 11. قم بالخلط جيدًا باستخدام الماصة أو المضخة 10 مرات.
طاولة 11 نسب الخرز الموصى بها: الحمض النووي لاختيار الحجم بناءً على الخرز
حجم مكتبة الحمض النووي المدرجة | 150 - 250 نقطة أساس | 200-300 زوج أساسي | 300-400 زوج أساسي | 400-500 زوج أساسي |
حجم مكتبة الحمض النووي النهائي | 250-350 نقطة أساس | 350-450 زوج أساسي | 450-550 زوج أساسي | 550-650 زوجًا أساسيًا |
نسبة الحجم في 1 شارع دائري (خرز: DNA) | 0.80× | 0.70× | 0.60× | 0.55× |
نسبة الحجم في 2 اختصار الثاني دائري (خرز: DNA) | 0.20× | 0.20× | 0.20× | 0.15× |
ملحوظة: "×" في الجدول يشير إلى حجم عينة الحمض النووي. على سبيل المثال، إذا كان طول إدراج المكتبة 250 زوجًا قاعديًا وكان حجم عينة الحمض النووي 100 ميكرولتر، فإن حجم الخرز المغناطيسي المستخدم في الجولة الأولى من الفرز هو 0.7×100 ميكرولتر = 70 ميكرولتر؛ وحجم الخرز المغناطيسي المستخدم في الجولة الثانية من الفرز هو 0.20×100 ميكرولتر = 20 ميكرولتر. حجم الخرز المغناطيسي الموصى به في الجدول هو للحمض النووي المرتبط بالمحول. إذا تم إجراء إجراء اختيار الحجم قبل الربط، فيرجى الرجوع إلى بروتوكولات التصنيع الخاصة بـ Hieff NGSالعلامة التجارية خرز اختيار الحمض النووي (رقم القطعة 12601).
4. أناحضنها في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
5. قم بتدوير الأنبوب لفترة وجيزة ثم ضعه على حامل مغناطيسي. عندما يصبح المحلول صافيًا (حوالي 5 دقائق)، انقل السائل العلوي إلى أنبوب PCR جديد.
6. أضف الجولة الثانية من حبات الاختيار إلى العينة من الخطوة 5 وفقا للجدول 11.قم بالخلط جيدًا عن طريق التحريك بالدوامة أو باستخدام الماصة لأعلى ولأسفل 10 مرات على الأقل.
7. أناحضنها في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
8. قم بإجراء عملية الطرد المركزي لفترة وجيزة لاستخراج المحلول، ثم ضع أنبوب الطرد المركزي على الرف المغناطيسي. بعد امتصاص الخرز المغناطيسي بالكامل (حوالي 5 دقائق)، قم بإزالة السائل بعناية.
9. أبقِ الأنبوب على الحامل المغناطيسي، أضف مباشرة 200 ميكرولتر من الإيثانول الطازج بنسبة 80% إلى الأنبوب. احتضنه في درجة حرارة الغرفة لمدة 30 ثانية ثم قم بإزالة السائل بعناية.
10. يكرر خطوة 9 مرة أخرى.
11. قم بإبقاء الأنبوب على الحامل المغناطيسي، ثم افتح الغطاء وقم بتجفيف الخرز حتى يتشقق الخرز قليلاً (لا يزيد عن 5 دقائق).
12. قم بإزالة الأنبوب من الحامل المغناطيسي لعملية الإيلوشن، و أضف مباشرة 21 ميكرولترًا من ddH2O. امزج جيدًا عن طريق الدوران أو السحب من الأعلى إلى الأسفل واحضنه في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق. (ملاحظة: إذا لزم الأمر تخزين المنتج المنقى، يرجى الاستخلاص في محلول TE Buffer.) قم بتدوير الأنبوب لفترة وجيزة وضعه على حامل مغناطيسي حتى يصبح السائل صافيًا (حوالي 5 دقائق). انقل بعناية 20 ميكرولترًا من السائل العلوي إلى أنبوب PCR جديد دون لمس الخرز.
الخطوة 4 تضخيم المكتبة
يمكن لهذه الخطوة إثراء المنتجات النقية أو المحددة الحجم عن طريق تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل.
1. قم بإذابة قائمة الكواشف في الجدول 12، اقلبها واخلطها جيدًا، ثم ضعها على الثلج لاستخدامها لاحقًا.
2. قم بتجميع التفاعل التالي في أنبوب PCR معقم.
طاولة 12 تفاعل البوليميراز المتسلسل المرتبط بالحمض النووي نظام
عناصر | الحجم (ميكرولتر) |
محول ربط الحمض النووي | 20 |
كاناسالعلامة التجارية مزيج التضخيم الاحترافي | 25 |
مزيج التمهيدي* | 5 |
المجموع | 50 |
[ملحوظة]: * إذا تم استخدام المحول الكامل، هييف NGSالعلامة التجارية مزيج التمهيدي (قطة ياسين رقم 1)2190 أو رقم القط 12191) في حاجة; إذا تم استخدام محول غير مكتمل (Cat#12412~Cat#12413, Cat#12312~القط رقم 12315، Cat#13370~Cat#13371)، يرجى الرجوع إلى تعليمات المجموعة واستخدام Index Primer المقدم في المجموعة للتضخيم.
3. قم بالخلط بلطف باستخدام الماصة أو الرج، ثم استخدم جهاز الطرد المركزي لفترة وجيزة للحصول على المحلول.
4. ضع الأنبوب في جهاز الترموسيكل وقم بإعداد البرنامج وفقًا للجدول 13 لبدء التضخيم.
طاولة 13 برنامج تفاعل تضخيم PCR
درجة حرارة | وقت | دورة |
سخن الغطاء 105 درجة مئوية | على | - |
98 درجة مئوية | 45 ثانية | 1 |
98 درجة مئوية |
|
راجع الجدول 6 |
60 درجة مئوية | 30 ثانية | |
72 درجة مئوية | 30 ثانية | |
72 درجة مئوية | 1 دقيقة | 1 |
4 درجة مئوية | يمسك | - |
الخطوة 5 التنظيف بعد التضخيم/اختيار الحجم
النظيفة تشير الخطوات إلى خطوة 3. هييف إن جي إسالعلامة التجارية تُستخدم حبيبات اختيار الحمض النووي (0.9×، حبيبات: الحمض النووي=0.9:1) لتنقية منتج تفاعل البوليميراز المتسلسل. إذا كان اختيار الحجم مطلوبًا، فيرجى الرجوع إلى خطوة 3.
الخطوة 6 مراقبة جودة المكتبات النهائية
يتم تقييم جودة المكتبة المبنية بشكل عام عن طريق قياس التركيز وتوزيع الحجم. للحصول على التفاصيل، يرجى الرجوع إلى الملاحظة 6.
الدفع والأمن
تتم معالجة معلومات الدفع الخاصة بك بشكل آمن. لا نقوم بتخزين تفاصيل بطاقة الائتمان ولا يمكننا الوصول إلى معلومات بطاقة الائتمان الخاصة بك.
سؤال
قد تعجبك أيضًا
التعليمات
المنتج مخصص لأغراض البحث فقط وليس مخصصًا للاستخدام العلاجي أو التشخيصي لدى البشر أو الحيوانات. المنتجات والمحتوى محميان بموجب براءات الاختراع والعلامات التجارية وحقوق الطبع والنشر المملوكة لشركة Yeasen Biotechnology. تشير رموز العلامة التجارية إلى بلد المنشأ، وليس بالضرورة التسجيل في جميع المناطق.
قد تتطلب بعض التطبيقات حقوق الملكية الفكرية الإضافية لجهات خارجية.
تلتزم شركة Yeasen بالعلوم الأخلاقية، حيث تؤمن بأن أبحاثنا يجب أن تعالج الأسئلة الحرجة مع ضمان معايير السلامة والأخلاق.