Description
Les billes de sélection d'ADN Hieff NGS™ sont préparées selon le principe SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization) et sont applicables à la purification de l'ADN et à la sélection de la taille lors de la préparation des bibliothèques de séquençage de nouvelle génération (NGS). Les billes de sélection d'ADN Hieff NGS™ sont compatibles avec divers kits de préparation de bibliothèques d'ADN et d'ARN et constituent une bonne alternative Billes AMPure.
Composants
| Composants N° | Nom | 12601ES08 | 12601ES56 | 12601ES75 |
| 12601 | Billes de sélection d'ADN Hieff NGS™ | 5 ml | 60 ml | 450 ml |
Caractéristiques
| Gamme de produits | Billes de nettoyage et de sélection d'ADN |
| Matériel de départ | ADN |
| Compatibilité | ADN |
| Technologie d'isolation | Bille magnétique |
| Type de produit final | ADN |
| À utiliser avec (application) | Nettoyage de l'ADN, sélection de la taille de l'ADN |
Expédition et stockage
Les perles sont expédiées avec des packs de glace et peuvent être conservées entre 2°C et 8°C pendant un an.
Instructions
- 1. Préparation
Équilibrer les billes de sélection à température ambiante pendant au moins 30 min avant utilisation.
- 2. Sélection de la taille de l'ADN
Le flux d’opération de sélection de taille est illustré dans la Figure 1 et le protocole est le suivant.
Figure 1. Organigramme de la sélection de la taille de l'ADN
2.1 Mélangez soigneusement les billes en les vortexant ou en les pipetant de haut en bas à chaque fois avant utilisation.
2.2 Ajoutez la première série de billes de sélection à l'échantillon (voir le tableau 1). Mélangez soigneusement en vortexant ou en pipetant de haut en bas au moins 10 fois.
2.3 Incuber à température ambiante pendant 5 min.
2.4 Centrifuger brièvement le tube et le placer sur un support magnétique. Lorsque la solution est claire (environ 5 min), transférer le surnageant dans un nouveau tube PCR.
2.5 Ajoutez la deuxième série de billes de sélection à l'échantillon de l'étape 2.4 conformément au tableau 1. Mélangez soigneusement en vortexant ou en pipetant de haut en bas au moins 10 fois.
2.6 Incuber à température ambiante pendant 5 min.
2.7 Centrifuger brièvement le tube et le placer sur un support magnétique. Lorsque la solution est claire (environ 5 min), aspirer le surnageant et le jeter.
2.8 Conservez le tube dans le support magnétique et ajoutez 200 μL d'éthanol à 80 % fraîchement préparé sans perturber les billes, puis laissez incuber à température ambiante pendant 30 secondes. Aspirez l'éthanol et jetez-le.
2.9 Répétez l’étape 2.8 une fois pour un total de deux lavages.
2.10 Éliminez l'éthanol résiduel avec des pointes de pipette de 10 µL. Gardez le tube dans le support magnétique, séchez les billes de sélection à l'air avec le couvercle ouvert jusqu'à ce que des fissures apparaissent (environ 5 min).
Remarque : ne séchez pas trop les billes de sélection. Cela peut entraîner une récupération plus faible de la cible ADN.
2.11 Retirez le tube du support magnétique. Ajoutez une quantité appropriée de ddH2O (≥ 20 µL) et mélangez soigneusement en vortexant ou en pipetant de haut en bas au moins 10 fois.
2.12 Incuber à température ambiante pendant 5 min.
Centrifuger brièvement le tube et le placer sur le support magnétique. Lorsque la solution est claire (environ 5 minutes), transférer 20 μL du surnageant dans un nouveau tube.
- 3. Conditions recommandées pour la sélection de la taille de l'ADN
L'ADN du thymus de veau a été fragmenté par sonication pour préparer un fragment de 100 à 1 000 pb, et deux cycles de sélection de taille ont été effectués conformément au tableau 1. Les résultats ont été analysés à l'aide du bioanalyseur Agilent 2100 (figure 2).
Tableau 1. Conditions recommandées pour la sélection de la taille de l'ADN
| Longueur du fragment d'ADN | 250-350 pb | 320-420 pb | 450-550 pb | 550-700 pb | 700-900 pb | 800-1 000 pb |
| Proportion de billes : ADN pour le 1er tour | 0,80× | 0,70× | 0,60× | 0,55× | 0,50× | 0,45× |
| Proportion de billes : ADN pour le 2ème Rond | 0,20× | 0,20× | 0,20× | 0,15× | 0,15× | 0,15× |
Remarque : « × » dans le tableau indique le volume de l'échantillon d'ADN. Par exemple, si la longueur d'insertion de la bibliothèque est de 250 pb et que le volume de l'échantillon d'ADN est de 100 μL, le volume de billes magnétiques utilisées lors du premier cycle de tri est de 0,80 × 100 μL = 80 μL ; le volume de billes magnétiques utilisées lors du deuxième cycle de tri est de 0,20 × 100 μL = 20 μL.
Figure 2. Électrophorégramme de la puce à ADN haute sensibilité Agilent 2100
Remarques :
1. Pour votre sécurité et votre santé, veuillez porter des blouses de laboratoire et des gants jetables pour l'opération.
Cité à partir de « Intégration spécifique de séquence par la casposase de la famille 1 de Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1. Nucleic Acids Res. 2021;49(17):9938-9952. doi:10.1093/nar/gkab725"
Cité dans « Une infection récente par Wolbachia modifie les communautés microbiennes dans les populations sauvages de Laodelphax striatellus. Microbiome. 2020 ; 8(1) : 104. Publié le 2 juillet 2020. doi : 10.1186/s40168-020-00878-x »
[1] Wang X, Yuan Q, Zhang W, et al. Intégration spécifique de séquence par la casposase de la famille 1 de Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1. Acides Nucléiques Res. 2021;49(17):9938-9952. doi:10.1093/nar/gkab725(IF:16.971)
[2] Duan XZ, Sun JT, Wang LT, et al. Une infection récente par Wolbachia modifie les communautés microbiennes dans les populations sauvages de Laodelphax striatellus. Microbiome. 2020 ; 8(1) : 104. Publié le 2 juillet 2020. doi : 10.1186/s40168-020-00878-x(IF : 11.607)
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