اندونوکلئازهای محدود از سری Yeasen FuniCut™، هضم 5 دقیقه با بافر جهانی
شبیه سازی مولکولی تقریباً در هر آزمایشگاهی استفاده می شود. اندونوکلئازهای محدودکننده یک جزء حیاتی در آزمایش‌های شبیه‌سازی مولکولی هستند، اما افراد نیز اغلب از مشکلات مختلف آزمایش‌های اندونوکلئازهای محدود آزار می‌دهند. مشکلات رایج به شرح زیر است:
- انواع زیادی از اندونوکلئازهای محدود کننده وجود دارد که انتخاب آن دشوار است.
- برش نادرست، برش تصادفی یا برش آنزیمی ناقص.
- سرعت هضم کند است. ممکن است یک ساعت یا حتی یک شب طول بکشد.
- علاوه بر این، آزمایش‌های هضم چند آنزیمی نیز نیاز به انتخاب انواع هضم آنزیمی دارند.
برای اینکه درک کامل تری از اندونوکلئازهای محدودکننده داشته باشید، موارد زیر به طور خلاصه توضیح خواهند داد که اندونوکلئازهای محدود چیست و چگونه اندونوکلئازهای مختلف در پاسخ به سوال اول طبقه بندی می شوند. سری Yeasen FuniCut™ از اندونوکلئازهای محدودکننده سریع ممکن است به راحتی مشکلات دوم تا چهارم را از طریق مدولاسیون کرنش و یک روش بهبودیافته حل کند!
1. اندونوکلئاز محدود چیست؟
2. محدودیت نامگذاری اندونوکلئاز
3. محدودیت در طبقه بندی اندونوکلئاز
4. Yeasen FuniCut™ Fast Restriction Endonucleases
1. اندونوکلئاز محدود چیست؟
اندونوکلئازهای محدودکننده دسته ای از آنزیم ها هستند که می توانند توالی های نوکلئوتیدی خاص را در مولکول های DNA دو رشته ای تشخیص دهند و پیوند فسفودی استر را در زنجیره های DNA در مکان های خاص قطع کنند.
اندونوکلئازهای محدودکننده مختلف توالی‌های مختلف DNA را تشخیص می‌دهند، آنها می‌توانند DNA را در داخل توالی شناسایی یا در مکانی نه چندان دور از توالی تشخیص برش دهند و در نتیجه محصولات مختلفی را ایجاد کنند، همانطور که در شکل 1 نشان داده شده است.
شکل 1. نمودار شماتیک هضم BamHI، KpnI، EcoRV
2. محدودیت نامگذاری اندونوکلئاز
نام جنس، نام گونه، سویه یا سروتیپ باکتریایی و ترتیب کشف عوامل اولیه مورد استفاده برای نامگذاری اندونوکلئازهای محدودکننده هستند. دستورالعمل های نام در جدول 1 زیر با استفاده از BstEII به عنوان مثال نمایش داده شده است:
جدول 1. محدودیت نامگذاری اندونوکلئاز
| مخفف | نام کامل | دلالت |
| ب | باسیلوس | حرف اول نام جنس |
| خیابان | stearothermophilus | دو حرف اول نام گونه |
| E | ET | حرف اول نام سویه |
| II | کشف دوم | ترتیبی که در چنین باکتری هایی یافت می شود |
3.محدودیت در طبقه بندی اندونوکلئازها
با توجه به پیچیدگی ساختار، نحوه عملکرد و تفاوت بین کوفاکتورها، آنزیم های محدود کننده را می توان به چهار دسته تقسیم کرد. جدول 2 زیر خصوصیات و آنزیم های معمولی هر دسته را خلاصه می کند.
جدول 2. تغییرات بین چندین اندونوکلئاز محدودکننده
| کلاس اندونوکلئاز | ویژگی ها | گونه های آنزیمی معمولی |
| نوع I | 1. تشخیص و اصلاح رخ. 2. می تواند توالی های DNA خاصی را تشخیص دهد و محل هضم به طور نامحدود از محل تشخیص دور است، تا هزاران باز. 3. عمل نیاز به ATP دارد. | EcoB، EcoK و غیره |
| نوع II | 1. فقط عملکرد شناسایی برش را دارد. 2. توالی تشخیص اغلب یک توالی پالیندرومیک کوتاه است (حدود 4-8 جفت باز)، و محل هضم خاص اندونوکلئاز محدود معمولاً توالی شناخته شده است. 3. عمل مستلزم Mg2+ است. 4. نوع آنزیم های محدود کننده که بیشتر در شبیه سازی مولکولی استفاده می شود. | HindIII، NotI و غیره |
| نوع III | 1. شناخت و اصلاح هضم. 2. Aboutseparatesp محل تشخیص را از محل هضم جدا کنید. 3. عمل نیاز به ATP دارد. | HinfIII و همکاران |
| نوع IV | 1. فقط توالی های DNA متیله را برش می دهد. 2. حدود 30 جفت باز محل تشخیص را از محل هضم جدا می کند. | McrA، McrBC و غیره |
همانطور که در جدول 3 در زیر نشان داده شده است، همچنین ممکن است بر اساس شباهت ها و تفاوت های بین مکان های تشخیص و هضم به سه گروه تقسیم شود.
جدول 3.تحلیل مقایسه ای ایزوسکیزومر، نئوشیزومر و ایزوکادارنر
|
| ایزواسکیزومر | نئوشیزومر | ایزوکادارنر |
| دنباله تشخیص | همان | همان | متفاوت است |
| سایت های هضم | همان | متفاوت است | همان |
| نماینده معمولی | AgeI و BshTI: هر دو 5'-A↓CCGGT-3' را می شناسند و جدا می کنند | SmaI (5'-CCC↓GGG-3') و XmaI(5'-C↓CCGGG-3') | BamHI (5'-G↓GATCC-3') و BglII (5'-A↓GATCT-3') |
با توجه به این واقعیت که برخی از اندونوکلئازهای محدود کننده موجود در بازار هنوز نیاز به هضم یک شبه دارند و محصولات مستعد هضم نادرست هستند، Yeasen Fast Restriction Endoa Nuclease، یک بافر جهانی، هضم کامل کامل در 5 دقیقه، اجازه می دهد تا آزمایشات هضم شما دیگر مشکلی نداشته باشد!
4. Yeasen FuniCut™ اندونوکلئازهای محدود کننده سریع
شکل 2. Yeasen FuniCut™ اندونوکلئازهای محدود کننده سریع
4.1 ویژگی ها
- هضم سریع: هضم را می توان در 5-15 دقیقه به پایان رساند که در مقایسه با آزمایش های هضم معمولی می تواند بیش از 1-2 ساعت کاهش یابد.
- بافر جهانی: واکنش برش چند آنزیمی با این واقعیت ساده تر می شود که هر ترکیبی از اندونوکلئازها می توانند از همان بافر استفاده کنند.
- اثر هضم آنزیم: قابل مقایسه با N* و مناسب بافر آن.
- الکتروفورز مستقیم با ایجاد یک بافر رنگ قرمز و اجازه دادن به محصولات هضم مستقیماً برای الکتروفورز، فرآیند را ساده‌تر می‌کند.
- هضم دقیق: حتی با هضم یک شبه، فعالیت ستاره بسیار کمی وجود دارد.
4.2 نمایشگاه عملکرد
4.2.1 در FuniCut™ Buffer، هضم یک، دو و سه گانه در 5 دقیقه انجام می شود.
شکل 3. هضم تک، دوتایی و سه گانه با استفاده از FuniCut™ بافر معمولاً در 5 دقیقه به پایان می رسد، به عنوان مثال، هضم سه گانه با استفاده از EcoRI+KpnI+SmaI.
4.2.2 تأثیر هضم آنزیم با تأثیر N* و T* قابل مقایسه است و با بافرهای آنها به خوبی کار می کند.
شکل 4. در مقایسه با کالاهای مشابه N*، T*، اثر هضم آنزیم Yeasen FuniCut™ BamHI با بافرهای برند N*، T* سازگار است.
4.2.3 هضم شبانه با فعالیت بسیار کم ستاره
شکل 5. از اندونوکلئازهای سریع HindIII، NheI، PstI، XbaI و XhoI از Yeasen، Tbydance با پروتکل تجربی توصیه شده توسط هر برند استفاده کنید.یک هضم یک شبه (16 ساعت) انجام دهید و محصولات هضم شده را با استفاده از الکتروفورز ژل آگارز تجزیه و تحلیل کنید.
4.2.4 بسیار زائد و قادر به مدیریت برخی از بسترهای اضافی.
شکل 6. با استفاده از FuniCut™ Fast Restriction Endonucleases EcoR I، Eag I، XbaI، و Sac I، 1 میکروگرم و 1.5 میکروگرم از پلاسمید به ترتیب به عنوان سوبسترا استفاده شد و به مدت 5 دقیقه هضم شد و محصولات هضم شده تحت الکتروفورز ژل آگارز قرار گرفتند.
جدول 4.محصولات و سازگاری بافر واکنش
| نام محصول | گربه# | توالی تشخیص | دما | دمای غیرفعال سازی حرارتی |
| بافر T* | N* بافر | تا * بافر | پایه محافظت شده (bp) | پاسخ ها |
| FuniCut™ AscI (پرس و جو کنید) | 15001ES50 | GG/CGCGCC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50T |
| FuniCut™ AvrII (پرس و جو کنید) | 15002ES25 | C/CTAGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25T |
| FuniCut™ BamHI (پرس و جو کنید) | 15003ES76 | G/GATCC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 500 تن |
| FuniCut™ BclI (پرس و جو کنید) | 15004ES62 | T/GATCA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 125T |
| FuniCut™ BsaI (پرس و جو کنید) | 15005ES50 | GGTCTC (1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | نه | 50T |
| FuniCut™ BstEII (پرس و جو کنید) | 15006ES60 | G/GTNACC | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | نه | 100T |
| FuniCut™ ClaI (پرس و جو کنید) | 15007ES50 | AT/CGAT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50T |
| FuniCut™ DpnII (پرس و جو کنید) | 15008ES50 | /GATC | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | نه | 50T |
| FuniCut™ EagI (پرس و جو کنید) | 15009ES25 | C/GGCCG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25T |
| FuniCut™ EcoRI (پرس و جو کنید) | 15010ES78 | G/AATTC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 600T |
| FuniCut™ EcoRV (پرس و جو کنید) | 15011ES70 | GAT/ATC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 200T |
| FuniCut™ HindIII (پرس و جو کنید) | 15012ES76 | A/AGCTT | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 500 تن |
| FuniCut™ HpaI (پرس و جو کنید) | 15013ES50 | GTT/AAC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 1 | 50T |
| FuniCut™ KpnI (پرس و جو کنید) | 15015ES70 | GGTAC/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 200T |
| FuniCut™ MluI (پرس و جو کنید) | 15016ES60 | A/CGCGT | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 100T |
| FuniCut™ NcoI (پرس و جو کنید) | 15018ES30 | C/CATGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30T |
| FuniCut™ NdeI (پرس و جو کنید) | 15019ES70 | CA/TATG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200T |
| FuniCut™ NheI (پرس و جو کنید) | 15020ES30 | G/CTAGC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30T |
| FuniCut™ NotI (پرس و جو کنید) | 15021ES50 | GC/GGCCGC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50T |
| FuniCut™ PstI (پرس و جو کنید) | 15022ES76 | CTGCA/G | 37 | خیر | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 500 تن |
| FuniCut™ SacI (پرس و جو کنید) | 15023ES60 | GAGCT/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 100T |
| FuniCut™ SalI (پرس و جو کنید) | 15024ES70 | G/TCGAC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200T |
| FuniCut™ SbfI (پرس و جو کنید) | 15025ES25 | CCTGCA/GG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25T |
| FuniCut™ SmaI (پرس و جو کنید) | 15027ES60 | CCC/GGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100T |
| بازی FuniCut™ (پرس و جو کنید) | 15028ES50 | A/CTAGT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50T |
| FuniCut™ SphI (پرس و جو کنید) | 15029ES50 | GCATG/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50T |
| FuniCut™ SspI (پرس و جو کنید) | 15030ES56 | AAT/ATT | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 60T |
| FuniCut™ StuI (پرس و جو کنید) | 15031ES60 | AGG/CCT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100T |
| FuniCut™ TaqI (پرس و جو کنید) | 15032ES70 | T/CGA | 65 | خیر | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200T |
| FuniCut™ XbaI (پرس و جو کنید) | 15033ES76 | T/CTAGA | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 500 تن |
| FuniCut™ XhoI (پرس و جو کنید) | 15034ES76 | C/TCGAG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 500 تن |
| FuniCut™ FspI (پرس و جو کنید) | 15036ES50 | TGC/GCA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 50T |
| FuniCut™ HinfI (پرس و جو کنید) | 15038ES76 | G/ANTC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 500 تن |
| FuniCut™ ApaLI (پرس و جو کنید) | 15039ES70 | G/TGCAC | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 4 | 200T |
| FuniCut™ NruI (پرس و جو کنید) | 15040ES50 | TCG/CGA | 37 | خیر | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 50T |
| FuniCut™ PacI (پرس و جو کنید) | 15041ES25 | TTAAT/TAA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25T |
| FuniCut™ PvuII (پرس و جو کنید) | 15042ES70 | CAG/CTG | 37 | خیر | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200T |
| FuniCut™ SacII (پرس و جو کنید) | 15043ES50 | CCGC/GG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50T |
| FuniCut™ NsiI (پرس و جو کنید) | 15044ES25 | ATGCA/T | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25T |
| FuniCut™ Esp3I (BsmBI) (پرس و جو کنید) | 15048ES30 | CGTCTC (1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 30T |
| FuniCut™ BglII (پرس و جو کنید) | 15049ES60 | A/GATCT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 100T |
| FuniCut™ BstBI (پرس و جو کنید) | 15050ES60 | TT/CGAA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | نه | 100T |
| FuniCut™ MnlI (پرس و جو کنید) | 15051ES50 | CCTC (7/6) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50T |
CpG: تحت تاثیر متیلاسیون CpG.
EK: تحت تاثیر متیلاسیون EcoKI.
EB: تحت تأثیر متیلاسیون EcoBI.
Dcm: تحت تاثیر متیلاسیون Dcm.
سد: تحت تأثیر متیلاسیون سد.