Hieff NGS™ One Pot Flash DNA Library PrepKit er et hurtigt enzymatisk DNA-bibliotekskit，heks indeholder højkvalitetsenzym til DNA-fragmentering og kombinerer DNA-fragmentering, end-repair og dA-tailing i ét trin, hvilket reducerer tid og omkostninger til biblioteksforberedelse betydeligt.

Dette biblioteksforberedelseskit er kompatibelt med 100 pg-500 ng prøver af alle almindelige dyr, planter, mikroorganismer osv.

og realisere hurtigt DNA-fragmentering, terminal reparation og A-hale additionsreaktion i et enkelt rør. Sættet skal matches med adaptere og primere og er kompatibelt med Illumina og MGI high-throughput sekventeringsplatforme.

Feature

1) Velegnet til genomiske DNA-prøver på 100 pg-500 ng.

2）kompatibel med Illumina og MGI high-throughput sekventeringsplatforme.

3）Fragmentering, ende-reparation og A-tailing reaktion indeni 5 min.

4）Effektiv bibliotekskonverteringsrate og forstærkningseffektivitet.

Specifikationer

Komponenter

Note: * angiver, at dette reagens ikke er inkluderet i dette kit, og at der kræves yderligere reagenser.Sættet er kompatibel med to platforme af Illumina og MGI, men yderligere primerblanding (CAT # 13334 Primer Mix for MGI og Cat# 13335 Primer Mix til Illumina) er påkrævet.

Opbevaring

Dette produkt bør opbevares ved -25~-15℃ for 1 år.

Figurer

Figur 1. Påvisning af DNA fra 10 slags mikroorganismer

Biblioteker blev forberedt vha Kat #12316 protokol ,10 ng ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard (Zymo Research® #D6306). Biblioteker blev samlet og sekventeret på en Illumina (SE75).Sekvenseringsdataene blev homogeniseret til 20M og sammenlignet på tværs af forventet og detekteret sammensætning for begge inputniveauer. Påvisningen af ​​specifikt mikrobielt gDNA var i overensstemmelse med den forventede sammensætning. Forventet sammensætning: Cryptococcus neoformans 2 %, Saccharomyces cerevisiae 2 %, Bacillus subtilis 12 %, Escherichia coli 12 %, Enterococcus faecalis 12 %, Lactobacillus fermentum 12 %, Listeria monocytogenes 12 %, Pseudomonahylocus a 2 %, Pseudomonahylocus a 2 % 12 % og Salmonella enterica 12 %.

Om operationen

1. Brug venligst laboratoriefrakker og engangshandsker，for din sikkerhed.

2. Tø komponenterne op ved stuetemperatur. Efter optøning, bland grundigt ved vortexing, drej røret kort og læg dem på is til senere brug.

3. Når reaktionsopløsningen tilberedes i hvert trin, anbefales det at bruge en pipette til at blæse og blande jævnt eller omryste forsigtigt. Kraftig rystelse kan få bibliotekets output til at falde.

4. For at undgå krydskontaminering af prøver anbefales det at bruge et pistolhoved med et filterelement. Udskift venligst pistolhovedet, når du absorberer forskellige prøver.

5. Det anbefales at udføre hvert reaktionstrin i en termocykler med opvarmet låg. Termocykleren skal forvarmes til den indstillede temperatur før brug.

6. Ukorrekt betjening kan højst sandsynligt forårsage aerosolforurening, hvilket påvirker resultatets nøjagtighed. Obligatorisk fysisk isolering af PCR-reaktionsblandingsregioner og PCR-produktoprensningsassayregioner anbefales. Udstyret med udstyr såsom specialiserede pipetter til biblioteksbyggeri.

7. Dette produkt er kun til forskningsbrug.

Om DNA-fragmentering

1. Det kompatible udvalg af dette sæt er 100 sider–500 ng input DNA. Højkvalitets input-DNA med A260/A280 = 1,8-2,0 bør anvendes så meget som muligt.

2. Hvis input-DNA'et indeholder høje koncentrationer af metalionchelateringsmiddel eller andre salte, kan det påvirke de efterfølgende eksperimenter. Det anbefales at fortynde DNA'et i ddH2O eller Tebuffer (10 mm tris-HCl, pH 8,0-8,5; 0,1 mM EDTA).

3. For det meste genomisk DNA af høj kvalitet er fordøjelsestiden vist i tabel 1. Sættet har lav præference og kan tolerere forskellige skabeloner med GC-indhold.

Tabel 1. Anbefalet tidspunkt for konventionel genomisk DNA-fragmentering

Adapter Ligation

1. Koncentrationen af ​​adapteren påvirker direkte ligeringseffektiviteten og biblioteksudbyttet. Overdreven brug af adapter kan producere mere adapterdimer; Lav dosis kan påvirke ligering effektivitet og biblioteksudbytte. Tabel 2 og 3 viser den anbefalede mængde adapter til forskellige input-DNA-input ved hjælp af dette sæt.

Tabel 2. Den anbefalede Illumina adaptermængde for forskelligt input-DNA

Tabel 3. Den anbefalede MGI adaptermængde for forskelligt input-DNA

Biblioteksforstærkning

Amplifikationscyklusnumre bør kontrolleres strengt. Utilstrækkelig amplifikation kan føre til lavt biblioteksudbytte; Overamplifikation kan introducere øget bias, fejl, duplikeret læsning og kimære produkter. Tabel 4 viser anbefalede cyklusnumre, der er målrettet mod biblioteksudbyttet på 1 μg.

Tabel 4. De anbefalede cyklusser på 100 pg-500 ng Input DNA

Perlebaseret DNA-oprydning og størrelsesvalg

1. Der er flere trin i biblioteksopbygningsprocessen, der kræver DNA-oprensning magnetiske perler. Vi anbefaler Hieff NGS™ DNA-selektionsperler (Yeasen Cat#12601) eller AMPure™ XP magnetiske perler (Beckman Cat#A63880) til DNA-oprensning og størrelsesvalg.

2. De magnetiske perler skal ækvilibreres ved stuetemperatur før brug, ellers vil udbyttet falde, og størrelsesvalgseffekten påvirkes.

3. De magnetiske perler skal blandes godt ved vortex eller pipettering før brug.

4. Aspirer ikke perlerne, når supernatanten overføres, selv spormængder af perlerne kan påvirke følgende reaktioner.

5. De 80 % ethanol skal være frisklavet, ellers vil det påvirke genvindingseffektiviteten.

6. De magnetiske perler skal tørres ved stuetemperatur før eluering af produktet. Utilstrækkelig tørhed vil let få rester af ethanol til at påvirke efterfølgende reaktioner; overdreven tørhed vil få de magnetiske perler til at revne og reducere rensningsudbyttet. Normalt er tørring ved stuetemperatur i 3-5 minutter nok til at lade perlerne tørre helt.

7. Om nødvendigt eluerede de oprensede eller størrelsesudvalgte DNA-prøver ind 0,1× TE-buffer kan opbevares ved 4°C i 1-2 uger eller ved -20°C i en måned.

Bibliotekskvalitetsanalyse

1. Kvaliteten af ​​de konstruerede biblioteker analyseres generelt ved at måle koncentrationer og størrelsesfordelinger.

2. Bibliotekskoncentrationer kan måles ved hjælp af fluorescensbaserede metoder såsom Qubit og PicoGreen eller qPCR.

3. Det anbefales ikke at bruge absorbansbaserede kvantificeringsmetoder såsom NanoDrop.

4. Det anbefales at bruge qPCR-metoden til bibliotekskvantificering: fluorescensbaserede metoder som Qubit og PicoGreen kan ikke differentiere de ufuldstændige dsDNA-strukturer (inserts uden adapter eller med kun en af ​​enderne ligeret med adapter) fra de komplette biblioteker. qPCR-metoden vil kun amplificere og måle de komplette biblioteker med begge ender ligeret med adaptere (de sekventerbare biblioteker), hvilket giver en mere nøjagtig måling til indlæsning.

5. Størrelsesfordelingen af ​​biblioteker kan analyseres ved hjælp af Agilent Bioanalyzer eller andre enheder baseret på principperne for kapillær elektroforese eller mikrofluidik.

Dokumenter:

Sikkerhedsdatablad

12316_MSDS_HB250211_DA.PDF

Manualer

12316_Manual_Ver.EN20241225.pdf