Hieff NGS^TM UCF.ME DNA-selektionsperler fremstilles baseret på SPRI-princippet (Solid Phase Reverse Immobilization). og er anvendelig til DNA-oprensning og størrelsesudvælgelse under fremstillingen af ​​næste generations sekventeringsbiblioteker (NGS). Hieff NGS^TM UCF.ME DNA-selektionsperler er kompatible med forskellige DNA- og RNA-biblioteksforberedelseskit. Dette produkt er fremstillet i et ultrarent anlæg med et højt niveau af renlighed og kan bruges til DNA-oprensningstrin under patogendetektionsprocesser.

Specifikationer

Komponenter

Opbevaring

Dette produkt skal opbevares kl 2~8℃ i 18 måneder.

Forsendelse og opbevaring

Perlerne sendes med isposer og kan opbevares ved 2°C-8°C i et år.

Instruktioner

• 1. Forberedelse

Udlign udvælgelsesperlerne ved stuetemperatur i mindst 30 minutter før brug.

• 2. Valg af DNA-størrelse

Operationsflowet for størrelsesvalg er vist i figur 1, og protokollen er som følger.

Figur 1. Flowchartet for DNA-størrelsesudvælgelse

2.1 Bland perlerne grundigt ved at vortexe eller pipettere op og ned hver gang før brug.
2.2 Tilføj den første runde af udvælgelsesperler til prøven (se tabel 1). Bland grundigt ved at vortexe eller pipettere op og ned mindst 10 gange.
2.3 Inkuber ved stuetemperatur i 5 min.
2.4 Drej røret kort ned og anbring det på magnetisk stativ. Når opløsningen er klar (ca. 5 min), overføres supernatanten til et nyt PCR-rør.
2.5 Tilføj den anden runde af selektionsperler til prøven fra trin 2.4 i henhold til tabel 1. Bland grundigt ved at vortexe eller pipettere op og ned mindst 10 gange.
2.6 Inkuber ved stuetemperatur i 5 min.
2.7 Drej røret kort ned og placer det på magnetisk stativ. Når opløsningen er klar (ca. 5 min), aspireres supernatanten og kasseres.
2.8 Hold røret i det magnetiske stativ og tilsæt 200 μL frisklavet 80 % ethanol til uden at forstyrre perlerne, inkuber ved stuetemperatur i 30 sek. Aspirer ethanolen og kasser den.
2.9 Gentag trin 2.8 én gang for i alt to vaske.
2.10 Fjern resterende ethanol med 10 µL pipettespidser. Hold røret i det magnetiske stativ, lufttørre udvælgelsesperlerne med låget åbent, indtil der lige er revner (ca. 5 min.).
Bemærk:Tør ikke udvalgsperlerne for meget. Dette kan resultere i et lavere gendannelses-DNA-mål.
2.11 Fjern røret fra det magnetiske stativ. Tilsæt en passende mængde ddH2O (≥20 µL) og bland grundigt ved at vortexe eller pipettere op og ned mindst 10 gange.
2.12 Inkuber ved stuetemperatur i 5 min.
Drej røret kort ned og placer det på det magnetiske stativ. Når opløsningen er klar (ca. 5 minutter), overføres 20 μL af supernatanten til et nyt rør.

• 3. Anbefalede betingelser for valg af DNA-størrelse

Kalvethymus-DNA'et blev fragmenteret ved sonikering for at fremstille et fragment på 100-1.000 bp, og to runder af størrelsesudvælgelse blev udført i henhold til tabel 1. Resultaterne blev analyseret under anvendelse af Agilent 2100 Bioanalyzer (figur 2).

Tabel 1. Anbefalet betingelse for valg af DNA-størrelse

Bemærk: "×" i tabellen angiver volumen af ​​prøve-DNA. For eksempel, hvis insertlængden af ​​biblioteket er 250 bp, og prøvens DNA-volumen er 100 μL, er volumenet af magnetiske perler, der anvendes i den første sorteringsrunde, 0,80×100 μL=80 μL; volumenet af magnetiske perler brugt i anden sorteringsrunde er 0,20× 100 μL=20 μL.

Figur 2. Agilent 2100 højfølsom DNA-chip elektroferogram