Agarose er et oprenset lineært galactan hydrofilt kolloid ekstraheret fra agar eller agarholdig tang. Strukturelt er det en lineær polymer sammensat af β-D-galactopyranosyl (1-4) bundet til 3,6-anhydro-a-L-galactopyranosylrester. Som gelreagens bruges det almindeligvis til rutinemæssig nukleinsyreanalyse gennem gelelektroforese eller blotting-metoder (såsom Northern eller Southern), og det er også velegnet til proteinapplikationer, såsom radial immundiffusion (RID) eksperimenter.
Agarosegelelektroforese er en elektroforetisk metode, der bruger agarose som støttemedium, herunder gelpræparation, prøveladning og elektroforese. Den væsentligste forskel i analyseprincippet fra anden støttematerialeelektroforese er, at den har en dobbeltrolle som "molekylsigte" og "elektroforese". Når gelen placeres i et elektrisk felt, migrerer ladede nukleinsyrer gennem gelporerne mod den positive pol. Efter elektroforese under forskellige betingelser i et passende tidsrum vil nukleinsyrefragmenter af forskellige størrelser og konformationer være lokaliseret i forskellige positioner i gelen, hvorved der opnås adskillelse.

Fig. 1 Trin til nukleinsyreelektroforeseeksperimentoperation

Fig.2 Elektroforese-migreringsretningsdiagram

Hvordan vælger man den rigtige agarose?

Døm ud fra de grundlæggende parametre for agarose:

Sulfatindhold — en indikator for renhed;
Gelstyrke — den ydre kraft, der kræves for at bryde gelen;
Gelpunkt — den temperatur, ved hvilken en vandopløselig agaroseopløsning danner en gel ved afkøling;
Elektroendosmose (EEO) - en type elektrokinetisk bevægelse, hvor væsker trænger ind i gelen. De anioniske grupper i agarosegelen adsorberer på matrixen og migrerer ikke, men de dissocierede kationer vil migrere mod den negative pol og dermed generere elektroosmose. Da den elektroforetiske migration af prøver normalt bevæger sig mod den positive pol, kan den interne konvektion forårsaget af EEO forstyrre separationseffektiviteten. Baseret på de grundlæggende parametre for agarose bør en agarosegel af høj kvalitet have klare porer, være mindre tilbøjelige til at gå i stykker og have egenskaber som høj renhed (lavt sulfatindhold), høj gelstyrke, relativt højt gelpunkt (hurtig størkning ved stuetemperatur) og lav EEO.

Bedømme baseret på separationsintervallet for agarose:

Agarosegeler har et bredt adskillelsesområde og bruges almindeligvis til genvinding af DNA-gel, DNA-separation og til at bekræfte, om DNA er rekombineret, og om plasmider og lignende er skåret op. Forskellige størrelser af målfragmenter svarer til forskellige koncentrationer af agarose. Ifølge princippet om, at høj koncentration er velegnet til at adskille små fragmenter, kan du henvise til følgende tabel for at finde den optimale gelkoncentration, der passer til dine behov.

Agarose koncentration (%)	≥3	2-3	1-2	0,7-1	≤0.7
DNA-fragmentstørrelse (bp)	≤200	200-700	700-1500	1500-5000	≥5000

YEASEN Agarose af høj kvalitet - dækker en række forskellige anvendelsesscenarier for at imødekomme dine behov

Produktnavn	Produktnummer	Produktspecifikation	Applikationsscenario
Agarose	10208ES60/76	100 g / 500 g	Rutinemæssig nukleinsyreelektroforese

Produktfordele

Lav elektroendosmose (EEO ≤ 0,13), hvilket resulterer i fremragende båndadskillelse, klar skelnen og hurtigere migration.

Fig.3 Elektroforesediagram af geler med forskellige koncentrationer

Bemærk: 0,75% agarosegel fyldt med 1 kb stige; 1% agarosegel fyldt med 100 bp stige, 1 kb stige, 2000 DNA-markør, 5000 DNA-markør; 2% agarosegel fyldt med 100 bp-stige, 2000 DNA-markør, 5000 DNA-markør. Prøvevolumen: Markør ren væske 2 μL fortyndet 5 gange og derefter fyldt med 10 μL. Elektroforeseprogrammer for 0,75 %, 1 % og 2 % agarosegeler er: 115 V i 45 min; 130 V i 40 min; 130 V i 50 min.

Gelens porer er klare og lige, med høj gelstyrke og mindre tilbøjelige til at gå i stykker.

Bemærk: Illustrationen er en produktvisning af YEASEN Agarose (Kat #10208ES60).

Brugsmetode for agarose af høj kvalitet

Koncentrationen af agarosegel vælges sædvanligvis mellem 0,7% og 2%. Jo højere koncentrationen er, jo mindre er gelens molekylære porestørrelse, jo langsommere er DNA-migreringshastigheden og jo højere opløsning. Omvendt, jo lavere koncentrationen er, jo hurtigere er DNA-migreringshastigheden, og jo lavere opløsning. Vælg den passende gelkoncentration og kompatibel elektroforesebuffer baseret på forskellige eksperimentelle formål.

Agarose koncentration	Effektivt adskillelsesområde (bp)	Anbefalet buffer
0,5 %	2.000-50.000	1×TAE
0,8 %	800-10.000	1×TAE
1,0 %	400-8.000	1×TAE
1,2 %	300-7.000	1×TAE
1,5 %	200-3.000	1×TAE/0,5×TBE
2.0 %	100-2.000	1×TAE/0,5×TBE
3,0 %	25-1.000	0,5×TBE

TAE-buffer: TAE-buffer indeholder eddikesyre, EDTA og Tris, velegnet til hurtig elektroforese og adskillelse af store DNA-fragmenter. Tilstedeværelsen af eddikesyre sænker gelens pH-værdi, hvilket hjælper med at øge elektroforesehastigheden.

TBE-buffer:TBE-buffer indeholder borsyre, EDTA og Tris, med en højere ionstyrke, velegnet til højopløsningsseparation af små DNA-fragmenter. Tilstedeværelsen af borationer øger gelens stabilitet og hjælper med at forbedre separationseffektiviteten. Når gelkoncentrationen er høj, bør TBE-buffer derfor anvendes for at lette adskillelsen af bånd.

Udgivet litteratur (delvis)

Li Z, Wang M, Fang H, et al. Faststof-væske-grænsefladeadsorption af antibiotikaresistensplasmider induceret af nanoplastik forværrer genforurening i akvatiske økosystemer. Miljøforurening. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.IF=10,366(10208ES)
Wang M, Zhang S, Zheng G, et al. Gain-of-Function-mutation af Card14 fører til spontan psoriasis-lignende hudbetændelse gennem forbedret keratinocytrespons på IL-17A. Immunitet. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.HVIS=19.734
Zhang Y, Ding H, Wang X, et al. MK2 fremmer Tfcp2l1-nedbrydning via β-TrCP ubiquitin-ligase for at regulere museembryonale stamcellers selvfornyelse. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.HVIS=9.423
Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Mikrofluidisk-baseret kationisk kolesterollipid siRNA-leveringsnanosystem: Meget effektiv in vitro-gendæmpning og den intracellulære adfærd. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. Udgivet 3. april 2022. doi:10.3390/ijms23073999.HVIS=19.924
Zhao C, Yang D, Ye Y, et al. Inhibering af Pim-2-kinase af LT-171-861 fremmer DNA-skade og udviser forbedrede dødelige virkninger med PARP-hæmmer i myelomatose. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648.HVIS=5.858
Yu J, Yang W, Xing S, et al. Blandet guld/MnO2@BSA nanopartikler til fluorometrisk og magnetisk resonansbestemmelse af ascorbinsyre. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. Udgivet 2019 Jan 10. doi:10.1007/s00604-018-3205-8.HVIS=5.479
Zheng X, Xu W, Sun R, Yin H, Dong C, Zeng H. Synergisme mellem thioredoxinreduktasehæmmer ethaselen og natriumselenit til at hæmme spredning og inducere død af humane ikke-småcellede lungecancerceller. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.HVIS=5.194
Zhou J, Xiong R, Zhou J, et al. Involvering af m6A regulatorisk faktor IGF2BP1 i malign transformation af humane bronchiale epiteliale Beas-2B-celler induceret af tobakscarcinogen NNK. Toxicol Appl Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.HVIS=5.219
Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. Beskyttende virkninger af ginsenosid Rg1 på aldrende Sca-1⁺ hæmatopoietiske celler. Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.HVIS=5.952

Relateret produktvalgsvejledning

Produktpositionering	Produktnavn	Produktnummer	Produktspecifikation	Applikationsscenario
Nukleinsyrepletter	ÅrRød Nukleinsyre Gel-farve (10.000× i vand)	10202ES76	500 μL	Vandopløselig, med de samme spektrale karakteristika som EB, detekteret under 300 nm UV-lys excitation.
DNA markør	GoldBand DL2000 DNA-markør	10501ES60/80	100 T/10×100 T	100-2000 bp
	GoldBand DL5000 DNA-markør	10504ES60/80	100 T/10×100 T	100-5000 bp
	GoldBand 100bp DNA-stige	10507ES60/80	100 T/10×100 T	100-1.500 bp
	GoldBand 1 kb DNA-stige	10510ES60/80	100 T/10×100 T	250-12.000 bp

Forrige artikel Næste artikel

Yeasen Agarose - direkte adressering af elektroforese smertepunkter, kører en god gel