Beskrivelse
Hieff NGS™ MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS) er designet til at fjerne rRNA og 45S ITS/ETS fra menneske-, mus- og rotte-total-RNA baseret på RNase H-baseret arbejdsgang og til at tilbageholde mRNA og andet ikke-kodende RNA. Dette kit er velegnet til både intakte og delvist nedbrudte RNA-prøver (f.eks. FFPE RNA). Da nedbrudte FFPE-prøver normalt indeholder en højere andel af ITS/ETS end friske vævsprøver, tilføjer dette kit prober i Human 45S ITS/ETS-regionen, og fjernelse af ITS kan øge andelen af gyldige data i rådata betydeligt.
Funktioner
- Stærk specificitet: fjern specifikt rRNA og ITS/ETS fra humane prøver, især for FFPE-prøver
- Høj kompatibilitet af skabelonstartmængde: gælder for 100 ng~1μg prøve
- Høj fjernelseseffekt: for rRNA, ITS og ETS i prøver fra mennesker/mus og rotter er fjernelseseffekten mere end 95 %
- Stabil kvalitet: streng batchydelse og stabilitetskvalitetskontrol
Ansøgninger
- Genekspressionsforskning
- Alternativ splejsningsanalyse
- Påvisning og opdagelse af ikke-kodende RNA
- dentifikation af selektive polyadenyleringssteder
- Påvisning af fusionsgen
Specifikationer
Udtømningsteknologi | RNase H |
Prøvetype | Total RNA fra mennesker, mus og rotter |
Endelig produkttype | mRNA og andre ikke-kodende RNA'er |
Antal reaktioner | 24/96 Forberedelser |
Udgangsmaterialemængde | 100 ng~1 μg total RNA |
Mål | Fjern rRNA og 45S ITS/ETS fra humant totalt RNA |
Komponenter
Komponenter nr. | Navn | 12257ES24 (24T) | 12257ES96 (96T) |
12257-A | Hybridiseringsbuffer | 72 μL | 288 μL |
12257-B | Probemix (rRNA & ITS/ETS) | 48 μL | 192 μL |
12257-C | RNase H-buffer | 72 μL | 288 μL |
12257-D | RNase H | 48 μL | 192 μL |
12257-E | DNase I-buffer | 660 μL | 2×1320 μL |
12257-F | DNase I | 60 μL | 240 μL |
Forsendelse og opbevaring
Alle komponenter sendes med tøris og kan opbevares ved -15℃ ~ -25℃ i et år.
Figurer
- rRNA-fjernelsesspecificitet
For konventionelle prøver kan rRNA og ITS/EST fjernes med mere end 98 %, mens for FFPE-prøver med en integritet på omkring 50 % kan rRNA og ITS/EST fjernes med mere end 95 %. Samtidig kan FFPE med dårlig integritet også fjernes effektivt.
Tabel 1. Specificitetseffekt for rRNA-fjernelse
RNA kvalitet | Fjernelse ordning | Input | rRNA (%) | ITS/ETS (%) | Kortlægning (%) |
293T RNA; RIN=10 | fjerne rRNA | 1 μg | 0,19 | 4.6 | 98,28 |
fjerne rRNA og ITS/ETS | 1 μg | 0,15 | 0,04 | 98,79 | |
FFPE RNA; DV200 =90 % | fjerne rRNA | 500 ng | 0,23 | 4,75 | 95,35 |
fjerne rRNA og ITS/ETS | 500 ng | 0,21 | 0,02 | 95,42 | |
FFPE RNA; DV200 =50 % | fjerne rRNA | 500 ng | 1.4 | 16.28 | 95,57 |
fjerne rRNA og ITS/ETS | 500 ng | 0,56 | 0,11 | 95,51 | |
FFPE RNA; DV200 =20 % | fjerne rRNA | 1 μg | 0,35 | 67,61 | 58,4 |
fjerne rRNA og ITS/ETS | 1 μg | 0,79 | 0,84 | 60,35 |
Bemærk: Forskellige humane RNA-prøver blev brugt til at fjerne rRNA eller rRNA og ITS/ETS og til at konstruere biblioteker med RNA-biblioteksforberedelseskit efter ITS/ETS. Andelene af rRNA og ITS/ETS i offline data blev analyseret ved sekventering.
- Sekvenseringsdataydelse
Tabel 2.Sekvenseringsdataydelse
Prøve | DV200 | Kit | Ren Q20 (%) | Ren Q30 (%) | Ren GC (%) | rRNA (%) | ITS/ETS (%) | enestående(%) |
1 | 24 % | YEASEN Kat #12257 | 96,75 | 92,68 | 57,05 | 4,58 | 2,42 | 96,90 |
2 | 40 % | 96,56 | 92,42 | 55,31 | 1,93 | 0,63 | 96,45 | |
3 | 53 % | 97,4 | 93,52 | 45,19 | 0,23 | 0,01 | 98,08 | |
4 | 76 % | 97,67 | 93,78 | 51,28 | 0,44 | 0,01 | 93,63 |
[1] Tian S, Zhang B, He Y, et al. CRISPR-iPAS: en ny dCAS13-baseret metode til alternativ polyadenyleringsinterferens. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
Betaling og sikkerhed
Dine betalingsoplysninger behandles sikkert. Vi gemmer ikke kreditkortoplysninger og har heller ikke adgang til dine kreditkortoplysninger.
Forespørgsel
Du kan også lide
FAQ
Produktet er kun til forskningsformål og er ikke beregnet til terapeutisk eller diagnostisk brug hos mennesker eller dyr. Produkter og indhold er beskyttet af patenter, varemærker og ophavsrettigheder ejet af Yeasen Biotechnology. Varemærkesymboler angiver oprindelseslandet, ikke nødvendigvis registrering i alle regioner.
Visse applikationer kan kræve yderligere tredjeparts intellektuelle ejendomsrettigheder.
Yeasen er dedikeret til etisk videnskab og mener, at vores forskning bør adressere kritiske spørgsmål og samtidig sikre sikkerhed og etiske standarder.