——Plus de génotypage, moins de temps et moins de réactifs
Le génotypage par PCR et d'autres expériences nécessitent souvent la purification de l'ADN génomique à partir d'échantillons. Lorsque de nombreux échantillons doivent être testés, le processus de purification de l'ADN génomique est long, répétitif et coûteux. YEASEN Biology a développé une série de produits Direct PCR Kit en modifiant l'ADN polymérase Taq et en optimisant le système de réaction PCR, éliminant ainsi le besoin de purification génomique.
PCR intelligente : PCR directe
Le kit Direct PCR de YEASEN démarre directement à partir de l'échantillon, en utilisant des quantités minimales d'échantillons bruts (Figure 1-A) ou leurs produits lysats (Figure 1-B) sans purification génomique comme modèles pour le génotypage basé sur la PCR (Figure 1). Par rapport au génotypage basé sur la PCR classique, le kit Direct PCR utilise moins d'échantillon, est facile à utiliser, a un faible coût expérimental et permet une détection d'échantillons à haut débit.
Fig.1 Flux de travail d'amplification PCR directe
A. Méthode directe : Prélevez une petite quantité de l'échantillon et ajoutez-la directement au PCR Master Mix pour l'identification par PCR.Avantages techniques
Direct : Pas besoin de purification d’ADN longue et coûteuse.
Rapide : préparation du modèle terminée en 10 minutes et réaction PCR terminée en seulement 30 minutes.
Simple : les échantillons peuvent être lysés sans avoir besoin de les couper ou de les broyer, et le PCR Mix est sous forme pré-mélangée, ce qui réduit le nombre d'étapes de pipetage.
Économie : Faible quantité de matériaux utilisés.
Haut débit : les réactions de lyse peuvent être réalisées dans une plaque à 96 puits.
Résistant à l'inhibition : Tolérant à divers échantillons animaux et végétaux.
Processus expérimental du kit PCR direct
Cette série de produits utilise un système unique de lyse par protéase pour lyser les échantillons. La solution de lyse peut être utilisée directement comme modèle et associée au PCR Master Mix fourni dans le kit pour l'amplification génique.
Fig.2 Processus expérimental de PCR directe sur des tissus de souris
Figue.3 Processus d'expérimentation de PCR directe sur tissu végétal
Tableau de sélection des produits PCR directe
| Série de produits | PCR directe sur souris de deuxième génération | |||
| Numéro de produit | 10189ES | 10185ES | 10188ES | 10187ES |
| Caractéristiques | 20 T/50 T/200 T/500 T | 50 T/200 T | 20 T/50 T/200 T/500 T | 50 T/200 T |
| Caractéristiques | ||||
| Longueur de l'amplicon | ≤5 Ko | ≤1 Ko | ≤8 Ko | ≤1 Ko |
| Durée d'extension (s/kb) | 3-20 s | 30 s | ≤2 kb : 3-5 s ≤8 kb : 10 s | 60 s |
| Organismes concernés | Souris, rats | Souris, rats | Humains, souris, chèvres, poulets, porcs, etc. | Riz, maïs, tabac, colza, blé, soja, etc. |
| Types de tissus/matériaux applicables | Queue de souris, oreille de souris, orteils (avec muscles) et autres organes | Queue de souris, oreille de souris, orteils (avec muscles) et autres organes | Sang frais contenant des anticoagulants courants comme l'EDTA, l'héparine, le citrate, le sang réfrigéré (congelé) et les taches de sang séchées commerciales comme Whatman903® et ALE® | Feuilles tendres, Vieilles feuilles, Jeunes pousses, Tiges tendres |
| Exemple d'utilisation | Tissu : 5 mg Queue de souris : 1-5 mm | Tissu : 5-10 mg Queue de souris : 1-5 mm | Sang total : 0.5%-20% Whatman® taches de sang séché : 1 mm2 | Feuille : 1-10 mm Graine : 1-3 mm |
| Temps de libération génomique | 5 à 10 minutes | 15 minutes | 0-3 min | 0-10 min |
| Structure finale du produit | Extrémités émoussées | Extrémités émoussées | Extrémités émoussées | Extrémités émoussées |
| Température de recuit | Tm-(2~5)℃ | Tm-(2~5)℃ | Tm-(1~2)℃ | Tm-(2~5)℃ |
| Plage de coupure GC | 29-70% | 30-70% | 30-75% | 40-65% |
| Activité exonucléase 5'-3' | Oui | Oui | Oui | Oui |
| Applications | ||||
| Génotypage | Oui | Oui | Oui | Oui |
| PCR multiplexée | Jusqu'à 5x |
| Jusqu'à 3-4x |
|
| Amplification directe d'échantillons | Oui | Oui | Oui | Oui |
| Autres caractéristiques | ||||
| Indicateur d'électrophorèse | Incolore | Bleu | Incolore | Bleu |
| Démarrage à chaud | Oui | Oui | Oui | Oui |
| Prémélangé/Kit | Kit (avec mélange) | Kit (avec mélange) | Kit (avec Mix+tampon) | Kit (avec mélange) |
Avantages du produit
L'ADN Polymérase Taq modifiée est la garantie de la PCR directe : elle possède une super tolérance aux inhibiteurs.
Lorsque des échantillons non purifiés sont utilisés comme modèles, de nombreux composants inhibant les réactions de PCR sont introduits. Il est difficile d'obtenir des résultats idéaux, voire impossible de réaliser une amplification par PCR, avec des systèmes de réaction PCR ordinaires et l'ADN polymérase Taq. Le PCR Mix de cette série de kits est un prémélange optimisé par formule, utilisant une ADN polymérase Taq modifiée, qui augmente la capacité de liaison à l'ADN modèle et présente une tolérance plus élevée aux inhibiteurs de PCR courants, offrant ainsi une plus grande adaptabilité au modèle.
Fig.4 Le mélange PCR du kit PCR direct présente une tolérance plus élevée aux impuretés. La même quantité de matrice est utilisée pour la PCR avec différents mélanges de PCR et diverses concentrations d'inhibiteurs de réaction de PCR sont ajoutées au système. La quantité de produits PCR dans différentes conditions est comparée.
YFACILITER a développé une série de produits pour différents échantillons :
- I. Type spécifique aux rongeurs : kit PCR direct sur tissus de souris Plus (10189ES)
Échantillons applicables : tissus de souris (tels que la queue de souris, l’oreille de souris, l’orteil de souris, etc.)
- Haute efficacité d'amplification (longueur, vitesse, compatibilité GC)
Fig.5 Le kit Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus amplifie les lysats de différents tissus. 1 : Plasmide ; 2 : Oreille de souris ; 3 : Queue de souris ; 4 : Foie. Conditions de lyse : lyse à 70 °C pendant 10 min, inactivation à 95 °C pendant 5 min. Les fragments cibles sont 1 Ko, 2 Ko, 3 Ko et 6 kb, avec des temps d'extension fixés à 3, 5, 10 et 20 sec/kb, respectivement. M : 10510ES60 (YEASEN).
- Compatibilité étendue des modèles (10189ES)
Fig.6 Le kit Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus a été utilisé pour lyser directement (70°C pendant 10 min) et amplifier les cellules humaines 293 (1), salive (2) et le tissu du cuir chevelu (3). Tous les échantillons ont montré des bandes cibles claires, M : 10510ES60 (YEASEN).
- II. Groupe sanguin universel multi-espèces : kit PCR direct avancé sanguin (10188ES)
- Longueur d'amplification jusqu'à 8 kb
Fig.7 Des fragments d'ADN de différentes longueurs ont été amplifiés directement à partir de sang total humain à l'aide du kit Blood Advanced Direct PCR. Les échantillons de sang ont été conservés à -20℃ avec de l'EDTA comme anticoagulant. La concentration du modèle sanguin était de 10 % et le temps d'extension a été fixé à 10 sec/kb. M : 10510ES60 (YEASEN).
- Haute tolérance
Fig.8 A: Le kit PCR direct avancé du sang est utilisé pour amplifier un fragment d'ADN de 2 kb avec une teneur en GC de 71 % directement à partir de sang total humain anticoagulé à l'EDTA. La concentration du modèle sanguin est réglée par gradient de 0,5 à 50 %, et le temps d'extension est fixé à 10 s/kb. B : Le kit PCR direct avancé de sang est utilisé pour amplifier un fragment d'ADN de 2,2 kb avec une teneur en GC de 67 % directement à partir de sang total de souris anticoagulé à l'EDTA. La concentration du modèle sanguin est fixée entre 0,5 et 50 % et le temps d'extension est de 10 s/kb. M : 10510ES60 (YEASEN).
- III. Type spécifique à la plante : kit PCR directe sur tissu végétal (10187ES)
- Vérifié avec plusieurs types d'échantillons de plantes
Fig.9 Résultats d'amplification directe à partir de tissus foliaires de différents types de plantes. M : échelle d'ADN de 100 pb. C : ADN génomique purifié des plantes correspondantes comme modèle. 1-2 : Lysat de tissu foliaire comme modèle. Nombre de cycles : 30 cycles.
Étude de cas client
- I. Identification du génotype de la souris
Une entreprise biologique à Guangzhou :
Fig. 10 Amplification de la queue de souris à l'aide du kit Mouse Direct PCR (10189ES). Gène cible : 500 pb ; temps de lyse : 10 min ; système de réaction PCR : 25 μL, temps d'extension : 5 sec/kb.
- II.Amplification directe des gènes du riz
XX Université
Fig.11 Le kit Plant Direct PCR (10187ES) est utilisé pour amplifier les gènes liés au riz.
Rravi Pproduits
| Positionnement du produit | Nom du produit | Numéro de produit | Spécifications du produit |
| Agarose de haute qualité | 10208ES60/76 | 100 g/500 g | |
| Coloration des acides nucléiques (sous lumière UV) | Coloration au gel d'acide nucléique YeaRed (10 000 × dans l'eau) | 10202ES76 | 500 μL |
| Mise à niveau rapide de la PCR, peut être une PCR de colonie et adaptée à l'amplification de modèles complexes | 10167ES03/08 | 1 mL/5×1 mL |