Descripción
Alto NGS™ El kit de depleción de ARNr humano MaxUp (ARNr e ITS/ETS) está diseñado para eliminar el ARNr y el ITS/ETS 45S del ARN total humano, de ratón y de rata según un flujo de trabajo basado en la ARNasa H y para retener el ARNm y otro ARN no codificante. Este kit es adecuado tanto para muestras de ARN intactas como parcialmente degradadas (por ejemplo, ARN FFPE). Dado que las muestras FFPE degradadas suelen contener una mayor proporción de ITS/ETS que las muestras de tejido fresco, este kit agrega sondas en la región ITS/ETS 45S humana, y la eliminación de ITS puede aumentar significativamente la proporción de datos válidos en los datos sin procesar.
Características
- Fuerte especificidad: elimina específicamente el ARNr y el ITS/ETS de muestras humanas, especialmente para muestras FFPE
- Alta compatibilidad de la cantidad inicial de plantilla: aplicable a muestras de 100 ng ~ 1 μg
- Alto efecto de eliminación: para ARNr, ITS y ETS en muestras humanas, de ratones y ratas, el efecto de eliminación es superior al 95 %.
- Calidad estable: estricto control de calidad de estabilidad y rendimiento del lote.
Aplicaciones
- Investigación sobre la expresión genética
- Análisis de empalme alternativo
- Detección y descubrimiento de ARN no codificante
- Identificación de sitios de poliadenilación selectivos
- Detección de genes de fusión
Presupuesto
| Tecnología de agotamiento | ARNasa H |
| Tipo de muestra | ARN total de humanos, ratones y ratas |
| Tipo de producto final | ARNm y otros ARN no codificantes |
| Número de reacciones | 24/96 Preparaciones |
| Cantidad de material de partida | 100 ng~1 μg de ARN total |
| Objetivo | Eliminar el ARNr y el 45S ITS/ETS del ARN total humano |
Componentes
| Componentes No. | Nombre | 12257ES24 (24T) | 12257ES96 (96T) |
| 12257-A | Tampón de hibridación | 72 μL | 288 μL |
| 12257-B | Mezcla de sondas (ARNr e ITS/ETS) | 48 μl | 192 μL |
| 12257-C | Tampón de ARNasa H | 72 μL | 288 μL |
| 12257-D | ARNasa H | 48 μl | 192 μL |
| 12257-E | Tampón de DNasa I | 660 μL | 2×1320 μL |
| 12257-F | DNasa I | 60 μl | 240 μl |
Envío y almacenamiento
Todos los componentes se envían con hielo seco y pueden almacenarse a una temperatura entre -15℃ y -25℃ durante un año.
Cifras
- Especificidad de eliminación de ARNr
En el caso de las muestras convencionales, el ARNr y el ITS/EST se pueden eliminar en más del 98 %, mientras que en el caso de las muestras FFPE con una integridad de aproximadamente el 50 %, el ARNr y el ITS/EST se pueden eliminar en más del 95 %. Al mismo tiempo, también se pueden eliminar de manera eficaz los FFPE con poca integridad.
Tabla 1. Efecto de la especificidad de la eliminación del ARNr
| ARN calidad | Eliminación esquema | Aporte | ARNr (%) | ITS/ETS (%) | Mapeo (%) |
| 293T ARN; RIN=10 | eliminar ARNr | 1 μg | 0,19 | 4.6 | 98,28 |
| eliminar ARNr y ITS/ETS | 1 μg | 0,15 | 0,04 | 98,79 | |
| FFPE ARN; DV200 =90% | eliminar ARNr | 500 ng | 0,23 | 4,75 | 95.35 |
| eliminar ARNr y ITS/ETS | 500 ng | 0,21 | 0,02 | 95,42 | |
| FFPE ARN; DV200 =50% | eliminar ARNr | 500 ng | 1.4 | 16.28 | 95,57 |
| eliminar ARNr y ITS/ETS | 500 ng | 0,56 | 0,11 | 95,51 | |
| FFPE ARN; DV200 =20% | eliminar ARNr | 1 μg | 0,35 | 67,61 | 58.4 |
| eliminar ARNr y ITS/ETS | 1 μg | 0,79 | 0,84 | 60.35 |
Nota: Se utilizaron diferentes muestras de ARN humano para eliminar el ARNr o el ARNr y el ITS/ETS, y para construir bibliotecas con el kit de preparación de bibliotecas de ARN después del ITS/ETS. Las proporciones de ARNr e ITS/ETS en los datos fuera de línea se analizaron mediante secuenciación.
- Rendimiento de los datos de secuenciación
Tabla 2.Rendimiento de los datos de secuenciación
| Muestra | DV200 | Equipo | Limpio Q20 (%) | Limpio Pregunta 30 (%) | Limpio GC (%) | ARNr (%) | ITS/ETS (%) | único(%) |
| 1 | 24% | YEASEN Gato n.° 12257 | 96,75 | 92,68 | 57.05 | 4.58 | 2.42 | 96,90 |
| 2 | 40% | 96,56 | 92,42 | 55.31 | 1.93 | 0,63 | 96,45 | |
| 3 | 53% | 97.4 | 93,52 | 45,19 | 0,23 | 0,01 | 98.08 | |
| 4 | 76% | 97,67 | 93,78 | 51.28 | 0,44 | 0,01 | 93,63 |
[1] Tian S, Zhang B, He Y, et al. CRISPR-iPAS: un nuevo método basado en dCAS13 para la interferencia de poliadenilación alternativa. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
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