وصف
هييف NGSTM مجموعة أدوات إعداد مكتبة DNA هي مجموعة إنشاء مكتبة من الجيل الجديد تم تطويرها وتصميمها خصيصًا لـ إيلومينا® وMGI® منصة التسلسلاستنادًا إلى الجيل السابق من أدوات بناء المكتبة، يُظهر هذا المنتج كفاءة أعلى في إصلاح النهايات، وربط ذيل dA، وربط المحول مقارنةً بالإصدارات السابقة. يُحسّن الإنزيم عالي الدقة بشكل ملحوظ من تجانس ودقة التضخيم. تتوافق هذه المجموعة مع معظم أنواع عينات الحمض النووي، بما في ذلك الحمض النووي الجينومي القياسي من الحيوانات/النباتات/الكائنات الدقيقة، وعينات FFPE، وcfDNA، وChIP DNA.
تحديد
رقم القطعة | 12927ES08 / 12927ES24 / 12927ES96 |
مقاس | 8 ركسن / 24 ركسن / 96 ركسن |
عناصر
المكونات رقم | اسم | 12927ES08 | 12927ES24 | 12927ES96 |
12927-أ | 56 ميكرولتر | 168 ميكرولتر | 672 ميكرولتر | |
12927-ب | إنزيم إند بريب | 24 ميكرولتر | 72 ميكرولتر | 288 ميكرولتر |
12927-ج | معزز الربط | 240 ميكرولتر | 720 ميكرولتر | 3×960 ميكرولتر |
12927-د | سريع ربط الحمض النووي T4 | 80 ميكرولتر | 240 ميكرولتر | 2×480 ميكرولتر |
12927-هـ | كاناسTM مزيج التضخيم الاحترافي | 200 ميكرولتر | 600 ميكرولتر | 3×800 ميكرولتر |
تخزين
يجب تخزين هذا المنتج في درجة حرارة -25~-15 درجة مئوية لمدة 1 سنة.
ملحوظات
1. حول العملية
1. يرجى العمل مرتديًا معاطف المختبر والقفازات التي تستخدم لمرة واحدة،من أجل سلامتك.
2. قم بتذويب المكونات في درجة حرارة الغرفة. بعد الذوبان، قم بخلط المكونات جيدًا عن طريق التحريك الدوامي، ثم قم بتدوير الأنبوب لفترة وجيزة ثم ضعه على الثلج لاستخدامه لاحقًا.
3. عند تحضير محلول التفاعل لكل خطوة، يُنصح باستخدام ماصة لخلطه جيدًا أو رجّه برفق. قد يؤدي الرج القوي إلى انخفاض إنتاج المكتبة.
4. يُنصح بشدة باستخدام رؤوس ماصات مُرشَّحة لتجنب التلوث المتبادل. تأكد من تغيير رؤوس الماصات عند معالجة عينات مختلفة.
٥. قد تُسبب العمليات غير السليمة تلوثًا بالهباء الجوي، مما يؤثر على دقة النتائج. يُنصح بالعزل المادي الإلزامي لمناطق خلط تفاعلات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) ومناطق تنقية مُنتجات تفاعل البوليميراز المتسلسل. مُجهزة بمعدات مثل الماصات المُخصصة لبناء المكتبة.قم بإجراء التنظيف الروتيني لكل منطقة عن طريق مسح الأسطح باستخدام 0.5٪ من هيبوكلوريت الصوديوم أو 10٪ من المبيض
6. هذا المنتج مخصص للاستخدام البحثي فقط.
2. تجزئة الحمض النووي
1. هذه المجموعة متوافقة مع الحمض النووي المجزأ ميكانيكيًا أو الحمض النووي المجزأ إنزيميًا.
2. هذه المجموعة متوافقة مع ١٠٠ بيكوغرام - ١٠٠٠ نانوغرام من الحمض النووي المدخل. يُنصح بشدة باستخدام حمض نووي مدخل عالي الجودة بنسب A260/A280 = ١.٨-٢.٠. يبين الجدول ١ الكمية الموصى بها من الحمض النووي المدخل.
الجدول 1 الكمية الموصى بها من الحمض النووي المدخل
طلب | أنواع العينات | إدخال الحمض النووي |
مجموعة الجي اس العالمية | الجينوم المعقد | 50 نانوغرام-1000 نانوغرام |
تسلسل الالتقاط المستهدف | الجينوم المعقد | 10 نانوغرام-1000 نانوغرام |
WGS، التسلسل المستهدف | الحمض النووي FFPE | 50 نانوغرام-1000 نانوغرام |
التسلسل المستهدف | الحمض النووي الخالي من الخلايا/الحمض النووي المختزل | ≥500 بيكوغرام |
مجموعة الجي اس العالمية | الجينومات الميكروبية | ≥1 نانوغرام |
WGS (خالية من تفاعل البوليميراز المتسلسل) | مدخلات الحمض النووي عالية الجودة | ≥50 نانوغرام |
ملحوظة:عندما يكون الحمض النووي المدخل ذو جودة رديئة أو يتطلب اختيار حجم الحمض النووي، فيجب زيادة كمية الحمض النووي المدخل وفقًا لذلك.
3. يشير "الحمض النووي المدخل" على وجه التحديد إلى عينات الحمض النووي الجاهزة للإصلاح النهائي/الذيل dA.
4. يُنصح بإجراء عملية تنقية/اختيار حجم الخرز بعد التجزئة إذا احتوت عينة الحمض النووي المُدخلة على تركيزات عالية من الأملاح، مثل عامل استخلاب المعادن. قد تؤثر هذه الأملاح على كفاءة التفاعلات التالية، بما في ذلك إصلاح النهايات وتكوين ذيل dA.يرجى استخلاص عينات الحمض النووي في محلول TE العازل بدلاً من الماء فائق النقاء المعقم للتجزئة في حال استخدام طريقة التجزئة الميكانيكية. في حال استخدام طريقة التجزئة الأنزيمية دون تنظيف الحبيبات أو اختيار الحجم قبل بدء تحضير المكتبة، يُرجى التأكد من أن محلول التوقف المُستخدم لا يحتوي على عامل استخلاب معدني زائد. بخلاف ذلك، يُرجى تنظيف العينات المجزأة أو تحديد حجمها واستخلاصها في محلول TE العازل أو الماء فائق النقاء المعقم (≤50 ميكرولتر) قبل بدء تحضير المكتبة.
3. ربط المحول
1. تتوفر مجموعات المحول الطويل (المحول المرمز) ومجموعات المحول القصير من Illumina أو MGI للعملاء للاختيار من بينها وفقًا لمتطلباتهم التجريبية.
2. يُنصح باختيار محولات تجارية عالية الجودة. في حال اختيار محولات ذاتية الصنع، يُرجى الاستعانة بشركة ذات خبرة في تصنيع بادئات الجيل التالي من التسلسل (NGS)، مع مراعاة ضرورة تطبيق إجراءات صارمة لمكافحة التلوث. كما يُنصح بتحضير محلول تلدين الحمض النووي (DNA) في منصة نظيفة، واستخدام نوع واحد فقط من المحولات في كل مرة لمنع التلوث المتبادل.
3. يرجى إذابة المحولات على الجليد أو عند 4 درجات مئوية؛ عند التشغيل في درجة حرارة الغرفة، يجب ألا تتجاوز درجة حرارة المختبر 25 درجة مئوية لمنع المحولات من التحلل.
4. تؤثر جودة وتركيز المحولات بشكل مباشر على كفاءة الربط وإنتاجية المكتبة. يُسهّل التركيز العالي جدًا للمحولات تكوين ثنائيات المحول، بينما يُقلل التركيز القليل جدًا من معدل الربط وإنتاجية المكتبة. التخفيفات المقابلة باستخدام مُنظّم TE وفقًا لكمية الحمض النووي المُدخلة عند استخدام المحول. الجدول 2 -5 تسرد طرق تخفيف المحول الموصى بها لكميات مختلفة من الحمض النووي المدخل باستخدام هذه المجموعة.
الجدول 2 المنتج الموصى به Illumina™ كمية المحول لمدخلات الحمض النووي المختلفة
إدخال الحمض النووي | تخفيف المحول (حجم المحول: الحجم الإجمالي) | تركيز |
0.1 نانوغرام ~ 1 نج | 150 طية (1: 150) | 0.1 ميكرومولار |
1 نج ~ 10 نانوغرام | 75-طية (1 : 75) | 0.2 ميكرومولار |
10 نج ~ 25 نانوغرام | 15 ضعفًا (1: 15) | 1 ميكرومولار |
25 نانوغرام ~ 100 نانوغرام | 7.5 أضعاف (1: 7.5) | 2 ميكرومولار |
100 نانوغرام ~ 1000 نانوغرام | 3 أضعاف (1 : 3) | 5 ميكرومولار |
الجدول 3 MGI™ الموصى به كمية المحول لمدخلات الحمض النووي المختلفة
إدخال الحمض النووي | تخفيف المحول (حجم المحول: الحجم الإجمالي) | تركيز |
0.1 نانوغرام ~ 1 نج | 100-طي (1: 100) | 0.1 ميكرومولار |
1 نج ~ 10 نانوغرام | 50-اطوي (1 : 50) | 0.2 ميكرومولار |
10 نج ~ 25 نانوغرام | 10-طي (1 : 10) | 1 ميكرومولار |
25 نانوغرام ~ 100 نانوغرام | 5 أضعاف (1 : 5) | 2 ميكرومولار |
100 نانوغرام ~ 1000 نانوغرام | 2-اطوي (1 : 2) | 5 ميكرومولار |
الجدول 4 المنتج الموصى به Illumina™ كمية محول UMI لمدخلات DNA المختلفة
إدخال الحمض النووي | تخفيف المحول (حجم المحول: الحجم الإجمالي) | تركيز |
0.1 نانوغرام ~ 1 نج | 150 طية (1: 150) | 0.1 ميكرومولار |
1 نج ~ 10 نانوغرام | 75-طية (1 : 75) | 0.2 ميكرومولار |
10 نج ~ 25 نانوغرام | 15 ضعفًا (1: 15) | 1 ميكرومولار |
25 نانوغرام ~ 100 نانوغرام | 7.5 أضعاف (1: 7.5) | 2 ميكرومولار |
100 نانوغرام ~ 1000 نانوغرام | 3 أضعاف (1 : 3) | 5 ميكرومولار |
الجدول 5 MGI™ الموصى به كمية محول UMI لمدخلات DNA المختلفة
إدخال الحمض النووي | تخفيف المحول (حجم المحول: الحجم الإجمالي) | تركيز |
5 نانوغرام ~ 25 نج | 50-طي (1: 50) | 0.2 ميكرومتر |
25 نانوغرام ~ 100 نانوغرام | 10-اطوي (1 : 10) | 1 ميكرومتر |
100 نانوغرام ~ 1000 نانوغرام | 4-اطوي (1 : 4) | 2.5 ميكرومولار |
4. تنظيف الحمض النووي واختيار الحجم بناءً على الخرز
1. يمكن إجراء اختيار حجم الحمض النووي قبل إصلاح النهاية/dA-tailing، أو بعد ربط المحول، أو بعد التضخيم.
2. يوصى بإجراء اختيار الحجم مباشرة بعد ربط المحول إذا كانت كمية الحمض النووي المدخلة أكثر من 50 نانوجرام؛ بخلاف ذلك، يرجى إجراء اختيار الحجم بعد التضخيم.
3. يحتوي مُحسِّن الربط على تركيز عالٍ من PEG، مما قد يُؤثر بشكل كبير على دقة اختيار الحجم. لذلك، إذا كان من المقرر إجراء اختيار الحجم مباشرةً بعد ربط المُحوِّل، يُنصح بشدة بإضافة خطوة تنظيف الخرز قبل اختيار الحجم. يمكن إجراء خطوة اختيار الحجم مباشرةً إذا أُجريت قبل إصلاح النهاية/dA-tailing أو بعده. تضخيم المكتبة.
4. يجب موازنة الخرز المغناطيسي في درجة حرارة الغرفة قبل الاستخدام، وإلا فإن العائد سوف ينخفض وسوف يتأثر تأثير اختيار الحجم.
5. يجب خلط الخرز المغناطيسي جيدًا باستخدام الدوامة أو الماصة قبل الاستخدام.
6. لا تقم بشفط الخرز عند نقل السائل العلوي، حتى كميات ضئيلة من الخرز قد تؤثر على التفاعلات التالية.
7. يجب تحضير 80% من الإيثانول طازجًا، وإلا فسوف يؤثر ذلك على كفاءة الاسترداد.
8. لاختيار الحجم بدقة، يُنصح بالبدء بحجم يزيد عن ١٠٠ ميكرولتر. إذا كان أقل، يُنصح بزيادة الحجم إلى ١٠٠ ميكرولتر باستخدام ماء فائق النقاء.
9. يجب تجفيف الخرز المغناطيسي في درجة حرارة الغرفة قبل استخلاص المنتج. سيؤدي الجفاف غير الكافي إلى تأثر التفاعلات اللاحقة ببقايا الإيثانول بسهولة؛ وسيؤدي الجفاف المفرط إلى تشقق الخرز المغناطيسي وتقليل نتيجة التنقية. عادةً، يكفي التجفيف في درجة حرارة الغرفة لمدة 3-5 دقائق لتجفيف الخرز تمامًا.
10. إذا لزم الأمر، يتم تنقيتها أو اختيار حجم عينات الحمض النووي التي تم غسلها في 0.1× يمكن تخزين محلول TE عند 4 درجات مئوية لمدة 1-2 أسبوع أو عند -20 درجة مئوية لمدة شهر.
5. تضخيم المكتبة
1. يعتمد إجراء تضخيم المكتبة على كمية الحمض النووي المُدخل، وأنواع المُحوّلات، وتطبيقات بيانات التسلسل، وما إلى ذلك. تُعد خطوة التضخيم ضرورية في حالة استخدام مُحوّلات جزئية. عند استخدام مُحوّلات كاملة الطول، يُنصح بإجراء التضخيم إذا كان الحمض النووي المُدخل أقل من 200 نانوغرام؛ وإلا، فلا داعي للتضخيم.
٢. يجب التحكم بدقة في أعداد دورات التضخيم. قد يؤدي التضخيم غير الكافي إلى انخفاض إنتاجية المكتبة؛ وقد يؤدي التضخيم المفرط إلى زيادة التحيز والأخطاء وتكرار القراءة والنواتج الكيميرية. الجدول ٦ تسرد أرقام الدورة الموصى بها والتي تستهدف إنتاج المكتبة بمقدار 1 ميكروجرام.
الجدول 6 العدد الموصى به من الدورات لتوليد 1000 نانوغرام من إنتاج المكتبة
إدخال الحمض النووي | عدد الدورات المطلوبة لتوليد 1 ميكروغرام من إنتاج المكتبة |
1000 نانوغرام | 2 - 4 |
500 نانوغرام | 2 - 4 |
250 نانوغرام | 4 - 6 |
100 نانوغرام | 5 - 7 |
50 نانوغرام | 7 - 9 |
10 نانوغرام | 9 - 11 |
5 نانوغرام | 10 - 12 |
1 نانوغرام | 12 - 15 |
100 صفحة | 16 - 18 |
ملحوظة:
1. الجدول 6 يظهر عدد معلمات الحلقة باستخدام اختبارات إدخال الحمض النووي عالية الجودة بحوالي 200 زوج قاعدي. تختلف جودة الحمض النووي FFPE بشكل كبير، وعندما تكون جودة الحمض النووي رديئة أو يكون طول المكتبة طويلاً، يجب زيادة عدد الدورات بشكل مناسب للحصول على مكتبات كافية.
2.أنايجب تحديد حجم f أثناء عملية بناء المكتبة، ويُوصى برقم دورة أعلى لتضخيم المكتبة؛ وإلا، يُوصى برقم دورة أقل.
3.أناإذا تم استخدام محولات غير كاملة، فيجب تضخيم دورتين على الأقل لتشكيل محول كامل.
6. تحليل جودة المكتبة
1. يتم تحليل جودة المكتبات المبنية بشكل عام عن طريق قياس التركيزات وتوزيعات الحجم.
2. يمكن قياس تركيزات المكتبات باستخدام طرق تعتمد على الفلورسنت مثل Qubit وPicoGreen أو qPCR.
3. لا يُنصح باستخدام طرق القياس المعتمدة على الامتصاص مثل NanoDrop.
٤. يُنصح باستخدام طريقة qPCR لتحديد كمية المكتبة: لا تستطيع الطرق القائمة على الفلورسنت، مثل Qubit وPicoGreen، التمييز بين هياكل dsDNA غير المكتملة (الإضافات بدون مُحوّل أو التي يرتبط طرف واحد فقط منها بمُحوّل) والمكتبات الكاملة. ستعمل طريقة qPCR فقط على تضخيم وقياس المكتبات الكاملة ذات الطرفين المُرتبطين بمُحوّلات (المكتبات القابلة للتسلسل)، مما يوفر قياسًا أكثر دقة للتحميل.
5.يمكن تحليل توزيع حجم المكتبات باستخدام جهاز Agilent Bioanalyzer أو أجهزة أخرى تعتمد على مبادئ الرحلان الكهربائي الشعري أو الموائع الدقيقة.
7. مواد أخرى
1. خرزات مغناطيسية لتنقية الحمض النووي: Hieff NGSTM خرز اختيار الحمض النووي (
2. المحولات: محول كامل لـ Illumina:
3. تحليل جودة المكتبة: شريحة Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000/ شريحة عالية الحساسية أو منتجات أخرى مكافئة؛ الكواشف الكمية للمكتبة.
4. مواد أخرى: الإيثانول المطلق، الماء النقي للغاية المعقم، أطراف الماصة ذات الاحتفاظ المنخفض، أنبوب تفاعل البوليميراز المتسلسل، الحوامل المغناطيسية، الدورة الحرارية، إلخ.
تعليمات
الخطوة 1. إصلاح النهاية/dA-Taling
1. ذوبان الكواشف المذكورة في الجدول 7 اقلبها لخلط الكواشف جيدًا ثم ضعها على الثلج لاستخدامها لاحقًا.
2. قم بتجميع الكواشف وفقًا للجدول 7 على الجليد.
طاولة 7 نظام تفاعل إصلاح النهاية/ dA-Tailing
عناصر | الحجم (ميكرولتر) |
الحمض النووي المجزأ | س |
مخزن تحضير النهاية | 7 |
إنزيم إند بريب | 3 |
دي دي اتش2ا | حتى 60 |
3. قم بالخلط بلطف باستخدام الماصة أو الرج، ثم استخدم جهاز الطرد المركزي لفترة وجيزة للحصول على المحلول.
4. ضع الأنبوب في جهاز التدوير الحراري واضبط البرنامج وفقًا للجدول 8.
الجدول 8 إصلاح النهاية/dA-Tailing برنامج رد الفعل
درجة حرارة | وقت |
سخني الغطاء 105 درجة مئوية | على |
30 درجة مئوية | 30 دقيقة |
72 درجة مئوية | 30 دقيقة |
4 درجة مئوية | يمسك |
الخطوة 2. ربط المحول
1. قم بتخفيف المحول إلى التركيز المناسب وفقًا للجدول 2-5.
2. ذوبان الكواشف المذكورة في الجدول 9 اقلبها لخلط الكواشف جيدًا ثم ضعها على الثلج لاستخدامها لاحقًا.
3. قم بتجميع الكواشف وفقًا للجدول 9 على الجليد.
الجدول 9 ربط المحول نظام التفاعل
عناصر | الحجم (ميكرولتر) |
الحمض النووي ذو الذيل dA(المنتج من الخطوة 1) | 60 |
معزز الربط | 30* |
محول الحمض النووي | 5** |
سريع ربط الحمض النووي T4 | 10 |
ddH2O | 5 |
المجموع | 110 |
ملحوظة:*مُحسِّن الربط لزج. يُرجى الخلط جيدًا عن طريق التقليب أو التقليب الرأسي. قم بالطرد المركزي لفترة وجيزة قبل الاستخدام.
**التركيز الأصلي لـ IlluminaTM محول YEASE هو 15 ميكرومولار. يُرجى تخفيف المحول وفقًا لكمية الإدخال. و اجعل حجم المحول ثابتًا عند 5 ميكرولتر.
**التركيز الأصلي لـ MGITM محول YEASE هو 10 ميكرومتر. يُرجى تخفيف المُحوِّل وفقًا لكمية المُدخلات. و اجعل حجم المحول ثابتًا عند 5 ميكرولتر.
4. قم بالخلط جيدًا عن طريق السحب بلطف لأعلى ولأسفل، ثم قم بالتدوير لأسفل لفترة وجيزة لجمع كل السائل من جوانب الأنبوب.
5. احتضن العينة في جهاز دورة حرارية مسخن مسبقًا كما هو موضح في الجدول 10 وأجري تفاعل توصيل المحول.
الجدول 10 برنامج تفاعل ربط المحول
درجة حرارة | وقت |
سخني الغطاء إلى 105 درجة مئوية | عن |
20 درجة مئوية | 15 دقيقة |
4 درجات مئوية | يمسك |
الخطوة 3. التنظيف أو اختيار الحجم بعد ربط المحول
هذه الخطوة هي لتنقية المنتج أو تحديد حجمه في الخطوة 2 باستخدام خرزات مغناطيسية. يمكن لعملية التنقية إزالة بقايا المحولات، أو ثنائيات المحولات، أو غيرها من المنتجات غير القابلة للاستخدام.
كليان من الحمض النووي المرتبط بالمحول
1. التحضير: خذ اختبار Hieff NGSTM أخرج حبيبات اختيار الحمض النووي من الثلاجة، واتركها في درجة حرارة الغرفة لمدة 30 دقيقة على الأقل. حضّر 80% من الإيثانول الطازج.
2. قم بخلط الخرز جيدًا عن طريق قلبه أو تحريكه رأسًا على عقب.
3. أضف 88 ميكرولتر هييف NGSTM يتم وضع خرز اختيار الحمض النووي (0.8×، الخرز: الحمض النووي = 0.8:1) في الأنبوب الذي يحتوي على المنتج المرتبط بالمحول، ويتم غلقه وخلطه جيدًا، ثم يتم حضنه في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
٤. استخدم جهاز الطرد المركزي لفترة وجيزة لتصفية المحلول، ثم ضع أنبوب الطرد المركزي على الرف المغناطيسي. بعد امتزاز الحبيبات المغناطيسية بالكامل (حوالي ٥ دقائق)، أزل السائل بحرص.
5. أبقِ الأنبوب على الحامل المغناطيسي، أضف مباشرةً ٢٠٠ ميكرولتر من الإيثانول المُحضّر حديثًا بتركيز ٨٠٪ إلى الأنبوب. حُضّن في درجة حرارة الغرفة لمدة ٣٠ ثانية، ثم أزل السائل بحرص.
6. يكرر الخطوة 5 مرة أخرى.
7. قم بوضع الأنبوب على الحامل المغناطيسي، ثم افتح الغطاء وجفف الخرز حتى يتشقق الخرز قليلاً (لا يزيد عن 5 دقائق).
8. قم بإزالة الأنبوب من الحامل المغناطيسي لعملية الإيلوشن وإخراج الحمض النووي
1). إذا لم يكن المنتج بحاجة إلى تحديد الحجم، أضف 21 ميكرولترًا من ddH2امزج المحلول جيدًا باستخدام الماصة أو المحلول المقطر 10 مرات. احضنه في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق. أدر الأنبوب قليلًا وضعه على حامل مغناطيسي. عندما يصبح المحلول صافيًا (حوالي 5 دقائق)، انقل 20 ميكرولترًا من السائل العلوي إلى أنبوب تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) جديد بحرص دون لمس الحبيبات المغناطيسية.
2). إذا كان المنتج يحتاج إلى تحديد الحجم، أضف 102 ميكرولتر من ddH2امزج المحلول جيدًا باستخدام الماصة أو المحلول المقطر 10 مرات. احضنه في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق. أدر الأنبوب قليلًا وضعه على حامل مغناطيسي. عندما يصبح المحلول صافيًا (حوالي 5 دقائق)، انقل 100 ميكرولتر من السائل العلوي إلى أنبوب تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) جديد بحرص دون لمس الحبيبات المغناطيسية.
ملحوظة:إذا كان من الضروري تخزين المنتج المنقى، فيمكن غسله باستخدام TE Buffer.
اختيار حجم الحمض النووي المرتبط بالمحول
1. التحضير: خذ اختبار Hieff NGSTM أخرج خرزات اختيار الحمض النووي من الثلاجة، واتركها في درجة حرارة الغرفة لمدة 30 دقيقة على الأقل. حضّر 80% من الإيثانول الطازج.
2. قم بخلط الخرز جيدًا عن طريق قلبه أو تحريكه رأسًا على عقب.
3. بناءً على الأحجام المستهدفة، أضف الجولة الأولى من الخرز إلى قوالب الحمض النووي النقية بحجم 100 ميكرولتر وفقًا للجدول 11قم بالخلط جيدًا باستخدام الماصة أو المضخة 10 مرات.
طاولة 11 نسب الخرز الموصى بها: الحمض النووي لاختيار الحجم بناءً على الخرز
حجم مكتبة الحمض النووي المُدرج | 150 - 250 زوجًا أساسيًا | 200-300 زوج أساسي | 300-400 زوج أساسي | 400-500 زوج أساسي |
الحجم النهائي لمكتبة الحمض النووي | 250-350 زوجًا أساسيًا | 350-450 زوجًا أساسيًا | 450-550 زوجًا أساسيًا | 550-650 زوجًا أساسيًا |
نسبة الحجم في 1 شارع دائري (خرز: DNA) | 0.80× | 0.70× | 0.60× | 0.55× |
نسبة الحجم في 2 اختصار الثاني دائري (خرز: DNA) | 0.20× | 0.20× | 0.20× | 0.15× |
ملحوظة: تشير علامة "×" في الجدول إلى حجم عينة الحمض النووي. على سبيل المثال، إذا كان طول إدخال المكتبة 250 زوجًا قاعديًا وحجم عينة الحمض النووي 100 ميكرولتر، فإن حجم الخرز المغناطيسي المستخدم في الجولة الأولى من الفرز هو 0.7 × 100 ميكرولتر = 70 ميكرولتر؛ أما حجم الخرز المغناطيسي المستخدم في الجولة الثانية من الفرز فهو 0.20 × 100 ميكرولتر = 20 ميكرولتر. حجم الخرز المغناطيسي الموصى به في الجدول مخصص للحمض النووي المرتبط بمحول. في حال إجراء عملية اختيار الحجم قبل الربط، يُرجى مراجعة بروتوكولات التصنيع الخاصة بـ Hieff NGS.TM خرز اختيار الحمض النووي (رقم القطعة 12601).
4. حضنها في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
5. أدر الأنبوب قليلًا ثم ضعه على حامل مغناطيسي. عندما يصبح المحلول صافيًا (بعد حوالي ٥ دقائق)، انقل السائل العلوي إلى أنبوب تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) جديد.
6. أضف الجولة الثانية من حبات الاختيار إلى العينة من الخطوة 5 وفقا للجدول 11قم بالخلط جيدًا عن طريق التحريك بالدوامة أو باستخدام الماصة لأعلى ولأسفل 10 مرات على الأقل.
7. حضنها في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
8. استخدم جهاز الطرد المركزي لفترة وجيزة لتصفية المحلول، ثم ضع أنبوب الطرد المركزي على الرف المغناطيسي. بعد امتزاز الحبيبات المغناطيسية بالكامل (حوالي 5 دقائق)، أزل السائل بحرص.
9. أبقِ الأنبوب على الحامل المغناطيسي، أضف مباشرةً ٢٠٠ ميكرولتر من الإيثانول المُحضّر حديثًا بتركيز ٨٠٪ إلى الأنبوب. حُضّن في درجة حرارة الغرفة لمدة ٣٠ ثانية، ثم أزل السائل بحرص.
10. يكرر الخطوة 9 مرة أخرى.
11. قم بوضع الأنبوب على الحامل المغناطيسي، ثم افتح الغطاء وجفف الخرز حتى يتشقق الخرز قليلاً (لا يزيد عن 5 دقائق).
12. قم بإزالة الأنبوب من الحامل المغناطيسي لعملية الايلوشن، و أضف 21 ميكرولترًا من ddH مباشرةً2اخلط جيدًا بالتدوير أو التقطير من الأعلى إلى الأسفل، ثم احضنه في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق. (ملاحظة: إذا لزم تخزين المنتج المنقى، يُرجى الاستخلاص في محلول TE). حرّك الأنبوب قليلًا لأسفل، ثم ضعه على حامل مغناطيسي حتى يصبح السائل صافيًا (حوالي 5 دقائق). انقل 20 ميكرولترًا من السائل العلوي بحرص إلى أنبوب تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) جديد دون لمس الحبيبات.
الخطوة 4 تضخيم المكتبة
يمكن لهذه الخطوة إثراء المنتجات النقية أو المحددة الحجم عن طريق تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل.
1. قم بإذابة قائمة الكواشف الموجودة في الجدول 12، ثم قم بقلبها وخلطها جيدًا، ثم ضعها على الثلج لاستخدامها لاحقًا.
2. قم بتجميع التفاعل التالي في أنبوب PCR معقم.
الجدول 12 تفاعل البوليميراز المتسلسل للحمض النووي المرتبط بالمحول نظام
عناصر | الحجم (ميكرولتر) |
محول الحمض النووي المرتبط | 20 |
كاناسTM مزيج التضخيم الاحترافي | 25 |
مزيج التمهيدي* | 5 |
المجموع | 50 |
[ملحوظة]: * إذا تم استخدام المحول الكامل، هييف NGSTM مزيج التمهيدي (
3. قم بالخلط بلطف باستخدام الماصة أو الرج، ثم قم بالطرد المركزي لفترة وجيزة للحصول على المحلول.
4. ضع الأنبوب في جهاز التدوير الحراري وقم بإعداد البرنامج وفقًا للجدول 13 لبدء التضخيم.
الجدول 13 برنامج تفاعل تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل
درجة حرارة | وقت | دورة |
سخني الغطاء إلى 105 درجة مئوية | على | - |
98 درجة مئوية | 45 ثانية | 1 |
98 درجة مئوية | 15 ثانية | راجع الجدول 6 |
60 درجة مئوية | 30 ثانية | |
72 درجة مئوية | 30 ثانية | |
72 درجة مئوية | دقيقة واحدة | 1 |
4 درجات مئوية | يمسك | - |
الخطوة 5 التنظيف بعد التضخيم/اختيار الحجم
النظيفة تشير الخطوات إلى خطوة 3. هيف NGSTM تُستخدم خرزات اختيار الحمض النووي (0.9×، خرز: DNA = 0.9:1) لتنقية ناتج تفاعل البوليميراز المتسلسل. إذا كنتَ بحاجة إلى اختيار الحجم، يُرجى مراجعة خطوة 3.
الخطوة 6 مراقبة جودة المكتبات النهائية
يتم تقييم جودة المكتبة المُنشأة عادةً بقياس تركيزها وتوزيع حجمها. للمزيد من التفاصيل، يُرجى مراجعة الملاحظة 6.
الدفع والأمن
تتم معالجة معلومات الدفع الخاصة بك بشكل آمن. لا نقوم بتخزين تفاصيل بطاقة الائتمان ولا يمكننا الوصول إلى معلومات بطاقة الائتمان الخاصة بك.
سؤال
قد تعجبك أيضًا
التعليمات
المنتج مخصص لأغراض البحث فقط وليس مخصصًا للاستخدام العلاجي أو التشخيصي لدى البشر أو الحيوانات. المنتجات والمحتوى محميان بموجب براءات الاختراع والعلامات التجارية وحقوق الطبع والنشر المملوكة لشركة Yeasen Biotechnology. تشير رموز العلامة التجارية إلى بلد المنشأ، وليس بالضرورة التسجيل في جميع المناطق.
قد تتطلب بعض التطبيقات حقوق الملكية الفكرية الإضافية لجهات خارجية.
تلتزم شركة Yeasen بالعلوم الأخلاقية، حيث تؤمن بأن أبحاثنا يجب أن تعالج الأسئلة الحرجة مع ضمان معايير السلامة والأخلاق.