Description
Hieff NGS™ Le kit de déplétion d'ARNr humain MaxUp (ARNr et ITS/ETS) est conçu pour éliminer l'ARNr et l'ITS/ETS 45S de l'ARN total humain, de souris et de rat en fonction du flux de travail basé sur la RNase H et pour conserver l'ARNm et d'autres ARN non codants. Ce kit convient aux échantillons d'ARN intacts et partiellement dégradés (par exemple, l'ARN FFPE). Étant donné que les échantillons FFPE dégradés contiennent généralement une proportion plus élevée d'ITS/ETS que les échantillons de tissus frais, ce kit ajoute des sondes dans la région ITS/ETS humaine 45S, et l'élimination de l'ITS peut augmenter considérablement la proportion de données valides dans les données brutes.
Caractéristiques
- Forte spécificité : élimine spécifiquement l'ARNr et les ITS/ETS des échantillons humains, en particulier pour les échantillons FFPE
- Haute compatibilité de la quantité de départ du modèle : applicable à un échantillon de 100 ng~1 μg
- Effet d'élimination élevé : pour l'ARNr, l'ITS et l'ETS dans les échantillons humains/souris et rats, l'effet d'élimination est supérieur à 95 %
- Qualité stable : contrôle strict des performances des lots et de la qualité de la stabilité
Applications
- Recherche sur l'expression génétique
- Analyse d'épissage alternatif
- Détection et découverte d'ARN non codant
- identification des sites de polyadénylation sélective
- Détection de gènes de fusion
Caractéristiques
| Technologie d'épuisement | ARNase H |
| Type d'échantillon | ARN total de l'homme, de la souris et du rat |
| Type de produit final | ARNm et autres ARN non codants |
| Nombre de réactions | 24/96 Préparatifs |
| Quantité de matière première | 100 ng~1 μg d'ARN total |
| Cible | Éliminer l'ARNr et les 45S ITS/ETS de l'ARN total humain |
Composants
| Composants N° | Nom | 12257ES24 (24T) | 12257ES96 (96T) |
| 12257-A | Tampon d'hybridation | 72 μL | 288 μL |
| 12257-B | Mélange de sondes (ARNr et ITS/ETS) | 48 μL | 192 μL |
| 12257-C | Tampon RNase H | 72 μL | 288 μL |
| 12257-D | ARNase H | 48 μL | 192 μL |
| 12257-F | Tampon DNase I | 660 μL | 2×1320 μL |
| 12257-F | ADNase I | 60 μL | 240 μL |
Expédition et stockage
Tous les composants sont expédiés avec de la glace sèche et peuvent être stockés à -15℃ ~ -25℃ pendant un an.
Chiffres
- Spécificité de l'élimination de l'ARNr
Pour les échantillons conventionnels, l'ARNr et l'ITS/EST peuvent être éliminés à plus de 98 %, tandis que pour les échantillons FFPE avec une intégrité d'environ 50 %, l'ARNr et l'ITS/EST peuvent être éliminés à plus de 95 %. Dans le même temps, les FFPE avec une faible intégrité peuvent également être éliminés efficacement.
Tableau 1. Effet de spécificité de l'élimination de l'ARNr
| ARN qualité | Suppression schème | Saisir | ARNr (%) | STI/ETS (%) | Cartographie (%) |
| 293T ARN; RIN=10 | retirer ARNr | 1 μg | 0,19 | 4.6 | 98,28 |
| retirer ARNr et Système intégré de gestion des déchets (SI/SEQE) | 1 μg | 0,15 | 0,04 | 98,79 | |
| FFPE ARN; DV200 =90% | retirer ARNr | 500ng | 0,23 | 4,75 | 95,35 |
| retirer ARNr et Système intégré de gestion des déchets (SI/SIE) | 500ng | 0,21 | 0,02 | 95,42 | |
| FFPE ARN; DV200 =50% | retirer ARNr | 500ng | 1.4 | 16.28 | 95,57 |
| retirer ARNr et Système intégré de gestion des déchets (SI/SIE) | 500ng | 0,56 | 0,11 | 95,51 | |
| FFPE ARN; DV200 =20% | retirer ARNr | 1 μg | 0,35 | 67,61 | 58,4 |
| retirer ARNr et Système intégré de gestion des déchets (SI/SIE) | 1 μg | 0,79 | 0,84 | 60,35 |
Remarque : différents échantillons d'ARN humain ont été utilisés pour éliminer l'ARNr ou l'ARNr et l'ITS/ETS, et pour construire des bibliothèques avec le kit de préparation de bibliothèque d'ARN après l'ITS/ETS. Les proportions d'ARNr et d'ITS/ETS dans les données hors ligne ont été analysées par séquençage.
- Performances des données de séquençage
Tableau 2.Performances des données de séquençage
| Échantillon | DV200 | Trousse | Faire le ménage Q20 (%) | Faire le ménage Q30 (%) | Faire le ménage GC (%) | ARNr (%) | Système intégré de gestion des déchets (SI/SIE) (%) | unique(%) |
| 1 | 24% | YEASEN Cat#12257 | 96,75 | 92,68 | 57.05 | 4.58 | 2.42 | 96,90 |
| 2 | 40% | 96,56 | 92,42 | 55.31 | 1,93 | 0,63 | 96,45 | |
| 3 | 53% | 97,4 | 93,52 | 45.19 | 0,23 | 0,01 | 98.08 | |
| 4 | 76% | 97,67 | 93,78 | 51,28 | 0,44 | 0,01 | 93,63 |
[1] Tian S, Zhang B, He Y, et al. CRISPR-iPAS : une nouvelle méthode basée sur dCAS13 pour l'interférence alternative de polyadénylation. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
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