1- پس زمینه
rRNA سهم بالایی از RNA کل موجودات را تشکیل می دهد، اما می تواند اطلاعات مؤثر کمی ارائه دهد. این Rnas تعداد زیادی داده نامعتبر تولید می کند که برای مطالعه به دست آوردن اطلاعات بیولوژیکی اهمیت کمی دارد. در همین حال، rRNA با نسبت بالا، mRNA را نسبتاً فراوان در رونوشت‌ها کم می‌کند، بنابراین بر تشخیص رونوشت‌های با فراوانی کم تأثیر می‌گذارد. بنابراین، در توالی یابی RNA معمولی (RNA-SEQ)، حذف موثر rRNA برای دستیابی به توالی یابی مقرون به صرفه RNA ضروری است.
2- توضیحات محصول
(1) سری MaxUp، کیت تخلیه rRNA
سری MaxUp از معرفهای حذف rRNA بر اساس هضم RNase H برای حذف RNA ریبوزومی (rRNA) از RNA کل نمونه برای حفظ RNA پیام رسان (mRNA) و سایر RNAهای غیر کدکننده است. انواع نمونه غنی هستند، مقدار شروع گسترده است، کل فرآیند کمتر از 2 ساعت طول می کشد، و زمان عملیات دستی کمتر از 10 دقیقه است. در عین حال، rRNA را می توان به طور موثر هم برای نمونه های معمولی و هم برای نمونه های با کیفیت پایین (مانند FFPE) حذف کرد، که به طور قابل توجهی اطلاعات موثر داده ها را در توالی یابی داده ها بهبود می بخشد، و متوجه توالی یابی مقرون به صرفه نمونه های RNA می شود.
(2) فرآیندهای حذف rRNA سری MaxUp
در حال حاضر، حذف RNase روش اصلی حذف rRNA است، به ویژه برای برخی از نمونه های تجزیه RNA (مانند نمونه های FFPE)، حذف RNase می تواند مزایای خود را نشان دهد.
شکل 1. نمودار شماتیک اصل حذف rRNA سری MaxUp
3- نمایش عملکرد محصول
(1) نمونه های گیاهی
RNase H برای هضم و حذف RNA ریبوزومی از RNA کل گیاهان و qPCR برای مقایسه تغییرات بیان ژن rRNA و ژن mRNA قبل و بعد از حذف استفاده شد. نتایج نشان داد که این محصول می تواند به طور موثر rRNA را از گیاهان حذف کند.
شکل 2. 1μg RNA برگ آرابیدوپسیس برای حذف rRNA و qPCR برای مقایسه تغییرات بیان ژن rRNA و ژن mRNA قبل و بعد از حذف استفاده شد.
(2) نمونه انسان / موش / موش
RNase H برای هضم و حذف RNA ریبوزومی از RNA کل گیاهان، ساخت یک کتابخانه و ارسال توالی استفاده شد. تجزیه و تحلیل داده ها نشان داد که این محصول می تواند به طور موثر rRNA را از چنین نمونه هایی حذف کند.
شکل 3. 1 میکروگرم RNA کل انسان، موش و موش به عنوان نمونه گرفته شد و باقیمانده‌های rRNA با تعیین توالی پس از حذف rRNA مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند.
(3) نمونه RNA با کیفیت پایین (به عنوان مثال FFPE RNA)
نمونه‌های با کیفیت پایین نسبت زیادی از توالی‌های ITS/ETS دارند (به FFPE RNA: DV200=20% در شکل زیر مراجعه کنید)، و این بخش از توالی‌ها نیز تعداد زیادی داده نامعتبر تولید می‌کند، بنابراین با افزودن پروب‌های ITS/ETS در نمونه‌های با کیفیت پایین، می‌توان توالی‌های هدف را به‌طور مؤثرتری غنی کرد. علاوه بر کاوشگر 45S Pre-rRNA معمولی، طراحی کاوشگر برای ناحیه Human 45S ITS/ETS نیز در این محصول اضافه شده است که تضمین می کند که حذف rRNA در نمونه های با کیفیت پایین می تواند بدون تأثیر بر اثر حذف rRNA در نمونه های معمولی کارآمدتر باشد.
شکل 4.مقایسه باقی مانده های rRNA و باقی مانده های ITS/ETS قبل و بعد از افزودن پروب های ITS/ETS
4-اطلاعات سفارش
| تیبله | پنام محصول | کد محصول | مشخصات محصول |
| حذف rRNA کیت | 12257ES08/24/96 | 96/8/24 T | |
| 12254ES08/24/96 | 8/24T/96T |