L'agarose est un colloïde hydrophile de galactane linéaire purifié extrait de l'agar ou d'algues contenant de l'agar. Structurellement, il s'agit d'un polymère linéaire composé de β-D-galactopyranosyle (1-4) lié à des résidus 3,6-anhydro-α-L-galactopyranosyle. En tant que réactif sur gel, il est couramment utilisé pour l'analyse de routine des acides nucléiques par électrophorèse sur gel ou par des méthodes de transfert (telles que Northern ou Southern), et il convient également aux applications protéiques, telles que les expériences d'immunodiffusion radiale (RID).
L'électrophorèse sur gel d'agarose est une méthode électrophorétique qui utilise l'agarose comme support, y compris la préparation du gel, le chargement de l'échantillon et l'électrophorèse. La principale différence dans le principe d'analyse par rapport à l'électrophorèse sur d'autres supports est qu'elle joue un double rôle de « tamis moléculaire » et d'« électrophorèse ». Lorsque le gel est placé dans un champ électrique, les acides nucléiques chargés migrent à travers les pores du gel vers le pôle positif. Après une électrophorèse dans différentes conditions pendant une durée appropriée, des fragments d'acide nucléique de différentes tailles et conformations seront situés à différentes positions dans le gel, réalisant ainsi une séparation.
Fig.1 Étapes de l'expérience d'électrophorèse des acides nucléiques
Fig.2 Diagramme de direction de migration par électrophorèse
Comment choisir la bonne agarose ?
Juger en fonction des paramètres de base de l'agarose :
- Teneur en sulfate — un indicateur de pureté ;
- Résistance du gel — la force externe nécessaire pour briser le gel ;
- Point de gélification — la température à laquelle une solution d’agarose hydrosoluble forme un gel lors du refroidissement ;
- Électroendosmose (EEO) — un type de mouvement électrocinétique où les liquides pénètrent dans le gel. Les groupes anioniques du gel d'agarose s'adsorbent sur la matrice et ne migrent pas, mais les cations dissociés migrent vers le pôle négatif, générant ainsi une électroosmose. Étant donné que la migration électrophorétique des échantillons se déplace généralement vers le pôle positif, la convection interne provoquée par l'EEO peut interférer avec l'efficacité de la séparation. Sur la base des paramètres de base de l'agarose, un gel d'agarose de haute qualité doit avoir des pores clairs, être moins susceptible de se casser et avoir des caractéristiques telles qu'une grande pureté (faible teneur en sulfate), une résistance élevée du gel, un point de gel relativement élevé (solidification rapide à température ambiante) et une faible EEO.
Juger en fonction de la plage de séparation de l'agarose :
Les gels d'agarose ont une large plage de séparation et sont couramment utilisés pour la récupération de gel d'ADN, la séparation d'ADN et pour confirmer si l'ADN est recombiné et si les plasmides et autres sont coupés. Différentes tailles de fragments cibles correspondent à différentes concentrations d'agarose. Selon le principe selon lequel une concentration élevée convient à la séparation de petits fragments, vous pouvez vous référer au tableau suivant pour trouver la concentration de gel optimale qui correspond à vos besoins.
| Concentration d'agarose (%) | ≥3 | 2-3 | 1-2 | 0,7-1 | ≤0.7 |
| Taille du fragment d'ADN (pb) | ≤200 | 200-700 | 700-1500 | 1500-5000 | ≥5000 |
YEASEN Agarose de haute qualité — Couvrant une variété de scénarios d'application pour répondre à vos besoins
| Nom du produit | Numéro de produit | Spécifications du produit | Scénario d'application |
| 10208ES60/76 | 100 g / 500 g | Électrophorèse des acides nucléiques de routine |
Avantages du produit
Faible électroendosmose (EEO ≤ 0,13), résultant en une excellente séparation des bandes, une distinction claire et une migration plus rapide.
Les pores du gel sont clairs et droits, avec une résistance élevée du gel et moins susceptibles de se casser.
Méthode d'utilisation de l'agarose de haute qualité
La concentration du gel d'agarose est généralement choisie entre 0,7 % et 2 %. Plus la concentration est élevée, plus la taille des pores moléculaires du gel est petite, plus la vitesse de migration de l'ADN est lente et plus la résolution est élevée. Inversement, plus la concentration est faible, plus la vitesse de migration de l'ADN est rapide et plus la résolution est faible. Choisissez la concentration de gel appropriée et le tampon d'électrophorèse compatible en fonction des différents objectifs expérimentaux.
| Concentration d'agarose | Plage de séparation efficace (pb) | Mémoire tampon recommandée |
| 0,5% | 2 000 à 50 000 | 1×TAE |
| 0,8% | 800-10 000 | 1×TAE |
| 1,0% | 400-8 000 | 1×TAE |
| 1,2% | 300-7 000 | 1×TAE |
| 1,5% | 200-3 000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 2.0% | 100-2 000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 3,0% | 25-1 000 | 0,5 × TBE |
Littérature publiée (partielle)
- Li Z, Wang M, Fang H, et al. L'adsorption à l'interface solide-liquide des plasmides de résistance aux antibiotiques induite par les nanoplastiques aggrave la pollution génétique dans les écosystèmes aquatiques. Environ Pollut. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.SI=10.366(10208ES)
- Wang M, Zhang S, Zheng G, et al. La mutation gain-of-function de Card14 entraîne une inflammation cutanée spontanée de type psoriasis par une réponse améliorée des kératinocytes à l'IL-17A. Immunité. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.SI=19.734
- Zhang Y, Ding H, Wang X, et al. MK2 favorise la dégradation de Tfcp2l1 via l'ubiquitine ligase β-TrCP pour réguler l'auto-renouvellement des cellules souches embryonnaires de souris. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.SI=9.423
- Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Nanosystème de distribution d'ARNsi cationique de cholestérol lipidique à base microfluidique : silençage génique in vitro hautement efficace et comportement intracellulaire. Int J Mol Sci. 2022 ; 23(7) : 3999. Publié le 3 avril 2022. doi : 10.3390/ijms23073999.SI=19.924
- Zhao C, Yang D, Ye Y, et al. L'inhibition de la kinase Pim-2 par LT-171-861 favorise les dommages à l'ADN et présente des effets létaux accrus avec l'inhibiteur de PARP dans le myélome multiple. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648.SI=5.858
- Yu J, Yang W, Xing S, et al. Mélange d'or/MnO2@BSA nanoParticules pour la détermination fluorométrique et par résonance magnétique de l'acide ascorbique. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. Publié le 10 janvier 2019. doi:10.1007/s00604-018-3205-8.SI=5.479
- Zheng X, Xu W, Sun R, Yin H, Dong C, Zeng H. Synergie entre l'inhibiteur de la thioredoxine réductase éthaselen et le sélénite de sodium pour inhiber la prolifération et induire la mort des cellules cancéreuses pulmonaires non à petites cellules humaines. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.SI=5.194
- Zhou J, Xiong R, Zhou J, et al. Implication du facteur de régulation m6A IGF2BP1 dans la transformation maligne des cellules épithéliales bronchiques humaines Beas-2B induite par le carcinogène du tabac NNK. Toxicol Appl Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.SI=5.219
- Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. Effets protecteurs du ginsénoside Rg1 sur les cellules hématopoïétiques Sca-1⁺ vieillissantes. Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.SI=5.952
Guide de sélection de produits connexes
| Positionnement du produit | Nom du produit | Numéro de produit | Spécifications du produit | Scénario d'application |
| Colorations d'acides nucléiques | Coloration au gel d'acide nucléique YeaRed (10 000 × dans l'eau) | 10202ES76 | 500 μL | Soluble dans l'eau, avec les mêmes caractéristiques spectrales que l'EB, détecté sous excitation par lumière UV à 300 nm. |
| Marqueur ADN | 10501ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-2000 pb | |
| Marqueur ADN GoldBand DL5000 | 10504ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-5000 pb | |
| 10507ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-1 500 pb | ||
| 10510ES60/80 | 100 T/10×100 T | 250-12 000 pb |