विवरण
हिएफ़ एनजीएस™ मैक्सअप ह्यूमन आरआरएनए डिप्लेशन किट (आरआरएनए और आईटीएस/ईटीएस) को आरएनएसे एच-आधारित वर्कफ़्लो के आधार पर मानव, माउस और चूहे के कुल आरएनए से आरआरएनए और 45 एस आईटीएस/ईटीएस को हटाने और एमआरएनए और अन्य गैर-कोडिंग आरएनए को बनाए रखने के लिए डिज़ाइन किया गया है। यह किट बरकरार और आंशिक रूप से खराब हुए आरएनए नमूनों (जैसे, एफएफपीई आरएनए) दोनों के लिए उपयुक्त है। चूंकि खराब हुए एफएफपीई नमूनों में आमतौर पर ताजा ऊतक नमूनों की तुलना में आईटीएस/ईटीएस का उच्च अनुपात होता है, इसलिए यह किट मानव 45 एस आईटीएस/ईटीएस क्षेत्र में जांच जोड़ता है, और आईटीएस हटाने से कच्चे डेटा में वैध डेटा का अनुपात काफी बढ़ सकता है।
विशेषताएँ
- मजबूत विशिष्टता: मानव नमूनों से rRNA और ITS/ETS को विशेष रूप से हटाना, विशेष रूप से FFPE नमूनों के लिए
- टेम्पलेट प्रारंभिक मात्रा की उच्च संगतता: 100 एनजी ~ 1μg नमूने पर लागू
- उच्च निष्कासन प्रभाव: मानव/चूहा और चूहे के नमूनों में rRNA, ITS और ETS के लिए, निष्कासन प्रभाव 95% से अधिक है
- स्थिर गुणवत्ता: सख्त बैच प्रदर्शन और स्थिरता गुणवत्ता नियंत्रण
अनुप्रयोग
- जीन अभिव्यक्ति अनुसंधान
- वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण
- गैर-कोडिंग आरएनए का पता लगाना और खोज करना
- चयनात्मक पॉलीएडेनिलेशन साइटों का दंत-निर्धारण
- संलयन जीन का पता लगाना
विशेष विवरण
| ह्रास प्रौद्योगिकी | आरएनएसे एच |
| नमूना प्रकार | मानव, चूहे और चूहा का कुल आर.एन.ए. |
| अंतिम उत्पाद प्रकार | mRNA और अन्य गैर-कोडिंग आरएनए |
| प्रतिक्रियाओं की संख्या | 24/96 तैयारी |
| प्रारंभिक सामग्री की मात्रा | 100 एनजी~1 μg कुल आरएनए |
| लक्ष्य | मानव कुल RNA से rRNA और 45S ITS/ETS को हटाएँ |
अवयव
| घटक सं. | नाम | 12257ES24 (24टी) | 12257ES96 (96टी) |
| 12257-ए | संकरण बफर | 72 μएल | 288 μएल |
| 12257-बी | जांच मिश्रण (आरआरएनए और आईटीएस/ईटीएस) | 48 μएल | 192 μएल |
| 12257-सी | आरएनएसे एच बफर | 72 μएल | 288 μएल |
| 12257-डी | आरएनएसे एच | 48 μएल | 192 μएल |
| 12257-ई | डीएनएस I बफर | 660 μएल | 2×1320 μL |
| 12257-एफ | डीएनएस I | 60 μएल | 240 μएल |
शिपिंग और भंडारण
सभी घटकों को सूखी बर्फ के साथ भेजा जाता है और उन्हें एक वर्ष के लिए -15°C ~ -25°C पर संग्रहीत किया जा सकता है।
आंकड़ों
- आरआरएनए हटाने की विशिष्टता
पारंपरिक नमूनों के लिए, rRNA और ITS/EST को 98% से अधिक तक हटाया जा सकता है, जबकि लगभग 50% की अखंडता वाले FFPE नमूनों के लिए, rRNA और ITS/EST को 95% से अधिक तक हटाया जा सकता है। साथ ही, खराब अखंडता वाले FFPE को भी प्रभावी ढंग से हटाया जा सकता है।
तालिका 1. rRNA निष्कासन विशिष्टता प्रभाव
| शाही सेना गुणवत्ता | हटाना योजना | इनपुट | आरआरएनए (%) | आईटीएस/ईटीएस (%) | मैपिंग (%) |
| 293टी आरएनए; आरआईएन=10 | निकालना आरआरएनए | 1μg | 0.19 | 4.6 | 98.28 |
| निकालना आरआरएनए और आईटीएस/ईटीएस | 1μg | 0.15 | 0.04 | 98.79 | |
| एफएफपीई आरएनए; डीवी200 =90% | निकालना आरआरएनए | 500एनजी | 0.23 | 4.75 | 95.35 |
| निकालना आरआरएनए और आईटीएस/ईटीएस | 500एनजी | 0.21 | 0.02 | 95.42 | |
| एफएफपीई आरएनए; डीवी200 =50% | निकालना आरआरएनए | 500एनजी | 1.4 | 16.28 | 95.57 |
| निकालना आरआरएनए और आईटीएस/ईटीएस | 500एनजी | 0.56 | 0.11 | 95.51 | |
| एफएफपीई आरएनए; डीवी200 =20% | निकालना आरआरएनए | 1μg | 0.35 | 67.61 | 58.4 |
| निकालना आरआरएनए और आईटीएस/ईटीएस | 1μg | 0.79 | 0.84 | 60.35 |
नोट: rRNA या rRNA और ITS/ETS को हटाने के लिए और ITS/ETS के बाद RNA लाइब्रेरी प्रेप किट के साथ लाइब्रेरी बनाने के लिए अलग-अलग मानव RNA नमूनों का इस्तेमाल किया गया। ऑफ़लाइन डेटा में rRNA और ITS/ETS के अनुपात का विश्लेषण अनुक्रमण द्वारा किया गया।
- अनुक्रमण डेटा प्रदर्शन
तालिका 2.अनुक्रमण डेटा प्रदर्शन
| नमूना | डीवी200 | किट | साफ प्रश्न 20 (%) | साफ प्रश्न 30 (%) | साफ जीसी (%) | आरआरएनए (%) | आईटीएस/ईटीएस (%) | अद्वितीय(%) |
| 1 | 24% | येसेन बिल्ली#12257 | 96.75 | 92.68 | 57.05 | 4.58 | 2.42 | 96.90 |
| 2 | 40% | 96.56 | 92.42 | 55.31 | 1.93 | 0.63 | 96.45 | |
| 3 | 53% | 97.4 | 93.52 | 45.19 | 0.23 | 0.01 | 98.08 | |
| 4 | 76% | 97.67 | 93.78 | 51.28 | 0.44 | 0.01 | 93.63 |
[1] तियान एस, झांग बी, हे वाई, एट अल. CRISPR-iPAS: वैकल्पिक पॉलीएडेनिलेशन हस्तक्षेप के लिए एक नया dCAS13-आधारित तरीका। न्यूक्लिक एसिड रिसर्च। 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
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